v********a
发帖数: 646 | 1 现在的实验，动辄就是测序
RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
自己做的，别人做的
都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
着键盘谋生？
谢谢 |
g***o
发帖数: 92 | 2 网上课程。
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
|
g***j
发帖数: 40861 | 3 直接上载到galaxy 按文章建议的流程 选合适工具
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
|
j*******u
发帖数: 81 | 4 想要快速入门什么都是不科学的。
从encode guideline开始读一遍搞清楚自己在干嘛和想要回答什么问题最重要。
很多人做课题都跟着技术盲目的走，从来不知道自己做的东西重要问题是什么，该用什
么系统来回答。
别人做的Seq其实重要问题做的人早就捞完了，如果你没有informatic上的优势是不会
得到有用信息的，顶多跟屁虫。
RNA-Seq/ChIP-Seq/Clip-Seq虽然都是Seq但是要解决的问题完全不一样，分析思路也很
不一样，这么泛泛地问也得不到什么有用的信息 |
g****u
发帖数: 87 | 5 如果自己有数据，有激情，想入门并不难。由实用引发的兴趣是最好的老师。有很多文
章都有标准的pipeline，你上一遍，看看和别人的结果一样不，然后慢慢积累经验。 |
e*********6
发帖数: 3453 | 6 我也是，不过我不太明白各种数据之间的深层次含义
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
|
d**********9
发帖数: 981 | |
h******u
发帖数: 277 | 8 我就是从wet lab自学做dry lab的。现在是一半实验，一半分析，分析自己的实验结果
，再做实验验证。
学ngs isanalysis不难，如果只是想要单纯的做alignment，peak calling这种，有很
多软件available。只需要会一点简单的linux scripting，比如change directory，就
可以了。看别人的pipeline是个好办法。记得john rinn有一篇nature protocol，讲怎
么做rna seq analysis，可以读读看。
如果想更灵活的分析数据，需要掌握一门programming语言。r，python，perl都可以。
本人一开始喜欢r，简单容易上手。现在越来越粉python。这个学起来也有很多途径。
我个人喜欢直接读manual。一边读，一边敲敲键盘，很快就能掌握基本的syntax了。当
然要真正的掌握，只有一个方法：use it！给自己一些简单的task，比如category
chipseq peak，画画boxplot，一开始很慢，各种debug，慢慢熟练了就都会做了。 |
y*******1
发帖数: 164 | 9 首先最基本的就是需要学会使用linux和R，没有这两个工具，想做啥都没戏。Perl和
python也很必要但是可以选学，有R其实也够用了。
其次就是可以找一些最近发表的分析NGS数据的文章，个人觉得PNAS上的文章分析难度
比较适宜，按照文章的思路下载原始数据，尽量重复文章的分析过程，熟悉整个流程。
之后就是对常用的分析软件熟悉应用，这个最简单，其实alignment，counting，peak
calling什么的都非常好做，根据自己项目改改参数即可。即使像是DESeq2之类的
bioconductor pacakge，读读manual，基础差也能做出来。
最后上个台阶就是后续的数据分析，就是拿到了上百个基因或者peak，需要分析功能。
简单的就是利用现有的网站工具，例如DAVID，GREAT什么的。这个没有统计或者编程基
础或者高人指点，很难做深，就慢慢积累经验吧。 |
y****i
发帖数: 4109 | |
