O***n
发帖数: 13127 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
|
n*********m
发帖数: 38 | 2 Look his publication
Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights
from structural and biochemical studies on human RPE.
Liang W, Ouyang S, Shaw N, Joachimiak A, Zhang R, Liu ZJ.
FASEB J. 2011 Feb;25(2):497-504. Epub 2010 Oct 5.
PMID:
20923965
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.
Structural basis for the inhibition of human 5,10-methenyltetrahydrofolate
synthetase by N10-substituted folate analogues.
Wu D, Li Y, Song G, Cheng C, Zhang R, Joac... 阅读全帖 |
|
a********k
发帖数: 2273 | 3 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
|
p*******g
发帖数: 2976 | 4 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 5 相比较而言，石正丽的《Bat origin of human coronaviruses/蝙蝠是人类冠状病毒的
来源》是扎扎实实的抓蝙蝠，解剖蝙蝠，分离病毒，对比DNA,RNA后得出得结论。
请lobbock读一读，说一说，走两步！
http://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12985-015-0422-1
Review
Open Access
Published: 22 December 2015
Bat origin of human coronaviruses
Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang & Zhengli Shi
Virology Journal volume 12, Article number: 221 (2015) Cite this article
Abstract
Bats have been recognized as the natural reservoirs of a large variety of
viruses. Special attention has ... 阅读全帖 |
|
gw
发帖数: 2175 | 6 这个是我搞错了，那个文件名应该是file，虽然可以unmarshal,但结果不是真正想要的
datalist,有点奇怪
这个教程的例子也不行。
http://www.java2s.com/Code/Java/XML/UnmarshallwithJAXB.htm
import java.io.File;
import javax.xml.bind.JAXBContext;
import javax.xml.bind.JAXBException;
import javax.xml.bind.Unmarshaller;
import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
import... 阅读全帖 |
|
s******9
发帖数: 283 | 7 NCBI protein database一般都有标注吧。
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..503
/organism="Homo sapiens"
/db_xref="taxon:9606"
gene 1..503
/gene="TGFBR1"
/gene_synonym="ALK5"
/gene_synonym="SKR4"
Protein 1..503
/gene="TGFBR1"
/gene_synonym="ALK5"
/gene_synonym="SKR4"
... 阅读全帖 |
|
c*****n
发帖数: 14445 | 8 An open letter to my fellow Republican national delegates
June 24, 2016
Stefani Williams
[Updated June 27, 2016]
When Donald Trump entered the presidential race in June 2015, I decided to
give him a look. After I paid close attention, however, he completely lost
me.
He lost me because his statements were erratic, contradictory, and
untrustworthy, and many of his positions were actually very liberal. What
troubled me the most was his well-known playboy lifestyle – exemplified by
widely circulated... 阅读全帖 |
|
c*******g
发帖数: 12 | 9 看到一篇文章不错，给大家推荐一下
今天入手了Sapient 的PNB1，打算这个season开始练park了。这里有没有经验丰富的玩
家大家认识一下啊。
http://www.rei.com/expertadvice/articles/snowboard.html
Snowboard boots should be your first acquisition when assembling a board-
boots-binding setup. You want your boots to fit comfortably so you can move
on to bindings and create a great match. Boots, more than a board, are where
you want to splurge a little if you can afford to do so.
The snowboard boots you select should be well matched to your usual riding
style an... 阅读全帖 |
|
b**y
发帖数: 86 | 10 最近刚开始做EMSA，我用的是Pierce的Lightshift kit. 多次实验都只看到
nonspecifec binding（不能被unlabeled oligo竞争掉）。我发现一个原因可能是
binding reaction里盐浓度过高，因为kit提供的binding buffer（10*）含有500mM
KCl,而我的nuclear extract最后是由high salt buffer提取的，F.C.225mM NaCl。于
是我省略了binding buffer，把最后的NaCl浓度调整在50-75mM，得到了一条specific
的binding，但是非常弱。
问题1. 我看到的paper和protocol都使有类似的binding buffer，而且也用类似方法提
取核蛋白，好像并不考虑nuclear extract里的盐浓度，事实上这个浓度很高。但是，
我的几个sample extract蛋白浓度不同，加入同样多的蛋白的话最终盐浓度就会不同。
大家怎么解决这个问题？透析又怕蛋白容易降解。
问题2. 我加入的nuclear extract的体积无法忽略，大概有10u... 阅读全帖 |
|
r**********e
发帖数: 587 | 11 TFBS在ENCODE project里面已经做烂了
http://www.nature.com/encode/#/threads
如果你关注的是纯计算TFBS prediction，我觉得已经很准确了。如果没记错，ENCODE
用的是MACS这个软件
https://github.com/taoliu/MACS
但是坦白说从纯biology角度，现在大家完全不满足于binding site；
1. Binding doesn't mean function! 好文章现在都要求证明binding后是否调控了
gene expression change
2. 蛋白-DNA和蛋白-蛋白作用非常复杂，所以很多ChIP实验本身就值得质疑，很多猫腻
3. ENCODE project当年豪言说根据他们的研究human genome 80%都有function，当时
受到了批评和质疑
你去看UCSC genome browser里面，一个位点可能有几十个TF在bind；你从单个TF
binding很难预测说，一旦XX TF bind后会有什么作用
对于noncoding human genome... 阅读全帖 |
|
s******u
发帖数: 501 | 12 百分之百legal的C++程序，看你能不能理解这是在说什么
name = fhicl::ass [ _val = qi::_1 ];
qualname = fhicl::ass [ _val = qi::_1 ]
>> *((char_('.') > fhicl::ass) [ _val += qi::_1 +
qi::_2 ]
| (char_('[') > fhicl::uint > char_(']')) [ _val += qi::_1
+ qi::_2 + qi::_3]
); // TODO: only some whitespace permitted
// TODO: no whitespace permitted
localref = lit("@local::") > qualname [ _val = qi::_1 ];
dbref = li... 阅读全帖 |
|
v******y
发帖数: 84 | 13 这是我的理解，不对的请指出，谢谢
The usage of rvalue reference &&
Define a class
class MyClass{
public:
MyClass(){/*require for const MyClass cMyClass init. Without this default
constructor, const MyClass will have to be declared and defined as such:
const MyClass cMyClass=MyClass(). MyClass() here will call synthesized
constructor automatically generated by compiler. This synthesized
constructor can not directly initiate const. So following is illegal without
default constructor: const MyClass cMyClass;*/}
};... 阅读全帖 |
|
z********i
发帖数: 610 | 14 Thanks very much for your reply.
Although more info regarding your experiments is needed, but basically,
1. it is possible that WT hes1 activated promoter but dnHes1 (dominant
negative?) did not; it only suggests that the endogenous Hes1 in the cell
line you tested was not invoved in maintaining the basal activity of that
promoter. Actually, it is not a bad observation; it suggests that hes1
activated this promoter via DNA binding, becaseu usually dnHes should have
no or little DNA binding activ... 阅读全帖 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 15 makes NO sense at all in my perspective
你可以看到很多prediction的软件/网站；不同网站预测出来的结果完全不一样。
TF binding motif，我想都是非常variable的吧（http://en.wikipedia.org/wiki/Position-specific_scoring_matrix），当然我是外行，我想请教做TF binding的内行，到现在能准确identify比如MEF2A的binding site就一定是比如ATGGCC（我随便乱说的）？
但根据俺的经验，纵然MEF2A是exclusively的bind到ATGGCC；也不是说每个ATGGCC都一
定会被MEF2A target，一定还是要做实验的
现在我比较相信的是：加入chip-seq的数据表明TF会bind在某个基因的某个loci，然后
这个loci的某个SNP被软件预测可以改变binding motif；那么我相信这个SNP 会通过这
个TF binding调控基因的表达 |
|
n*****2
发帖数: 358 | 16 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: freeangle (华夏后裔), 信区: WaterWorld
标 题: 方舟子美国专利真相调查(ZT)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb 20 00:36:48 2012, 美东)
本帖最后由 jshi6210 于 2010-7-13 11:58 编辑
方舟子美国专利真相调查(ZT)
万维读者网络>教育与学术
美国永久居民、所谓“打假斗士”方舟子常常在中美之间飞来飞去，他经营的美国网站
新语丝，据说每天点击五六十万。他何以为生、维持网站运营，是长期以来大家比较感
兴趣的一个问题。今天因为甘怀远同学的揭露，进行了一番饶有趣味的搜索。
1. 方舟子的博士后在索尔克生物研究院进行 方舟子，本名方是民，1967年9月生于
福建云霄县。1985年考入中国科技大学生物系。1990年本科毕业后赴美留学。1995年获
美国密歇根州立（Michigan State）大学生物化学博士学位，先后在罗切斯特（
Rochester）大学生物系、索尔克（Salk）生物研究院做博士后 …
scitec... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 17
Download pdf published by SfN (Chapter from 'The History of Neuroscience in
Autobiography, Volume 8' edited by Larry R. Squire)
Yuh-Nung Jan's CV
Lily Jan's CV
Yuh-Nung Jan and Lily Jan
Birth
Family History and Growing Up
National Taiwan University
The Hiking Trip to Shitou in the Spring of 1967
Graduate School Application
Graduate Study at Caltech (1968锟974)
Seymour Benzer Lab (1974锟977)
Steve Kuffler锟絪 Lab at H... 阅读全帖 |
|
v******s
发帖数: 6949 | 18 一只手打字不给力呀
http://en.wikipedia.org/wiki/Phytic_acid
Phytic acid has a strong binding affinity to important minerals, such as
calcium, iron, and zinc, although the binding of calcium with phytic acid is
pH-dependent.[18] The binding of phytic acid with iron is more complex,
although there certainly is a strong binding affinity, molecules like
phenols and tannins also influence the binding.[19] When iron and zinc bind
to phytic acid they form insoluble precipitate and are far less absorbable
in the... 阅读全帖 |
|
f*******e
发帖数: 2791 | 19 本帖最后由 jshi6210 于 2010-7-13 11:58 编辑
方舟子美国专利真相调查(ZT)
万维读者网络>教育与学术
美国永久居民、所谓“打假斗士”方舟子常常在中美之间飞来飞去，他经营的美国网站
新语丝，据说每天点击五六十万。他何以为生、维持网站运营，是长期以来大家比较感
兴趣的一个问题。今天因为甘怀远同学的揭露，进行了一番饶有趣味的搜索。
1. 方舟子的博士后在索尔克生物研究院进行 方舟子，本名方是民，1967年9月生于
福建云霄县。1985年考入中国科技大学生物系。1990年本科毕业后赴美留学。1995年获
美国密歇根州立（Michigan State）大学生物化学博士学位，先后在罗切斯特（
Rochester）大学生物系、索尔克（Salk）生物研究院做博士后 …
scitech.people.com.cn/GB/25509/43690/index.html
2. 方舟子本人如此解释他的收入来源 方舟子：我把博士后研究时做的东西（克隆
了一个基因）申请了专利，得到一笔钱，可以维持基本生活费用。同时，我与人合作在
国内开了个专... 阅读全帖 |
|
m********r
发帖数: 334 | 20 这段程序读boa的配置文件boa.conf,找到端口号后改写新端口，例如
Port 80
# Listen: the Internet address to bind(2) to. If you leave it out,
# it takes the behavior before 0.93.17.2, which is to bind to all
# addresses (INADDR_ANY). You only get one "Listen" directive,
变成Port 8080
# Listen: the Internet address to bind(2) to. If you leave it out,
# it takes the behavior before 0.93.17.2, which is to bind to all
# addresses (INADDR_ANY). You only get one "Listen" directive,
现在发现每次第一次修改的时候这一行没问题，但是下面的注释的#号没有了，变成
n: the I... 阅读全帖 |
|
n***h
发帖数: 11 | 21 照我的记忆说来：
yeast 2 hybrid system是两个蛋白之间的binding
yeast 1 hybrid是蛋白质和DNA之间的binding ，就象ras说的，测出的是bait和
fragment之间的结合，可以象ras说的那样fragment是library, 来找和已知蛋白
结合的特定element，也可以特定的fragment，转cDNA library进去，找和这个
fragment 结合的蛋白。 （infact that's what I did)
回来说2hybrid。transcriptional factor一般至少有两个domain: binding domain
和activition domain. binding domain binds to DNA elements, while activation
domain activates the transcription of downstream genes. 我们要测试蛋白A
和蛋白B是否bind, 就做以下两个construct：
—————————— ————————— |
|
S******e
发帖数: 393 | 22 一个蛋白有没有可能有多个binding sites 与另一个蛋白binding？
我将蛋白A分成4段(no overlap)去做与B的binding,结果显示只有蛋白A的C端那个fragment与B没有binding, 其它3个fragments都与B有binding,这可能吗？
还是我IP有问题？ (A的每个fragments都约70kD以上)
顺便再问一下大家做co-IP都用多少总蛋白以及binding多久？
非常感谢！ |
|
n*********m
发帖数: 38 | 23 Immunology Retraction Exposes Misconduct
07/10/2013 Andrew S. Wiecek
Nature retracts a 1994 paper after the first author was found to have "most
likely" committed research misconduct. Learn more...
Last week, Nature retracted a highly-cited paper published in 1994 because
the authors were unable to reproduce the results, according to the
retraction notice (1). But the real reason behind the retraction might have
more to do with the first author’s scientific misconduct.
Nature has retracted a 19... 阅读全帖 |
|
n*********m
发帖数: 38 | 24 mmunology Retraction Exposes Misconduct
07/10/2013
Andrew S. Wiecek
Nature retracts a 1994 paper after the first author was found to have "most
likely" committed research misconduct. Learn more...
Last week, Nature retracted a highly-cited paper published in 1994 because
the authors were unable to reproduce the results, according to the
retraction notice (1). But the real reason behind the retraction might have
more to do with the first author’s scientific misconduct.
Nature has retracted a 199... 阅读全帖 |
|
k****s
发帖数: 1209 | 25 原文在
http://www.skizit.biz/2013/07/21/ecdysone-insect-hormone-an-ind
Ecdysone Insect Hormone Switches on Disease
21 Jul 2013 | ECDYSONE
MORGELLONS:
INSECT HORMONE ECDYSONE TRIGGERS GENETIC CHANGES
TO BUILD NEW HAIR, SKIN, NAILS and CAUSE DISEASES
SkizitGesture-2013
Morgellons is a military grade entomological terror weapon being used to
torture and kill innocent civilians. The medical community has not been
informed about this disease and its complexity keeps it from being properly
identified, ... 阅读全帖 |
|
s******c
发帖数: 331 | 26 schild regression plot是比较老的方法了，这两个图里做的competition binding
curves是比较现代的用来发表的东西，你为什么要转化？
就这个图来说，B很可能是negative allosteric modulator，因为competition curve
达到的plateau跟你用的agonist有关，说明B不是competitive binding。如果B是
competitive binding，理论上当B达到足够的浓度应该会完全compete掉agonists从而
最后的plateau完全是B的效果，如同A一样，agonist-independent，现在B的
competition curves plateau是agonist-dependent，说明B是non-competitive
binding。
当然，证明一个compound是allosteric ligand是复杂的，一个实验不够，往往需要多
个实验去从各个方面证明。就你贴的这个结果，很多问题，首先agonists应该不是
radioactive的，可能是fluorescen... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 27 非植物 或哺乳的数据库区别也 植物的也 一样在完善
关键是楼主有无NGS and HMM （Hidden Markov Models 的背景或能找到那种背景的
合作人
pls refer
PMID 23435661
by Van der Does D et al., (2013).
Salicylic acid suppresses jasmonic acid signaling downstream of SCFCOI1-JAZ
by targeting GCC promoter motifs via transcription factor ORA59.
Plant Cell. 25: 744-61.
Abstract:
ignored
In silico promoter analysis of the SA/JA crosstalk transcriptome revealed
that the 1-kb promoter regions of JA-responsive genes that are suppressed by
SA are significantl... 阅读全帖 |
|
s******c
发帖数: 331 | 28 这个就是太乐观的看法，作为一个搞结构的，稍微跟pharmacology沾点边的半外行，说
一些粗浅的理解。
首先，药物分子水平的机理太复杂，结构能看的就是，药物小分子和一种蛋白在某个位
点上的相互作用有哪些。就这些信息，仍然受很多因素的影响，很多时候都不是致命一
击，比如小分子affinity低，占有率低，或结构分辨率低，就会有很多问题，如果小分
子太小，fit电子密度可能性有很多种，或小分子太大，不是所有的部分都有清晰的密
度，这个时候就很难讲，在这上面出错的结构有很多。结构不能揭示的药物分子机理就
太多了，药物怎么代谢的（往往很多药物代谢底物才是真正结合靶点的小分子），怎么
进细胞或怎么上膜，即便是跟靶蛋白，小分子进入和离开靶蛋白的kinetics，on rate
和off rate，进入binding site的整个process（first binding site，secondary
binding site etc）都是静态结构不能看到的，而这些信息很多时候才是重要的，比如
对于很多药物，其进入binding site的通道或过程往往决定其特异性，而不是结构看到
的bind... 阅读全帖 |
|
O**W
发帖数: 58 | 29 翻译貌似不是完全一句一句对译
原文应该是这一段里面后半段
The phenylalanine (F) at residue 486 in the SARS-CoV-2 S protein corresponds
to L472 in the SARS-CoV Urbani strain. Notably, in SARS-CoV cell culture
experiments the L472 mutates to phenylalanine (L472F)5, which is predicted
to be optimal for binding of the SARS-CoV RBD to the human ACE2 receptor6.
However, a phenylalanine in this position is also present in several SARS-
like CoVs from bats (Figure 1a). While these analyses suggest that SARS-CoV-
2 may be capable of... 阅读全帖 |
|
R**i
发帖数: 7994 | 30 不算是个TR就是把其中一段经历分享下
这是第一次ski mountaineering/Alpine Touring的尝试。
一开始3个方案，
1.租器材 AT全套
2.AT boots加普通binding，穿AT boot走
3.全部普通的背着，穿mountaineering boots爬
2事先并不知道这个是否可行，看网上说binding脱离可能有点问题，厂家的介绍说可以
fit普通binding，在家调试也看不出什么问题，我的登山小伙伴去雪场试了试可以脱离
.我们为了节省租器材的时间和麻烦，最后决定全程穿AT boots爬，背着ski。
留了4天的时间，但4天天气一天也不好，看着有可能是最好的一天去的，ranger
station预告有点小雨，上面下点小雪，说没什么问题。
一早上就开始下大雨，下了好几个小时，身上也湿了，就在要放弃回家，天又好了。
上到9000ft 天开始飘点小雪，一会天又转晴，不过不远处的云下面都是“毛须”看出
来在下雨
到了10000ft的时候，云层和我们差不多高度稍矮一些，云聚了起来，离我们很近。突
然一个响雷。然后我发现我backpack里面有个东西在尖啸。... 阅读全帖 |
|
d****i
发帖数: 348 | 31 Since the beginning of snowboarding time, bindings
have worked in the same way: put one foot in the base
of each binding, bend down and buckle two (sometimes
three) straps across your boot to secure them to the
snowboard.
You are now one with your board -- until the next
chair lift ride. Now bend down again and un-strap the
rear binding. Ride chair. Re-strap. Ride down. Repeat.
In the last few years, step-in bindings have stepped
into the scene. As opposed to the traditional strap
binding system |
|
t********t
发帖数: 5415 | 32 这个要看具体的板和binding了。有些板是在ski上装个plate，binding装在plate上，
这样的板多数不会装好，要自己去mount。如果买板的shop要了你的boot sole length
的话有可能是装好了送来的。
binding调节100%送去shop，DIN自己能调（但是不要自己尝试），forward pressure这
个没那么容易了。送去的最大原因是liability，他们给你调binding，如果因为
binding setting问题出事的话他们要扛责任的。一般~$25-$40吧，各地不一样。 |
|
f****l
发帖数: 5514 | 33 怎么说呢，大概这算一种特殊情况吧. 就好像没人把heli-ski当成backcountry吧.
Backcountry最常用的ski binding是tech bindings, frame AT bindings和telemark
bindings, 都是像XC ski binding一样上山的时候脚跟可以不固定的. 我知道也有人最
初的时候是背着alpine skis， 靠snowshoeing上山的 |
|
f****l
发帖数: 5514 | 34 http://www.powder7.com
首页March Demo sale 点进去，26号截止。
里面有不少2017款，like new condition的，就是装上了demo binding, 但是从来没被
滑过. 基本就是新的.
价格非常好，我为什么知道呢。。。因为1个月前，我找了好久终于以当时最低价买了
一副2017的板 (Black Cows Orb 178cm, MSRP $800, 买入价~$580。现在同样的板, 装
上ATTACK 13 demo binding (目前最好的demo binding, 自己买~$270左右), 他们也才
卖同样的价格$580... ... 再算上~$50左右找ski shop装binding的钱, 我如果之前忍
一个月，就能多省~$300... ... 而且我本来就打算装这个demo binding, 方便借给朋
友... |
|
s********b
发帖数: 3 | 35
回应：
一、注意“长老”不是“老年人”可能是年轻人或中年人。请长老抹油祷告是很正常的
，任何相信圣经的教会都会有人相信并实践的。
二、我不清楚怎样解释‘“圣经”“新约”明确要求女人在教会要“闭口不言”’。
我不知道这个教导是不是绝对的，或“明确”。
例如，哥林多前书十一章，
4 凡男人祷告或是讲道（讲道或作说预言下同），若蒙着头，就羞辱自己的头。 5 凡
女人祷告或是讲道，若不蒙着头，就羞辱自己的头。因为这就如同剃了头发一样。 6
女人若不蒙着头，就该剪了头发。女人若以剪发剃发为羞愧，就该蒙着头。
这些经文意为，女人可以讲道（先知预言）只有蒙头（要不就剪头发）就可以了。与哥
林多前书十四章34-35节的教导有异。我没时间具体查原文希腊文怎么写的。
在网上找到一篇有关文章。（比较长）
http://www.ntrf.org/articles/article_detail.php?PRKey=16
Correctly Interpreting 1 Corinthians 14:33b-35 (Part 1＆Part 2)
by Steve Atkerson
If you ever wis... 阅读全帖 |
|
v*****r
发帖数: 1119 | 36 假如后台是 Oracle, client 用 jdbc load data 的话，效率最高的应该是用 jdbc 的
batch operation + bind variable, 基本上能达到 pl/sql 的bulk insert 的
performance。
你说的2 好像是这个意思，但没提到 bind variable，你可以 不用 bind variable 来
batch 100 条 record inserts, the only thing you save comparing with "no
batch" is a little bit less network traffic for sending requests, 不会有什么
performance 提高，只有同时用 bind variable, oracle 才能 bind all 100 input
values，then execute them as one run inside sql engine，. Bulk size 100 有点
低，我一般 500 起。做benchmark 的时候，你应... 阅读全帖 |
|
l**********n
发帖数: 8443 | 37 Consider, for example, a combobox where you can type text to filter the
available options. This sort of control could have ~150 items and still be
highly usable. If it has some extra feature (for example a specific class on
the currently selected option) you start to get 3-5 bindings per option.
Put three of these widgets on a page (e.g. one to select a country, the
other to select a city in said country, and the third to select a hotel) and
you are somewhere between 1000 and 2000 bindings alrea... 阅读全帖 |
|
l*******k
发帖数: 361 | 38 EDTA有些时候对binding会有很不好的影响，尤其是你的蛋白是ATP binding protein的
话，你可以用Tris-Boric Acid buffer试试，合适的binding condition（buffer, ph...)需要自己摸索的，我觉得你可以找一个TATA binding protein作为positive control来改进你的实验条件，一般来说，probe越长binding越难检测， 100bp左右比较reasonable，200bp有些太长了 |
|
x********u
发帖数: 430 | 39 I have constructed several gene circuits and got some unpredictable data (
Please open the link for the attached figure)
P: inducible promoter
P': constitutive promoter
X1 and X2: protein binding site (which will affect the expression level of
eGFP when the regulator protein binds them)
R1 and R2: putative regulator protein for sequence X1 and X2, respectively
eGFP: enhanced green fluorescence protein/reporter gene
A broad range of inducer concentration which known to bind effector R1 and
abolis... 阅读全帖 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 40 10%可能困难吧 一般筛受体不都是病毒挂个luciferase or GFP gene,然后看秦染细胞
以后的signal 要是本底信号就highly variable(侵染了10%的细胞或者15%就差出50%),
上了RNAi screen放进plate reader还不得愁死人
preS binding receptor这个可能问题不大(话说回来,PreS binding cell surface
molecle是真的,PreS是进细胞必须应该也是真的.但是这个是不是就说明preS binding
的是receptor?) 话说有没有人直接拿preS和人肝原代细胞incubate然后TAP-MS? 没查
过... 另外,和乙肝病毒或者那个鸟的类似病毒binding的surface molecule找了大于5
个了吧 还是没有找够sufficient的 所以光靠binding来找我是觉得不够的 还是得有
functional assay(i.e. 至少能看到进细胞表达reporter基因)
其实也许HCV的故事会有启发性.HCV一共是找了3个还是4个receptor才算是suffic... 阅读全帖 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 41 10%可能困难吧 一般筛受体不都是病毒挂个luciferase or GFP gene,然后看秦染细胞
以后的signal 要是本底信号就highly variable(侵染了10%的细胞或者15%就差出50%),
上了RNAi screen放进plate reader还不得愁死人
preS binding receptor这个可能问题不大(话说回来,PreS binding cell surface
molecle是真的,PreS是进细胞必须应该也是真的.但是这个是不是就说明preS binding
的是receptor?) 话说有没有人直接拿preS和人肝原代细胞incubate然后TAP-MS? 没查
过... 另外,和乙肝病毒或者那个鸟的类似病毒binding的surface molecule找了大于5
个了吧 还是没有找够sufficient的 所以光靠binding来找我是觉得不够的 还是得有
functional assay(i.e. 至少能看到进细胞表达reporter基因)
其实也许HCV的故事会有启发性.HCV一共是找了3个还是4个receptor才算是suffic... 阅读全帖 |
|
b******y
发帖数: 627 | 42 It is common to divide a huge protein into a few fragments based its domain
structure and use these fragments to narrow down its binding site with
another protein. There are no other obvious ways to do it. Of course, by
doing so, you may not find the robust binding if it is provided through
cooperativity among more than one binding surfaces. This scenario is not
uncommon in biology.
My guess is that your protein A is the extracellular portion of a protein.
If so, I am sure there are a lot of wel... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 43 Y-2-H 用多重标记 做对照和比较
比如以下的 split-luciferase+GST+HA-epitope tagged
三重标记
they found new proteins interaction paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21530591
Protocol details:
>the wheat germ in vitro translation system for use in the splitlu
ciferase
assay and co-purifications with glutathione S transferase
(GST)- and HA-epitope tagged proteins (Fig. 2A).
>
In the split-luciferase assay, proteins of interest are fused to
N- and C-terminal fragments of luciferase. If the proteins interact,
the N... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 44 rna-seq
知道是啥吗
不清楚的话 维基一下吧
//en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
RNA-seq, also called "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing" [1] ("WTSS")
and dubbed "a revolutionary tool for transcriptomics",[2] refers to the use
of high-throughput sequencing technologies to sequence cDNA in order to get
information about a sample's RNA content, a technique that is quickly
becoming invaluable in the study of diseases like cancer.[3] Thanks to the
deep coverage and base level resolution provided by next-generation
s... 阅读全帖 |
|
t******t
发帖数: 36 | 45 小弟我研究工作涉及蛋白之间相互作用。实验室的工作流程大致是先找感兴趣蛋白的
binding partner through Mass Spec, 然后根据binding partner去characterize
this interested protein. 往往还要用pull down 等方法找到partner的binding site
on the target protein.
在工作过程中，我感到很多时候要很清楚的搞明白蛋白间的相互作用，structure
biology 方面的知识很必须。我是生化背景，structure biology方面基本是外行，
请各位师兄师姐给些关于学习structure biology的建议，有什么推荐的教科书吗？
（我目前不做structure方面的工作，我们实验室往往是合作者做结构的部分，我们做
生化分子的部分。但很多时候，我要用的structure biology 方面的知识，比如根据已
有的结构设计点突变去abolish the binding between two protein; 在已经知道结构
的蛋白上某个位点的磷酸化是否会改变其... 阅读全帖 |
|
y********g
发帖数: 782 | 46 目的是想要证明A和B两个转录因子binding在一起。
方法1：IP
方法2：荧光显微镜
问题在方法3：如果想证明两个转录因子physical binding在一起，哪个方法是对的？？
a) 用抗体拉A，然后+蛋白酶, 做qPCR (引物直接用设计好的，跨B的binding site的）
b) 用抗体拉A，然后用抗体B拉，然后+蛋白酶, 做qPCR (引物直接用设计好的，跨B的
binding site的），那还要不要做 qPCR 来检测 A的binding activity 啊 (用第一次
Chip的样品，还是用Re-CHIP的样品来测啊？）Re-CHIP的时候，不可避免的会有丢失哦
~~
这个实验可行么？
谢谢~~~ |
|
r*******y
发帖数: 48 | 47 Although more info regarding your experiments is needed, but basically,
1. it is possible that WT hes1 activated promoter but dnHes1 (dominant
negative?) did not; it only suggests that the endogenous Hes1 in the cell
line you tested was not invoved in maintaining the basal activity of that
promoter. Actually, it is not a bad observation; it suggests that hes1
activated this promoter via DNA binding, becaseu usually dnHes should have
no or little DNA binding activity.
2. However, if you test both... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 48 C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
PMID 23034181
by Farley BM et al.
POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
cluster. (2012).
Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181 |
|
