x*****o
发帖数: 441 | 1 有一条反应曲线,y 轴是荧光强度, x轴是时间, 这条曲线先升后降, 该怎么fit得出速
率呢(两个速率,上升的和下降的)?
试了double exponential, 但是不确定是不是k1就是升的速率, k2就是降得速率?
大家给指点一下. 谢谢! |
p*******y
发帖数: 1064 | 2 从中间cut掉分开fit
【在 x*****o 的大作中提到】
: 有一条反应曲线,y 轴是荧光强度, x轴是时间, 这条曲线先升后降, 该怎么fit得出速
: 率呢(两个速率,上升的和下降的)?
: 试了double exponential, 但是不确定是不是k1就是升的速率, k2就是降得速率?
: 大家给指点一下. 谢谢!
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x*****o
发帖数: 441 | 3 多谢!
【在 p*******y 的大作中提到】
: 从中间cut掉分开fit
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v*****s
发帖数: 20290 | 4 ft，不能这么搞。你得先想想你的东西为什么先升后降。
比较常见的time dynamics先升后降都是一个gaussian和一个exponential decay
convolution的结果。
【在 x*****o 的大作中提到】
: 多谢!
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p*******y
发帖数: 1064 | 5 前面升上去是因为instrument response function吧
不过不一定
LZ最好把IRF 去了再看
【在 v*****s 的大作中提到】
: ft，不能这么搞。你得先想想你的东西为什么先升后降。
: 比较常见的time dynamics先升后降都是一个gaussian和一个exponential decay
: convolution的结果。
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p*******y
发帖数: 1064 | 6 别，我就随便一句玩笑。。。
【在 x*****o 的大作中提到】
: 多谢!
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v*****s
发帖数: 20290 | 7 对，我也是这个意思，一般的IRF都是用Gaussian函数来模拟的。
【在 p*******y 的大作中提到】
: 前面升上去是因为instrument response function吧
: 不过不一定
: LZ最好把IRF 去了再看
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x*****o
发帖数: 441 | 8 非常感谢! 那这样的该用哪个公式fit呢?
【在 v*****s 的大作中提到】
: ft，不能这么搞。你得先想想你的东西为什么先升后降。
: 比较常见的time dynamics先升后降都是一个gaussian和一个exponential decay
: convolution的结果。
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x*****o
发帖数: 441 | 9 应该不是IRF. 我是用stopped flow, 迅速混合两种物质. 升上去的部分在control里面
就没有,所以我觉得是真实的.
【在 p*******y 的大作中提到】
: 前面升上去是因为instrument response function吧
: 不过不一定
: LZ最好把IRF 去了再看
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v*****s
发帖数: 20290 | 10 不是IRF的话，还真不好说怎么fit。还是那句话，你得先想想为什么会先升后降，这个
后面的physics是什么。
比如，是不是可以看成一个two-step reaction，反应以后首先形成一个荧光-active的
中间态，然后这个中间态慢慢decay回不发光的基态。这样的话，你解一个很简单的微
分方程就行了。
anyway，如果只是要定性的fit均衡态，你把前面的上升部分切了（多切一点，如果可
能的话，过了最高点以后再切掉相同的时间），用single exponential decay fit剩下
的部分，下降部分的那个时间常数一般都很准。但如果你要fit上升部分的时间常数，
一般都要对transient的physics想的比较清楚，需要解微分方程的可能性很大。
【在 x*****o 的大作中提到】
: 应该不是IRF. 我是用stopped flow, 迅速混合两种物质. 升上去的部分在control里面
: 就没有,所以我觉得是真实的.
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p*******y
发帖数: 1064 | 11 做dynamic的时候
用仪器连着的软件，上升和下降就是exp前面那个系数正负号不同，可以找到时间。
但是又没有可能是decay是整个时间段，而上升只在前面
就是两种competition
【在 v*****s 的大作中提到】
: 不是IRF的话，还真不好说怎么fit。还是那句话，你得先想想为什么会先升后降，这个
: 后面的physics是什么。
: 比如，是不是可以看成一个two-step reaction，反应以后首先形成一个荧光-active的
: 中间态，然后这个中间态慢慢decay回不发光的基态。这样的话，你解一个很简单的微
: 分方程就行了。
: anyway，如果只是要定性的fit均衡态，你把前面的上升部分切了（多切一点，如果可
: 能的话，过了最高点以后再切掉相同的时间），用single exponential decay fit剩下
: 的部分，下降部分的那个时间常数一般都很准。但如果你要fit上升部分的时间常数，
: 一般都要对transient的physics想的比较清楚，需要解微分方程的可能性很大。
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x*****o
发帖数: 441 | 12 太感谢了! 我这个反应就是2-step, 像你说的先形成荧光active的状态,然后随着反应
的继续进行, 逐渐回到inactive的状态.现在想fit这两个step的反应速率.
能不能详细说说非分方程, 是不是要用matlab这样的软件fit阿?
多谢多谢!
【在 v*****s 的大作中提到】
: 不是IRF的话，还真不好说怎么fit。还是那句话，你得先想想为什么会先升后降，这个
: 后面的physics是什么。
: 比如，是不是可以看成一个two-step reaction，反应以后首先形成一个荧光-active的
: 中间态，然后这个中间态慢慢decay回不发光的基态。这样的话，你解一个很简单的微
: 分方程就行了。
: anyway，如果只是要定性的fit均衡态，你把前面的上升部分切了（多切一点，如果可
: 能的话，过了最高点以后再切掉相同的时间），用single exponential decay fit剩下
: 的部分，下降部分的那个时间常数一般都很准。但如果你要fit上升部分的时间常数，
: 一般都要对transient的physics想的比较清楚，需要解微分方程的可能性很大。
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x*****o
发帖数: 441 | 13 多谢回复! 我用double exponential fit的时候,确实一个系数是正一个是负. 应该是
一个上升一个下降的速率. 非常感谢这个信息!
根据我的反应,应该是两步反应,第一步荧光上升第二步荧光下降,所以根据我们想提出
的model,是想fit成两步反应,第一步只有上升,得到速率,第二步只有下降,得到速率.
【在 p*******y 的大作中提到】
: 做dynamic的时候
: 用仪器连着的软件，上升和下降就是exp前面那个系数正负号不同，可以找到时间。
: 但是又没有可能是decay是整个时间段，而上升只在前面
: 就是两种competition
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p*******y
发帖数: 1064 | 14 那我觉得哈，我觉得，你def的时候得到的应该就是你要的时间了
，也可以cut 之后看看time是不是consistent
【在 x*****o 的大作中提到】
: 多谢回复! 我用double exponential fit的时候,确实一个系数是正一个是负. 应该是
: 一个上升一个下降的速率. 非常感谢这个信息!
: 根据我的反应,应该是两步反应,第一步荧光上升第二步荧光下降,所以根据我们想提出
: 的model,是想fit成两步反应,第一步只有上升,得到速率,第二步只有下降,得到速率.
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x*****o
发帖数: 441 | 15 好得,多谢!
【在 p*******y 的大作中提到】
: 那我觉得哈，我觉得，你def的时候得到的应该就是你要的时间了
: ，也可以cut 之后看看time是不是consistent
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