A**G
发帖数: 33 | 1 本站ID:
ATCG
NKBBS上的ID:
n/a
在南开的时间段:
1993-1997本科
院系专业:
生科院
目前所在地:
North Carolina, USA
其它(备注):
南开的兄弟姐妹们，大家好！ |
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d*****r
发帖数: 39446 | 2 【此篇文章是由自动发信系统所张贴】
ATCG 已经成为本俱乐部的正式成员, 特此通知. |
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t******l
发帖数: 10908 | 3 而从专利律师单田芳的角度，首先总得把可能的算法错误给归类一下，至少搞个不会自
相矛盾的 if-then-else 覆盖。而从这个角度看，忽略空间解旋和回旋的几何错误，仅
仅看 ATCG 的顺序 lex yacc 字符错误，差不多应该是这么看：
1. 正常复制出来的两条新单链上的错误。
2. 原来两条旧单链，因为解旋以后不如双旋稳定，而导致原来旧单链的错误。具体可
能有以下四种情况：
2.1 被偷偷插入或者搞掉一段，但旧单链整体还是稳定存在，这种李云迪敲错两音符的
错误。
2.2 旧单链当中断了，被断成两截，这种李云迪弹到一半忘谱再也没想起来，于是直接
霸气离场也不退门票型错误。
2.3 旧单链本身没错，但是某个位置在53酶还没有跑到的时候，随机给 attach 了对面
的互补 ATCG 一段。。。虽然这段也没错，但53酶跑到那里的时候，发现已经有雷锋把
活给偷偷干了，顿时情何以堪。。。
2.4 旧单链在空间随机扭曲的时候，不幸自己的 ATCG 跟自己互补的 TAGC 给撞上，然
后自己跟自己他娘的就搂在一起她就高潮了。。。然后53酶跑到那里的时候一看，大骂
尼玛我是装配工不是小蜜小三不... 阅读全帖 |
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w*********e
发帖数: 6093 | 4 尽量粗浅哈
中性选择：只有对生育有害的突变才会被淘汰。由于有明确功能的基因序列仅占总数的
少数，所以占突变多数的没有害也没啥好处的突变被保留。
稳定突变：由于可遗传突变仅仅发生在生殖细胞DNA复制时，而这个复制机制的错误率
基本没有改变，所以推断突变产生的速率稳定。---比如，比较分叉超过5百万年的人猴
复制错误率差。
多样性评估：举一种简单的。比如有十个位点，每个ATCG四种可能，那么计算的不是4
的10方后算每个个体组型的比例，而是算群体某个位点ATCG的比例，付个离散值，然后
总的来看。比如25%：25%：25%：25%肯定比90%：8%：1% ：1%杂，多样性高。
现在的人类所有基因库，只要大概10万人级别的就可以代表了。比如，宽松一点，随便
挑100万人扔火星繁衍到100亿，再来计算这个多样性，跟留在地球的60亿繁衍到100亿
的基本一样。仅仅有最终数据，你无从判断当年哪个是哪个。
优势位点的产生有赖于小群体的繁衍，比如随便挑1000个---就原始部落群来说算大的
了，分1000堆繁衍，那么多样性跟原来的比就肯定差，但这1000个小群体间的多样性差
异，却要小的多了。由此可以... 阅读全帖 |
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t******l
发帖数: 10908 | 5 而对于这个 “三百年” 的只可意会但不可言传，我打个军版的比方。
就好比假设下弦月还是单身，但某天如果突发奇想上军版问，如何推出个 USAMO 娃，
这样可以去父母版比蛋秒灭一堆推妈。
这个如果放军版，最可靠的回答，就是让下弦月去找个 USAMO 后入三百下内射，然后
让 USAMO 微信远程指导推娃。实在要确保，那就拼图姐的做派搞八个，大概率至少有
一个成功。
虽然这个点子确实很黄很淫荡，但我们对比一下其他的两个点子。
一个点子，是让下弦月用 cayi 的办法，孤雌繁殖出八个娃，然后用父母版狠推 Kumon
计算题的办法狠推 USAMO。。。但很可能大概率推出八个傻子。
另一个点子，是让下弦月从自己的身体里取出八个卵子，然后去下弦月的动物房，用
53酶 permutation 一下 ATCG 的组合搞出八个胚胎后，种回子宫搞个八胞胎出来。。
。但问题是 ATCG 太过复杂，简单 permutation 的结果大概率是八个流产。
这个原因是，智慧的复杂性和智慧出现的偶然性（包括政体这种政治智慧），导致看起
来最黄最淫荡的，让下弦月找个 USAMO 后入 300 下内射以后，再让 USA... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 6 转贴，非原创。
简言之，麻省理工的张峰三年前研制出世上第一把剪刀，河北科大的韩春雨刚刚造出第
二把，都是用来精准剪裁DNA的。分子生物学界苦苦寻觅之近半个世纪并公认希望万分
渺茫，所以被称作生物学界划时代的革命性壮举。无意外的话，不出五年应冠以生物医
学诺奖。
为什么小小剪刀如此轰动？
那得先说说人是啥。人不过是30几兆细胞堆积而成的生命体。而决定我们的呼吸心跳相
貌行为甚或思维乃至手里的教鞭质量，正是细胞。准确地说，是细胞核里的基因组。始
于来自五湖四海却能奇缘般地汇聚于此海角天涯有幸群侃神聊，大概也离不开我们基因
组里一些共性的。
那么，基因组又是什么呢？
基因组是一根由两条超长的脱氧核糖核酸即DNA交缠而成的双股长绳。其组成极其简单
，仅由4个不同的碱基即ATCG串联而成。准确地说，一股上的A或C与另一股上的T或G双
手紧拉配对从而形成双股DNA间的绝对互补缠绵，以确保遗传密码之精确无误，人人完
美，好人一生平安。
其实ATCG没有那么安分专情。先把它们比作♦A♥A♦2♥
2，看看他们是怎样开小差的。比如♦A偶尔会很无情... 阅读全帖 |
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b******n
发帖数: 4225 | 7 Pacific Biosciences的可能问题：
1）DNA polymerase有3'-5'的外切酶活性从而保证高保真性。但是机器不会识别这个保
真过程，于是仍然多读了一个不存在于模板中的碱基出来
比如新合成的链理论上应该是 5'-ATCG-3'
但是DNA Polymerase开了个小差，错误合成了5'-AT-3'，
3'-5'的外切酶活性马上切掉这个无法正确配对的G
从而保证合成的序列仍然是 5'-ATCG-3'
但是机器读出来的可能会是 5'-ATGCG-3'
2）10 base/second，会不会太快了，机器将前后的信号混淆了或者没来得及读出来
SMRT |
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发帖数: 1 | 8 数字化、智能化、联网：寻找碳基生命的硅基未来
2017-06-07
“一旦计算机可以学习，整个世界都不一样了。”在不久前的“慈善+”2017跨界公益
论坛上，致力于把管理健康的权利还给每一个人的碳云智能创始人兼CEO王俊，向在场
观众构筑了一条碳基生命通往健康未来的硅基之路。
他认为，生命本身其实是一个学习系统，数字化、智能化、联网，将是未来碳基生命最
重要的发展方向，碳云智能要做的，就是构建一个生命的学习系统，从个体学习起，最
终帮助每个人管理自己的数字生命。以下为王俊演讲实录：
一只七星瓢虫引发的思考
这件事情要从我在北大上本科时讲起。这是我在北大的本科毕业论文，那是92年的时候
，25年前，个人计算机刚刚发达，所有人都把计算机当成一个大型的计算器。在那个时
候，我们在思考一个问题，我们想能不能做一个机器，模拟生物学的一些行为？我当时
本科论文做的是关于机器瓢虫的，自然界里面，蚜虫在一片叶子上是集团分布的，瓢虫
吃蚜虫时先开始随机行走，碰到食物之后不断转圈，直到把食物吃完，又继续随机行走
，这是自然界捕食行为的模式。
能不能在不告诉计算机的情况下，让计算机自己学会这样去吃食物？当时... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 9 美国光伏破产潮对中国光伏企业的影响分析来源：中国行业研究网 时间：2011-11
-18 此次“双反”调查，直接源于美国三家光伏企业连续倒闭。 2011年9月1日，曾被
寄予厚望的硅谷太阳能新星Solyndra宣布申请破产保护，1100名员工遭解雇。
此次“双反”调查，直接源于美国三家光伏企业连续倒闭。
2011年9月1日，曾被寄予厚望的硅谷太阳能新星Solyndra宣布申请破产保护，1100
名员工遭解雇。
在此之前，两家太阳能电池板生产商EvergreenSolar和SpectraWatt分别于8月15日
和19日相继申请破产保护。
据美国媒体报道，Solyndra公司破产前拿到的风险投资累计超过10亿美元；2009年
，其还得到过美国能源部提供的高达5.27亿美元的贷款担保。《纽约时报》、《华尔街
日报》等媒体将其冠以“政策制定者的甜心”、“风投的宠儿”、“美国有史以来资金
最为充裕的新兴企业之一”等诸多头衔。
三家企业一个月内连续倒闭，惊动了美国政商两界。美国众议院能源和商务委员会
主席亨利公开表示，“美国正面临失去清洁能源领导地位的危险”。三家企业在破产... 阅读全帖 |
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u******r
发帖数: 1541 | 10 没仔细看文章，那新加的X和Y是什么东西？
ATCG在生物体都是有合成途径的，你新加的XY从哪里来？
转录的时候能被正确识别并转录吗？
就算能被转录，肯定不能被翻译；翻译需要tRNA识别密码子的，你带有X和Y的密码子，
没有tRNA能识别，要识别也是错误识别。你得还要构建一整套tRNA。
然后就算tRNA构建好了，你哪里找来172种氨基酸？
生物体自己合成，或者从食物中吸收的氨基酸，就那么多种；你172种从哪里来？都靠
培养基外加？那只能养养细菌或细胞
这个基本是骗骗外行，拉拉funding的；可预见的未来没有任何实用价值 |
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x****6
发帖数: 4339 | 11 这个说到点子上了。理解NP, NP-complete，就能理解生物的复杂和做生物的困难。生
物里一个核心问题是给定生物序列的长度（细菌几百万到人几十亿DNA碱基对，每对有
ATCG四种可能），进化的过程中，生物种群是如何在有限的时间里去探索规模在4^
1000000 - 4^1000000000的序列空间进而实现适应性的增加？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 12 你可能理解或者表达错了。复制DNA的蛋白机器确实是进化出低出错率；但是DNA分子本
身由简单的ATCG四个核苷酸组成，没有什么复杂结构而言。 |
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t******l
发帖数: 10908 | 13 我前面灌水写得不清楚，有二义性。。。我前面是指 DNA 复制机制,而不是 DNA 碱基
本身。。。当然我这也是前面看了楼上千老下弦月的帖子后紧急学习的，否则我根本不
知道啥复制机制。
或者还是打一个不恰当的比方，这好比 TSMC 和 UMC，买的都是同样级别的高纯硅圆晶
，用的都是台湾爱爱发电，但 UMC 性能和成品率就是不照，估计早晚要挂。。。
: 你可能理解或者表达错了。复制DNA的蛋白机器确实是进化出低出错率；但是DNA
分子本
: 身由简单的ATCG四个核苷酸组成，没有什么复杂结构而言。
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t******l
发帖数: 10908 | 14 刘晓波不懂西方虚伪但实在的平等体系，也就是良币驱逐劣币的体系。政治正确的说法
是共和体系。
或者刘晓波懂但不能打开天窗说。
民主更多就是个口号。
否则的话，因为提高人类平均智力的 ATCG 困难度，三千年都不行。 |
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x*****8
发帖数: 10683 | 15 作为生化专家，我给您解释。
遗传DNA的ATCG序列是一方面，而表观遗传（epigenetics）的甲基化和乙酰化等修饰是
另一方面，都携带了大量信息！
动物学习的过程可能对表观遗传的影响更大，也会传给自己的后代。
美国这边近年来对表观遗传的研究表明，吸毒或酗酒的妈妈生的孩子很多也吸毒或酗酒
，即使他们不是由亲生母亲带大。 |
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x*****8
发帖数: 10683 | 16 以前中国跟着苏联一边倒，推崇信奉法国生物学家拉马克的学说的俄国生物学家米丘林
和他的邪恶门生李森科，而贬低美国著名遗传学家摩尔根和他的得意门生谈家桢。后来
中国改革开放了，就把拉马克和米丘林贬得一钱不值。
但现在从表观遗传研究结果看，拉马克和米丘林的学说也有合理的地方。生物所处的环
境，生物后天的学习过程，都会影响基因和蛋白的表观遗传，积累了很多代以后，还会
改变其DNA的ATCG序列！ |
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a*****y
发帖数: 33185 | 17 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2018/7/415023.shtm
哈佛讲席教授谢晓亮全职回北大任教
2018年7月1日起，北大生物动态光学成像中心主任、北京未来基因诊断高精尖创新中心
主任——谢晓亮正式全职回到母校北大任教，担任北京大学李兆基讲席教授。
谢晓亮
1998年，谢晓亮成为改革开放后哈佛大学聘任的第一位来自中国大陆的终身教授；2009
年，他成为改革开放后第一位哈佛冠名讲席教授的中国大陆学者；他是美国国家科学院
院士、美国国家医学院院士、美国艺术与科学院院士、美国物理化学和生物物理界最高
奖获得者，是获得美国生命医学大奖——阿尔伯尼生物医学奖的第一位华人。
附：谢晓亮教授为北大120周年校庆撰写的纪念文章：
梦想的启航与归程——我和北大的故事
光阴似箭，岁月如梭，历经百廿沧桑，母校北京大学即将迎来120周年华诞。
我生于北大，长于北大，熟悉这里的一草一木，一山一水。从北大幼儿园、北大附小、
北大附中到北京大学，我在北大度过了大部分的学生时光，与北大一起经历了中国的历
史变迁，建立了无法割舍的联系。每次回到燕园，我总会感觉到一种温暖的气... 阅读全帖 |
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h*****h
发帖数: 264 | 18 http://www.pku.edu.cn/ 头条
http://pkunews.pku.edu.cn/xwzh/2018-07/02/content_303545.htm
2018年7月1日起，北大生物动态光学成像中心主任、北京未来基因诊断高精尖创新中心
主任——谢晓亮正式全职回到母校北大任教，担任北京大学李兆基讲席教授。
谢晓亮
1998年，谢晓亮成为改革开放后哈佛大学聘任的第一位来自中国大陆的终身教授；2009
年，他成为改革开放后第一位哈佛冠名讲席教授的中国大陆学者；他是美国国家科学院
院士、美国国家医学院院士、美国艺术与科学院院士、美国物理化学和生物物理界最高
奖获得者，是获得美国生命医学大奖——阿尔伯尼生物医学奖的第一位华人。
附：谢晓亮教授为北大120周年校庆撰写的纪念文章：
梦想的启航与归程——我和北大的故事
光阴似箭，岁月如梭，历经百廿沧桑，母校北京大学今年迎来120周年华诞。
我生于北大，长于北大，熟悉这里的一草一木，一山一水。从北大幼儿园、北大附小、
北大附中到北京大学，我在北大度过了大部分的学生时光，与北大一起经历了中国的历
史变迁，建立了无法割舍的联系。每次回... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 19 你自己措辞是“完全”随机、无序。
突变的本质是化学反应的噪音，更本质一点就是thermo noise。ATCG之间的转换（突变
）不是概率相同的，这由它们的化学结构，DNA复制的聚合酶的催化性质决定。具体我
就不展开了。
另外，基因组不同区间，突变率也不一样。比如高等生物的DNA每隔一段就绕成线团一
样的结构，改变了碱基对对突变因素的敏感性。
所以准确的说，突变是随机的，但是突变的分布是有规律的。而且很多时候，突变率高
的基因片段和适应变化环境有关。 |
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d****n
发帖数: 10034 | 20 今天很多人都被一则“一对名为露露和娜娜的基因编辑婴儿于11月在中国诞生”的消息
震撼了。旋即掀起了一阵舆论热潮。
事情大致是这样的，深圳一位科学家使用名为CRISPR-Cas9的基因编辑技术修改了一对
人体胚胎的基因，来达到预防HIV病毒的目的。
提到CRISPR-Cas9，正如它的主要发明者之一，加州大学伯克利分校的生物化学家詹妮
弗·杜德娜（Jennifer Doudna）所说的，这项技术的灵感来源于细菌。它可以驾驭细
菌的免疫系统、截断甚至破坏单个基因，然后在它们的相应位点上插入新的基因。它是
当前最强大的、实用化的基因修改工具。
这么说吧，科学家用它创造出不长角的牛已经根本不是难事。一切的限制，只在于伦理
道德和监管政策。
2017年，美国国家科学院就发布过一份题为《人类基因编辑：科学、伦理和治理》的研
究报告，是迄今该领域最全面的相关研究报告之一。非常非常令人意外，报告认为在条
件高度受限的情况下，应该允许科学家从事编辑人类活胚胎的研究。这一结论引起了巨
大的争议。
关于中国基因编辑婴儿这一事件，曾光临造就做过专题演讲的中科院生物化学与细胞生
物学研究所研究员、博士生导师吴立... 阅读全帖 |
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d****n
发帖数: 10034 | 21 南方科技大学副教授贺建奎，在第二届人类基因组编辑峰会召开前一天（11月26日）宣
布：一对名为露露和娜娜的基因编辑婴儿于11月在中国健康诞生。
报道还表示，露露和娜娜在胚胎形成时经过基因剪刀CRISPR/Cas9对其生殖细胞核中一
个基因（CCR5）进行了编辑修改，这使得她们出生后即能天然抵抗艾滋病（世界首例）
，也意味着中国在基因编辑技术用于疾病预防领域实现历史性突破。
消息发出后，全网立马引发了“基因编辑婴儿”的热议。
基因编辑，究竟是怎样一门科学技术
基因编辑神器CRISPR
我们知道人类的遗传信息都是存储在DNA中，而DNA是由ATCG四种核苷酸来编码遗传信息
。人类的基因组里一共有30亿个碱基，30亿个核苷酸，可以编码两万五千个基因，而每
一个基因都编码一种蛋白质。
蛋白质是我们生命活动的执行者，它不仅组成了我们的身体，也决定了我们如何运动和
思考。因此，基因上的差别会造成我们每个人的差异。而一旦这些基因发生突变，就会
导致一些遗传疾病。
但如果我们能想办法将突变的那个碱基纠正的话，就意味着可以治疗这种疾病。所以，
科学家一直对基因编辑技术非常着迷，只是苦于长时间无法突破。
... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 22 正常人atcg, 病人actg, 生物学家也要在老鼠身上试一遍才安心 |
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t********i
发帖数: 7856 | 23 我觉得应该这么类比：
DNA类似于可执行的二进制代码(.EXE文件)，不过DNA是四进制(ATCG)不是二进制(0,1)
。而鸡巴是程序运行的输出结果。
你用C++编个程序，在屏幕上画个鸡巴。你觉得这个鸡巴太短太小，想要个又长又粗的
。当然是在C++源代码里改鸡巴长度和粗细两个参数，这是最方便的。如果你想直接修
改 EXE 文件那太麻烦了，首先你得找到这俩赋值语句的位置和参数位置，再编辑两个
参数。而且你必须保证位置绝对准确——万一你不小心碰了其他代码，这个EXE就画不
出大鸡巴了，可能只能画出一地阴毛。甚至直接死机。
如果你觉得自己的鸡巴太短太小，想有个又长又粗的。很遗憾，生物的高级语言源代码
现在还不知道在哪儿。所以只能直接修改DNA四进制可执行代码。首先你得找到这俩参
数的基因和他们在基因上的位置，再用CRISPR技术来编辑基因。而且你必须保证位置绝
对准确——万一你不小心碰了其他碱基对，很可能你的大鸡巴就长到菊花上面去了。 |
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C**********e
发帖数: 23303 | 24 大规模改EXE提升功能 这就很难了
: 我觉得应该这么类比：
: DNA类似于可执行的二进制代码(.EXE文件)，不过DNA是四进制(ATCG)不是二进制
(0,1)
: 。而鸡巴是程序运行的输出结果。
: 你用C 编个程序，在屏幕上画个鸡巴。你觉得这个鸡巴太短太小，想要个又长
又粗的
: 。当然是在C 源代码里改鸡巴长度和粗细两个参数，这是最方便的。如果你想
直接修
: 改 EXE 文件那太麻烦了，首先你得找到这俩赋值语句的位置和参数位置，再编
辑两个
: 参数。而且你必须保证位置绝对准确——万一你不小心碰了其他代码，这个EXE
就画不
: 出大鸡巴了，可能只能画出一地阴毛。甚至直接死机。
: 如果你觉得自己的鸡巴太短太小，想有个又长又粗的。很遗憾，生物的高级语言
源代码
: 现在还不知道在哪儿。所以只能直接修改DNA四进制可执行代码。首先你得找到
这俩参
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发帖数: 1 | 25 我记得病毒的功能性是由结构决定的。而结构就是atcg 组成的链条形成的各种形状。
蛋白质在高温下会变形，进而失去结构，也就是失去功能。是不是加温就能杀死病毒？
各位千佬帮我补补生物课呗 |
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m*****n
发帖数: 421 | 26 这个说的在理。
下面的说给大家听：
人活着难道就为了传那个Y染色体么？显然不是。
你能肯定你的外染色体就比别人优秀么？不能，因为大部分汉族人的Y染色体都差不多。
你生了儿子，Y染色体就能保存么？不一定。因为你儿子不一定会给你生个孙子，你孙
子又不一定会给你生重孙子。
你生了女儿，你的Y染色体就丢失了么？不一定。如果你女儿在中国，很有可能，从你女
婿那里把跟你一样的Y染色体找回来，因为有共同祖先。相反，在国外，嫁个老外，那
个Y找不回了。
说到底基因就是ATCG四个碱基的排序，机器都能合成，有什么用呢。要保留你的DNA，
测个序，存到U盘里，藏于名山，等待未来智慧人类吧。 |
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c*****m
发帖数: 4817 | 28 现在天气凉爽，正是户外运动的好时候，看版上喜欢打网球的朋友不少，
那就一起出来活动活动吧，享受户外活动的乐趣，也可以借此机会，寻找跟自己
水平接近的人作长期球友。打完球后，可以一起去看三校才艺表演，想看没票的
同学吱一声，大宝有多余的票赠送。
时间：周日(Oct 24)下午3点 － 9点
地点：Duke East Campus -> Duke Page Auditorium
内容：3:00-5:00pm：网球，大家捉对厮杀
6:30-9:30pm：观看三校才艺表演
人员：jiubaozhe, choplum, wgaggassi34, Artmis(maybe), ATCG(maybe) |
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l**********t
发帖数: 5754 | 29
that's a convinient excuse....have you thought about the root causes/
mechanics that lead to the "random variation" in new phenotypes that are
subject to natrual selection. Don't stop at the "random" incoporation of
incorrect ATCG during DNA replication stage. |
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P******l
发帖数: 1648 | 30 这是论证过程
欢迎指出问题，继续探讨。
假设“那些”和Y染色体亚当、线粒体夏娃同时生活的人，都有同样的Y染色体亚当标记
,线粒体DNA的夏娃标记和人类DNA的第一个标记,我们可以将他们称作“共祖人” 他们
有共同的祖先
假设那些和Y染色体亚当、线粒体夏娃同时生活的人，他们有不同的Y染色体标记,不同
的线粒体DNA标记,人类DNA第一个标记位置的DNA字符代码序列不同。为了讨论方便，我
们将他们称作“不是与Y染色体亚当、线粒体夏娃有共同祖先的人”，简称“非共祖人
”。
只要有“非共祖人”参与了人类的繁衍，在常染色体上必然留下他们的DNA序列标记,
这与论据3矛盾. 所以现今全人类与非共祖人毫无血缘关系
换言之现今全人类只与共祖人有血缘关系
第一标记是位于2号染色体的长臂2q13-2q14.1上，一段789个字符的序列，起点在
108305，终点在109093。 当第一个人的2号染色体形成并具有这个标记以后，携带具有
这个同样标记的2号染色体的其他人，他们的2号染色体，只可能是通过从那位起始人的
2号染色体严格复制，才能得到，不可能由随机的方式产生。
(随机的方式概率计算: 完全相同的... 阅读全帖 |
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g****j
发帖数: 24 | 31 想用textpane装载一段文字，只有ATCG四种字母，所有的A用绿色，T用红色，等等。
我用document实现了，可是当文字数目多的时候，刷新速度超慢，请问如何解决？
下面是代码
String content="AATGCAGCTAGCTAGCTAGCTA"; //may be over 10000 letters
SimpleAttributeSet attrs = new SimpleAttributeSet();
for(int i=0;i
{
if(content.charAt(i)=='A')
StyleConstants.setBackground(attrs,Color.green);
else if(content.charAt(i)=='T')
StyleConstants.setBackground(attrs,Color.red);
else if(content.charAt(i)=='C')
StyleConstants.setBackground(attrs,Color.blue) |
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l******u
发帖数: 936 | 32 immaging.
任何试验结果都比不上亲眼所见. 可以吧ATCG标上颜色, 然后直接用显微镜读出序列,
一并连该序列binding的蛋白都把它看出来.
比什么测序, Chip-chip, chip-seq 都强. |
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b********n
发帖数: 22 | 33 You can also alter the ratio of ATCG, such as A:T:C:G=1:1:10:10 etc. And
with lots of cycles. |
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w******e
发帖数: 1187 | 34 didn't know that's an option... do you know how much would it cost? is it
possible to delineate all the hundreds of different sequences together?
all of them are made of ATCG, so I would guess different sequence could
have the same mass but different sequence?
thx! |
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d***y
发帖数: 8536 | 35 synthetic biology就是为了忽悠纺锭而搞出来的东西。数学之类，用的到，但是要看
你咋用。 对N多学生物和微生物的人来说，synthetic biology就是不用P片段，自己合
成就行了，而且可以随意的改变ATCG。数学嘛，反正要干炫的，弄些理论啥的，用得到
。 |
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d***y
发帖数: 8536 | 36 synthetic biology就是为了忽悠纺锭而搞出来的东西。数学之类，用的到，但是要看
你咋用。 对N多学生物和微生物的人来说，synthetic biology就是不用P片段，自己合
成就行了，而且可以随意的改变ATCG。数学嘛，反正要干炫的，弄些理论啥的，用得到
。 |
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I*****y
发帖数: 6402 | 37 你往里面偷偷放点ATCG碱基，说不定就出来了最基本的生命形式,LOL
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I*****y
发帖数: 6402 | 38 你往里面偷偷放点ATCG碱基，说不定就出来了最基本的生命形式,LOL
95 |
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O******e
发帖数: 4845 | 39 变化，那是change, not evolution。翻译成进化，我没觉得有什么不妥。进化的意思
就是当时的环境下使最适应这个环境的细胞/组织/生命体被选择存在下去。
你这个比喻很好，但是归根结底还是这个进化库大小，多样化以及环境的多样化的问题。
再回到肿瘤，这个进化库的规模可以无穷大，因为很多基因的很小的突变加在一起也
可能导致肿瘤的发生－－你可以将它定性为多基因疾病。那肿瘤环境的多样化就更
恐怖了。不同细胞来源的－－不同组织/器官位置的－－不同生理状态下的－－不同
先前及后续突变的－－epigentical－－血管发生的时间和程度上的。。。。
我不是否认肿瘤测序的重要性。我只是想说，它只是我们认识肿瘤继而战胜或者与肿瘤
共生过程中的一部分，不是全部。就像人类基因组一样，你测出来了又怎样，你得知道
那些ATCG是代表什么；具体到肿瘤，你得知道那些突变代表什么。所以有肿瘤测序的
结果，在我们研究的方向上会有很大的帮助，因为我们可以比以前更快地找到努力的
方向。但真正的治疗不是直接从对测序结果的分析上产生的。 |
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s****R
发帖数: 26 | 40 搭车问一下，有没有好用的gamma１ actin（ATCG１）的anitbody？多谢 |
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b****r
发帖数: 17995 | 41 差不多就是这个意思
用数学给两个不算亲缘关系近的植物分类就已经并不是很简单的工作
而要用数学模型解决一个目前普通的生物问题：一棵杨树的某一条枝条为什么比自己的
其他枝条，还有其他杨树的枝条都短一点粗一点，你试试看？
我前些天就碰到这么个病例，一个男人其他都还正常，就是两个手的食指都短一截，只
有2节，而且他们家很多人都这样，是显性遗传。现在你可以用你的数学知识处理一下
当然，在生物学家看来，这个问题用经典的遗传方法，解决掉还是希望很大的，无非是
多搜几个家系，做个连锁分析，然后ATCG仔细测测序，看哪里有突变 |
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c********n
发帖数: 225 | 42 谈谈和蛋白打交道的日子 （一）
序
笔者已经做了多年和蛋白相关的科研与服务，产品研发生产以及产业化。在这里分享一
下与蛋白打交道这些年带来的一些感想。其实所有的科学研究都是用来解决人类已经和
即将遇到的各种各样的问题的，只有解决了问题才会有更大的存在价值。
第一篇 DNA测序， Sanger Style - 纪念Frederick Sanger
2013年11月20号，Frederick Sanger 去世了， 享年95岁。Sanger是DNA测序之父，获
得过两次诺贝尔奖， 一个是1958年蛋白测序， 另一个是1980年DNA测序。虽然DNA结构
发现的比蛋白晚， 但毕竟是genetic code，master script。ATCG四个碱基的组合比蛋
白的20个氨基酸的天文数字组合可更容易研究找规律了。人天生就是个好奇的动物，
最喜欢找规律, 尤其喜欢从简单的地方入手，所以围绕DNA的研究在Watson-Crick的碱
基配对这个简单地规律被发现以后，起来的就比蛋白快了很多。其实DNA和蛋白， 就像
是帅才和将才， 他们的用处是不同的，需要出色的帅才（DNA）订好了方向，能干的将... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 43 谈谈和蛋白打交道的日子 （一）
序
笔者已经做了多年和蛋白相关的科研与服务，产品研发生产以及产业化。在这里分享一
下与蛋白打交道这些年带来的一些感想。其实所有的科学研究都是用来解决人类已经和
即将遇到的各种各样的问题的，只有解决了问题才会有更大的存在价值。
第一篇 DNA测序， Sanger Style - 纪念Frederick Sanger
2013年11月20号，Frederick Sanger 去世了， 享年95岁。Sanger是DNA测序之父，获
得过两次诺贝尔奖， 一个是1958年蛋白测序， 另一个是1980年DNA测序。虽然DNA结构
发现的比蛋白晚， 但毕竟是genetic code，master script。ATCG四个碱基的组合比蛋
白的20个氨基酸的天文数字组合可更容易研究找规律了。人天生就是个好奇的动物，
最喜欢找规律, 尤其喜欢从简单的地方入手，所以围绕DNA的研究在Watson-Crick的碱
基配对这个简单地规律被发现以后，起来的就比蛋白快了很多。其实DNA和蛋白， 就像
是帅才和将才， 他们的用处是不同的，需要出色的帅才（DNA）订好了方向，能干的将... 阅读全帖 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 44 最高级的在战后就没出现过，Watson 和 Crick 能吹到一级，实际只能算二级，因为薛
定谔提出了生命的编码这个理论系统，甚至已经预测了四个碱基，ATCG的诺贝尔奖要分
一半给薛定谔。生命的问题是数据还不够，计算能力也跟不上。但是生命肯定有更高级
的系统理论出现。医学药学始终是在二级和二级以下。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 45 STRs的话不就是亲子鉴定了，现在流行的就是十几个位点，就够了，这方面应该有不少
资料看怎么算出来。
如果是单个SNP的话应该每条染色体有ATCG四种选择（理论上），然后人两条染色体就
是4选2=6，单个位点有六种选择，也就是能把全世界人分成6份，两个位点就是6*6，能
把全世界人分成36份，然后就是6的？次方= 70亿
我的思路。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 46 你说的都很对。我表示赞同。我同样觉得实验验证是非常重要的，所以才想把生物中有
意思的问题和生物信息学中有用的工具真正的结合起来。而不是单纯的只做bench work
或者只从一堆atcg上研究生物。
编码基因目前都还没研究完没研究透彻呢。非编码区的研究，尤其是是实验研究，更慢
更难是肯定的。这是目前的问题所在。我的想法是，既然有这样的问题，有什么好的解
决方法去解决这些问题？如果没有现成的，需要开发哪些技术手段用来解决这些问题？
CRISPR肯定是个很好的工具。如果能结合上游的测序和生物信息学的分析、比较和预测
，下游通过CRISPR来manipulate这些非编码区，来看性状、表型什么的，我觉得可行。
瓶颈在于需要提高下游的效率、通量和缩短周期。上游可以做很快很多，但是下游做起
来就很费事。（当然上游也存在一些问题，比如Illumina测序有bias，生物信息学还没
有尽善尽美等等。我现在尤其觉得，如果只做transcriptome和只看SNPs，对于某些问
题还是太局限。）CRISPR才出现三四年吧，本身还在发展中，具体应用到我们这些冷门
的Evo-Devo领域还是需要点时间的。（... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 47 你说的都很对。我表示赞同。我同样觉得实验验证是非常重要的，所以才想把生物中有
意思的问题和生物信息学中有用的工具真正的结合起来。而不是单纯的只做bench work
或者只从一堆atcg上研究生物。
编码基因目前都还没研究完没研究透彻呢。非编码区的研究，尤其是是实验研究，更慢
更难是肯定的。这是目前的问题所在。我的想法是，既然有这样的问题，有什么好的解
决方法去解决这些问题？如果没有现成的，需要开发哪些技术手段用来解决这些问题？
CRISPR肯定是个很好的工具。如果能结合上游的测序和生物信息学的分析、比较和预测
，下游通过CRISPR来manipulate这些非编码区，来看性状、表型什么的，我觉得可行。
瓶颈在于需要提高下游的效率、通量和缩短周期。上游可以做很快很多，但是下游做起
来就很费事。（当然上游也存在一些问题，比如Illumina测序有bias，生物信息学还没
有尽善尽美等等。我现在尤其觉得，如果只做transcriptome和只看SNPs，对于某些问
题还是太局限。）CRISPR才出现三四年吧，本身还在发展中，具体应用到我们这些冷门
的Evo-Devo领域还是需要点时间的。（... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 48 我觉得算一点，但不是最重要的。
核算可以amplify，但是如果蛋白可以给你足够量的样本，也不需要amplify。
我觉得MS还是有些问题不能很好的解决。比如DNA/RNA fragmentation可以通过机械作
用/离子等作用等来尽可能的“随机”打断DNA/RNA来保证coverage的均一性。但是MS就
必须用酶来在特定位点来消化。
而且现在很多DNA/RNA测序为了解决扩增带来的bias，好多测序方法都是amplification
-free的。
不过我又仔细想了一下你这个amplification还可以理解为测序过程中的互补配对边合
成边测序，这样的话这个amplification是决定性的，在illumina、PacBio等测序方法
中。
但是oxford nanopore, ion torrent在测序过程不需要利用这个互补配对合成的过程，
当然后者的library prep中可能还是要用到。所以oxford Nanopore是完全和
amplification无关的。
所以关键还是ATCG四种信号相对简单易测，加上各种修饰也还好。蛋白几十种氨基酸加
上各种修饰就太复杂了... 阅读全帖 |
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m******o
发帖数: 3372 | 49 【 以下文字转载自 NewYork 讨论区 】
发信人: ATCG (生命密码), 信区: NewYork
标 题: 请推荐纽约的房地产经纪人
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 2 13:36:56 2009)
偶想把位于皇后区rego park的公寓卖掉，版上各位朋友，请帮忙推荐一个seller
agent吧。最好是熟悉华人市场，又精通英语的人选。
先谢过了！ |
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