a********n
发帖数: 844 | 1 用alpha-CTP，不是gamma-ATP,alpha-UTP也行，不过差点。
RNA in vitro transcription 用Applied biosystems的Maxiscript足矣
biotin没有试过，下来准备试试，可以避免用同位素。 |
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s***c
发帖数: 1664 | 3 qPCR的课程life tech(applied biosystems)有, FACS课程BD有, 不过费用都比较高, 他
们网上有webinar和免费的online training, 你可以先看看那个
不过我觉得这种instrumentation的技术要在实验环境里学,几天的课程学了很容易
忘, 如果平时不太用的话
time |
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i*****i
发帖数: 154 | 4 包装入病毒的是3LTR和5LTR之间，含有packaging sequence的那一段，除此之外的序列
是不会包进病毒的，例如神马氨苄抗性基因，puc ori等东西。所以计算的时候要扣除
这些东西。整个质粒10kb，包装的RNA估计8K左右（去掉2k的零碎）。所以应该没有什
么问题。Open biosystem的pTripz shRNA的质粒有13K，照样包装。 |
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l***y
发帖数: 4671 | 5 哪个公司的好用一些？
在看 Open Biosystems 的 TRIPZ lentiviral shRNAmir，以及 Sigma 的 pLKO-puro-IPTG-1xLacO 和 pLKO-puro-IPTG-3xLacO。看着都不错，就是不知道实际上是不是靠谱。
哪位大牛给推荐一下吧。。。 |
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q**********0
发帖数: 335 | 6 Which next-generation DNA sequencing methods is the best for measuring
nuclotide frequency in sequencing, Roche/454 FLX pyrosequencer, Illumina
genome analyzer,Applied Biosystem SOLid sequencer? Thanks. |
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s**u
发帖数: 9035 | 7 We use Applied Biosystem MicroRNA commericial primer, the primer are all
good.
We just find solution evaporation on 2 plates on 8/29/11, one is FAM, one is
SYRB plate, and it never happened before although I run more than 100
plates using IQ5 and 30 plates using CFX-96.
还有这台CFX-96是作为公司demo用的，原价29，000， 因为作为demo用了半年，所以价
格为25，000，我们7月1日才刚刚购买拿到仪器。7月14日才刚刚完成培训。结果2-3个
星期就发现问题，至今也无法解决。 |
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v***2
发帖数: 131 | 8 Hi, have you run minus RT? and have you checked the primer dimer? I dislike
the BioRad instrument too, it is not as stable as the Applied Biosystem |
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K**4
发帖数: 1015 | 9 It happens.
You could try Mol Biosystems if it is not very method-like.
好 |
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a****l
发帖数: 125 | 10 Origene
ATCC
Invitrogen
Open Biosystems |
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l******g
发帖数: 1623 | 11 这东西早就有了, 自动换液, 传代, plate assay plates, 收集培养液, 纯化特定蛋白
, 测蛋白浓度, 都是在机器里面完成. 可以去TAP biosystem看看, 大大小小的还有选
择. 公司里面早就用了; 学校里面估计比较难推广, 用机器肯定比雇人要贵. |
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p********e
发帖数: 61 | 12 我是土博，在美国已经做了6年博后了。期间换了两个地方，分别发表了一篇10分上下
的文章。幸运的是绿卡搞定了，没有身份之忧。在美国找Faculty肯定没戏。好不容易
在中国搞到两个Offer，一个在大学，副教授（不是北清复浙）；另一个在一家外企。
两个Offer的待遇都不高，比起各位大侠晒的差得很远。犹豫了很长时间觉得还是美国
好混，都放弃了。回过头来鼓起勇气下定决心排除万难准备做第三个博后。略一调查发
现至少老中Faculty中绝大多数（或说所有）都来自大牛实验室。觉得自己以前实验室
不够牛是我不成功的主要因素（我知道自己不行怨别人不对，大家就不要批判了）。我
于是开始调动所有关系找大牛。作为一个有历史污点（土博），又嫁了两次的怨妇，榜
上大牛谈何容易。好不容易有个比大多数老板混得好，但又不是大牛（我就叫他二牛吧
）的实验室收留了我。我又开始了不是何日是尽头的新一轮千老生涯。。。。。。
佛教经常说顿悟，从来不知道是啥意思。
话说我第三个博后刚开始两三个月，我去参加一个本单位在外地开的会，日程一共三天
。我就像以往一样坐在最前排，认真听讲，同时对做得好的很崇拜，期望有一天自己也
能这样。... 阅读全帖 |
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K******S
发帖数: 10109 | 13 Leroy Hood还句有商业才能，co-founder of Amgen，好像还有applied biosystems和
其他好几个biotech. |
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t****g
发帖数: 120 | 14 我最近一直在做一个gene的knockdown cell line。 用的是open biosystems的pLKO.1
system。 try了三个不同的cell lines，发现一个普遍问题： 细胞养了一个月之后我
就不同程度地丢失了最开始的knockdown. 我会详细解释一下我的做法，请大家帮我看
看问题到底在哪儿：
day 1: plate cancer cells for transduction
day 2: add virus/polybrene to cells (half volume of media) in the morning;
6hr later, add the other half volume of media to dilute polybrene
day 4: change to selection medium
day 5: in my case, usually the cells have become confluent before the effect
of antibiotics became obvious. I had t... 阅读全帖 |
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t*****t
发帖数: 773 | 15 刚到一个新的实验室， 这个实验室里就我一个人和一个技术员，老板很少管，所以出
现了很多问题 。我们用的是 7500 Real-time PCR定量系统。可是由于先前的电脑有问
题，报废后我重新安装软件，发现需要做个 ROI校正，不然程序就没有办法跑。但这个
是专门的试剂盒，需要差不多900美元 。老板估计不愿意 。我听说可以从别处拷贝一
个定量程序，然后就不需校正这一步了，是这样吗？ 有没有人遇到过这个问题？
有别的办法吗？ 由于样品很敏感，这个实验没法拖太久了，有些着急。
虽然问题看起来很无聊，但逼急了，咳 。有人好心相告的话，我仅有的几个金币送了
吧
谢谢 ！ |
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m***T
发帖数: 11058 | 16 call AB tech support 800 831 6844 and then option 5. Or contact your local
FAS if you have contact info. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 454 GS FLX+
● Up to 1000bp
● 99.997% accuracy
● 1M reads, 700bp
0.7 Gbase/day
● Homopolymer issue
● Cost ~$14K for run
● $500K instrument
$20K/Gbase
---
or soon later you can try:
Ion Torrent PGM
● Long Reads and Fast
● No optics, CMOS chip sensor
● Uses standard nucleotides
● Up to 300bp reads (going to 400bp)
● >99.5% raw
● >99.999% consensus
● 318 (11M wells) >1Gbase in 3 hours
● 8 Gbase/day possible
● Micron sized well, 22mmx22mm chip
moving to 1 Billion wells per chip
● $700 per run (1 Gbas... 阅读全帖 |
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B******s
发帖数: 52 | 19 fundamental limits on suppressing noise paper... I read them so many times..
.. you don't need to elaborate it
my study is not to use synthetic biology to suppress noise but to try to
figure out why it is there, and how dose it function I have
been in Johan Paulsson's class once. i still remember the words he said that (not
exactly but with same meaning)
even with such limits on suppressing noise, the specificity and robustness
does exist and behave quite in
order.
in any case, theoretica... 阅读全帖 |
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B******s
发帖数: 52 | 20 fundamental limits on suppressing noise paper... I read them so many times..
.. you don't need to elaborate it
my study is not to use synthetic biology to suppress noise but to try to
figure out why it is there, and how dose it function I have
been in Johan Paulsson's class once. i still remember the words he said that (not
exactly but with same meaning)
even with such limits on suppressing noise, the specificity and robustness
does exist and behave quite in
order.
in any case, theoretica... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 21 One three decade ago paper:
please send to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6187386
Biosystems. 1982;15(4):341
Kinetics and models of the Drosophila heat-shock system.
direct link:
//www.sciencedirect.com/science/article/pii/030326478290048X
Thanks in advance. |
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p********e
发帖数: 61 | 22 WB抗体最重要，其他都次要。话又说回来，在哪儿抗体不重要呢？ELISA, IP, Flow,
IHC, ChIP, ChIP-seq, Fluorescence Microscopy.......如果抗体好，手笨点，硬件
差点，都是能做出来的。如果抗体不行，上帝他老人家来了也没辙。
其实生物男很多时间都花在尝试不同的抗体，求老板买更多抗体，以及向抗体公司投诉
上了。
可是如何选抗体呢？哥根据自己的经验体会，给大家提点建议。
在美国有300多家卖抗体的公司，全世界范围就更多了。可是我们常接触的就那么几家
。我把他们分成两类："包罗万象型"和"少而精型"。
最著名的“包罗万象型”公司有三家：AbCam, Sigma和Santa Cruz。这三位的产品也太
全了，无论你需要什么抗体，他们都有。至于是否能用，那就再说了。 我个人的经验
是：能用率大约有20％。 所以我很奇怪楼主会觉得AbCam抗体质量好。这三位大哥中
SantaCruz还算好点，毕竟便宜得多，给的量又足。万一赶上你走运遇到一支好的抗体
，够你用到当正教授了。
据我所知，AbCam和Sigma都不生产抗体，所有抗体都是来自OEM... 阅读全帖 |
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p********e
发帖数: 61 | 23 SPEED BioSystems的试剂性价比不错。
www.SpeedBioSystems.com |
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T****i
发帖数: 15191 | 24 我搞错了，一直以为你是Speed Biosystems 的创办人。看了一下你的公司，挺好的。
很specialized，货也不错。我告诉了几个人。有机会一定从你那里订货。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 发表于：2011-aug-2
英国皇家学会RSC，旗下有诸多期刊可供投稿
这些期刊基本都是SCI收录，并且不收版面费，
RSC 旗下期刊列表及影响因子：
Journal 2010 Impact Factor 5-Year Impact Factor
Integrative Biology 4.439 4.439
Molecular BioSystems 3.825 3.986
//bbs.instrument.com.cn/shtml/20110802/3443004/ |
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f******g
发帖数: 1003 | 26 和载体也有关系把，最好买现成的，shRNA克隆也挺费劲的，测序
Open Biosystem |
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j*******n
发帖数: 8 | 27 各位亲，实验室要新买一台qPCR仪，本人没有经验，请教一下版上各位有经验认识这几
家公司的那个型号比较好用？bow！
BioRad Agilent, Applied Biosystems, Roche Applied Science |
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h******y
发帖数: 1374 | 28 为啥不直接买Open Biosystems的lenti shRNA |
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m*******a
发帖数: 79 | 29 用RNAi knockdown了一个gene后，如果需要做rescue，可否用Lentivirus 去
overexpress这个gene？我觉得最好用一个construct同时表达shRNA，和一个RNAi
insensitive variant，但是这个太麻烦了。
想直接从Open Biosystems 买ready-to-use lentivirus with shRNA 和lentivirus
overexpressing the target gene，不知道可行不。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 30 库里有的基因，很多公司差不多100出头一个吧，比如open biosystems。
挑个带attb的或者直接在pdonr221里面的，回来自己克隆也很方便啊 |
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d**b
发帖数: 1286 | 31 前阿拉巴马大学生物学教授，47岁的艾米•毕晓普（Amy Bishop）于2010年2月在
阿拉巴马大学生物系员工会议上向与会同事开枪，造成3死3伤，目前被控一项一级谋杀
罪和3项企图谋杀罪。上周四，毕晓普终于表示承认谋杀罪。之前，她一直以精神疾病
或缺陷为由拒不认罪。
检察官裁定毕晓普在2010年二月12日的教师会议上开枪杀人罪证成立，并判她终身不得
假释。在对她量刑之前， 9月24日会有一个简短的审判。她的律师为她辩护说，毕晓普
精神有问题，在她签署的认罪协议书中，字迹极其潦草难以辨认。
毕晓普犯罪前与家人住在亨茨维尔。警方表示，毕晓普曾有杀人前科。1986年她开枪打
死自己的弟弟，后来，艾米‧毕晓普向警方解释说这是一个意外，由于她在家中
试图把父亲的抢卸载，不小心而走火。案件以“意外事故”了结，没有对她提起诉讼。
但事实是，当时她杀死弟弟后曾试图开车逃跑，并用枪胁迫汽车经销商，直到警方反覆
命令，她才放下枪。该事件只写在布伦特里地方警方的报告中而在州警方无任何记录。
在阿拉巴马州发生的恶性谋杀案导致她犯罪并最终被判刑。
毕晓普毕业于哈佛大学，从2003年开始... 阅读全帖 |
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m*******m
发帖数: 127 | 33 我6年前用了他家的shRNA系统，问题很多，折腾了半年，彻底放弃。打击太大，至今还
在回避他家的shRNA系统。
这么多年我一直用sigma 的pLKO. 一次order5个，一般至少有一到两个有效。缺陷是
non-inducible. 最近他家也推出了IPTG-inducible modified version of pLKO, 不过
要自己clone。效果不清楚。如果有人用过，请补充。
Opent Biosystem
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.56 |
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c*******4
发帖数: 154 | 34 对于cancer领域来说，这是一个非常不错的原始数据，值得跟进。如上所说，你必须验
证这个现象。我觉得最好的办法是能搞到inducible的shRNA，看看open biosystem的网
站，他们有pTRIPZ一类的inducible的shRNA。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 35 Illumina won first round Competition before QE2 of 2013
Genomics Conference Illustrates that Illumina is Outpacing the Competition
Ivan Deryugin
March 15, 2013
On the evening of March 14, Illumina (ILMN) announced that a federal jury
found it guilty of infringing a patent held by Syntrix Biosystems relating
to the company’s BeadChip product line, fining Illumina $96 million based
on a 6% royalty on all BeadChip sales between 2005 and September 2012 (
Syntrix’s lawsuit was filed in November 2010)... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 36 我们正打算把一段shRNA 的识别序列放进pGIPZ vector 里面，可以我们从来没有用过
它，所以不知道到底应该放在哪两个restriction site 之间。Open Biosystem 里面对
这个质粒的用法也描述得非常含糊。
我的猜测是XhoI and BamHI, 不知道能否有用过这个质粒的人来验证一下？谢谢！ |
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f******g
发帖数: 1003 | 37 因为open biosystem最开始使用的是pSM2质粒，设计好的shRNA全部克隆到这个载体里
面，后来有了慢病毒lentiviral vector（pGIpz），他们就把原来的psm2的shRNA全部
克隆到新的pgipz上面，另外还有新设计的shRNA。
突变掉另外那个EcorI没有任何影响，我们已经做了。
还有，如果你想转干细胞，至少是造血干，pGIPz不是一个很好的选择，因为他的启动
子是CMV，转干细胞效率极低。如果是普通的细胞系，应该没有问题。原代细胞，我没
有试过。
如果你实在没有好的选择，短信我，我有修饰过的pGIPz载体，很好用。但是要和老板
签署MTA。
cassette |
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s******y
发帖数: 28562 | 38 关于 Tet-inducible shRNA，除了Open Biosystem 的，addgene 上有没有便宜的？
对了，能不能麻烦你多说两句那个design 3‘ mismatch 是什么意思？ |
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m***T
发帖数: 11058 | 39 http://www.genomeweb.com//node/1217241?hq_e=el&hq_m=1567445&hq_
NEW YORK (GenomeWeb News) – Thermo Fisher Scientific is acquiring Life
Technologies in a $13.6 billion deal, the firms jointly announced today.
Thermo Fisher was rumored over the past couple of weeks to be in advanced
talks to acquire Life Tech, while private equity firms also had been
reported as working on bids to get a deal done. The transaction signing
comes three months after Life Tech confirmed it had hired Deutsche Bank and
M... 阅读全帖 |
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l***y
发帖数: 4671 | 40 感觉汤超正朝着自成体系的方向走，虽然可能还没达到这一步。
系统生物学这个方向，Tyson 等人从具体的反应和参数入手，发展出来一系列的实验工
具，最后迈向理论层面的动态的调控模型；以色列那帮子人，以 Weizmann Institute
of Science 为代表，直接从寻找 network motif 入手，寻找那些 essential
building blocks of biosystems；汤超是从数学的视角出发，上一篇 cell 通过穷举
的方法（当然做不到那么“穷”）证明了 adaptive systems 的常见的调控结构在数学
上的合理性，有些像是 Weizmann 风格的延伸，这一次则是在 Tyson 等人发展出来的
bi-stable hysteric model 的基础上，不去研究 switching，而是反过来研究
balancing。看汤超这些年的 paper，感觉虽然每一个问题做得都很新颖独到，可是整
体上看，做得还是东一下西一下的，比较散；但是自己的风格也在慢慢浮现出来。但愿
他能逐渐形成自己独到的体系。
另外，看看系统生物学领域的牛人，还真的大部分是物... 阅读全帖 |
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m**********2
发帖数: 2646 | 41 You can use the Seqscape software (by applied biosystem I think). You can
put in all the exon information of this gene and import all the sanger
sequencing files at the same time. It will detect the SNPs right away (you
can set the threshhold, for example,call any mutation that is at 25% of the
WT in peak size).
After they made the SNP calls, you can click on each SNP to look at the peak
and determine whether it is homozygous or heterozygous.
The software cost about $4000~6000, but it has a 30-d... 阅读全帖 |
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b*********b
发帖数: 64 | 42 我买过好多Applied Biosystems的，是比较贵，但是很好用。 |
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h****u
发帖数: 618 | 43 需要买一台PCR 做 mRNA 和 microRNA expression. 以前一直都用 Applied biosystem
StepOnePlus™ PCR, 但是最近看到 Bio-Rad CFX96™ 不需要calibration
,但是StepOnePlus™ 是需要买calibration kit的。不知道哪个更好用呢？如果
两者性能相当，买 biorad 就一劳永逸了。
而且听sales 说， biorad 使用5个led 激发， steponeplus 只有一个蓝色led， 所以
做Multiplexing的话，是不是biorad 更好呢？
另外在 biorad 上使用 taqman 的试剂会不会有问题呢？
请大家指教。非常感谢！ |
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a***y
发帖数: 19743 | 44 T2 Biosystems has developed the T2Dx instrument that is designed to
rapidly detect the bacterial and fungal pathogens that lead to sepsis in as
quickly as 3.5 hours and at limits of detection as low as 1 CFU/mL. Multiple
studies have shown that providing the appropriate antimicrobial therapy to
a patient within hours may reduce the mortality rate of bloodstream
infections by as much as 70%. The cost savings to the healthcare system in
the U.S. alone could be $12 billion per year from reduced h... 阅读全帖 |
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h****n
发帖数: 2552 | 45 Eukaryote kingdoms: Seven or nine?
Department of Biophysics, King's College London, 26-29 Drury Lane, London
WC2B 5RL, United Kingdom
Biosystems 01/1981; DOI: 10.1016/0303-2647(81)90050-2
[email protected]
(function(){try{var s,a,i,j,r,c,l,b=document.getElementsByTagName("script");l=b[b.length-1].previousSibling;a=l.getAttribute('data-cfemail');if(a){s='';r=parseInt(a.substr(0,2),16);for(j=2;a.length-j;j+=2){c=parseInt(a.substr(j,2),16)^r;s+=String.fromCharCode(c);}s=document.createTextNode(s);l... 阅读全帖 |
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l******g
发帖数: 1623 | 46 像点样的公司这些都是标配吧。自动养细胞的机器我们用tap biosystem的有六七年了。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 47 回答Canghu 和 Tianzi， 我们的那个自动换洗机器是Precision Biosystems公司的
BlotCycler.
http://precisionbiosystems.com/
http://precisionbiosystems.com/western-blot-processor-blotcycle
优点就是便宜，而且不需要耗材（Invitrogen 那个每跑一次需要10美元左右的耗材）
。同时可以洗６个膜，左右两边可以用不同程序。东西放上去了就可以不管了，跑完之
后会自动把膜泡在冲洗液里。如果懒的话可以晚上把东西放上，第二天早上来收然后去
做成像就行了。
缺点是需要很多溶液： 最少需要10mL 抗体。冲洗用的buffer solution每跑一次至少
要耗一升（因为机器很傻，冲洗的时候必须同时冲洗三个槽）。机器输入界面设计得特
别差，需要一定智商才能弄明白怎么输入，机器附带的说明书里面尽是胡说八道，需要
自己好好琢磨一阵子才知道怎么用。每次用完之后一定要用清水冲洗，并把所有阀门都
打开，不然机器的各种管子一定会被析出来的盐给堵死。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 48 Applied biosystem. 经常有买一送一的deal,一买就是10package. |
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r*****m
发帖数: 3619 | 49 那你还是不要去了，你一点也不想了解这个人啊。你知道他和比尔盖茨的母亲是什么关
系吗？你知道他和 Applied Biosystems 是什么关系吗？ 你知道他为什么没有得到诺
贝尔奖吗？
诺贝尔奖有一点是很残酷的，就是绝对的洁癖，比处女情结还要严格的洁癖。Lee Hood
也就是数文章，数你的测序长度，下面有一两个人不堪压力造假，就毁掉 Hood 自己
的一生。Max Cooper 也倒的这个霉，在一个造假的文章上当了共同作者，就永远不许
得奖。
从这一点讲，中国人现在离诺奖比1976年是更加遥远，没有任何接近，永远过不了诺奖
评委的洁癖和处女情结。 |
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r*******3
发帖数: 66 | 50 我第一次做Q-PCR， 用的是applied biosystem的7500.
进入界面以后新建实验，选了“relative quantification”，最后跑完了数据有了，
但是不能分析出Ct值。我后来有试了试选择“absolute quantification”，跑完以后
就可以分析。这个到底怎么办啊？
我相信是有软件可以做这个分析，因为所有的raw reading都有。就需要一定的算法来
分析他
我现在样品不够了，谁能帮帮我，有知道什么软件能够做这个分析的，我只要求自动Ct
值就行！
谢谢！ |
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