v********a 发帖数: 646 | 1 现在的实验,动辄就是测序
RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
自己做的,别人做的
都可以拿来分析,获得自己所需要的信息
请问一直在wet lab的民工,如何快速get dry lab技能,从而一手拿着移液器,一手拿
着键盘谋生?
谢谢 |
g***o 发帖数: 92 | 2 网上课程。
【在 v********a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 现在的实验,动辄就是测序 : RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq : 自己做的,别人做的 : 都可以拿来分析,获得自己所需要的信息 : 请问一直在wet lab的民工,如何快速get dry lab技能,从而一手拿着移液器,一手拿 : 着键盘谋生? : 谢谢
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g***j 发帖数: 40861 | 3 直接上载到galaxy 按文章建议的流程 选合适工具
【在 v********a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 现在的实验,动辄就是测序 : RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq : 自己做的,别人做的 : 都可以拿来分析,获得自己所需要的信息 : 请问一直在wet lab的民工,如何快速get dry lab技能,从而一手拿着移液器,一手拿 : 着键盘谋生? : 谢谢
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j*******u 发帖数: 81 | 4 想要快速入门什么都是不科学的。
从encode guideline开始读一遍搞清楚自己在干嘛和想要回答什么问题最重要。
很多人做课题都跟着技术盲目的走,从来不知道自己做的东西重要问题是什么,该用什
么系统来回答。
别人做的Seq其实重要问题做的人早就捞完了,如果你没有informatic上的优势是不会
得到有用信息的,顶多跟屁虫。
RNA-Seq/ChIP-Seq/Clip-Seq虽然都是Seq但是要解决的问题完全不一样,分析思路也很
不一样,这么泛泛地问也得不到什么有用的信息 |
g****u 发帖数: 87 | 5 如果自己有数据,有激情,想入门并不难。由实用引发的兴趣是最好的老师。有很多文
章都有标准的pipeline,你上一遍,看看和别人的结果一样不,然后慢慢积累经验。 |
e*********6 发帖数: 3453 | 6 我也是,不过我不太明白各种数据之间的深层次含义
【在 v********a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 现在的实验,动辄就是测序 : RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq : 自己做的,别人做的 : 都可以拿来分析,获得自己所需要的信息 : 请问一直在wet lab的民工,如何快速get dry lab技能,从而一手拿着移液器,一手拿 : 着键盘谋生? : 谢谢
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d**********9 发帖数: 981 | |
h******u 发帖数: 277 | 8 我就是从wet lab自学做dry lab的。现在是一半实验,一半分析,分析自己的实验结果
,再做实验验证。
学ngs isanalysis不难,如果只是想要单纯的做alignment,peak calling这种,有很
多软件available。只需要会一点简单的linux scripting,比如change directory,就
可以了。看别人的pipeline是个好办法。记得john rinn有一篇nature protocol,讲怎
么做rna seq analysis,可以读读看。
如果想更灵活的分析数据,需要掌握一门programming语言。r,python,perl都可以。
本人一开始喜欢r,简单容易上手。现在越来越粉python。这个学起来也有很多途径。
我个人喜欢直接读manual。一边读,一边敲敲键盘,很快就能掌握基本的syntax了。当
然要真正的掌握,只有一个方法:use it!给自己一些简单的task,比如category
chipseq peak,画画boxplot,一开始很慢,各种debug,慢慢熟练了就都会做了。 |
y*******1 发帖数: 164 | 9 首先最基本的就是需要学会使用linux和R,没有这两个工具,想做啥都没戏。Perl和
python也很必要但是可以选学,有R其实也够用了。
其次就是可以找一些最近发表的分析NGS数据的文章,个人觉得PNAS上的文章分析难度
比较适宜,按照文章的思路下载原始数据,尽量重复文章的分析过程,熟悉整个流程。
之后就是对常用的分析软件熟悉应用,这个最简单,其实alignment,counting,peak
calling什么的都非常好做,根据自己项目改改参数即可。即使像是DESeq2之类的
bioconductor pacakge,读读manual,基础差也能做出来。
最后上个台阶就是后续的数据分析,就是拿到了上百个基因或者peak,需要分析功能。
简单的就是利用现有的网站工具,例如DAVID,GREAT什么的。这个没有统计或者编程基
础或者高人指点,很难做深,就慢慢积累经验吧。 |
y****i 发帖数: 4109 | |