c***y
发帖数: 615 | 1 一组数据一个是RAxML做的ML tree, 一个是fast tree 做的approximated ML tree. 相
比较下有多大区别？
多谢了！ |
j****g
发帖数: 137 | |
G***G
发帖数: 16778 | 3 This is meaningless.
you only know the distance between them.
but you don't know which one is better and which one is worse.
just like you get two values, x and y, and you know that |x-y| = 3.
【在 j****g 的大作中提到】
: RAxML应该就可以算的。
: https://en.wikipedia.org/wiki/Robinson%E2%80%93Foulds_metric
|
j****g
发帖数: 137 | 4 人家只是要比较有多大区别啊，没要比较哪个好，哪个坏。 |
c***y
发帖数: 615 | 5 我读RAxML manual，只有inference啊，能具体解释下如何用RAxML计算吗？
多谢了！
【在 j****g 的大作中提到】
: RAxML应该就可以算的。
: https://en.wikipedia.org/wiki/Robinson%E2%80%93Foulds_metric
|
p**********t
发帖数: 2636 | 6 http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0027731
and there are many other papers on the issue. My experience is that FastTree
is a lot less accurate but much faster.
【在 c***y 的大作中提到】
: 我读RAxML manual，只有inference啊，能具体解释下如何用RAxML计算吗？
: 多谢了！
|
G***G
发帖数: 16778 | 7 distance is also not comparable.
For example, if the result tell you the distance between them is 1000, you
don't know it is far away from each other or not.
1000 can be big, 1000 can be small too.
【在 j****g 的大作中提到】
: 人家只是要比较有多大区别啊，没要比较哪个好，哪个坏。
|
t*****z
发帖数: 1598 | 8 你没法知道哪个树好，因为你不知道进化的真相是什么，除非你用的是模拟数据而非真
实数据。
除了RF距离，可以考虑用Consel做一下拓扑学假设检验。你得事先有可以用拓扑表示的
假设（例如：人跟猴子近而不是跟老鼠近），然后用RAxML基于这些假设（固定的拓扑
限制）建树，然后看似然值的差异，并计算显著性。Consel自动化了一些常见检验。 |
M***D
发帖数: 478 | 9 这种树之间的距离能代表什么？
比如tree A和tree B之间的距离是d1
tree A和tree C之间的距离是d1+delta
如果delta>0, 我们可以说tree C离 tree A更近吗？
也就是tree C更能反应tree A?
tree C 中的种群关系比 tree B中的种群关系 更接近 tree C?
【在 t*****z 的大作中提到】
: 你没法知道哪个树好，因为你不知道进化的真相是什么，除非你用的是模拟数据而非真
: 实数据。
: 除了RF距离，可以考虑用Consel做一下拓扑学假设检验。你得事先有可以用拓扑表示的
: 假设（例如：人跟猴子近而不是跟老鼠近），然后用RAxML基于这些假设（固定的拓扑
: 限制）建树，然后看似然值的差异，并计算显著性。Consel自动化了一些常见检验。
|
c***y
发帖数: 615 | 10 那么一个新的tree inference 算法出来，如何做评估呢？
【在 M***D 的大作中提到】
: 这种树之间的距离能代表什么？
: 比如tree A和tree B之间的距离是d1
: tree A和tree C之间的距离是d1+delta
: 如果delta>0, 我们可以说tree C离 tree A更近吗？
: 也就是tree C更能反应tree A?
: tree C 中的种群关系比 tree B中的种群关系 更接近 tree C?
|
t*****z
发帖数: 1598 | 11 作为生物学家而非数学家，我们完全可以这么认为。注意是整个树的拓扑结构更接近，
不是具体某两个类群更接近。
【在 M***D 的大作中提到】
: 这种树之间的距离能代表什么？
: 比如tree A和tree B之间的距离是d1
: tree A和tree C之间的距离是d1+delta
: 如果delta>0, 我们可以说tree C离 tree A更近吗？
: 也就是tree C更能反应tree A?
: tree C 中的种群关系比 tree B中的种群关系 更接近 tree C?
|
j****g
发帖数: 137 | 12 通过模拟实验。
【在 c***y 的大作中提到】
: 那么一个新的tree inference 算法出来，如何做评估呢？
|
M*P
发帖数: 6456 | 13 你这个不清楚的话，估计文章也发不到什么好地方去。
【在 c***y 的大作中提到】
: 那么一个新的tree inference 算法出来，如何做评估呢？
|
c***y
发帖数: 615 | 14 能推荐些paper吗？
【在 j****g 的大作中提到】
: 通过模拟实验。
|
