y*****s
发帖数: 1047 | 1 劳驾哪位对instrumentation熟的来解释一下，包子答谢
QqQ应该是最高的，我想虽然没100%，应该有个八九十吧
QTof我感觉很难超过20%
QLinearTrap感觉比QTof高，没有50%，应该有个30-40%
对QOrbitrap和LinearTrapObitrap不太了解，前者感觉类似于QTof，需要离子的简谐振
动同相位，能够有20%吗？后者要trap两次恐怕还不如QTof。
我的感觉对吗？ |
l****y
发帖数: 398 | 2 １００％怎么算的，离子化的和最后检测到的肯定差几个数量级啊。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 劳驾哪位对instrumentation熟的来解释一下，包子答谢
: QqQ应该是最高的，我想虽然没100%，应该有个八九十吧
: QTof我感觉很难超过20%
: QLinearTrap感觉比QTof高，没有50%，应该有个30-40%
: 对QOrbitrap和LinearTrapObitrap不太了解，前者感觉类似于QTof，需要离子的简谐振
: 动同相位，能够有20%吗？后者要trap两次恐怕还不如QTof。
: 我的感觉对吗？
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y*****s
发帖数: 1047 | 3 损失大部分是难免的，只考虑离子产生的总时间里有多少比例可以到最后一级, 这能叫
duty cycle吗
QqQ是流水线，出了Q1进q2,出了q2进Q3
QTof出了collision cell只有一个脉冲时间里的进到Tof，完了再进下一个脉冲的，脉
冲之间的间隔应该比脉冲本身占的比重多不少吧
Linear Trap 一段时间打开进离子，然后扫描，完了再打开进离子，不知道扫描时间和
收集离子时间哪个占的比重大
Orbitrap 只看过thermo的一些广告，似乎是 c trap 打开进离子，然后一个脉冲送到
orbitrap扫描，然后c trap再打开收集离子。不知道c trap 收集离子的时间，脉冲时
间和orbitrap扫描时间的长短都是多少。当然前面还有一个Q或者linear trap
【在 l****y 的大作中提到】
: １００％怎么算的，离子化的和最后检测到的肯定差几个数量级啊。
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b*******g
发帖数: 1309 | 4 你这个应该叫transmission efficiency，QQQ,从形成离子进入Q1开始算，到Q3，效率
超过90%，好像在95%以上，所以要提高LOD必须在ionization source 跟Q0上下功夫。
举个例子AB Sciex 的6500跟5500 的区别就是source enhance 2倍LOD，Q0（Qjet)
enhance 2倍2LOD，共计4倍LOD
QTOF 的ion transmission主要是损失在 flight 过程中，另外TOF的pulse frequency
并不慢，大部分仪器都在 20kHz 左右，就是0.05ms一次。
速度慢在仪器跟电脑之间的传输，没想到吧，每个TOF的spectrum在被digitization过
后从instrument到电脑需要的时间在ms ，这段时间TOF只能idle等digitizer
clearance
所以QTOF效率取决于duty cycle time跟飞行过程中的离子损失。QQQ现在的duty cycle
一
般可以到2-5ms per MRM，但是QTOF最快能到10ms，一般只能到50ms。意味着同样的时
间，QQQ可以采样多10倍以上。尽管TOF可以record 整个spectrum，但是对于某个离子来
说采样少，就是只有部分被检测到。也就是你说的离子损失。
另外ADC的TOF检测器，为了增加TOF的resolution，不断加flight distance，也会增加
离子在飞行过程的损失。
所以同样的ionization source 跟Q0，QQQ比QTOF要灵敏100倍左右吧。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 损失大部分是难免的，只考虑离子产生的总时间里有多少比例可以到最后一级, 这能叫
: duty cycle吗
: QqQ是流水线，出了Q1进q2,出了q2进Q3
: QTof出了collision cell只有一个脉冲时间里的进到Tof，完了再进下一个脉冲的，脉
: 冲之间的间隔应该比脉冲本身占的比重多不少吧
: Linear Trap 一段时间打开进离子，然后扫描，完了再打开进离子，不知道扫描时间和
: 收集离子时间哪个占的比重大
: Orbitrap 只看过thermo的一些广告，似乎是 c trap 打开进离子，然后一个脉冲送到
: orbitrap扫描，然后c trap再打开收集离子。不知道c trap 收集离子的时间，脉冲时
: 间和orbitrap扫描时间的长短都是多少。当然前面还有一个Q或者linear trap
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b*******g
发帖数: 1309 | 5 再讲ion trap
单纯讲 trapping efficiency已经能够超过90%，就是进入trap 能被trap住的效率
但是必须要讲的是 ion trap capacity，因为space charge effect，所以trap 能够
trap的离子数是有限制的。 一般LTQ比普通 ion trap 高20倍。
所以仪器对于进入trap的离子数量是控制的，如果离子的最高值达到了，再多的离子也
不能被检测到。这样就会造成你说的离子的损失
另外整个trap+detection 需要的时间是100ms level，所以在两个cycle 之间损失的离
子也要考虑到。
另外讲orbitrap，orbitrap也是trap，所以space charge effect 也是存在的，所以一
次进入orbi的离子不能超过限度，多余的离子是要浪费的。
另外C-trap就是一个存储离子的功能 ，做完HCD or ETD后，离子要到C-trap里先集合
一下，让后进入orbi做检测，本身的trap efficiency是很高的。唯一要考虑的是造成
的duty cycle的延长。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 劳驾哪位对instrumentation熟的来解释一下，包子答谢
: QqQ应该是最高的，我想虽然没100%，应该有个八九十吧
: QTof我感觉很难超过20%
: QLinearTrap感觉比QTof高，没有50%，应该有个30-40%
: 对QOrbitrap和LinearTrapObitrap不太了解，前者感觉类似于QTof，需要离子的简谐振
: 动同相位，能够有20%吗？后者要trap两次恐怕还不如QTof。
: 我的感觉对吗？
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y*****s
发帖数: 1047 | 6 现在仪器的dwell time可以很短，扫描频率很高
但是 QTof duty cycle很难高的了，因为即使对单个m/z也要扫描等于和低于它的离子,
不考虑这个,哪里可以找到pulse和inter pulse的比例？
trap的效率也可以很高，但是收集离子的时间和trap离子的时间 比例是多少
frequency
【在 b*******g 的大作中提到】
: 你这个应该叫transmission efficiency，QQQ,从形成离子进入Q1开始算，到Q3，效率
: 超过90%，好像在95%以上，所以要提高LOD必须在ionization source 跟Q0上下功夫。
: 举个例子AB Sciex 的6500跟5500 的区别就是source enhance 2倍LOD，Q0（Qjet)
: enhance 2倍2LOD，共计4倍LOD
: QTOF 的ion transmission主要是损失在 flight 过程中，另外TOF的pulse frequency
: 并不慢，大部分仪器都在 20kHz 左右，就是0.05ms一次。
: 速度慢在仪器跟电脑之间的传输，没想到吧，每个TOF的spectrum在被digitization过
: 后从instrument到电脑需要的时间在ms ，这段时间TOF只能idle等digitizer
: clearance
: 所以QTOF效率取决于duty cycle time跟飞行过程中的离子损失。QQQ现在的duty cycle
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b*******g
发帖数: 1309 | 7 pulse的频率很高，20k Hz， 每个pulse的时间是0.05ms, inter pluse是包含在0.05ms
之内的
TOF 的pluse pusher不是问题的关键。
一个spectrum 是若干个pluse 累加的，完成一个spectrum过后需要的传输时间很长，
至少在2ms以上。 在传输data前，即使有离子进入detector 也不会被记录的。
甚至仪器在做MS/MS的时候，还有一个 “thinking time”，在50ms level per （MS1+
nMS2） cycle。这些都是造成离子不能被检测到时间。
Trap的accumulation 跟trap 可以在1-10ms完成,对于特别低浓度的可以trap 100ms以
上。 但是检测时间比较长，在50-100ms level，甚至更长。
子,
【在 y*****s 的大作中提到】
: 现在仪器的dwell time可以很短，扫描频率很高
: 但是 QTof duty cycle很难高的了，因为即使对单个m/z也要扫描等于和低于它的离子,
: 不考虑这个,哪里可以找到pulse和inter pulse的比例？
: trap的效率也可以很高，但是收集离子的时间和trap离子的时间 比例是多少
:
: frequency
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y*****s
发帖数: 1047 | 8 pulse ON时间通过的离子会进入reflectron被检测，而inter pulse或者说pulse OFF时
间通过的离子不能进入reflectron不被检测，这个比例有多少？和频率高低无关，但是
对灵敏度很重要
如果数据传输速度不够快，那么被记录的数据占总数据的比例又是多少？0.05ms/50ms?
这个跟dwell time或者频率有关,而且对灵敏度很重要
如果trap扫描的时间是收集离子时间的十倍，那么跟QqQ比离子利用的效率只有不到1/
10了
但是如linear trap，容量比较大，可以把收集离子的时间提高到多少呢？
05ms
MS1+
level
【在 b*******g 的大作中提到】
: pulse的频率很高，20k Hz， 每个pulse的时间是0.05ms, inter pluse是包含在0.05ms
: 之内的
: TOF 的pluse pusher不是问题的关键。
: 一个spectrum 是若干个pluse 累加的，完成一个spectrum过后需要的传输时间很长，
: 至少在2ms以上。 在传输data前，即使有离子进入detector 也不会被记录的。
: 甚至仪器在做MS/MS的时候，还有一个 “thinking time”，在50ms level per （MS1+
: nMS2） cycle。这些都是造成离子不能被检测到时间。
: Trap的accumulation 跟trap 可以在1-10ms完成,对于特别低浓度的可以trap 100ms以
: 上。 但是检测时间比较长，在50-100ms level，甚至更长。
:
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b*******g
发帖数: 1309 | 9
50ms?
一个pulse的时间宽度是ns， 从离子被push开始到达detector 需要的飞行时间是0.05
ms level，
等飞行完了， 下一个pulse就可以又开始了，中间的不要等待。所以plus的频率是20k
Hz
另外如果检测范围增加，比如从0-1700Da 变成0-3200Da，所需的飞行时间变长，Plus
的频率必须降低。所以pulse的频率跟检测范围有关。
另外你的问题就变成了，为什么不把 pluse 时间宽度从ns变成us，这样灵敏度会增加
，但是TOF的resolution就变的很低。飞行时间质谱高分辨率是基于高精度的时间分辨
率。
另外一个spectrum是几百个pulse累加，不是一个pulse，所有pulse的数据会暂时存在
机器上，等完成了，digitize后传给电脑，这个时间大致需要几个甚至几十个ms （具
体我要查一下）。
增加每个spectrum里pulse的次数是增加灵敏度的有效方法，比如说一个spectrum从100
pulse变成200pulse，但是这个就需要更多的time，所以把仪器的scan speed 越慢灵
敏度越高，scan 越快灵敏度就会减低。
但是不是说scan 越慢，灵敏度就会无限身高，因为digitizer 是4GX8位的存储,这个容
量是有限制的，scan 再慢，digitizer 满了，即使再pulse 也只会成饱和信号。基于
这个仪器就有了high resolution 跟high sensitivity 之分，分别对应4Gband 8位存
储，还是2Gband 16位存储。
所以TOF 的scan speed一般在1-10Hz内，灵敏度不会变化太多，10Hz-20Hz 降低，到50
-100Hz就有明显降低了。（这个是针对市场上最新的顶级QTOF）
另外TOF分两种，ADC based，跟 TDC based， 原理不同，导致TDC会比ADC scan 快。
ABsciex跟waters 用TDC， Agilent 跟Bruker 用ADC TOF.
离子时间的十倍，那么跟QqQ比离子利用的效率只有不到1/
【在 y*****s 的大作中提到】
: pulse ON时间通过的离子会进入reflectron被检测，而inter pulse或者说pulse OFF时
: 间通过的离子不能进入reflectron不被检测，这个比例有多少？和频率高低无关，但是
: 对灵敏度很重要
: 如果数据传输速度不够快，那么被记录的数据占总数据的比例又是多少？0.05ms/50ms?
: 这个跟dwell time或者频率有关,而且对灵敏度很重要
: 如果trap扫描的时间是收集离子时间的十倍，那么跟QqQ比离子利用的效率只有不到1/
: 10了
: 但是如linear trap，容量比较大，可以把收集离子的时间提高到多少呢？
:
: 05ms
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b*******g
发帖数: 1309 | 10 针对Trap的问题
收集离子的时间可以从1ms（甚至uS)到1s。对于特别低浓度的样品，延长accumulation
time 能够提高LOD。
但是如果trap 饱和了，即使你再延长accumulation time，离子也进不出，
这个控制饱和的参数叫ICC （Agilent 跟Bruker 用这个，Thermo有另外一个名字）
所以Trap的 LOD 也不可能无限制的提高。
由于Linear Ion Trap的容量比一般ion trap大20倍，所以可以提高更多的LOD
因为有检测时间的限制，所以Trap dwell time 比QQQ多很多，所以总的灵敏度还是下
来了。
对于定量来说Trap 要担心的是linear range 特别小，只有2-3 orders of magnitude
50ms?
【在 y*****s 的大作中提到】
: pulse ON时间通过的离子会进入reflectron被检测，而inter pulse或者说pulse OFF时
: 间通过的离子不能进入reflectron不被检测，这个比例有多少？和频率高低无关，但是
: 对灵敏度很重要
: 如果数据传输速度不够快，那么被记录的数据占总数据的比例又是多少？0.05ms/50ms?
: 这个跟dwell time或者频率有关,而且对灵敏度很重要
: 如果trap扫描的时间是收集离子时间的十倍，那么跟QqQ比离子利用的效率只有不到1/
: 10了
: 但是如linear trap，容量比较大，可以把收集离子的时间提高到多少呢？
:
: 05ms
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y*****s
发帖数: 1047 | 11 先发两个包子
pulse的时间当然需要很短，不然resolution就没了.pulse和飞行时间一样长就不叫
pulse了...如果飞行时间和pulse OFF 时间都是50 us，pulse时间是5 ns，意味着99.
99%时间里通过的离子都没有进入reflectron，跟QqQ比只有1/10000
当然Tof resolution是Q的10000倍
要增加Tof的sensitivity当然只能加快扫描速度降低dwell time来提高pulse ON 时间
占的比重(比如从5 ns/500us 到 5ns/50us)，因为单个pulse的时间不可能改变(这个对
于一个仪器应该是固定的), 这是你说的Tof加快扫描速度提高灵敏度的原因,当然同时
也损失resolution.
这应该是为什么没人用QTof做SRM的痕量检测的原因
我更想知道的是 QOrbitrap 的ON和OFF时间的比例.如果我的理解正确，c-trap收集离
子的时间基本也等于orbitrap扫描的时间和全部dwell time,这个时间越长而c-trap注
射的时间固定，灵敏度和MS分辨率都应该更高. 你有这几个数字吗?
05
20k
Plus
【在 b*******g 的大作中提到】
: 针对Trap的问题
: 收集离子的时间可以从1ms（甚至uS)到1s。对于特别低浓度的样品，延长accumulation
: time 能够提高LOD。
: 但是如果trap 饱和了，即使你再延长accumulation time，离子也进不出，
: 这个控制饱和的参数叫ICC （Agilent 跟Bruker 用这个，Thermo有另外一个名字）
: 所以Trap的 LOD 也不可能无限制的提高。
: 由于Linear Ion Trap的容量比一般ion trap大20倍，所以可以提高更多的LOD
: 因为有检测时间的限制，所以Trap dwell time 比QQQ多很多，所以总的灵敏度还是下
: 来了。
: 对于定量来说Trap 要担心的是linear range 特别小，只有2-3 orders of magnitude
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b*******g
发帖数: 1309 | 12 先回答TOF的问题，你的理解不是很正确。
应该是放慢QTOF scan 速度 (就是增加 duty cycle 时间）增加灵敏度，但是跟
resolution无关。
一个pulse的时间，比如5ns的pulse跟50us的flight time 都是不能改变，或者很难改
变。必须加高pulse的电压才能缩短飞行时间（或者把flight tube该短）。缩短飞
行时间才能增加pulse frequency。
能改变的就是每个cycle里面pulse的数量， 如果做100个pulse是5ms （100X0.05ms）
加上digitizting 时间（假设10ms， 我还没查到具体数据，在2ms到几十之间），这样
一个cycle是15ms
如果增加到400个pulse，一个cycle就是30ms.
每个cycle产生一张谱图，每个谱图是所有pulse信号的叠加。100个pulse的信号只有
400 个pulse的1/4. 如果pulse数继续增多，dwell time（简单看就是digitizing时间
）不会减少，但是占的比例就越来越少，说所以信号损失越来越少。
所以说放慢QTOF scan 速度 (就是增加duty cycle 时间）能够增加灵敏度，但是跟
resolution无关。但是信号是会饱和的，等pulse到一定数量，再增加就饱和，所以不
能无限增加duty cycle time 来提高灵敏度。
另外在pulse之间 （50us间隔）的离子不会完全丢失的 ，会有一个电压把离子暂时束
缚在pulse pusher 附近，等待下一个pulse。所以不存在你说99.99%都丢失的情况。
损失比较大的是在digitizing 的时间（10ms level）跟在flight tube里面的损失。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 先发两个包子
: pulse的时间当然需要很短，不然resolution就没了.pulse和飞行时间一样长就不叫
: pulse了...如果飞行时间和pulse OFF 时间都是50 us，pulse时间是5 ns，意味着99.
: 99%时间里通过的离子都没有进入reflectron，跟QqQ比只有1/10000
: 当然Tof resolution是Q的10000倍
: 要增加Tof的sensitivity当然只能加快扫描速度降低dwell time来提高pulse ON 时间
: 占的比重(比如从5 ns/500us 到 5ns/50us)，因为单个pulse的时间不可能改变(这个对
: 于一个仪器应该是固定的), 这是你说的Tof加快扫描速度提高灵敏度的原因,当然同时
: 也损失resolution.
: 这应该是为什么没人用QTof做SRM的痕量检测的原因
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b*******g
发帖数: 1309 | 13 第二个问题Q-Orbitrap 叫Q-exactive or Q-E
你的理解是对的，C-trap accumulate ion 跟Oribtrap scan ion 可以同时进行的，所
以时间上不累加，长的那个决定总时间。
orbitrap scan time 跟resolution的是正比。就是scan时间越长 ，resolution 越高
。Q-E现在在12Hz下的resolution是17，500，1.5Hz下resolution 是160，000.
Resolution 只跟scan 时间有关。
所以Q-E 最快也要83ms 才能得到一张谱图，最慢667ms一张谱图。
在Orbitrap扫描期间，富集的离子都必须在C-trap里面等着。C-trap accumulation
time 最短10ms以上，可以延长来增加sensitivity (最佳值在250ms左右），但是必须
跟orbitrap的扫描时间匹配。
另外C-trap accumulate ion 跟Oribtrap scan ion 可以同时进行的，所以时间上不累
加，长的那个决定总时间。
如果sensitivity 重要，就放慢C-trap（比如250ms），然后Oribitrap scan 少于
250ms，这样总时间控制在250ms
如果resolution重要，就放慢Orbitrap 速度，比如667ms，然后C-trap 配合这个时间
，但是C-trap 离子总数是要符合space charge effect 的，一般过了250ms就不再增加
了。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 先发两个包子
: pulse的时间当然需要很短，不然resolution就没了.pulse和飞行时间一样长就不叫
: pulse了...如果飞行时间和pulse OFF 时间都是50 us，pulse时间是5 ns，意味着99.
: 99%时间里通过的离子都没有进入reflectron，跟QqQ比只有1/10000
: 当然Tof resolution是Q的10000倍
: 要增加Tof的sensitivity当然只能加快扫描速度降低dwell time来提高pulse ON 时间
: 占的比重(比如从5 ns/500us 到 5ns/50us)，因为单个pulse的时间不可能改变(这个对
: 于一个仪器应该是固定的), 这是你说的Tof加快扫描速度提高灵敏度的原因,当然同时
: 也损失resolution.
: 这应该是为什么没人用QTof做SRM的痕量检测的原因
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y*****s
发帖数: 1047 | 14 你的duty cycle是指scan time吗？
duty cycle不是一个时间，是ON和OFF时间的比例...
那么降低scan speed或者说增加pulse的累积次数是因为数据传输速度不够，所以累积
起来，等到上一个scan的数据传输完了再送到电脑记录
但是电脑位数有限，不能累加太多超过上限
所以仍然存在一部分数据不能被记录的现象
看来还硅工摩尔定律搞了几十年还是不给力...
你提到有一个电压可以在pulse OFF时留住离子，最后离子损失不是>99%而是多少呢?
【在 b*******g 的大作中提到】
: 先回答TOF的问题，你的理解不是很正确。
: 应该是放慢QTOF scan 速度 (就是增加 duty cycle 时间）增加灵敏度，但是跟
: resolution无关。
: 一个pulse的时间，比如5ns的pulse跟50us的flight time 都是不能改变，或者很难改
: 变。必须加高pulse的电压才能缩短飞行时间（或者把flight tube该短）。缩短飞
: 行时间才能增加pulse frequency。
: 能改变的就是每个cycle里面pulse的数量， 如果做100个pulse是5ms （100X0.05ms）
: 加上digitizting 时间（假设10ms， 我还没查到具体数据，在2ms到几十之间），这样
: 一个cycle是15ms
: 如果增加到400个pulse，一个cycle就是30ms.
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y*****s
发帖数: 1047 | 15 c-trap注射时间应该比ms短很多 所以Q Orbitrap的离子利用效率基本接近QqQ？
但是induction current 检测器跟multiplier的灵敏度相比差多少?
【在 b*******g 的大作中提到】
: 第二个问题Q-Orbitrap 叫Q-exactive or Q-E
: 你的理解是对的，C-trap accumulate ion 跟Oribtrap scan ion 可以同时进行的，所
: 以时间上不累加，长的那个决定总时间。
: orbitrap scan time 跟resolution的是正比。就是scan时间越长 ，resolution 越高
: 。Q-E现在在12Hz下的resolution是17，500，1.5Hz下resolution 是160，000.
: Resolution 只跟scan 时间有关。
: 所以Q-E 最快也要83ms 才能得到一张谱图，最慢667ms一张谱图。
: 在Orbitrap扫描期间，富集的离子都必须在C-trap里面等着。C-trap accumulation
: time 最短10ms以上，可以延长来增加sensitivity (最佳值在250ms左右），但是必须
: 跟orbitrap的扫描时间匹配。
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b*******g
发帖数: 1309 | 16 对的，主要是这个digitizing时间在几个ms甚至更长，数据没办法实时传输。
另外可以用16bit 的digitizer可以存储更多的数据，但是digitizing时间会更长。
pulse off的时间很短，50us，所以我觉得离子损失不会太多，我没有数据
另外detector reset，还有instrument “thinking” time都是在ms level，这些都会
增加dwell time。做QTOF MS/MS的时候，特别是information dependent MS/MS，
instrument “thinking” time 明显很长，在50ms level。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 你的duty cycle是指scan time吗？
: duty cycle不是一个时间，是ON和OFF时间的比例...
: 那么降低scan speed或者说增加pulse的累积次数是因为数据传输速度不够，所以累积
: 起来，等到上一个scan的数据传输完了再送到电脑记录
: 但是电脑位数有限，不能累加太多超过上限
: 所以仍然存在一部分数据不能被记录的现象
: 看来还硅工摩尔定律搞了几十年还是不给力...
: 你提到有一个电压可以在pulse OFF时留住离子，最后离子损失不是>99%而是多少呢?
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y*****s
发帖数: 1047 | 17 google了一下Tof
oaTof没有看到有像linear trap那样的电压来留住离子，但是在离子进到pusher前降低
他们的速度。这样进到flying tube的离子占的比重取决于离子通过pusher长度的时间
（而不是pulse ON时间）和在flying tube飞行时间的比例，如果前者比飞行时间短，
则离子基本都进到flying tube。你能否找得到这两个时间到底哪个长？
【在 b*******g 的大作中提到】
: 对的，主要是这个digitizing时间在几个ms甚至更长，数据没办法实时传输。
: 另外可以用16bit 的digitizer可以存储更多的数据，但是digitizing时间会更长。
: pulse off的时间很短，50us，所以我觉得离子损失不会太多，我没有数据
: 另外detector reset，还有instrument “thinking” time都是在ms level，这些都会
: 增加dwell time。做QTOF MS/MS的时候，特别是information dependent MS/MS，
: instrument “thinking” time 明显很长，在50ms level。
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y*****s
发帖数: 1047 | 18 看到一个地方说duty cycle是5-20%
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1044030506006
The sensitivity of these oaTOFs strongly depends on the “duty cycle”,
which is defined by the ratio of the ions accelerated by a TOF pusher to the
ions introduced to the pusher. It is typically 5 to 20% [ 4 and 7] because
most of the ions are lost, going through the pusher without being
accelerated during the period between the acceleration pulses of the pusher.
Therefore, improvement of this low duty cycle of oaTOFs is very important
for enhancing the quality and the throughput of spectral acquisition.
【在 y*****s 的大作中提到】
: google了一下Tof
: oaTof没有看到有像linear trap那样的电压来留住离子，但是在离子进到pusher前降低
: 他们的速度。这样进到flying tube的离子占的比重取决于离子通过pusher长度的时间
: （而不是pulse ON时间）和在flying tube飞行时间的比例，如果前者比飞行时间短，
: 则离子基本都进到flying tube。你能否找得到这两个时间到底哪个长？
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y*****s
发帖数: 1047 | 19 看起来对单个SRM，QTof和QqQ比还是差很远
但是对很多SRM(>10)，就不一定了 |
b*******g
发帖数: 1309 | 20 对的在Q2跟TOF连接处，有一个octupole 就是重新focus ion，
不是trap住。这个连接还有一个slicer，涉及去除高z方向的动能的离子，以获得高TOF
resolution。这样也会造成离子损失。 但是如果octupole的focus ion 效果好的话，
能减少在slicer上离子损失。
可以看看Agilent 的视频：
http://www.youtube.com/watch?v=R_d-NI0fK7A
你提的这个问题很容易理解，pusher 不是一个点，是一个面，
在pusher这个面之内的ion都会被加速进入flying tube，所以一个pulse后 pusher上的
所有离子就都飞走了。
然后下一批离子从gate 进来，从pusher一端飞到另外一端，这个时间是远小于flying
time 0.05ms的，在下一个pulse 之前，这些离子就损失了，就像你提供的文献说的，
只有5-20%被能等到下一个pulse。这么算的话，时间就是0.01ms 或更短
但是如果从Q2出来的ion飞的越慢，飞过pusher时间越长，越有可能等到下一个pulse，
然后进入flying tube。所以最后那个octpole 聚集ion的作用很大。
【在 y*****s 的大作中提到】
: google了一下Tof
: oaTof没有看到有像linear trap那样的电压来留住离子，但是在离子进到pusher前降低
: 他们的速度。这样进到flying tube的离子占的比重取决于离子通过pusher长度的时间
: （而不是pulse ON时间）和在flying tube飞行时间的比例，如果前者比飞行时间短，
: 则离子基本都进到flying tube。你能否找得到这两个时间到底哪个长？
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y*****s
发帖数: 1047 | 21 你的描述是做MS而不是MS/MS的情况
Thermo 为啥把collision cell和Q分居c trap两侧，做MS/MS这不是坑爹吗？
1:parent ions从Q选出来穿过c trap 进到collision cell, 2:在里面激发，打碎。
3:碎片从collision cell出来回到c trap
4:从c trap出来进到orbitrap
5: orbitrap 收集数据
5可以和其他步骤同时进行
duty cycle取决于 时间1 和 时间2+3＋4的比例，怎么看都是反刍加便秘。。。
2， 3 和 4 的时间有多长呢？
【在 b*******g 的大作中提到】
: 第二个问题Q-Orbitrap 叫Q-exactive or Q-E
: 你的理解是对的，C-trap accumulate ion 跟Oribtrap scan ion 可以同时进行的，所
: 以时间上不累加，长的那个决定总时间。
: orbitrap scan time 跟resolution的是正比。就是scan时间越长 ，resolution 越高
: 。Q-E现在在12Hz下的resolution是17，500，1.5Hz下resolution 是160，000.
: Resolution 只跟scan 时间有关。
: 所以Q-E 最快也要83ms 才能得到一张谱图，最慢667ms一张谱图。
: 在Orbitrap扫描期间，富集的离子都必须在C-trap里面等着。C-trap accumulation
: time 最短10ms以上，可以延长来增加sensitivity (最佳值在250ms左右），但是必须
: 跟orbitrap的扫描时间匹配。
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b*******g
发帖数: 1309 | 22 对的，这个系统是从LTQ-oribtrap 直接移植过来的，这样做不用重新设计，
只要共用一条生产线，方便简单，成本低。否则不可能只用LTQ-orbi 一半的钱就能买
到Q-Exactive
另外这个CID是High energy CID，or HCD，跟一般的low energy CID 不一样，高能量
对于peptide fragmentation 有帮助
另外，在HCD部分可以很方便的加上ETD collision source （做protein post-
transnational modification analysis），甚至IR，UV等 做不同的fragmentation
研究
这个都极大的丰富仪器在proteomics 跟蛋白结构鉴定方面的应用。这个是一般的
Collision cell 不能做的。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 你的描述是做MS而不是MS/MS的情况
: Thermo 为啥把collision cell和Q分居c trap两侧，做MS/MS这不是坑爹吗？
: 1:parent ions从Q选出来穿过c trap 进到collision cell, 2:在里面激发，打碎。
: 3:碎片从collision cell出来回到c trap
: 4:从c trap出来进到orbitrap
: 5: orbitrap 收集数据
: 5可以和其他步骤同时进行
: duty cycle取决于 时间1 和 时间2+3＋4的比例，怎么看都是反刍加便秘。。。
: 2， 3 和 4 的时间有多长呢？
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y*****s
发帖数: 1047 | 23 我不是说他的collision cell坑爹而是说放的位置很别扭
没看到说可以加个ETD在HCD的后面啊
也许是他的工艺或者成本控制还有问题吧
我想要是有第二家公司可以卖q orbitrap，肯定不会把collision cell这么摆
他这个布局基本和linear trap orbitrap一样，
可是他现在的LTQ Orbitrap 有两个linear trap，可以减少离子损失
就算这所谓HCD一定要放到ctrap边上也应该让用户选择是一个普通的collision cell在
Q后面还是一个HCD加ETD在c-trap边上 |
b*******g
发帖数: 1309 | 24 Q-E就是从 LTQ-orbi 来了，所以布局差不多。本身orbitrap的系统就包括 HCD，C-
trap +orbitrap。作为一个整体来用的话，不用重新设计，这样做制造Q-E最省钱最方
便。肯定比重新设计成Q1+ collision cell+Ctrap+orbi便宜很多。
如果按你说的在Q-E的基础上，再加一个Q2 collision cell的话，加上系统重新设计，
会使得价格很高。而且HCD 跟CID的功能是重合的，没人愿意花钱买个没什么的功能。
另外要maintain 一个新的生产线的话成本很高，如果能合用生产线，成本就下去了。
另外orbitrap scan很慢，orbi scan是比所有步骤里面时间最长的，HCD+C-trap+
injection 总时间还是少于orbi scan 时间，你可以找个文献看看。所以把collision
cell放到前段并不能节省时间提高效率，HCD的位置只是你不习惯而已。功能上一样，
甚至更多。
另外HCD原理使得没法加在正常的QQQ里面，只能放到一个单独的地方，所以只能放到后
面去了。LTQ-orbitrap的HCD 有ETD功能可选 （Q-E暂时没有）。也可以DIY其他IR，UV
source。这些fragmentation的方法对做proteomics的跟protein structure很有用。
就是靠这个LTQ-orbi才能取代FT-ICR-MS.否则大家还是会用FT-ICR-MS。
一台LTQ-orbitrap 100w,一台Q-E才45w，一台普通的QQQ才30w.只做小分子定性跟定量
的话，买Q-E再加QQQ，更便宜，更实用。
【在 y*****s 的大作中提到】
: 我不是说他的collision cell坑爹而是说放的位置很别扭
: 没看到说可以加个ETD在HCD的后面啊
: 也许是他的工艺或者成本控制还有问题吧
: 我想要是有第二家公司可以卖q orbitrap，肯定不会把collision cell这么摆
: 他这个布局基本和linear trap orbitrap一样，
: 可是他现在的LTQ Orbitrap 有两个linear trap，可以减少离子损失
: 就算这所谓HCD一定要放到ctrap边上也应该让用户选择是一个普通的collision cell在
: Q后面还是一个HCD加ETD在c-trap边上
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y*****s
发帖数: 1047 | 25 哪里可以找到Thermo HCD fragmentation的时间和从collision cell转到orbitrap的时
间？还有collision cell的容量。。。orbitrap扫描时间长短本身并不怎么重要，因为
是同时进行不占用时间
我估计activation/fragmentation>10ms,如果加上离子在collision cell， ctrap 和
orbitrap之间传输时间不超过100ms，collision cell的容量足够收集超过0.5s的
parent ion，那效率还是很不错
To
“一台LTQ-orbitrap 100w,一台Q-E才45w，一台普通的QQQ才30w.只做小分子定性跟定量
的话，买Q-E再加QQQ，更便宜，更实用。”
再便宜，我也没钱买，不用帮thermo推销了。。。 |
y*****s
发帖数: 1047 | 26 找到一个thermo的图，10-20ms把parent ions装到collision cell 打碎是一步而不是
两步，
10-100ms送到c trap。忽略掉c trap injection时间，orbitrap按照最快速度80ms扫描
，这样duty cycle在10－60%
http://www.thermo.com/eThermo/CMA/PDFs/Various/File_1629.pdf |
b*******g
发帖数: 1309 | 27 i did not work for thermo either.
I will buy one Q-E, one tripleTOF.One for high resolution, one for fast scan.
and two QQQ for quantitation.
I think these are good combinations to achieve all the purposes for small
molecules.
定量
【在 y*****s 的大作中提到】
: 哪里可以找到Thermo HCD fragmentation的时间和从collision cell转到orbitrap的时
: 间？还有collision cell的容量。。。orbitrap扫描时间长短本身并不怎么重要，因为
: 是同时进行不占用时间
: 我估计activation/fragmentation>10ms,如果加上离子在collision cell， ctrap 和
: orbitrap之间传输时间不超过100ms，collision cell的容量足够收集超过0.5s的
: parent ion，那效率还是很不错
: To
: “一台LTQ-orbitrap 100w,一台Q-E才45w，一台普通的QQQ才30w.只做小分子定性跟定量
: 的话，买Q-E再加QQQ，更便宜，更实用。”
: 再便宜，我也没钱买，不用帮thermo推销了。。。
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h*****t
发帖数: 1226 | 28 LTQ-Orbitrap Elite 哪有100万. 70多万拿下了.
collision
【在 b*******g 的大作中提到】
: Q-E就是从 LTQ-orbi 来了，所以布局差不多。本身orbitrap的系统就包括 HCD，C-
: trap +orbitrap。作为一个整体来用的话，不用重新设计，这样做制造Q-E最省钱最方
: 便。肯定比重新设计成Q1+ collision cell+Ctrap+orbi便宜很多。
: 如果按你说的在Q-E的基础上，再加一个Q2 collision cell的话，加上系统重新设计，
: 会使得价格很高。而且HCD 跟CID的功能是重合的，没人愿意花钱买个没什么的功能。
: 另外要maintain 一个新的生产线的话成本很高，如果能合用生产线，成本就下去了。
: 另外orbitrap scan很慢，orbi scan是比所有步骤里面时间最长的，HCD+C-trap+
: injection 总时间还是少于orbi scan 时间，你可以找个文献看看。所以把collision
: cell放到前段并不能节省时间提高效率，HCD的位置只是你不习惯而已。功能上一样，
: 甚至更多。
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b*******g
发帖数: 1309 | 29 你没算 液相 跟 ETD 吧。
一个月前quote LTQ-Orbitrap Elite+ETD+液相 99w 刀，外加4年保修还有11w，总计
110w。
当然了，牛人总是能拿到好价格的，不要钱白送的都有
【在 h*****t 的大作中提到】
: LTQ-Orbitrap Elite 哪有100万. 70多万拿下了.
:
: collision
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h*****t
发帖数: 1226 | 30 I have been using Elite for more than a year. I paid rounghly 750 K for it.
And it has ETD.
【在 b*******g 的大作中提到】
: 你没算 液相 跟 ETD 吧。
: 一个月前quote LTQ-Orbitrap Elite+ETD+液相 99w 刀，外加4年保修还有11w，总计
: 110w。
: 当然了，牛人总是能拿到好价格的，不要钱白送的都有
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