f*****n
发帖数: 499 | 1 最近genotype一个cancer cell line（neuroblastoma）的microsatellite （tandem
repeat）位点
大概三个月前测的是这个位点是homozygous有6个repeat
然后最近重新解冻另外一个stock，start cell culture，测量同样的位点，居然成了
heterozygous，一半仍然6个repeat，另外一半成了10个repeat；反复做了很多遍，换
了所有的reagent生怕是contamination，但结果还是一样。
问了lab technitian，这个neuroblastoma在我们实验室都是一样的来源，他也怀疑这
个repeat是不是dynamics的
三个月前的cell line的passage不记得了
最近这个cell line的passage大概是p10
我想问下，cancer cell line的genome microsatellite难道真的会传代传着传着就发
生了变化？如此不稳定？ |
f*****f
发帖数: 195 | 2 microsatellite不了解。但很多cancer cell line并不是完全homogeneous的，而且自
身的genome instability 在传代过程中也会导致异质化。 |
f*****n
发帖数: 499 | 3 Thanks
Suppose at passage 1 of cancer cell line, at certain loci, allele frequency
is 90% A and 10% B, that's what you mean by "并不是完全homogeneous"
Then keep cell passage and wait until P20, it becomes 10% A and 90% B, this
is genome instability that lead to more heterogeneity?
Is it because allele A itself directly being "mutated" into allele B, or
cancer cell carrying allele B compete better than allele A so B could
survive over A?
【在 f*****f 的大作中提到】
: microsatellite不了解。但很多cancer cell line并不是完全homogeneous的，而且自
: 身的genome instability 在传代过程中也会导致异质化。
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a******r
发帖数: 786 | 4 cancer cell 会自己分化成不同的subpopulation， 也会有mitosis non-disjunction.
很多时候养着养着就出现copy number variation， 有的细胞有好几个copy 的
chromosome， 比如说glioma 里有血细胞能长到4-6个 chromosome 7. 但是有的缺保持
2 copy。 |
f*****n
发帖数: 499 | 5 长到4-6个 chromosome 7
这个听起来好吃惊。。。
可是human genome里有那么多repeat／microsatellite／copy number variation；总
不会每个repeat都有genome instability吧？
因为我这个microsatellite是个疾病位点，不知道这个现象是否能indicate这个位点可
能随着aging而变得很不稳定呢？要知道很多疾病都是repeat expansion disease
disjunction.
【在 a******r 的大作中提到】
: cancer cell 会自己分化成不同的subpopulation， 也会有mitosis non-disjunction.
: 很多时候养着养着就出现copy number variation， 有的细胞有好几个copy 的
: chromosome， 比如说glioma 里有血细胞能长到4-6个 chromosome 7. 但是有的缺保持
: 2 copy。
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