a***r
发帖数: 420 | 1 如果observation sequence是由两条独立的马科夫链产生的
用EM估计参数，是否需要多引入一个latent variable
问得可能不太清楚，主要是paper看得想吐。。。
不知这方面有没有比较系统的方法讲解/教程呢？求达人推荐~谢谢先~！
bow |
a***r
发帖数: 420 | 2 比如，对一个diploid individual，他的两条haplotype可看作两个独立的马链
而观测到的genotype dosage，是两个马链的observation之和
用EM 估算这个model的参数，有没啥经典文献啊？
或者，单纯介绍coupling两个独立MC的
呼唤bullren，sir，littlebird，你们懂的。。。
【在 a***r 的大作中提到】
: 如果observation sequence是由两条独立的马科夫链产生的
: 用EM估计参数，是否需要多引入一个latent variable
: 问得可能不太清楚，主要是paper看得想吐。。。
: 不知这方面有没有比较系统的方法讲解/教程呢？求达人推荐~谢谢先~！
: bow
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l*********s
发帖数: 5409 | 3 If I knew I would have spoken out already. but first of all, what do you
mean each haplotype is an independent Markov process?
【在 a***r 的大作中提到】
: 比如，对一个diploid individual，他的两条haplotype可看作两个独立的马链
: 而观测到的genotype dosage，是两个马链的observation之和
: 用EM 估算这个model的参数，有没啥经典文献啊？
: 或者，单纯介绍coupling两个独立MC的
: 呼唤bullren，sir，littlebird，你们懂的。。。
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s*r
发帖数: 2757 | 4 the classical example is genehunter
【在 a***r 的大作中提到】
: 比如，对一个diploid individual，他的两条haplotype可看作两个独立的马链
: 而观测到的genotype dosage，是两个马链的observation之和
: 用EM 估算这个model的参数，有没啥经典文献啊？
: 或者，单纯介绍coupling两个独立MC的
: 呼唤bullren，sir，littlebird，你们懂的。。。
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a***r
发帖数: 420 | 5 if we consider each marker as a time point
the origin clusters of haplotypes as sample space
the haplotype,which is a sequence of origin clusters at each marker
could be described as a Markov chain with the transition probability a
function of recombination rate
【在 l*********s 的大作中提到】
: If I knew I would have spoken out already. but first of all, what do you
: mean each haplotype is an independent Markov process?
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a***r
发帖数: 420 | 6 hmmm？let me c c...
thanks first
【在 s*r 的大作中提到】
: the classical example is genehunter
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