d*******1
发帖数: 854 | 1 用了DASHAGEN的code计算如下：
result<- lapply(split(data,data$gene),function(x) lm(value~treatment,x))
但是结果的result是个list, 只有coefficient estimation 找不到p value, 用了
summary(result) 也不行, 结果如下：
> tail(summary(result))
Length Class Mode
AFFX-ThrX-3_at "13" "lm" "list"
AFFX-ThrX-5_at "13" "lm" "list"
AFFX-ThrX-M_at "13" "lm" "list"
AFFX-TrpnX-3_at "13" "lm" "list"
AFFX-TrpnX-5_at "13" "lm" "list"
AFFX-TrpnX-M_at "13" "lm" "list"
但是我知道一般的linear model是可以的：
> c1<-rnorm(100)
> | D******n
发帖数: 2836 | 2 lapply(result,summary);
【在 d*******1 的大作中提到】
: 用了DASHAGEN的code计算如下：
: result<- lapply(split(data,data$gene),function(x) lm(value~treatment,x))
: 但是结果的result是个list, 只有coefficient estimation 找不到p value, 用了
: summary(result) 也不行, 结果如下：
: > tail(summary(result))
: Length Class Mode
: AFFX-ThrX-3_at "13" "lm" "list"
: AFFX-ThrX-5_at "13" "lm" "list"
: AFFX-ThrX-M_at "13" "lm" "list"
: AFFX-TrpnX-3_at "13" "lm" "list"
| D******n
发帖数: 2836 | 3 if u only want the p-value for the f-staistic, use this code.
sapply(result,function(x) {fs=summary(x)$fstatistic;pf(fs[1],fs[2],fs[3],low
er.tail=F)})
【在 d*******1 的大作中提到】
: 用了DASHAGEN的code计算如下：
: result<- lapply(split(data,data$gene),function(x) lm(value~treatment,x))
: 但是结果的result是个list, 只有coefficient estimation 找不到p value, 用了
: summary(result) 也不行, 结果如下：
: > tail(summary(result))
: Length Class Mode
: AFFX-ThrX-3_at "13" "lm" "list"
: AFFX-ThrX-5_at "13" "lm" "list"
: AFFX-ThrX-M_at "13" "lm" "list"
: AFFX-TrpnX-3_at "13" "lm" "list"
| d*******1
发帖数: 854 | 4 不过我还是想把所有的stat都弄出来， 我就不明白了：
res<- lapply(result, summary) 得到的还是list,
用res[1]展示stat是没问题：
> res[1]
$`1007_s_at`
Call:
lm(formula = logvalue ~ treatment, data = x)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-0.2323 -0.1486 -0.0845 0.1602 0.4139
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 8.94030 0.09563 93.492 4.8e-16 ***
treatmentveh 0.32317 0.12520 2.581 0.0274 * | D******n
发帖数: 2836 | 5 ft，每个gene你都要要所有的statistics，人家当然给你一个list，否则怎么包含“所
有”。。。你得想想你究竟要什么数据结构吧。
【在 d*******1 的大作中提到】
: 不过我还是想把所有的stat都弄出来， 我就不明白了：
: res<- lapply(result, summary) 得到的还是list,
: 用res[1]展示stat是没问题：
: > res[1]
: $`1007_s_at`
: Call:
: lm(formula = logvalue ~ treatment, data = x)
: Residuals:
: Min 1Q Median 3Q Max
: -0.2323 -0.1486 -0.0845 0.1602 0.4139
| d*******1
发帖数: 854 | 6 那为什么names(res[1])不能显示所有的component的名字呢，不该啊？ 因为type res[
1]可以把所有的stat都打印出来。所以我以为可以用res$fstatistics得到如下的结构：
gene fstatistics
gene1 0.05
gene2 0.04
gene3 0.01
那么我如何能从res这个数据结构得到我想要的结果呢？ 我觉得res肯定包含所有的
fitting stat了， 关键是如何把他们call 出来
【在 D******n 的大作中提到】
: ft，每个gene你都要要所有的statistics，人家当然给你一个list，否则怎么包含“所
: 有”。。。你得想想你究竟要什么数据结构吧。
| D******n
发帖数: 2836 | 7 ....read 25708,
when u type the name of the data , it is obvious a function that prints the
result is invoked and that function can do more than what is included in the
data. for example, in the result data, it only has statistics and dfs, but
the print function will calculate the p-value and display it. But p-value is
not there in the data.
res[
构：
【在 d*******1 的大作中提到】
: 那为什么names(res[1])不能显示所有的component的名字呢，不该啊？ 因为type res[
: 1]可以把所有的stat都打印出来。所以我以为可以用res$fstatistics得到如下的结构：
: gene fstatistics
: gene1 0.05
: gene2 0.04
: gene3 0.01
: 那么我如何能从res这个数据结构得到我想要的结果呢？ 我觉得res肯定包含所有的
: fitting stat了， 关键是如何把他们call 出来
| d*******1
发帖数: 854 | 8 3x, what is 25708? post ID? how to get there?
the
the
but
is
【在 D******n 的大作中提到】
: ....read 25708,
: when u type the name of the data , it is obvious a function that prints the
: result is invoked and that function can do more than what is included in the
: data. for example, in the result data, it only has statistics and dfs, but
: the print function will calculate the p-value and display it. But p-value is
: not there in the data.
:
: res[
: 构：
| D******n
发帖数: 2836 | 9 ....., just check all the posts in this topic...
【在 d*******1 的大作中提到】
: 3x, what is 25708? post ID? how to get there?
:
: the
: the
: but
: is
| d*******1
发帖数: 854 | 10 这个SAPPLY好像是可以的， 把p value 写进vector. 能不能给解释一下呢， 什么df社
么的
【在 D******n 的大作中提到】
: ....., just check all the posts in this topic...
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