m*********t
发帖数: 480 | 1 有没有什么idea？大家一起讨论一下，本人PhD后半段了，老板给的方向很自由，本领
域一些容易做的成果都被摘完了，我也想开阔一下思路，有啥可以做的方向？尤其是那
种交叉领域，容易发paper有高引用的？
本人不是很喜欢用别人现成的软件，喜欢找找有没有我们可以build from scratch的东
西？尤其是和一些人工智能联系比较多的，比如深度学习之类的
纯学术讨论，不要考虑以后找工作之类的。。 |
d********m
发帖数: 3662 | 2 hic
目前模拟出来的chromosome就像个狼牙棒。你可以试试，不过不会比你本领域容易的成
果更容易就是了 |
m*********t
发帖数: 480 | 3 我也想做做和他相关的一些data mining之类的。请教一下哪些东西和他比较相关？
【在 d********m 的大作中提到】
: hic
: 目前模拟出来的chromosome就像个狼牙棒。你可以试试，不过不会比你本领域容易的成
: 果更容易就是了
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d********m
发帖数: 3662 | 4 请教不敢当。我主要是实验方向，modelling我主要关注bayesian inference of
spatial
organization。不是个好方法，但是相对其它方法比较有意思一点，而且其它的方法的
结果一样不好。
对于我们实验来说，hic目前的modeling and prediction我个人感觉非常差。比较好的
对染色体的模拟是从基本的物理化学原理出发，比如rice的peter wolynes。 |
m*********t
发帖数: 480 | 5 刚刚看了看一些文献，现在不管如何做simulation，因为没有ground truth，都是公说
公有理婆说婆有理
【在 d********m 的大作中提到】
: 请教不敢当。我主要是实验方向，modelling我主要关注bayesian inference of
: spatial
: organization。不是个好方法，但是相对其它方法比较有意思一点，而且其它的方法的
: 结果一样不好。
: 对于我们实验来说，hic目前的modeling and prediction我个人感觉非常差。比较好的
: 对染色体的模拟是从基本的物理化学原理出发，比如rice的peter wolynes。
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m*********t
发帖数: 480 | 6 做HiC的大神，膜拜一下。你是Ren Bing那边的还是Aiden那边的？
【在 d********m 的大作中提到】
: 请教不敢当。我主要是实验方向，modelling我主要关注bayesian inference of
: spatial
: organization。不是个好方法，但是相对其它方法比较有意思一点，而且其它的方法的
: 结果一样不好。
: 对于我们实验来说，hic目前的modeling and prediction我个人感觉非常差。比较好的
: 对染色体的模拟是从基本的物理化学原理出发，比如rice的peter wolynes。
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d********m
发帖数: 3662 | 7 我不是做hic的，我老板和aiden lab有合作，所以我对这个方向略有关注。他们的
simulation和我们实验结果出入很大。我老板以前和peter合作出了很好的结果。所以
我老板对做hic的那群人不怎么看的上，哈哈。
【在 m*********t 的大作中提到】
: 做HiC的大神，膜拜一下。你是Ren Bing那边的还是Aiden那边的？
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d********m
发帖数: 3662 | 8 请问你所说的ground truth在这里具体是指什么
【在 m*********t 的大作中提到】
: 刚刚看了看一些文献，现在不管如何做simulation，因为没有ground truth，都是公说
: 公有理婆说婆有理
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m*********t
发帖数: 480 | 9 chromtin到底长啥样，谁也不知道，提出啥模型来，都是公说公有理婆说婆有理，既没
法验证又没法否定
我觉得最有可能有点data mining意思的，就是某个pattern和某个功能有关联
【在 d********m 的大作中提到】
: 请问你所说的ground truth在这里具体是指什么
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