p****r
发帖数: 104 | 1 http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/395
记得2004年的时候，Cell上有一篇很有名的文章：Predicting gene expression from
sequence
作者用了一个Bayesian network从DNA sequence来predict gene expression，号称
accuracy可
以达到80%，引起了轰动。但是文章发表之后，很多人却发现结果无法重复，引起了很
多的争论。
后来就是这几个UCSD的researcher对当初这篇文章进行了仔细的复制，并且改进了方法
，看起来经过改进
之后，这个方法的结果还是不错的。
我想在motif finding之后，一个很自然的延伸就是预测motif之间的关系，并且寻找他
们和gene
expression的联系。这篇文章很好的解答了这个问题。推荐阅读！ |
G***G
发帖数: 16778 | 2 first you must answer why gene expression value vary from one experiment to
another experiment even in same condition and same tissue while sequences
keep unchanged.
from
【在 p****r 的大作中提到】
: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/395
: 记得2004年的时候，Cell上有一篇很有名的文章：Predicting gene expression from
: sequence
: 作者用了一个Bayesian network从DNA sequence来predict gene expression，号称
: accuracy可
: 以达到80%，引起了轰动。但是文章发表之后，很多人却发现结果无法重复，引起了很
: 多的争论。
: 后来就是这几个UCSD的researcher对当初这篇文章进行了仔细的复制，并且改进了方法
: ，看起来经过改进
: 之后，这个方法的结果还是不错的。
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b*****l
发帖数: 9499 | 3 能写个读书笔记不？包子大大的 :)
from
【在 p****r 的大作中提到】
: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/395
: 记得2004年的时候，Cell上有一篇很有名的文章：Predicting gene expression from
: sequence
: 作者用了一个Bayesian network从DNA sequence来predict gene expression，号称
: accuracy可
: 以达到80%，引起了轰动。但是文章发表之后，很多人却发现结果无法重复，引起了很
: 多的争论。
: 后来就是这几个UCSD的researcher对当初这篇文章进行了仔细的复制，并且改进了方法
: ，看起来经过改进
: 之后，这个方法的结果还是不错的。
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p****r
发帖数: 104 | 4 Are you talking about biological or technical variability? They should be
covered by doing replicates. This should not damage the value of this paper.
to
【在 G***G 的大作中提到】
: first you must answer why gene expression value vary from one experiment to
: another experiment even in same condition and same tissue while sequences
: keep unchanged.
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p****r
发帖数: 104 | 5 版主有礼了！等我有空的时候写吧。
【在 b*****l 的大作中提到】
: 能写个读书笔记不？包子大大的 :)
:
: from
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