m*********3 发帖数: 1425 | 1 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教:
1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N-
glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现
在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方
法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做?
2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢?
3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide
还chemically release呢?
4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定
glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。 | s**********8 发帖数: 25265 | 2 放水果猪猪?
glycopeptide
【在 m*********3 的大作中提到】 : 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教: : 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N- : glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现 : 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方 : 法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做? : 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢? : 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide : 还chemically release呢? : 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定 : glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。
| m*********3 发帖数: 1425 | | d***e 发帖数: 1215 | 4 其它的不知道,但是IdeS比papain的specificity好得多
glycopeptide
【在 m*********3 的大作中提到】 : 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教: : 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N- : glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现 : 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方 : 法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做? : 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢? : 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide : 还chemically release呢? : 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定 : glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。
| E***n 发帖数: 308 | 5
1, Papain first, get the intact mass of Fab?
2, Peptide mapping can help you for sure.
answer.
glycopeptide
cleavage. I always use strong acid hydrolysis.
ETD could be best here, then CID.
For small molecule , people also use PQD and HCD.
bao zi.......
【在 m*********3 的大作中提到】 : 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教: : 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N- : glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现 : 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方 : 法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做? : 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢? : 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide : 还chemically release呢? : 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定 : glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。
| m*********3 发帖数: 1425 | 6 I tried ETD for glycopeptide, but the peptide signal is very low and
difficult to analyze, how about HCD/CID? | h*****t 发帖数: 1226 | 7 If your glycopeitide signal is low in MS level, you need improve the
recovery
first. MS/MS by HCD/CID won't help you to determine the modification site.
【在 m*********3 的大作中提到】 : I tried ETD for glycopeptide, but the peptide signal is very low and : difficult to analyze, how about HCD/CID?
| h*****t 发帖数: 1226 | 8 Not about analysis, but if Fab has N-link glycan, if it is not required
for activity,try to mutant the sequence and remove it . It will help you
in the future development.
glycopeptide
【在 m*********3 的大作中提到】 : 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教: : 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N- : glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现 : 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方 : 法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做? : 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢? : 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide : 还chemically release呢? : 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定 : glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。
| m*********3 发帖数: 1425 | 9 not MS signal, the MS/MS signal from ETD is low.
【在 h*****t 的大作中提到】 : If your glycopeitide signal is low in MS level, you need improve the : recovery : first. MS/MS by HCD/CID won't help you to determine the modification site.
| m*********3 发帖数: 1425 | 10 Sometimes, Fab N-glycan is important for activity. Indeed, Cetuximab has two
N-glycosylation sites. Furthermore, other glycoprotein such as EPO has
three N-glycosylation and one O-glycosylation, you can't just mutate the
sequence and remove all of them.
【在 h*****t 的大作中提到】 : Not about analysis, but if Fab has N-link glycan, if it is not required : for activity,try to mutant the sequence and remove it . It will help you : in the future development. : : glycopeptide
| b****u 发帖数: 2771 | 11 你的glycopeptide 有多少charge,
还有 啥仪器ETD,waters的话 hehe good luck.
【在 m*********3 的大作中提到】 : I tried ETD for glycopeptide, but the peptide signal is very low and : difficult to analyze, how about HCD/CID?
| b****u 发帖数: 2771 | 12
glycopeptide
做o-glycan site ID 用CID不一定不行,你用啥仪器做
【在 m*********3 的大作中提到】 : 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教: : 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N- : glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现 : 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方 : 法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做? : 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢? : 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide : 还chemically release呢? : 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定 : glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。
| b****u 发帖数: 2771 | 13
glycopeptide
这个 我已经有一个很好的方法,因为可能要patent,不能说了。
总之不一定要切糖。
【在 m*********3 的大作中提到】 : 在做Mab的glycosylation,有几个问题请教: : 1.大家都知道Mab在Fc有个N-glycan,可我看文献,其实大约10-15%的Fab上也有N- : glycan,想请教一下大家对于这种有两个glycosylation的Mab怎么分析它的糖基化,现 : 在流行的用LC-MS,CE分析都是把糖酶切下来,然后label,但对于有两个糖基化的这个方 : 法似乎不算最好,对于有Fab N-glycan的大家一般怎么做? : 2. 我看到有人用IdeS切Fab和Fc,比起Papain,哪个方法好一些呢? : 3.另外对于Fc-fusion protein,还有O-glycan(比如Enbrel),大家一般做glycopeptide : 还chemically release呢? : 4.还用过ETD确定glycosylation site,但ETD的效率很低,大家还有什么其它方法确定 : glycosylation site吗?尤其是O-glycan, 谢谢。
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