w****u
发帖数: 69 | 1 需要写个r code对有2个strata的data，画生存曲线图，
在网上找到code如下，程序的结果是对的，
老板问了个问题答不上来，投文章今天是deadline了，求救啊！！！！！！
其中ad5是我们的strata，treatment （1，0）表示实验组/非实验组，
贴了和第一个strata： Y 有关的部分，
先算每个每个strata的人数，对每个strata算baseline的hazard h0，然后S=exp(-H0)
×exp（beta* X1),
问题是最后算x1的时候，为什么要减去那个c(mean(treatment)呢？？？？
D=read.table('D:/survial function.txt',header=T)
attach(D)
S=Surv(time,infection)
m1=coxph(S~strata(ad5)+treatment)
d.phm=coxph.detail(m1)
#strata are Y and Z; number individuals in Y, Z:
nY=d.phm$strata[1]
#h0 for Y
timesY=c(0,d.phm$t[1:nY])
h0Y=c(0,d.phm$hazard[1:nY])
S0Y=exp(-cumsum(h0Y))
#dose effect:
beta=m1$coef
x1=c(mean(treatment[treatment<=0.5]))-c(mean(treatment))
Sx1Y=S0Y^exp(beta%*%x1) |
c********h
发帖数: 330 | 2 对survival不是很熟，但我猜应该跟linear model里有intercept的contrast是一样的。
你有个baseline的hazard h0 （不清楚survival是把这个intercept放在h0里还是你的
beta里有个截距项？看你的code像是放在h0里了），这个baseline应该是overall
effect, no matter treatment = 0 or 1. beta对应的应该是 treatment = 1 minus
the overall effect，所以要减去。
不知道说清楚没，打个比方，就像是
beta0 * x.bar + beta1 *(x - x.bar) = beta1 * x
你这个code里是用等式左侧做的calculation，但是你coding时pass进去的时候用的是
等式右侧。 |
w****u
发帖数: 69 | 3 非常感谢这位高手，我再仔细琢磨一下！
的。
【在 c********h 的大作中提到】
: 对survival不是很熟，但我猜应该跟linear model里有intercept的contrast是一样的。
: 你有个baseline的hazard h0 （不清楚survival是把这个intercept放在h0里还是你的
: beta里有个截距项？看你的code像是放在h0里了），这个baseline应该是overall
: effect, no matter treatment = 0 or 1. beta对应的应该是 treatment = 1 minus
: the overall effect，所以要减去。
: 不知道说清楚没，打个比方，就像是
: beta0 * x.bar + beta1 *(x - x.bar) = beta1 * x
: 你这个code里是用等式左侧做的calculation，但是你coding时pass进去的时候用的是
: 等式右侧。
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w****u
发帖数: 69 | 4 非常感谢这位高手，我再仔细琢磨一下！
的。
【在 c********h 的大作中提到】
: 对survival不是很熟，但我猜应该跟linear model里有intercept的contrast是一样的。
: 你有个baseline的hazard h0 （不清楚survival是把这个intercept放在h0里还是你的
: beta里有个截距项？看你的code像是放在h0里了），这个baseline应该是overall
: effect, no matter treatment = 0 or 1. beta对应的应该是 treatment = 1 minus
: the overall effect，所以要减去。
: 不知道说清楚没，打个比方，就像是
: beta0 * x.bar + beta1 *(x - x.bar) = beta1 * x
: 你这个code里是用等式左侧做的calculation，但是你coding时pass进去的时候用的是
: 等式右侧。
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