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发帖数: 632 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: vivien2009 (心寄悠然), 信区: Biology
标 题: 我是张辰宇的学生，说说最近的事
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 17 02:44:01 2013, 美东)
代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和功能研究我们基本都能做了，一个机缘巧合，
我们发现血清中普遍含有miRNA，从此我们从细胞内miRNA跳到了细胞外miRNA，并确立
了以研究细胞外miRNA为实验室的主要方向，期间的主要发现是：发现血清中有循环
miRNA；发现经由microvesicle/exosome分泌的miRNA是有功能的，能起到细胞间通讯交
流的作用；发现回流到细胞核的miRNA可以调控pri-miRNA；发现线粒体有miRNA；最后
就是最近的，发现哺乳动物体内有植物miRNA。从2008开始，我们陆续发表了四五十篇
关于miRNA的文章，按Google Scholar计算有14篇单篇引用超过50，1篇超过1000（见文
末）。列出这些，是想说明我们的东西也是一步步做出来的，除了最后一个发现，其它
的都被领域内证明并接受，包括Medicinal research reviews、Trends in cell
biology、Trends in biological science都邀请我们撰写综述。我想说这些东西怎么
就是“垃圾”了，张辰宇怎么就是“joker”了？OK有人会说我们没有CNS，我们也不是
不想发，CNS都投过，即便审稿人要求的都做了，还是被拒。国内发CNS本来就难，做创
新就更难，miRNA领域的大佬我们一个都不认识，没人支持我们，我们也就是坚持做着
而已。另外，做热门领域的压力不做不知道的，比如2008年初我们就作出循环miRNA的
文章了，投Nature的过程中，血浆里有循环miRNA的文章在PNAS上发了，所以马上转
Cell Res；比如miRNA调控miRNA的文章，Science也审了，但根据意见，估计半年多才
能完成，当时感觉就是不能等了，所以马上换杂志发了，后来果然没多久Nature上出了
一篇。做这种热门的东西的压迫感，我是深有体会的，就是时间不等人，你在CNS折腾
的过程中，没准别人就把你踢出去了，所以理想很丰满，现实很骨感。
2. 我们的研究中，唯一有争议的就是哺乳动物体内有植物miRNA的研究，就这个问题我
想好好说说。这个发现很颠覆，引起巨大争议也不奇怪，我们现在有一大部分工作是继
续在这个方面深入的做，搞清楚很多未知的关键问题。有网友提出我们这个工作别人跟
进缓慢，重复的工作出不来，negative的结果却有几篇。我觉得这个问题是个好问题，
科学的问题就科学的讨论，数据说话，我对MITBBS一些网友就事论事的态度是很赞赏的
，比如有网友问为什么体外转染miRNA上升上万倍，效果却和体内上升几倍相当的问题
，请看最近的文章（Thomson et al., Plos One 2013）就清楚了，这些我们文章中看
似矛盾的东西，其实是我们发文章时认知水平不够，无法清晰说明造成的，这就需要做
下去，很多困惑就能明了了。但对于那些跳上来就把我们贬得一文不值的网友的态度就
挺无语的，我感受到的除了“歧视”，别无他。回到这个问题的讨论，我觉得难重复是
正常的，本来植物miRNA在动物体内的检测就是很困难的，我们也是经历了两年的
trouble shooting，才获得了一些心得体会，才能总结出一些实验方法，使得实验做得
稍微顺利一些。全世界像我们实验室这样专门做细胞外miRNA的实验室应该不多，像我
们这样做过那么多次细胞外miRNA测量的也不多，我们也是最近才渐渐摸清了一些门道
，这中间的很多问题（比如量低等）都是非常困扰人的，原来不做这个的实验室或经验
不足的实验室，进入这个领域初期肯定是negative结果，如果不能坚持，浅尝辄止，那
就很难做下去。我们在贝勒医学院有一位合作者，对我们这个东西很感兴趣，但是就是
做不出来，我们今年派了一个博后去他们实验室做了一个月，和他们的博后一起
trouble shooting，在他们实验室做出了一些positive的数据。我想说这才是做事的态
度，在网上嚷嚷，把我们一棍子打死，这是做科研的态度吗？此外，大家若是能心平气
和一些，给我们一些时间，很多后续的东西就会出来。这两年我们在这个方向上做了不
少工作，有两篇文章已经完成要开始投稿了，都是证明植物miRNA进入人体有功能的，
后续还有一些，都是能说明一些问题的。其实在我们实验室，检测动物体内的植物
miRNA很多学生都做得出来，不同小组的不同方向也交叉证明了，多种技术如RT-PCR、
sequencing、Northern等也都能测到，我们一直以来就是相信一个理，坚持做，用数据
说话。
3. 我为什么反感NBT上孟山都这篇“打脸”文。这篇Reply是我写的初稿。我大概是4月
份收到这篇文章的第一版，当时读完的感觉就是哭笑不得、懒得吐槽。当时NBT的编辑
说这篇文章是potential accept，我心想文章硬伤那么多，随便挑几条回复一下也就完
了，这要是也能接收就奇了怪了。当时提出的主要问题是：（1）植物miRNA测序方法有
问题。使用米直接测序，植物miRNA仅能测到一千多个reads每一百万个reads。做过植
物miRNA测序的都知道，植物miRNA至少能测到十万个以上的reads吧，至少我们每次做
都是这样，并且单一个MIR156就不止这个读数了呀。连纯植物中miRNA都测不好，指望
其能测好动物体内的植物miRNA，测到就奇怪了！（2）miRNA的PCR就放个相对定量的
bar图在那，完全无法评价。循环miRNA的文章我也审过很多了，最烦的就是放个bar图
在那，关于miRNA检测的raw CT data、背景值、检测的可信范围等等的信息完全没有，
这你让人怎么评价数据的好坏，何况后面的统计分析还是完全基于这个变化值的，这种
文章看到就头大。所以我当时就提出，要把PCR数据完整的呈现，就像霍普金斯大学“
打我们脸”的文章一样，把原始数据放出来看，那么才能从中分析出东西。另外关于
PCR的内参，更是无力吐槽，这内参跟没有一样，我不禁怀疑作者是做这个领域的吗？
（3）其它还有一些明摆着的问题，比如说检测LDLRAP1用的是Elisa，既然是重复我们
的工作，那检测LDLRAP1为啥不能用和我们一样的技术Western？他们给出的理由竟然是
Western技术不精确，Elisa比Western更准确，这让我们这些搞分子生物学天天做
Western的情何以堪啊！这些问题我当时都懒得写了，心想NBT这么高级别的杂志，不会
收这么多问题的文章吧，就没引起重视。但事情的发展完全出乎意料！9月份，收到NBT
的信，说原作者根据我们的意见修改了文章，并且接收了，你们再改改Reply同期发表
吧。我和我的小伙伴都惊呆了，搞没搞错！OK，兵来将挡水来土掩，看看他们补了什么
吧！我心想测序至少重做了吧，看完再一次震惊了，我们提的问题全部被无视了，敢情
我辛辛苦苦写的Reply是个屁啊！不过作者确实也补充了一些实验的，但是就是这个补
充实验，居然更有问题。比如，为了说明他们的测序是可以从动物体内检测到植物
miRNA，他们直接往小鼠肝脏RNA中加入了1%的米的RNA，然后用此混合样品测序。先且
不说植物RNA远远达不到肝总RNA的1%，即使这次测序仍不能有效检测植物miRNA，而最
关键的混合样品中植物miRNA的含量，又含含糊糊的用相对量展示，数据放出来有什么
见不得人的吗，如何让我信服？我恨相对值！不过，故事发展到此也算正常，科研界一
来一回的文章也挺多的，很正常，这样才有助于澄清一些问题，其实也是有助于整个领
域的。至此我对孟山都没什么意见，最多就是觉得他们实验技术不够扎实，仅此而已。
但是11月文章出来，同期配发的Editorial彻底把我恶心到了！NBT你这干的什么事，从
头至尾你也没说要发这么个东西，OK这是你的自由我管不着，但是在一个科学问题没搞
清楚之前就站队，打压另一方，这算什么？还有我想问Nature和那位自称审我们文章的
cDNA网友，当时我们投文章时你们用很严的标准审我们，我们认了，毕竟是top
journal；但这一篇问题多多的文章，你们怎么就让过了，既然能审top journal的文章
说明对这个领域是懂行的啊，那孟山都文章的漏洞看不出来吗？搞的这两套标准让我无
论如何不能信服！另外若诚如cDNA网友所述您是NBT审稿人，您居然使用影响力使NBT将
倾向于不发表的文章发表了，原因是文章对转基因论战有意义（原文是“因为是
Negative result, editor对发表不是很积极。我再三强调了此打脸文对转基因论战的
意义后才接受的”），这种做法也太不符合审稿人的专业了。我们和孟山都的文章都不
是说转基因的事，您作为审稿人应该就文章论事，您却引申了文章的意义，还以此影响
编辑部，不得不说审稿过程是带着倾向性和有色眼镜的，有失公允。
4. 我为什么不反感RNA biology上霍普金斯大学的“打脸”文。其实对“打脸”这个词
我很反感，打脸意味着什么？别人做的是对的，我们做的是错的，所以被狠狠打脸了。
在一个科学问题没搞清楚之前，这种预先判断的高姿态本不是我们科研人员该有的，不
过这个词够生动，我继续沿用。这篇文章其实是我审的，但是我仍然支持它发表，为什
么？因为作者是本着科研的态度，从头到尾一五一十的做着研究和展示数据，所以虽然
是对我们不利的结果，我毫无理由拒绝其发表。但是数据真实不意味着就是对的，做不
出预期的结果也不意味着我们不对。我们觉得霍普金斯大学这篇文章很好，思路很正确
，于是我们就重复了（不过国内人比猴子便宜，所以我们是自己喝的果汁抽的血做的实
验呵呵），结果却大相径庭，数据不仅支撑我们的理论，还有一些独特的新发现。我们
能做出positive的结果极有可能和我们的一些经验和窍门有关。很抱歉我暂时只能说个
大概，文章已成文正要投稿，也许不久就能刊出，大家再来评判。
MITBBS上一些网友喊打喊杀，说我们是学术骗子，呼吁国内终止对我们的资助，大有除
我们而后快之势，我不知道你们的依据是什么？我一介土鳖，从未出过国，英语极差，
一看到老外就哑巴，对国外的留学生是很崇敬的，要学习的很多。但这次上MITBBS上一
看，不免失望，中国人的陋习体现无遗，甚至比国内更甚。请你们不要想当然，在网上
口诛笔伐，我们的钱没有用在吃喝旅游之上，全部用在实验上都未必够；实验室至今没
申请过奖；张辰宇也不是天天外面跑的人，相反是一个喜欢呆实验室的人。最后说一句
，国内上MITBBS还要翻墙，我擦！
南京大学 陈熹
[email protected]
附表：2008年以来张辰宇课题组单篇引用超过50的论文
1. Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for
diagnosis of cancer and other diseases. Cell Res. 引用：1230
2. Secreted monocytic miR-150 enhances targeted endothelial cell migration.
Mol Cell. 引用：242
3. A five-microRNA signature identified from genome-wide serum microRNA
expression profiling serves as a fingerprint for gastric cancer diagnosis.
Eur J Cancer. 引用：131
4. Serum microRNA profiles serve as novel biomarkers for HBV infection and
diagnosis of HBV-positive hepatocarcinoma. Cancer Res. 引用：129
5. Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence
of cross-kingdom regulation by microRNA. Cell Res. 引用：150
6. Expression profile of microRNAs in serum: a fingerprint for esophageal
squamous cell carcinoma. Clin Chem. 引用：98
7. Circulating MicroRNAs: a novel class of biomarkers to diagnose and
monitor human cancers. Medicinal research reviews. 引用：111
8. Identification and characterization of novel amphioxus microRNAs by
Solexa sequencing. Genome Biol. 引用：69
9. Identification of ten serum microRNAs from a genome-wide serum microRNA
expression profile as novel noninvasive biomarkers for nonsmall cell lung
cancer diagnosis. Int J Cancer. 引用：72
10. Differential expression of microRNAs in mouse liver under aberrant
energy metabolic status. J Lipid Res. 引用：60
11. Serum microRNA expression profile as a biomarker in the diagnosis and
prognosis of pancreatic cancer. Clin Chem. 引用：59
12. Secreted microRNAs: a new form of intercellular communication. Trends in
cell biology. 引用：62
13. Serum MicroRNA signatures identified in a genome-wide serum MicroRNA
expression profiling predict survival of non–small-cell lung cancer. J Clin
Oncol. 引用：330
14. Role of miR-143 targeting KRAS in colorectal tumorigenesis. 引用：208 |
Z**********g
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d********m
发帖数: 3662 | |
S****8
发帖数: 1 | 4 老张，你的吃相太难看。。。
【在 w********2 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
: 发信人: vivien2009 (心寄悠然), 信区: Biology
: 标 题: 我是张辰宇的学生，说说最近的事
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 17 02:44:01 2013, 美东)
: 代朋友发帖，全文如下：
: 我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
: ”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
: 生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
: 辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
: ，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
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w********2
发帖数: 632 | 5 我老姓王。
【在 S****8 的大作中提到】
: 老张，你的吃相太难看。。。
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m*******k
发帖数: 839 | 6 这位是不是小八六
【在 w********2 的大作中提到】
: 我老姓王。
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Z**********g
发帖数: 14173 | |
w********2
发帖数: 632 | 8 不是，领域不同。
这个是国内南大海归测mi rna，结果在人体内测到了gmo米的mi rna，直接打monsanto
的脸。犯了biotech领域的忌讳。哥认为他们的发现应该是真的。现在相类似的关于gmo
食品有类似dna rna转移的文章越来越多了。
【在 m*******k 的大作中提到】
: 这位是不是小八六
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w********2
发帖数: 632 | 9 这帖子在生物版又翻起来了，我过去没看到过，觉得很好，转过来大家评评。
【在 d********m 的大作中提到】
: 2013 ?
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x****6
发帖数: 4339 | 10 叔不是细胞生物学的
那是造假重灾区，
叔研究微生物都惊叹它们的复杂，现在想要降伏细菌来干点我们想要它们干的时候，都
难得不得了。
动植物就更复杂了。
他们出的结果我保守估计60%不靠谱.我们领域可能20%
所以叔现在开始玩生物物理。还是物理靠谱，最近separation in time scale 的思路
，有可能帮助叔解决了一个关键问题。
【在 m*******k 的大作中提到】
: 这位是不是小八六
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f****l
发帖数: 8042 | 11 关键是能不能重复，按说这个不难重复。如果你的结果发表出来，却没有有名望的实验
室能够重复出来。这个就不能怪别人了。生物领域，有问题的文章和结果太多了。
monsanto
gmo
【在 w********2 的大作中提到】
: 不是，领域不同。
: 这个是国内南大海归测mi rna，结果在人体内测到了gmo米的mi rna，直接打monsanto
: 的脸。犯了biotech领域的忌讳。哥认为他们的发现应该是真的。现在相类似的关于gmo
: 食品有类似dna rna转移的文章越来越多了。
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w********2
发帖数: 632 | 12 rt pcr还可以吧，主要是怕被污染，因为放大太多：一个污染dna片段如果primer认知
后也会无限放大。
【在 x****6 的大作中提到】
: 叔不是细胞生物学的
: 那是造假重灾区，
: 叔研究微生物都惊叹它们的复杂，现在想要降伏细菌来干点我们想要它们干的时候，都
: 难得不得了。
: 动植物就更复杂了。
: 他们出的结果我保守估计60%不靠谱.我们领域可能20%
: 所以叔现在开始玩生物物理。还是物理靠谱，最近separation in time scale 的思路
: ，有可能帮助叔解决了一个关键问题。
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S****8
发帖数: 1 | 13 我没有功夫看你们这些破事。。。打电话聊。。。或者来北卡那3个大学来看我。。
最好来Duke.... |
x****6
发帖数: 4339 | 14 rt-pcr太容易污染了，
我今年花了两个月做，最后一直污染，而且对样品条件还很敏感。放弃了
【在 w********2 的大作中提到】
: rt pcr还可以吧，主要是怕被污染，因为放大太多：一个污染dna片段如果primer认知
: 后也会无限放大。
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w********2
发帖数: 632 | 15 这个很难说。每个lab都有自己的trick不会写在paper里面，但是关键。中国的pi的
paper更是这样，哥一般都掠过，因为对技术提高没有太大用处。
【在 f****l 的大作中提到】
: 关键是能不能重复，按说这个不难重复。如果你的结果发表出来，却没有有名望的实验
: 室能够重复出来。这个就不能怪别人了。生物领域，有问题的文章和结果太多了。
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: monsanto
: gmo
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w********2
发帖数: 632 | 16 你女士吧，长相几分？lol
【在 S****8 的大作中提到】
: 我没有功夫看你们这些破事。。。打电话聊。。。或者来北卡那3个大学来看我。。
: 最好来Duke....
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x****6
发帖数: 4339 | 17 属实，叔现在想搞一个像crispr那么普世好用的生物工具，结果就悲剧了
【在 w********2 的大作中提到】
: 这个很难说。每个lab都有自己的trick不会写在paper里面，但是关键。中国的pi的
: paper更是这样，哥一般都掠过，因为对技术提高没有太大用处。
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Z**********g
发帖数: 14173 | 18 年轻时4分
【在 w********2 的大作中提到】
: 你女士吧，长相几分？lol
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w********2
发帖数: 632 | 19 这种情况下，一般做trouble shooting，就每一步做一个control对比，找出污染源，
然后各种办法消除污染源，就可以了。primer的特异性是很重要的。
【在 x****6 的大作中提到】
: rt-pcr太容易污染了，
: 我今年花了两个月做，最后一直污染，而且对样品条件还很敏感。放弃了
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x****6
发帖数: 4339 | 20 我最后试出来，副对照没出条带，证明没有污染。
然后实验组里出的结果对样品条件极其敏感，不能测量我们想测量的参数，只能放弃。
【在 w********2 的大作中提到】
: 这种情况下，一般做trouble shooting，就每一步做一个control对比，找出污染源，
: 然后各种办法消除污染源，就可以了。primer的特异性是很重要的。
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w********2
发帖数: 632 | 21 那是matrix effects，说明样品有类似dna片段可以和primer连上。说明primer还是不
够特异。
还有一种办法，就是可以试试用dna methylase把所有样品内dna片段甲基化，再用某种
分离让你要的dna片段demethylated，这样也可以。但这个去甲基化如何特异性是个大
难题，还是要和分离提纯一起做才行。
【在 x****6 的大作中提到】
: 我最后试出来，副对照没出条带，证明没有污染。
: 然后实验组里出的结果对样品条件极其敏感，不能测量我们想测量的参数，只能放弃。
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x****6
发帖数: 4339 | 22 叔喜欢crispr那样robust的技术和创意。
这种finicky 技术，叔不喜欢。
【在 w********2 的大作中提到】
: 那是matrix effects，说明样品有类似dna片段可以和primer连上。说明primer还是不
: 够特异。
: 还有一种办法，就是可以试试用dna methylase把所有样品内dna片段甲基化，再用某种
: 分离让你要的dna片段demethylated，这样也可以。但这个去甲基化如何特异性是个大
: 难题，还是要和分离提纯一起做才行。
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w********2
发帖数: 632 | 23 rt pcr其实是1980年代的crispr级别的技术，也是in vitro synthetic biology的基石
。问题就是primer要非常特异，不然结果就傻帽。nsc上很多关于古代考古的dna的发现
其实都是rt pcr污染，而不是真的发现。
【在 x****6 的大作中提到】
: 叔喜欢crispr那样robust的技术和创意。
: 这种finicky 技术，叔不喜欢。
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w********2
发帖数: 632 | 24 crispra也有off target cutting，现在dodner和张峰都在解决这个问题，一是grna的
特异性（这个我认为不是大问题，4的20次方还是很特异的），还有cas9蛋白的切点空
间拓扑结构，这个我认为是个问题，但可预测性比较大，基本就在那几个碱基对附近，
还有就是免疫反应，这个机制大家都不清楚，是个不可预知的大问题。
【在 x****6 的大作中提到】
: 叔喜欢crispr那样robust的技术和创意。
: 这种finicky 技术，叔不喜欢。
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x****6
发帖数: 4339 | 25 关于这个off target的问题，我觉得最靠谱的思路是 刘大卫的 deCas9-deaminase 融
合。
就是单个核苷酸的点突变。DNA链切都不切
问题点突变共有12中，现在只有酶能干1中，刘大卫在实验室进化出了一种。还有十种。
【在 w********2 的大作中提到】
: crispra也有off target cutting，现在dodner和张峰都在解决这个问题，一是grna的
: 特异性（这个我认为不是大问题，4的20次方还是很特异的），还有cas9蛋白的切点空
: 间拓扑结构，这个我认为是个问题，但可预测性比较大，基本就在那几个碱基对附近，
: 还有就是免疫反应，这个机制大家都不清楚，是个不可预知的大问题。
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w********2
发帖数: 632 | 26 这个是很牛的扩展，把原生的crispr-cas9的机制改变了。还有你上回贴出来的cas9加
error prone dna polymerase的，都是很好的扩展应用。
最新nature有篇讲用crispr系统改造成细胞rna录制仪，又是一个新的扩展，把细胞内
各种时期的rna序列都录下来，很有意思。
种。
【在 x****6 的大作中提到】
: 关于这个off target的问题，我觉得最靠谱的思路是 刘大卫的 deCas9-deaminase 融
: 合。
: 就是单个核苷酸的点突变。DNA链切都不切
: 问题点突变共有12中，现在只有酶能干1中，刘大卫在实验室进化出了一种。还有十种。
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x****6
发帖数: 4339 | 27 叔要努力加～～～～入～～～～他～～～～～们～～～～！。3年尝试一个idea，失败
了。最近两个月痛定思痛，深入学了生物物理的一些知识以后，提出了一个全新的设计
，可控性更高，也有叔自己的原创，回弗兰之前，会试试一个。
【在 w********2 的大作中提到】
: 这个是很牛的扩展，把原生的crispr-cas9的机制改变了。还有你上回贴出来的cas9加
: error prone dna polymerase的，都是很好的扩展应用。
: 最新nature有篇讲用crispr系统改造成细胞rna录制仪，又是一个新的扩展，把细胞内
: 各种时期的rna序列都录下来，很有意思。
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: 种。
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