m*****r
发帖数: 3822 | 1 双路i7的机器，相当于有8个cpu。一些并行程序是正常的，比如开8个并行
系统load为~8，top里八个进程各位99%cpu占用。但是某个程序很奇怪，
就算只开1个进程，系统load都会很高，这个进程的占用率也会达到800%。如果多个
进程并行的话非常慢。感觉好像是一个进程就占满所有cpu。
因为有些程序表现正常，系统配置应该没有问题。但是什么情况下会导致以上这种现象？
谢谢 |
v*****r
发帖数: 1119 | 2 1. Make sure no memory swapping.
2. Turning off hyperthreading and retry.
3. Reduce parallelism if that particular process is really cpu intensive. |
m*****r
发帖数: 3822 | 3 这个程序在别的8core机器上一直运行正常，目前唯一的差别是用了64bit
内存应该完全够用的
【在 v*****r 的大作中提到】
: 1. Make sure no memory swapping.
: 2. Turning off hyperthreading and retry.
: 3. Reduce parallelism if that particular process is really cpu intensive.
|
v*****r
发帖数: 1119 | |
m*****r
发帖数: 3822 | 5 数值计算的，用到了blas和lapack
我现在分别用了mkl，goto和atlas，只有atlas的时候是正常的。
这里面会是什么原因造成的？
【在 v*****r 的大作中提到】
: 什么程序？
|
v*****r
发帖数: 1119 | 6 你能 post 一段 “vmstat 2" 的命令结果吗 （在你认为程序表现不正常的时候）？ |
m*****r
发帖数: 3822 | 7 这个是不正常情况下，用mpirun -np 1
procs -----------memory---------- ---swap-- -----io---- --system-- -----cpu- |
m*****r
发帖数: 3822 | 8 这个是正常情况下，也是-np 1
procs -----------memory---------- ---swap-- -----io---- --system-- -----cpu- |
m*****r
发帖数: 3822 | 9 看上去和top的结果差不多，不正常的时候一个进程就吧系统占满了(99%)
现在atlas倒是可以用，但是单进程速度太慢了，比用mkl和goto要慢30％左右 |
m*****r
发帖数: 3822 | 10 看上去和top的结果差不多，不正常的时候一个进程就吧系统占满了(99%)
现在atlas倒是可以用，但是单进程速度太慢了，比用mkl和goto要慢30％左右 |
v*****r
发帖数: 1119 | 11 vmstat 的结果显示正如你所说的，不正常的时候 cpu usage 很高，正常情况 cpu 基
本 idle.
what about 你比较一下 你的老 32bit 机子 和 新 64bit 机子的 performance (比如
用 UnixBench tool), 可能两个机子 performance 就差很多。
还有 ATLAS installation guide 要求 CPU throttling to be turned off，不知道你
查了没有。 |
m*****r
发帖数: 3822 | 12 大概找到问题了。是lapack库multi-threaded的问题。
atlas我link了single-thread的lib所以没问题。现在link mkl的single library也
没问题了。不过目前goto和atlas里用single-thread都会报错，好在mkl还能用，
而且single和multi performance差不多。
thanks anyway!
【在 v*****r 的大作中提到】
: vmstat 的结果显示正如你所说的，不正常的时候 cpu usage 很高，正常情况 cpu 基
: 本 idle.
: what about 你比较一下 你的老 32bit 机子 和 新 64bit 机子的 performance (比如
: 用 UnixBench tool), 可能两个机子 performance 就差很多。
: 还有 ATLAS installation guide 要求 CPU throttling to be turned off，不知道你
: 查了没有。
|
