v*****n
发帖数: 621 | |
w********h
发帖数: 12367 | 2 which part do you want to know?
【在 v*****n 的大作中提到】
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v*****n
发帖数: 621 | 3 any. Just say what you know roughly.
Especially, I want to know its physical meaning and
its relationship with conformational stability.
【在 w********h 的大作中提到】
: which part do you want to know?
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d*****s
发帖数: 313 | 4 hehe, if you ask wonderlich to write a 10 page thing on it I am sure
he can do it.
Why not google yourself? It is really basic to macromolecular research.
Understanding it by yourself will sure benefit.
【在 v*****n 的大作中提到】
: any. Just say what you know roughly.
: Especially, I want to know its physical meaning and
: its relationship with conformational stability.
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v*****n
发帖数: 621 | 5 yeah. I searched and read a lots this afternoon.
But I suspect there must be exceptions on Rg.
The plots I got cann't fit into my expectation well, so I want to
hear sth from others.
【在 d*****s 的大作中提到】
: hehe, if you ask wonderlich to write a 10 page thing on it I am sure
: he can do it.
: Why not google yourself? It is really basic to macromolecular research.
: Understanding it by yourself will sure benefit.
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w********h
发帖数: 12367 | 6 既然你已经查过了，看过了，
那你还有什么不懂的？呵呵．：）
我都不好意思老是搬出Fetters的综述了，Macromoelcules 1994, 27, 4639.
你的polymer是什么样的？什么环境？
如果是环形的，
推荐你另外一篇综述：
Large Ring Molecules, Edited by J. A. Semlyen.
Chapter 10, H. Keul and H. Hocker.
"Cycloalkanes and Related Oligomers and Polymers.
【在 v*****n 的大作中提到】
: yeah. I searched and read a lots this afternoon.
: But I suspect there must be exceptions on Rg.
: The plots I got cann't fit into my expectation well, so I want to
: hear sth from others.
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v*****n
发帖数: 621 | 7 基本概念和物理意义都清楚的。就是结果
让人心里觉得不稳妥。
按理说它该和rmsd的走向大概一致才对，
可我的模型，rmsd向高处走，Rg向低走。
而且我的蛋白质的确是有extend的倾向。
所以就是想知道一些例外啥的，安慰安慰
明天可以和老板据理力争。
//你们怎么能把哪篇paper讲些什么记得那么清楚？
我是很不行，看完就忘了谁写的了。看电影听音
乐都是一样，不管谁导演/主演/作词曲。
【在 w********h 的大作中提到】
: 既然你已经查过了，看过了，
: 那你还有什么不懂的？呵呵．：）
: 我都不好意思老是搬出Fetters的综述了，Macromoelcules 1994, 27, 4639.
: 你的polymer是什么样的？什么环境？
: 如果是环形的，
: 推荐你另外一篇综述：
: Large Ring Molecules, Edited by J. A. Semlyen.
: Chapter 10, H. Keul and H. Hocker.
: "Cycloalkanes and Related Oligomers and Polymers.
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v*****n
发帖数: 621 | 8 我的分子是蛋白质的，beta-sandwich 型。
两个sheets相对，各含几条strands。就象你
的两个手掌相对。
其中以个sheet边缘上一条strand有远离其它
几条strands的倾向。想看看Rg能不能表征这
种extension.
【在 v*****n 的大作中提到】
: 基本概念和物理意义都清楚的。就是结果
: 让人心里觉得不稳妥。
: 按理说它该和rmsd的走向大概一致才对，
: 可我的模型，rmsd向高处走，Rg向低走。
: 而且我的蛋白质的确是有extend的倾向。
: 所以就是想知道一些例外啥的，安慰安慰
: 明天可以和老板据理力争。
: //你们怎么能把哪篇paper讲些什么记得那么清楚？
: 我是很不行，看完就忘了谁写的了。看电影听音
: 乐都是一样，不管谁导演/主演/作词曲。
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w********h
发帖数: 12367 | 9
what's rmsd?
我把有意思的paper全记住了，
就在手头边，
你要，
我现抄给你．
赫赫．
【在 v*****n 的大作中提到】
: 基本概念和物理意义都清楚的。就是结果
: 让人心里觉得不稳妥。
: 按理说它该和rmsd的走向大概一致才对，
: 可我的模型，rmsd向高处走，Rg向低走。
: 而且我的蛋白质的确是有extend的倾向。
: 所以就是想知道一些例外啥的，安慰安慰
: 明天可以和老板据理力争。
: //你们怎么能把哪篇paper讲些什么记得那么清楚？
: 我是很不行，看完就忘了谁写的了。看电影听音
: 乐都是一样，不管谁导演/主演/作词曲。
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v*****n
发帖数: 621 | 10 root mean square deviation
【在 w********h 的大作中提到】
:
: what's rmsd?
: 我把有意思的paper全记住了，
: 就在手头边，
: 你要，
: 我现抄给你．
: 赫赫．
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w********h
发帖数: 12367 | 11 sorry, I am not familiar with this term.
why not check Steven Chu's Science paper, 1999, 283, 1724?
http://physics.ucsd.edu/~des/DES_PDFfiles/Shear1999.pdf
【在 v*****n 的大作中提到】
: root mean square deviation
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v*****n
发帖数: 621 | 12 Maybe it is what I need, just a way to express the extension mathematically.
Thanks!
home le. heihei
【在 w********h 的大作中提到】
: sorry, I am not familiar with this term.
: why not check Steven Chu's Science paper, 1999, 283, 1724?
: http://physics.ucsd.edu/~des/DES_PDFfiles/Shear1999.pdf
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t***m
发帖数: 114 | 13 插个话，如果我的分子是球形的
表面含有不同羟基数目（几百个）
可以模拟或者计算Rg吗？
我对这个不熟悉，
我现在有Rh的数据from DLS
想对比一下。
【在 v*****n 的大作中提到】
: 我的分子是蛋白质的，beta-sandwich 型。
: 两个sheets相对，各含几条strands。就象你
: 的两个手掌相对。
: 其中以个sheet边缘上一条strand有远离其它
: 几条strands的倾向。想看看Rg能不能表征这
: 种extension.
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d*****w
发帖数: 124 | 14 计算RG很容易,但由于从DLS测得的Rh不是一个well defined参数,
比较他们的时候需要仔细考虑.
【在 t***m 的大作中提到】
: 插个话，如果我的分子是球形的
: 表面含有不同羟基数目（几百个）
: 可以模拟或者计算Rg吗？
: 我对这个不熟悉，
: 我现在有Rh的数据from DLS
: 想对比一下。
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t***m
发帖数: 114 | 15 用软件还是编程序？
另外这个计算能否扩展到hyperbranched高分子上？
计算过程考虑氢键吗？
Rh不是一个well defined，如果取加权平均呢？有没有意义？
【在 d*****w 的大作中提到】
: 计算RG很容易,但由于从DLS测得的Rh不是一个well defined参数,
: 比较他们的时候需要仔细考虑.
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v*****n
发帖数: 621 | 16 很多软件可以算Rg，当然，自己写程序也不难。
可以吧。
按我的理解，不考虑键的作用，转动惯量嘛
Rg = sqrt(SUM((r*r)*m))/SUM(m))
【在 t***m 的大作中提到】
: 用软件还是编程序？
: 另外这个计算能否扩展到hyperbranched高分子上？
: 计算过程考虑氢键吗？
: Rh不是一个well defined，如果取加权平均呢？有没有意义？
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j*x
发帖数: 302 | 17 the variable "r" has to be the vector from the center of
mass to the atom, not lab-axis.
【在 v*****n 的大作中提到】
: 很多软件可以算Rg，当然，自己写程序也不难。
: 可以吧。
: 按我的理解，不考虑键的作用，转动惯量嘛
: Rg = sqrt(SUM((r*r)*m))/SUM(m))
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t***m
发帖数: 114 | 18 指点个软件先？
【在 v*****n 的大作中提到】
: 很多软件可以算Rg，当然，自己写程序也不难。
: 可以吧。
: 按我的理解，不考虑键的作用，转动惯量嘛
: Rg = sqrt(SUM((r*r)*m))/SUM(m))
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t***m
发帖数: 114 | 19 为什么不考虑键的作用？
还有构型有没有影响？
block/linear/hyperbranched有没有区别？
【在 j*x 的大作中提到】
: the variable "r" has to be the vector from the center of
: mass to the atom, not lab-axis.
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v*****n
发帖数: 621 | 20 As the equation says, it's a kind of relationship between the individual atom
and the center of mass. Surely, you can calculate the rotation of certain
bonds.
As my understanding, the more extended, the higher the value of Rg.
Linear/hyperbranched/block are different.
Imaging a paper, it's impossible to stand on the desk if it's extended, but if
you buckle it, it can.
【在 t***m 的大作中提到】
: 为什么不考虑键的作用？
: 还有构型有没有影响？
: block/linear/hyperbranched有没有区别？
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d*****w
发帖数: 124 | 21
>>我是自己写, 不超过十行就搞定了.
>>当然可以,你听说过Kramers Theorem吗?自己看书罢
>>一个几何参数,从定义出发当然不考虑什么氢键.如果你要具体讨论氢键与具体分子Rg的
关系,那时你以后的讨论了.
>>我说Rh没有很好定义,是因为它是通过实验测定的扩散系数来等价于一个不可穿流的实
心球的扩散系数来类比的. 举个例子(JCP, 73,5971)温度T> theta, Rg>Rh;温度T<
theta,Rg
【在 t***m 的大作中提到】
: 用软件还是编程序？
: 另外这个计算能否扩展到hyperbranched高分子上？
: 计算过程考虑氢键吗？
: Rh不是一个well defined，如果取加权平均呢？有没有意义？
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c******h
发帖数: 4573 | 22 做个SLS静态的光散射？就是除尘要求要高一些。
【在 t***m 的大作中提到】
: 插个话，如果我的分子是球形的
: 表面含有不同羟基数目（几百个）
: 可以模拟或者计算Rg吗？
: 我对这个不熟悉，
: 我现在有Rh的数据from DLS
: 想对比一下。
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c******h
发帖数: 4573 | 23 nod nod我做的LLS得到的Rg/Rh简直没法看
怎么解释让我很是痛苦啊
【在 d*****w 的大作中提到】
: 计算RG很容易,但由于从DLS测得的Rh不是一个well defined参数,
: 比较他们的时候需要仔细考虑.
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c******h
发帖数: 4573 | 24
木有意义，如果是光散射得到的Rh已经是是平均的了。
【在 t***m 的大作中提到】
: 用软件还是编程序？
: 另外这个计算能否扩展到hyperbranched高分子上？
: 计算过程考虑氢键吗？
: Rh不是一个well defined，如果取加权平均呢？有没有意义？
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t***m
发帖数: 114 | 25 en,i am using hyperbranched polymers
the GPC results have noticable difference with linear one
I got from DLS that single molecule is more sphere-like
compared with linear one
【在 v*****n 的大作中提到】
: As the equation says, it's a kind of relationship between the individual atom
: and the center of mass. Surely, you can calculate the rotation of certain
: bonds.
: As my understanding, the more extended, the higher the value of Rg.
: Linear/hyperbranched/block are different.
: Imaging a paper, it's impossible to stand on the desk if it's extended, but if
: you buckle it, it can.
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t***m
发帖数: 114 | 26 en,dn/dc不用很多样品吧
我只有100mg
【在 c******h 的大作中提到】
:
: 木有意义，如果是光散射得到的Rh已经是是平均的了。
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c******h
发帖数: 4573 | 27 要dn/dc干什么？
只做静态的角度依赖性，测完动态样品除尘合格的话可以继续做的
再制一个除尘的纯溶剂的样，测静态角度依赖型的时候扣个溶剂
基本上得出来Rg了。
如果要做dn/dc起码得三个浓度以上。
【在 t***m 的大作中提到】
: en,dn/dc不用很多样品吧
: 我只有100mg
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c******h
发帖数: 4573 | 28
这个你是怎么看出来得？你做DLS的浓度是多少？能确定在溶液中就是单分子么？
怎么能单独从DLS的结果判断到底是sphere-like还是linear？
【在 t***m 的大作中提到】
: en,i am using hyperbranched polymers
: the GPC results have noticable difference with linear one
: I got from DLS that single molecule is more sphere-like
: compared with linear one
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t***m
发帖数: 114 | 29 我做了10个角度，尺寸都是基本一致
这样能否说应该是个球形的？
是不是hyper branched是由反应得知的
不是由DLS结果
GPC 给出的分子量非常小，而NMR得到分子量是GPC的3倍
【在 c******h 的大作中提到】
:
: 这个你是怎么看出来得？你做DLS的浓度是多少？能确定在溶液中就是单分子么？
: 怎么能单独从DLS的结果判断到底是sphere-like还是linear？
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c******h
发帖数: 4573 | 30
不能，我们组就是搞光散射地，呵呵
本来DLS的角度依赖性就很小，甚至可以忽略的.只要样品制的干净
动态光散射测得的流体力学半径相差就是很小，不管是无规线团还是球
当然如果除尘不好，在小角度下灰尘影响特别大，会造成统计出来的Rh偏大
Rh的分布也变宽。
【在 t***m 的大作中提到】
: 我做了10个角度，尺寸都是基本一致
: 这样能否说应该是个球形的？
: 是不是hyper branched是由反应得知的
: 不是由DLS结果
: GPC 给出的分子量非常小，而NMR得到分子量是GPC的3倍
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