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发信人: davidcrazy (haha), 信区: Biology
标 题: 怎样从pbd文件计算一段a-helix的orientation angle (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 9 21:04:09 2007)
发信人: davidcrazy (haha), 信区: Chemistry
标 题: 怎样从pbd文件计算一段a-helix的orientation angle
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 9 21:03:41 2007)
有pdb的蛋白质结构,想要决定其中一段a-helix的角度.假设就以pdb文件的分子坐标作
为坐标系.我现在的很粗略的方法就是把那段a-helix所有Ca的坐标提取出来(比如用
excel),然后就直接利用矢量计算.比如第一个Ca的坐标是(x1,y1,z1),第n个Ca的坐标是
(xn,yn,zn),两者构成的矢量就是(xn-x1,yn-y1,zn-y2).然后可以利用基本的三角公式
算出该矢量的tilt angle和azimuthal angl |
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