m******h
发帖数: 5753 | 1 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
发信人: massfish (麻州渔民), 信区: ComputerGraphics
标 题: 想请人写个细胞计数的软件
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
total cell number
adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
需要的结果
单个的细胞有多少
2个在一起的细胞有多少
3个在一起的细胞有多少
4个在一起的细胞有多少
5个在一起的细胞有多少
6个在一起的细胞有多少
。。。。。
不是一张一张的处理，那样很费时间。
有没有人愿意写？ 多少$? |
m*********n
发帖数: 2507 | 2 呵呵，这个有点难度吧？ 首先要有算法认出哪块是细胞，认出来后估计就简单了 |
K***s
发帖数: 672 | 3 找个老太太数？
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
: 发信人: massfish (麻州渔民), 信区: ComputerGraphics
: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
|
l*******e
发帖数: 6436 | 4 LD以前养卵母细胞有过同样的麻烦，长到后来一个孔能有２０００多，按记数器都按到
手指抽筋，记数的软件貌似不是很容易做
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
: 发信人: massfish (麻州渔民), 信区: ComputerGraphics
: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
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m******h
发帖数: 5753 | 5 市场上有几个，都太复杂，也太贵了，我就只需要这些简单功能
另外我用的是mac
【在 l*******e 的大作中提到】
: LD以前养卵母细胞有过同样的麻烦，长到后来一个孔能有２０００多，按记数器都按到
: 手指抽筋，记数的软件貌似不是很容易做
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w********u
发帖数: 5457 | 6 如果是有荧光的细胞，倒不难写，我知道HMS有好几个实验室都有人自己写了类似的程
序，可以根据照片，自动选定细胞，数数目，比强度。
但是如果没有荧光，我估计应该比较难。
怎么麻老大现在搞起这个来了？呵呵！
【在 m******h 的大作中提到】
: 市场上有几个，都太复杂，也太贵了，我就只需要这些简单功能
: 另外我用的是mac
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m******h
发帖数: 5753 | 7 没有荧光， 就是这种黑白片。
不过可以试试染上荧光，如果那样容易写的话
【在 w********u 的大作中提到】
: 如果是有荧光的细胞，倒不难写，我知道HMS有好几个实验室都有人自己写了类似的程
: 序，可以根据照片，自动选定细胞，数数目，比强度。
: 但是如果没有荧光，我估计应该比较难。
: 怎么麻老大现在搞起这个来了？呵呵！
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r**u
发帖数: 1567 | 8 imaging processing, pattern recognition, 大热啊。
【在 m******h 的大作中提到】
: 没有荧光， 就是这种黑白片。
: 不过可以试试染上荧光，如果那样容易写的话
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m******h
发帖数: 5753 | 9 倒是有hocky mom 说过， 不过有个软件就简单多了， 没有人事的问题
【在 K***s 的大作中提到】
: 找个老太太数？
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m******h
发帖数: 5753 | 10 NIH／Image J 有点类似功能，
【在 r**u 的大作中提到】
: imaging processing, pattern recognition, 大热啊。
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|
B*******d
发帖数: 1153 | 11 在早期的研究中，不少人以此屁挨着地。
你要是精度要求不太高，找个学生可能一两天就可以弄个简单的。
【在 m******h 的大作中提到】
: NIH／Image J 有点类似功能，
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m******h
发帖数: 5753 | 12 隔行如隔山啊， 可不比钓鱼，谁都可以拉条上来，
是个主意，可以找他们试试
【在 B*******d 的大作中提到】
: 在早期的研究中，不少人以此屁挨着地。
: 你要是精度要求不太高，找个学生可能一两天就可以弄个简单的。
|
w*******n
发帖数: 3579 | 13 是啊，模式识别蛮难的。
尤其是当两个甚至跟多细胞贴在一起时，精度或者说算法不好的直接认成一个。
【在 B*******d 的大作中提到】
: 在早期的研究中，不少人以此屁挨着地。
: 你要是精度要求不太高，找个学生可能一两天就可以弄个简单的。
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K***s
发帖数: 672 | 14 要是我妈在，一定很高兴
她总是想找事情，我们总是想叫她休息
她上次不知道是听谁说的，帮人裹糖能挣钱，老问我
咳
【在 m******h 的大作中提到】
: 倒是有hocky mom 说过， 不过有个软件就简单多了， 没有人事的问题
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g*********o
发帖数: 710 | 15 看是什么样的细胞了
如果形状都比较类似，比较规则，应该不难
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
: 发信人: massfish (麻州渔民), 信区: ComputerGraphics
: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
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r********n
发帖数: 6979 | 16 我原来phd的时候做过类似的image segmentation的东西
不过估计没法实时计算
记得看过某些大牛也做过类似的模型
我来帮你找找
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
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: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
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r********n
发帖数: 6979 | 17 你看看这个
http://www.stat.duke.edu/research/software/west/celltracer/index.html
这个gallery里面的一些例子和你的要求好像很接近了
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
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: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
|
i****r
发帖数: 1797 | 18
呵呵，我的老本行啊
麻大准备budget多少阿？
【在 r**u 的大作中提到】
: imaging processing, pattern recognition, 大热啊。
|
m******h
发帖数: 5753 | 19 多谢，多谢，
我去看看
【在 r********n 的大作中提到】
: 你看看这个
: http://www.stat.duke.edu/research/software/west/celltracer/index.html
: 这个gallery里面的一些例子和你的要求好像很接近了
|
m******h
发帖数: 5753 | 20 太贵了可能付不起，站内联系吧，
【在 i****r 的大作中提到】
:
: 呵呵，我的老本行啊
: 麻大准备budget多少阿？
|
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x****g
发帖数: 6597 | 21 matlab可以handle吧.
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
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: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
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s*******d
发帖数: 3991 | 22 I think labview vision has the prototype of this software,
your school should have the license . |
s*******d
发帖数: 3991 | 23 labview vision IMAQ
http://zone.ni.com/devzone/cda/tut/p/id/3169
if you are in school, it is almost free
【在 s*******d 的大作中提到】
: I think labview vision has the prototype of this software,
: your school should have the license .
|
l*****k
发帖数: 587 | 24 Kao, you work on yeast? By the way, I must have
heard there are such software available. matlab may
have it.
【在 m******h 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 ComputerGraphics 讨论区 】
: 发信人: massfish (麻州渔民), 信区: ComputerGraphics
: 标 题: 想请人写个细胞计数的软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 21 16:06:21 2010, 美东)
: 能自动把显微镜下拍的照片读入，然后计算细胞数目，
: total cell number
: adhesive cell， ％，就是聚集在一起的cell 有多少， ％
: single cells， ％，就是分散单个的cell 有多少， 比例 ％
: 下面是例图，88 个single， 2个在一起的有24 个， 4个在一起的有8个，5个在一起的15个。。。。，。
: 我一个实验会拍 30－40张这样的图片， 要求一次性读入这些照片，然后计算出总的结果。
|
w**s
发帖数: 367 | |
m****6
发帖数: 119 | 26 我做过类似的. 用matlab. 大概功能拷贝如下. 不过缺点是,如过细包太密, 两个影连
在一起, 就会认为是一个.麻老大要觉得有用,PM我个信箱, 我把原来的code给你.
1. Read in two selected image frames from the video file.
2. Detect objects using filtering and edge detection methods.
3. For each object in the first frame, search the corresponding object in
the second frame by computing correlation.
4. Select the most similar objects in two frames by setting a threshold
of the correlation.
5. Find mass centers of each pair of the objects in two frames, and
【在 m******h 的大作中提到】
: 太贵了可能付不起，站内联系吧，
|
m******h
发帖数: 5753 | 27 多谢楼上 xlfang，meatatarian，raou，rungriffin，webs， superband， leohawk，
mnmw06， 绿柿子，crab，itiger，短竿，弃猫诸位每一位出谋划策的， 我研究研究。 |
m**o
发帖数: 9137 | 28 有机器可以自动测细胞，还可以告诉死细胞和活细胞的数量。
很简单使用，机器也便宜，我记得连电脑和程序一共不到5K。
想要信息，我帮你找找。 |
w*******n
发帖数: 3579 | |
l*******e
发帖数: 197 | 30 cellprofiler...free software...
you just need to put the pipetline together and adjust some parameters..
hope this helps..:)
【在 m******h 的大作中提到】
: 多谢楼上 xlfang，meatatarian，raou，rungriffin，webs， superband， leohawk，
: mnmw06， 绿柿子，crab，itiger，短竿，弃猫诸位每一位出谋划策的， 我研究研究。
|
|
|
w*******n
发帖数: 3579 | 31 稍微明白了点你的意思了。
但细胞重叠有可能上下交叠一部分，假如3个细胞重合成和两个细胞一般大，怎么办呢？ |
m******h
发帖数: 5753 | 32 我贴到电脑图形处理，也许人去得少， 没人理我， 鱼版这么多人才， 还这么热心，
谢谢。 每人一个包子
借用一个老ID的 来信
“看了回帖，赞一个：鱼版是好样的，渔民们都是好样的” |
i******k
发帖数: 4625 | 33 不知道FACS能不能区分单个和粘连的细胞？
如果可以的话，就容易多了 |
w*******n
发帖数: 3579 | 34 吃到包子了，谢谢！
【在 m******h 的大作中提到】
: 我贴到电脑图形处理，也许人去得少， 没人理我， 鱼版这么多人才， 还这么热心，
: 谢谢。 每人一个包子
: 借用一个老ID的 来信
: “看了回帖，赞一个：鱼版是好样的，渔民们都是好样的”
|
c****e
发帖数: 1464 | 35 还不如直接花钱情人帮你数。
【在 m******h 的大作中提到】
: 我贴到电脑图形处理，也许人去得少， 没人理我， 鱼版这么多人才， 还这么热心，
: 谢谢。 每人一个包子
: 借用一个老ID的 来信
: “看了回帖，赞一个：鱼版是好样的，渔民们都是好样的”
|
s*******i
发帖数: 12823 | |
c*********5
发帖数: 23 | 37 check this out
http://www.nexcelom.com/
【在 m******h 的大作中提到】
: 我贴到电脑图形处理，也许人去得少， 没人理我， 鱼版这么多人才， 还这么热心，
: 谢谢。 每人一个包子
: 借用一个老ID的 来信
: “看了回帖，赞一个：鱼版是好样的，渔民们都是好样的”
|
i******k
发帖数: 4625 | |
n****e
发帖数: 2401 | 39 以前写过这种数细胞染色体的程序，这个也是类似。用python写的。
$500卖给你源代码，不议价。 |
n****e
发帖数: 2401 | 40 以前写过这种数细胞染色体的程序，这个也是类似。用python写的。
$500卖给你源代码，不议价。 |
|
|
K***s
发帖数: 672 | 41 我是krabs,不是螃蟹，呜呜。。。。。
【在 m******h 的大作中提到】
: 多谢楼上 xlfang，meatatarian，raou，rungriffin，webs， superband， leohawk，
: mnmw06， 绿柿子，crab，itiger，短竿，弃猫诸位每一位出谋划策的， 我研究研究。
|
t****t
发帖数: 387 | 42 我以前写过数荧光细胞的
不太准 重叠在一起不好数 |
t****t
发帖数: 387 | 43 我以前写过数荧光细胞的
不太准 重叠在一起不好数 |
t****t
发帖数: 387 | 44 我以前写过数荧光细胞的
不太准 重叠在一起不好数 |
m*********n
发帖数: 2507 | |
t****t
发帖数: 387 | |
m******h
发帖数: 5753 | 47 哈哈哈， 啥区别？
【在 K***s 的大作中提到】
: 我是krabs,不是螃蟹，呜呜。。。。。
|
m******h
发帖数: 5753 | 48 先谢谢, check your mail!
【在 n****e 的大作中提到】
: 以前写过这种数细胞染色体的程序，这个也是类似。用python写的。
: $500卖给你源代码，不议价。
|
d*****t
发帖数: 7903 | 49 这个不是十分难的事，先介绍你两个程序：
1）eCognition for bioscience
2) Feature analyst for ARCGIS
Both work. 当然，你需要点image processing基础
找人编一个也不算太难，特定用处 |
m***s
发帖数: 1777 | 50 这个软件是俺写的，不过只在windows上可以，用的MFC。可惜公司是俺表姐的，不然可
以给你一份。
【在 c*********5 的大作中提到】
: check this out
: http://www.nexcelom.com/
|
|
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G***G
发帖数: 16778 | 51 who made the hardware?
【在 m***s 的大作中提到】
: 这个软件是俺写的，不过只在windows上可以，用的MFC。可惜公司是俺表姐的，不然可
: 以给你一份。
|
n****u
发帖数: 10 | 52 用photoshop的false color转成绿色荧光就可以了？ |
m***s
发帖数: 1777 | 53 开始表姐夫自己做，后来招工人做。其实都很容易，不过话说回来了，好多做生物实验
的人是人傻钱多呀。这个东西，一个简单的，一次做4个sample，卖8千，多加了6个
loop，一次做10个的，居然卖2万。其实东西一点区别没有，就是包装不一样呀。成本
就更低了。
【在 G***G 的大作中提到】
: who made the hardware?
|
