m********r
发帖数: 298 | 1 小弟是做MRI图像后处理的，最近手头有一个小的项目，大概有6,7个subject的brain
image，想截取frontal white matter和occipital white matter做一个subject之间的
比较。老板说手动的截取太arbitrary，因为不同人的brain，区域可能稍微有区别，还
是要用软件将这些brain都register到一个atlas,然后再截取想要的部位，就可以认为
每个brain截取的基本是一样的区域。我对神经科学了解甚少，组里做的人也不多，请
教各位有哪些软件可以将这些brain都注册到一个atlas上？只需要给出一些软件的名字
和具体的program就可以了，剩下的我可以自己研究研究，非常感谢！ | f**I
发帖数: 84 | 2 听起来FreeSurfer比较合适
【在 m********r 的大作中提到】
: 小弟是做MRI图像后处理的，最近手头有一个小的项目，大概有6,7个subject的brain
: image，想截取frontal white matter和occipital white matter做一个subject之间的
: 比较。老板说手动的截取太arbitrary，因为不同人的brain，区域可能稍微有区别，还
: 是要用软件将这些brain都register到一个atlas,然后再截取想要的部位，就可以认为
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| b**z
发帖数: 1351 | 3 你做大脑功能核磁共振研究？能否请教几个问题？
brain
间的
，还
认为
，请
名字
【在 f**I 的大作中提到】
: 听起来FreeSurfer比较合适
| m********r
发帖数: 298 | 4 谢谢回复
【在 f**I 的大作中提到】
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| m********r
发帖数: 298 | 5 我也是刚进组不久的学生，你说说看，我尽力而为
【在 b**z 的大作中提到】
: 你做大脑功能核磁共振研究？能否请教几个问题？
:
: brain
: 间的
: ，还
: 认为
: ，请
: 名字
| b**z
发帖数: 1351 | 6 如果知道local field potential (LFP), 有没有数学模型，
转换成模型模拟的 BOLD signal?
我知道有线性模型可以把 spikings 转换成 BOLD signal，然后和真实BOLD信号做对比
【在 m********r 的大作中提到】
: 我也是刚进组不久的学生，你说说看，我尽力而为
| c***e
发帖数: 97 | 7 registration,用ANTS
see this paper
Klein, A, Andersson, J, Ardekani, BA, Ashburner, J, Avants, B, Chiang, M-C,
Christensen, GE, Collins, DL, Gee, J, Hellier, P, Song, JH, Jenkinson, M,
Lepage, C, Rueckert, D, Thompson, P, Vercauteren, T, Woods, RP, Mann, JJ,
Parsey, RV. 2009. Evaluation of 14 nonlinear deformation algorithms applied
to human brain MRI registration. NeuroImage. 46(3): 786-802. PMCID:
PMC2747506
PS, I won't monitor this post, if you want to talk more, go to http://rfmri.org/Networking | m********r
发帖数: 298 | 8 不好意思，我不是做BOLD的，对这个不了解
【在 b**z 的大作中提到】
: 如果知道local field potential (LFP), 有没有数学模型，
: 转换成模型模拟的 BOLD signal?
: 我知道有线性模型可以把 spikings 转换成 BOLD signal，然后和真实BOLD信号做对比
| m********r
发帖数: 298 | 9 谢谢回复，这个没听过，我多看看
,
applied
【在 c***e 的大作中提到】
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| x*****3
发帖数: 422 | 10 I guess first you may want to select an atlas, MNI or talairach. And of
course, you can transfer MNI coordinates to talairach and vise versa.
There are plenty of softwares , e.g., FreeSurfer (FSL), SPM, Brainvoyager
and AFNI. However, you need to confirm that they use linear or non-linear
transform.
【在 m********r 的大作中提到】
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发帖数: 298 | 11 小弟是做MRI图像后处理的，最近手头有一个小的项目，大概有6,7个subject的brain
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发帖数: 84 | 12 听起来FreeSurfer比较合适
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: 小弟是做MRI图像后处理的，最近手头有一个小的项目，大概有6,7个subject的brain
: image，想截取frontal white matter和occipital white matter做一个subject之间的
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| b**z
发帖数: 1351 | 13 你做大脑功能核磁共振研究？能否请教几个问题？
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发帖数: 298 | 14 谢谢回复
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发帖数: 298 | 15 我也是刚进组不久的学生，你说说看，我尽力而为
【在 b**z 的大作中提到】
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:
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: 间的
: ，还
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: 名字
| b**z
发帖数: 1351 | 16 如果知道local field potential (LFP), 有没有数学模型，
转换成模型模拟的 BOLD signal?
我知道有线性模型可以把 spikings 转换成 BOLD signal，然后和真实BOLD信号做对比
【在 m********r 的大作中提到】
: 我也是刚进组不久的学生，你说说看，我尽力而为
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发帖数: 97 | 17 registration,用ANTS
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Christensen, GE, Collins, DL, Gee, J, Hellier, P, Song, JH, Jenkinson, M,
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| x*****3
发帖数: 422 | 20 I guess first you may want to select an atlas, MNI or talairach. And of
course, you can transfer MNI coordinates to talairach and vise versa.
There are plenty of softwares , e.g., FreeSurfer (FSL), SPM, Brainvoyager
and AFNI. However, you need to confirm that they use linear or non-linear
transform.
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发帖数: 200 | 21 你可以去看看Logothetis 那篇2001的Nature paper
他是用观测到的LFP和BOLD建立的一个模型。先看看那里有没有什么模型。
他后来的学生2013年有篇文章，对线性模型有一个修正。用非线性的模型了。
如果是直接的这种从理论模型出发的话。。还真有点困难。
因为模拟BOLD的一般是从模拟CBF开始的。但CBF和LFP的模型没什么人特别清楚。
Friston的DCM模型，有可以借鉴的地方。。但也是说的不清楚。
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| b*****g
发帖数: 200 | 22 一般认为MNI的atlas比Talairach的要好。Talairach是一个法国女人(?)的大脑。MNI
average了好多的人。
然后registration主要的问题是你需要几个degree of freedom, 像这种从个别人大脑
register到atlas的一般都是12个，就是肯定会存在形变的。工具其实都差不多而且其
实registration也存在问题。完美的registration是不存在的。你们老板的作法只是降
低人为的因素而已。
【在 x*****3 的大作中提到】
: I guess first you may want to select an atlas, MNI or talairach. And of
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: There are plenty of softwares , e.g., FreeSurfer (FSL), SPM, Brainvoyager
: and AFNI. However, you need to confirm that they use linear or non-linear
: transform.
| e***e
发帖数: 3872 | 23 SPM，VBM
DTI，DSI
Freesurfer是做皮层的，你可能不大用得上；fMRI的你用不上。DTI，DSI提供fiber的
走向分布，按理说比较white matter应该用，但得看你数据获取情况了。小项目，简单
也基本靠谱的办法就是VBM了。
【在 m********r 的大作中提到】
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: 是要用软件将这些brain都register到一个atlas,然后再截取想要的部位，就可以认为
: 每个brain截取的基本是一样的区域。我对神经科学了解甚少，组里做的人也不多，请
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