m*******h
发帖数: 2005 | 1 当海鲜市场爆发的时候 应该做个metagenomics |
l****e
发帖数: 25 | 2 咋采集样本？
你靠近美国实验室高速公路的黄皮
都要被抓。 |
m*******h
发帖数: 2005 | 3 直接病人的样品啊 对这个样品做有点难度 但也不是不行
: 咋采集样本？
: 你靠近美国实验室高速公路的黄皮
: 都要被抓。
【在 l****e 的大作中提到】
: 咋采集样本？
: 你靠近美国实验室高速公路的黄皮
: 都要被抓。
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d****o
发帖数: 32610 | 4 这个是啥
【在 m*******h 的大作中提到】
: 直接病人的样品啊 对这个样品做有点难度 但也不是不行
:
:
: 咋采集样本？
:
: 你靠近美国实验室高速公路的黄皮
:
: 都要被抓。
:
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l****e
发帖数: 25 | 5 解释一下meta...
【在 m*******h 的大作中提到】
: 直接病人的样品啊 对这个样品做有点难度 但也不是不行
:
:
: 咋采集样本？
:
: 你靠近美国实验室高速公路的黄皮
:
: 都要被抓。
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m*******h
发帖数: 2005 | 6 就是不管样品里有啥，直接拿去做next generation sequencing 测序，然后拿到海量
数据，然后找生信千老分析数据，组装基因组
武汉病毒所应该有这个能力
: 这个是啥
:
【在 d****o 的大作中提到】
: 这个是啥
:
:
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d****o
发帖数: 32610 | 7 这么弄光细菌序列就海量了吧
没有预设目标的情况下能敏感到筛出没有纪录在案的新病原体吗？
【在 m*******h 的大作中提到】
: 就是不管样品里有啥，直接拿去做next generation sequencing 测序，然后拿到海量
: 数据，然后找生信千老分析数据，组装基因组
: 武汉病毒所应该有这个能力
:
:
: 这个是啥
:
:
:
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m*******h
发帖数: 2005 | 8 我大概说下过程
1.对病人样品提总核酸
2.样品分两份，一份作为怀疑DNA病原的，下面直接到3.另一份怀疑RNA病原的做反转录
得到cDNA，然后也到3.
3.把2的DNA或者cDNA切碎。这地方要说一下。不管是人的还是病原体的DNA还是cDNA都
不会是一个拷贝。而切又是随机切。所以，比如说对一个病原体，一个拷贝的切点在
100,200,300,400.....而另一个拷贝的切点在50,150,250,350....,再一个拷贝的切点
在75,175,275,375....
4.上next generation sequencer测序，对每一个切成段的核酸测序，得到海量数据。
5.生信千老玩儿数据。把这些测好的核算段组装，你看到上面切的方法导致有overlap,
所以就可利用overlap把核算段拼接起来。理论上可以拼出完整基因组。但实际几乎不
行。但是还是会从100的片段拼出几十万长到几千也有几百长的片段。
6.生信千老那这个拼接过的数据集合跟现有的数据库比较，除去人类片段。我估计99%
甚至99.99%的拼接过的片段都是人的。
7.用除掉人片段的数据集在去现有的数据库里搜，看哪个病原体和你的拼接好的片段最
像，然后就怀疑是它。
8.拼出全新的基因组不太可能，进化论决定的。当然要是发现全新的，那得大大的恭喜。
9.然后就可以根据拼接好的序列设计pcr对以后的病人样品检测了。 |
m*******h
发帖数: 2005 | |
x********e
发帖数: 35261 | 10 日，你知道样本里有多少有用信息，信噪比多高？又不是实验室可控变量实验，那么好
做de novo assembly？
overlap,
【在 m*******h 的大作中提到】
: 我大概说下过程
: 1.对病人样品提总核酸
: 2.样品分两份，一份作为怀疑DNA病原的，下面直接到3.另一份怀疑RNA病原的做反转录
: 得到cDNA，然后也到3.
: 3.把2的DNA或者cDNA切碎。这地方要说一下。不管是人的还是病原体的DNA还是cDNA都
: 不会是一个拷贝。而切又是随机切。所以，比如说对一个病原体，一个拷贝的切点在
: 100,200,300,400.....而另一个拷贝的切点在50,150,250,350....,再一个拷贝的切点
: 在75,175,275,375....
: 4.上next generation sequencer测序，对每一个切成段的核酸测序，得到海量数据。
: 5.生信千老玩儿数据。把这些测好的核算段组装，你看到上面切的方法导致有overlap,
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m*******h
发帖数: 2005 | 11 我说了啊，可行但是不易
有可能武汉病毒所都试过了
: 日，你知道样本里有多少有用信息，信噪比多高？又不是实验室可控变量实验，
那么好
: 做de novo assembly？
: overlap,
【在 x********e 的大作中提到】
: 日，你知道样本里有多少有用信息，信噪比多高？又不是实验室可控变量实验，那么好
: 做de novo assembly？
:
: overlap,
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m*******h
发帖数: 2005 | 12 如果能呼吸道深处取样，噪音要小些
: 日，你知道样本里有多少有用信息，信噪比多高？又不是实验室可控变量实验，
那么好
: 做de novo assembly？
: overlap,
【在 x********e 的大作中提到】
: 日，你知道样本里有多少有用信息，信噪比多高？又不是实验室可控变量实验，那么好
: 做de novo assembly？
:
: overlap,
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x********e
发帖数: 35261 | 13 不排除几种病毒同时感染，甚至还有细菌感染
【在 m*******h 的大作中提到】
: 如果能呼吸道深处取样，噪音要小些
:
:
: 日，你知道样本里有多少有用信息，信噪比多高？又不是实验室可控变量实验，
: 那么好
:
: 做de novo assembly？
:
: overlap,
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m*******h
发帖数: 2005 | 14 当然不排除
呼吸道样品尤其是lower呼吸道样品还是相对比较简单
: 不排除几种病毒同时感染，甚至还有细菌感染
【在 x********e 的大作中提到】
: 不排除几种病毒同时感染，甚至还有细菌感染
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