j**u 发帖数: 6059 | 1 ☆─────────────────────────────────────☆
PercySong (percy) 于 (Wed Jul 11 18:53:30 2007) 提到:
编了两个月,出点结果了,程序不稳,改个参数就出毛病,快疯了。。。。以前学化学
的,这辈子第一次编程就是md,快把自己折磨疯了。
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luna (non) 于 (Wed Jul 11 21:04:55 2007) 提到:
Programs from the Book: ``Computer Simulation of Liquids'' by M.P. Allen and
D. Tildesley Clarendon Press Oxford 1987.
http://www.ccp5.ac.uk/librar.shtml
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coeur (phase transition) 于 (Thu Jul 12 04:50:05 2007 |
f*****s 发帖数: 8 | 2 我就是自己从头编的,几年之前是FORTRAN 77,后来改成C,再后来加上MPI
改成并行。自己编的好处就是对MD的每一个细节都清清楚楚,分析数据的时候
知道什么是artifact,什么是真正的结果。当然缺点也是显而易见的,就是太花时
间。建议楼主还是用LAMMPS吧,它的并行算法是最好的, 自己编太费劲了。
and
【在 j**u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : ☆─────────────────────────────────────☆ : PercySong (percy) 于 (Wed Jul 11 18:53:30 2007) 提到: : 编了两个月,出点结果了,程序不稳,改个参数就出毛病,快疯了。。。。以前学化学 : 的,这辈子第一次编程就是md,快把自己折磨疯了。 : ☆─────────────────────────────────────☆ : luna (non) 于 (Wed Jul 11 21:04:55 2007) 提到: : Programs from the Book: ``Computer Simulation of Liquids'' by M.P. Allen and : D. Tildesley Clarendon Press Oxford 1987. : http://www.ccp5.ac.uk/librar.shtml :
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sc 发帖数: 122 | 3 自己编并行不容易阿,景仰一下,能讲讲怎么并起来的吗?多谢拉
【在 f*****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我就是自己从头编的,几年之前是FORTRAN 77,后来改成C,再后来加上MPI : 改成并行。自己编的好处就是对MD的每一个细节都清清楚楚,分析数据的时候 : 知道什么是artifact,什么是真正的结果。当然缺点也是显而易见的,就是太花时 : 间。建议楼主还是用LAMMPS吧,它的并行算法是最好的, 自己编太费劲了。 : : and
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sc 发帖数: 122 | 4 我曾经想把一个流体的md程序并起来,发现毫无希望,所以请教一下有什么好算法
【在 f*****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我就是自己从头编的,几年之前是FORTRAN 77,后来改成C,再后来加上MPI : 改成并行。自己编的好处就是对MD的每一个细节都清清楚楚,分析数据的时候 : 知道什么是artifact,什么是真正的结果。当然缺点也是显而易见的,就是太花时 : 间。建议楼主还是用LAMMPS吧,它的并行算法是最好的, 自己编太费劲了。 : : and
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f*****s 发帖数: 8 | 5 最简单的就是用 atom decomposition,有精力再搞搞space decomposition.
我用的并行函数并不多,大概如下一些:
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &node);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
MPI_Allreduce(*****);
MPI_Wtime(********);
MPI_Allgatherv(********);
MPI_Bcast(****);
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
MPI_Finalize();
至于MPI_Send, MPI_Recv就根本没有用过。
关键要清楚什么地方需要并行。
【在 sc 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 自己编并行不容易阿,景仰一下,能讲讲怎么并起来的吗?多谢拉
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l*****x 发帖数: 3431 | 6 用了Bcast和Allreduce,就没必要用send/recv了
【在 f*****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 最简单的就是用 atom decomposition,有精力再搞搞space decomposition. : 我用的并行函数并不多,大概如下一些: : MPI_Init(&argc, &argv); : MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &node); : MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs); : MPI_Allreduce(*****); : MPI_Wtime(********); : MPI_Allgatherv(********); : MPI_Bcast(****); : MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
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