j**u
发帖数: 6059 | 1 ☆─────────────────────────────────────☆
PercySong (percy) 于 (Wed Jul 11 18:53:30 2007) 提到:
编了两个月，出点结果了，程序不稳，改个参数就出毛病，快疯了。。。。以前学化学
的，这辈子第一次编程就是md,快把自己折磨疯了。
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luna (non) 于 (Wed Jul 11 21:04:55 2007) 提到:
Programs from the Book: ``Computer Simulation of Liquids'' by M.P. Allen and
D. Tildesley Clarendon Press Oxford 1987.
http://www.ccp5.ac.uk/librar.shtml
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coeur (phase transition) 于 (Thu Jul 12 04:50:05 2007 |
f*****s
发帖数: 8 | 2 我就是自己从头编的，几年之前是FORTRAN 77，后来改成C，再后来加上MPI
改成并行。自己编的好处就是对MD的每一个细节都清清楚楚，分析数据的时候
知道什么是artifact，什么是真正的结果。当然缺点也是显而易见的，就是太花时
间。建议楼主还是用LAMMPS吧，它的并行算法是最好的， 自己编太费劲了。
and
【在 j**u 的大作中提到】
: ☆─────────────────────────────────────☆
: PercySong (percy) 于 (Wed Jul 11 18:53:30 2007) 提到:
: 编了两个月，出点结果了，程序不稳，改个参数就出毛病，快疯了。。。。以前学化学
: 的，这辈子第一次编程就是md,快把自己折磨疯了。
: ☆─────────────────────────────────────☆
: luna (non) 于 (Wed Jul 11 21:04:55 2007) 提到:
: Programs from the Book: ``Computer Simulation of Liquids'' by M.P. Allen and
: D. Tildesley Clarendon Press Oxford 1987.
: http://www.ccp5.ac.uk/librar.shtml
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sc
发帖数: 122 | 3 自己编并行不容易阿，景仰一下，能讲讲怎么并起来的吗？多谢拉
【在 f*****s 的大作中提到】
: 我就是自己从头编的，几年之前是FORTRAN 77，后来改成C，再后来加上MPI
: 改成并行。自己编的好处就是对MD的每一个细节都清清楚楚，分析数据的时候
: 知道什么是artifact，什么是真正的结果。当然缺点也是显而易见的，就是太花时
: 间。建议楼主还是用LAMMPS吧，它的并行算法是最好的， 自己编太费劲了。
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: and
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sc
发帖数: 122 | 4 我曾经想把一个流体的md程序并起来，发现毫无希望，所以请教一下有什么好算法
【在 f*****s 的大作中提到】
: 我就是自己从头编的，几年之前是FORTRAN 77，后来改成C，再后来加上MPI
: 改成并行。自己编的好处就是对MD的每一个细节都清清楚楚，分析数据的时候
: 知道什么是artifact，什么是真正的结果。当然缺点也是显而易见的，就是太花时
: 间。建议楼主还是用LAMMPS吧，它的并行算法是最好的， 自己编太费劲了。
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: and
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f*****s
发帖数: 8 | 5 最简单的就是用 atom decomposition，有精力再搞搞space decomposition.
我用的并行函数并不多，大概如下一些：
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &node);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
MPI_Allreduce(*****);
MPI_Wtime(********)；
MPI_Allgatherv(********);
MPI_Bcast(****)；
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
MPI_Finalize();
至于MPI_Send, MPI_Recv就根本没有用过。
关键要清楚什么地方需要并行。
【在 sc 的大作中提到】
: 自己编并行不容易阿，景仰一下，能讲讲怎么并起来的吗？多谢拉
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l*****x
发帖数: 3431 | 6 用了Bcast和Allreduce，就没必要用send/recv了
【在 f*****s 的大作中提到】
: 最简单的就是用 atom decomposition，有精力再搞搞space decomposition.
: 我用的并行函数并不多，大概如下一些：
: MPI_Init(&argc, &argv);
: MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &node);
: MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
: MPI_Allreduce(*****);
: MPI_Wtime(********)；
: MPI_Allgatherv(********);
: MPI_Bcast(****)；
: MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
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