H********g
发帖数: 43926 | 1 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: xiaxianyue (下弦月), 信区: Military
标 题: 新冠起源我的最新研究成果
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 25 11:49:12 2020, 美东)
西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C
group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（RaTG13
-like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
的毒株，我称为H0.它跟H3相似度在99.99%以上。
4. H0在人体内发生了二次变异，导致NS1蛋白aa102-106和141-143缺失，产生了H1的原
型。H0和H1原型在人体内积累突变，产生了H3和H1。除去NS1蛋白的区别，H3和H1的碱
基区别只有2个nt（占基因组0.007%）的区别，从这里可以看出H0和H1/H3有多么接近。 |
H********g
发帖数: 43926 | 2 看标题吓一跳
RaTG13
【在 H********g 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
: 发信人: xiaxianyue (下弦月), 信区: Military
: 标 题: 新冠起源我的最新研究成果
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 25 11:49:12 2020, 美东)
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C
: group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
|
v***a
发帖数: 903 | 3 黄总，问个问题，关于他们搞进化树的。
不是说病毒提纯很难吗，貌似你们觉得五毒所可能都不能搞出单株病毒，所以样本本身
就是个混合物。
如果说这样的话，测序的结果到底是啥意思？是混合物的序列还是某一个单株的序列？ |
H********g
发帖数: 43926 | 4 提病毒是要得到有传染性的病毒颗粒 所以要保持病毒完整 体活病毒不容易 但是是
可以做到的 比如一月初确定是冠毒 除了有测序结果 还有在病人样品里分离到了完整
病毒颗粒 可以在电子显微镜下看到 所以不是做不到 是一般情况下 不值当费这么
多事
此外能看到病毒颗粒 跟能稳定地在细胞里培养病毒也是不同的 大部分蝙蝠病毒
我们实际根本不知道它们的受体到底是啥 所以要把它们弄到细胞培养里传代 还要做
很多工作 搞清什么细胞可以用 或者细胞上要做什么修改 对每个新病毒来说 都可
以是够一两个研究生毕业的活 所以一般不是特别需要的话 测序就完事了 追求培
养每个毒株 没有必要
测序的话 完全可以把病毒 以及它们的核酸随机打碎 然后測这些核酸碎片的序列
因为病毒一般个数很多 所以通常把它们的基因组打碎以后 总能测出很多互相部分重
合的序列 然后利用这些重合部分 就可以拼出来完整序列 这在实验室里要做的工作
会简单得多 需要的安全措施也少得多
大多数情况下 一个个体里往往就一个毒株 所以每个病毒颗粒的序列是一样的 顶多
有几个丰度 不高的变异 所以就是一个毒株
【在 v***a 的大作中提到】
: 黄总，问个问题，关于他们搞进化树的。
: 不是说病毒提纯很难吗，貌似你们觉得五毒所可能都不能搞出单株病毒，所以样本本身
: 就是个混合物。
: 如果说这样的话，测序的结果到底是啥意思？是混合物的序列还是某一个单株的序列？
|
v***a
发帖数: 903 | 5 多谢黄总！
【在 H********g 的大作中提到】
: 提病毒是要得到有传染性的病毒颗粒 所以要保持病毒完整 体活病毒不容易 但是是
: 可以做到的 比如一月初确定是冠毒 除了有测序结果 还有在病人样品里分离到了完整
: 病毒颗粒 可以在电子显微镜下看到 所以不是做不到 是一般情况下 不值当费这么
: 多事
: 此外能看到病毒颗粒 跟能稳定地在细胞里培养病毒也是不同的 大部分蝙蝠病毒
: 我们实际根本不知道它们的受体到底是啥 所以要把它们弄到细胞培养里传代 还要做
: 很多工作 搞清什么细胞可以用 或者细胞上要做什么修改 对每个新病毒来说 都可
: 以是够一两个研究生毕业的活 所以一般不是特别需要的话 测序就完事了 追求培
: 养每个毒株 没有必要
: 测序的话 完全可以把病毒 以及它们的核酸随机打碎 然后測这些核酸碎片的序列
|
