16S 序列分析 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 16S 序列分析

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c****t 发帖数: 194	1 手头有些数据需要使用QIIME, Kraken。请问谁有简单的使用步骤。多谢
t****i 发帖数: 34	2 kraken用法照manual就可以了吧， kraken的方便之处是直接将每条序列分类。不过 16S的常规做法一般都是先做OTU table. 主流是Qiime和Mothur，使用都很简单，都有SOP. 但如果你没安装qiime的话，安装可能头大点,直接上虚拟机好了。还有就是qiime的illumina SOP 初始是没有demultiplex的。如果你的初始文件是已经demultiplex好的paired end reads, 可以看一看这个教程: http://bioinformatics-ca.github.io/analysis_of_metagenomic_data_module2_lab_2016/ 也就是说可以用 qiime, pear, usearch, 甚至mothur,先把所有的序列合并了, 再输入 qiime pipeline.
c****t 发帖数: 194	3 多谢Tuna分享信息。对于没有code background的是否好入门。我在Mac上试了半天，自己装不上qiime。

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