发帖数: 1 | 1 1. 现在做ChIPseq是不是都得做重复？记得前几年的ChIPseq，都是一次实验，就可以。
2. 现在做ChIPseq，spiked－in 是必须的吗？
3. biorupter和covaris，哪个好？为什么？
谢谢！ |
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a********u
发帖数: 259 | 2 向大家求教如何验证chipseq中的antibody有效。做的是植物的histone modification
的ChIPseq实验，包括了几种mark，其中两种H3K9ac和H3K27ac的profile很像，所以
reviewer怀疑我们H3K27ac的antibody的有效性，要求我们给出相关的证据。因为本人
是做生物信息，不太清楚如何证明antibody的确实是有效的。希望大家能帮忙指点一二。
不胜感激！ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 3 peptide blocking撒。。
你chipseq下来总要找几个target做chip-realtime验证吧。
side by side用对应的peptide block掉抗体，再realtime检测target。
比较快，大家也认可。
组蛋白修饰的抗体非特异的很多，前阵子还专门有人发了个nature structure xxx验证
了几十种抗体，哪些特异哪些不特异。
An assessment of histone-modification antibody quality
http://t.cn/zWeHjmj
Antibody validation database
http://t.cn/zWeHjmW |
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A******u
发帖数: 61 | 4 我有一个mouse ChIPseq的测序结果，我做了FASTQC之后，quality是好的，20million
reads，duplication只有10%，各种打分评价都是好的。
然后我用Map with Bowtie for Illumina，看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
怪，然后我试着map到hg19上，有67%能map到hg19.
很诡异。这是怎么回事？是不是实际这个是人的DNA序列？但是测序之前的，从养细胞
到ChIP、建库，实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件，看了一下
这个文件序列里面每条reads的index，的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
？会是数据本身有问题，还是其它低级错误的可能（比如测序中心给错了文件，恰好
index也一样）、测序中心测错了样品／有污染等等？（不了解测序的具体实验过程）。
非常感谢！！ |
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z********o
发帖数: 137 | 5 苦命人，严重怀疑课题方向存在问题，但是还是不得不做呀！knockdown之后RNAseq
，microarray结果都非常flat。后来老板非要上了ChIPseq，结果也是不太理想。自己
不会分析，分析的人就说有几个peaks很强，挑出来了，但是这几个target在RNAseq和
microarray里根本就没变化或者没被测到。懂的朋友能解释一下吗？
我老板从来不来实验室，跟别说做实验。估计文献都只看个标题，最多摘要。而且
还是那种给他一颗沙，他能意淫出一座金矿的人。我这个课题根据就是，人家两百多页
的专利上一堆microarray结果，列了个表说我现在做的这个东西跟一种cancer的预后不
良有关。实际上写这个专利的大牛实验室发了无数文章中从来没有提及这个蛋白。我老
板就东扯西拉，找了个人帮他做了些初始数据申请了一个州内的grant。那些初始数据
很不严谨的，其中一张WT图怎么看怎么像造假，没有内参，我做出来的跟此有很大出入
。感觉就是故意把想要的结果调强，不想要的调弱。我进了实验室后，就没听说我老板
还能跟他这位“朋友”取得联系，email人家根本就不理，打电话也不接。... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 6 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: BachCello (cello), 信区: Biology
标 题: Postdoc positions in Weill Cornell medical college
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 29 16:32:52 2013, 美东)
Description
POSTDOCTORAL POSITION – Hematopoietic Stem Cell Biology
Weill Cornell Medical College, Cornell University, New York, NY
A postdoctoral position is available to investigate mechanisms controlling
hematopoietic stem cell (HSC) quiescence and how disruption of these
mechanisms contributes to the pathogenesis of hematopoietic m... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 7 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: mummy (老菜皮), 信区: Postdoc
标 题: postdoc position in NYC
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 26 10:42:03 2013, 美东)
朋友招postdoc，帮他贴广告，有兴趣的可以申请， 如果贴错地方请帮忙转到正确的
地方，谢谢
Description
POSTDOCTORAL POSITION – Hematopoietic Stem Cell Biology
Weill Cornell Medical College, Cornell University, New York, NY
A postdoctoral position is available to investigate mechanisms controlling
hematopoietic stem cell (HSC) quiescence and how disruption of these
mechanisms contributes to the pathogenesis of ... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 8 这个实在太多了，商业软件例如DNASTAR，NextGENe，CLC，Genomatix等等都有比较成
熟的模块，界面也相对友好，价格自然不菲。
免费软件更是层出不穷，PeakSeq，F-Seq，USeq，CisGenome，ChromaSig，ChiPDiff，
MACS，SISSRs，ChIP-Seq Simulator，QuEST，FindPeaks，GLITR，WTD/MSP/MTC，
ERANGE3，都出生名门，还有一堆基于R的代码就不提了，自己去看paper吧。
新手的话，个人推荐CisGenome，功能强大，也不用自己编译调试，或者webserver比如
ChIP-Seq Tool Set（http://havoc.genomecenter.ucdavis.edu/cgi-bin/chipseq.cgi）；
ChIP-Seq Analysis Server（http://ccg.vital-it.ch/chipseq/），在线分析，省心省力。 |
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d*****8
发帖数: 29 | 9 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
。非常感谢！！！！ |
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d*****8
发帖数: 29 | 10 用果蝇做model， 我找到一个transcriptional repressor在stem cell中有non－
autonomous effect， 在人里面报道过这个转录因子能抑制很多cytokines表达。 现在
我想用Chipseq找它在干细胞中的targets。 在果蝇里还没有报道过这个因子的已知的
binding region，只知道它的consensus elements跟人的是保守的。人里面已知的
targets可能在果蝇里不保守。 如果这种情况想做Chipseq，要怎么找一个control
binding region。跟我们合作的一个实验室说没有control region也能做但是风险很大
。非常感谢！！！！ |
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c***3
发帖数: 251 | 11 很多软件，bioconductor里面有不少package处理chipseq，ChIPseeqer
或者你用encode里面得方法也行，我最近在处理chipseq数据
你先做试验吧，有数据了你问我，我告诉你具体怎么用，用哪个 |
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c***3
发帖数: 251 | 12 很多软件，bioconductor里面有不少package处理chipseq，ChIPseeqer
或者你用encode里面得方法也行，我最近在处理chipseq数据
你先做试验吧，有数据了你问我，我告诉你具体怎么用，用哪个 |
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h*********i
发帖数: 2605 | 14 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: quix (hardworking...smartworking), 信区: Joke
标 题: 万年生物泼石岛看了Jurassic World 内牛满面。。。 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 5 13:19:31 2015, 美东)
发信人: mbp (Mac Book Pro), 信区: WaterWorld
标 题: 万年生物泼石岛看了Jurassic World 内牛满面。。。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 5 12:57:33 2015, 美东)
国庆日和lab的几个老中，老韩，老美万年生物泼石岛 跑pcr期间 去看了场imax的
Jurassic World 。搞了个visa的10$ off 加上student id discount，反正卖票妹子不
查年龄。
万年生物泼石岛最震撼吓尿的，不是特效，不是剧情，而是Dr. Woo的那个lab！
想想自己在lab做的都是搞Drosophila, xenopus,顶多上个rat，平时也跑跑胶，写
script，弄pcr，顶多弄个... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 15 靠 复杂的不会，最基本的RNASeq和CHIPSeq还是实验室自己处理的，不就是跑几个程序
嘛，都有现成的。跑程序可以用NIH的服务器。耗子那个搞DNASeq只能说有可疑突变，
要证明的确是基因突变造成的代谢病，最铁的还是酶活assay，不过耗子说人家造假了。 |
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b*****e
发帖数: 12 | 16 2004 Passat 86k mileage nice auto car - $4700 (Brookline )
即将回国，有意者请站内联系或email：c********[email protected]
谢谢。 |
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m*p
发帖数: 1331 | 17 国庆日和lab的几个老中，老韩，老美万年生物泼石岛 跑pcr期间 去看了场imax的
Jurassic World 。搞了个visa的10$ off 加上student id discount，反正卖票妹子不
查年龄。
万年生物泼石岛最震撼吓尿的，不是特效，不是剧情，而是Dr. Woo的那个lab！
想想自己在lab做的都是搞Drosophila, xenopus,顶多上个rat，平时也跑跑胶，写
script，弄pcr，顶多弄个chipseq好发paper， 看看人家 Jurassic World 的 Dr. Woo
的lab， 做的是最牛b的 synthetic biology， 太他娘的高大上的，building slick采
光足不说，仪器也是目测清一色最贵的，连Centrifuge也是futuristic。做的东西
visibility高不说，发nature，science肯定轻松，不想现在搞一个plos就谢天谢地，
eb1a也遥遥无期。。。。
看完后大家内牛满面，默默走出imax，走向parking lot 的那辆1998年camry。 终于老
中开口了，"how much... 阅读全帖 |
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q**x
发帖数: 1636 | 18 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: mbp (Mac Book Pro), 信区: WaterWorld
标 题: 万年生物泼石岛看了Jurassic World 内牛满面。。。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 5 12:57:33 2015, 美东)
国庆日和lab的几个老中，老韩，老美万年生物泼石岛 跑pcr期间 去看了场imax的
Jurassic World 。搞了个visa的10$ off 加上student id discount，反正卖票妹子不
查年龄。
万年生物泼石岛最震撼吓尿的，不是特效，不是剧情，而是Dr. Woo的那个lab！
想想自己在lab做的都是搞Drosophila, xenopus,顶多上个rat，平时也跑跑胶，写
script，弄pcr，顶多弄个chipseq好发paper， 看看人家 Jurassic World 的 Dr. Woo
的lab， 做的是最牛b的 synthetic biology， 太他娘的高大上的，building slick采
光足不说，仪器也是目测清一色最贵的，连Centrifug... 阅读全帖 |
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C****5
发帖数: 54 | 19 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: mbp (Mac Book Pro), 信区: WaterWorld
标 题: 万年生物泼石岛看了Jurassic World 内牛满面。。。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 5 12:57:33 2015, 美东)
国庆日和lab的几个老中，老韩，老美万年生物泼石岛 跑pcr期间 去看了场imax的
Jurassic World 。搞了个visa的10$ off 加上student id discount，反正卖票妹子不
查年龄。
万年生物泼石岛最震撼吓尿的，不是特效，不是剧情，而是Dr. Woo的那个lab！
想想自己在lab做的都是搞Drosophila, xenopus,顶多上个rat，平时也跑跑胶，写
script，弄pcr，顶多弄个chipseq好发paper， 看看人家 Jurassic World 的 Dr. Woo
的lab， 做的是最牛b的 synthetic biology， 太他娘的高大上的，building slick采
光足不说，仪器也是目测清一色最贵的，连Centrifug... 阅读全帖 |
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s******c
发帖数: 1920 | 20 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: mbp (Mac Book Pro), 信区: WaterWorld
标 题: 万年生物泼石岛看了Jurassic World 内牛满面。。。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 5 12:57:33 2015, 美东)
国庆日和lab的几个老中，老韩，老美万年生物泼石岛 跑pcr期间 去看了场imax的
Jurassic World 。搞了个visa的10$ off 加上student id discount，反正卖票妹子不
查年龄。
万年生物泼石岛最震撼吓尿的，不是特效，不是剧情，而是Dr. Woo的那个lab！
想想自己在lab做的都是搞Drosophila, xenopus,顶多上个rat，平时也跑跑胶，写
script，弄pcr，顶多弄个chipseq好发paper， 看看人家 Jurassic World 的 Dr. Woo
的lab， 做的是最牛b的 synthetic biology， 太他娘的高大上的，building slick采
光足不说，仪器也是目测清一色最贵的，连Centrifug... 阅读全帖 |
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h*********e
发帖数: 56 | 21 rot13 encoding:
username: macs
password: chipseq |
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b****n
发帖数: 110 | 22 可以试试google trinity，只要会用几个程序就可以用了。
我现在做ChIPseq，也是NGS，不过一般都连到学校cluster上面处理数据。 |
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j*p
发帖数: 411 | 23 1. which species?
2. whether your TF has been chipseqed before?
3. does the core use MACS to call peaks for your TF?
70
,
with
binding |
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j*p
发帖数: 411 | 24 "for my TF, the data make sense to me but the core said it is trash/useless,
9-20% mappable reads (out of 9-11M, meant to get 20M) and peaks calling with
a FDR of 100%. "
Mouse sample with 20%x11M = 2.2M is useless for publication. But it is still
potentially useable for trouble shooting.
Possible reasons(most likely -- least likely):
1. Anti-body doesn't work, did not pull down anything, therefore, no signal
enrichment on sites that are supposed TF-binding. The whole signal should
look no diffe... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 25 people use cell numbers from 10-100M to do normal TF chipseq. New
techniques are developing to chip in small amount of cells, as few as ~ten
thousands, as someone claimed. (for example: Single-tube linear DNADNADNA
amplification (LinDADA) for robust ChIP-seq) |
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c********y
发帖数: 25 | 26 buy a kit and read the manual, the library making procedure should be pretty
straightforward.
For e.g.
http://www.illumina.com/products/chip-seq_dna_sample_prep_kit.i
After you feel comfortable making chipseq library, you can figure out ways
of using homemade reagents instead of commercial ones, to save money.
BTW, you want to measure the DNA concentration using PicoGreen (or similar
stuff) but not Nanodrop. I made such a mistake before -_-! |
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M*******h
发帖数: 294 | 27 我做的一个ChIPseq library有primer dimer。不想重新做library的话，应该如何去掉
dimer，重新做size selection还是做Ampure bead？哪个更好啊？还有library里出现
了两条带，有一条高于预期很多的带，看上去像是overamplify了（可是gel
extraction的时候明明没有切到的-.-!!!），这会不会影响测序，是否需要重做呢？万
分感谢大家！ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 28 没看文章只看了个摘要
似乎ENCODE主要分3大块
一块是tf的binding
一块是组蛋白甲基化修饰的分布
一块是测出来一大批新的none coding RNA
然后再把这三块比来比去看有没有相关性。
不知我有没有抓住关键的点。
我觉得none coding RNA肯定是有用的
在各个肿瘤或者其他疾病里比来比去肯定能找到东西。
组蛋白修饰就不好说了，他们是用chip-seq做的
组蛋白甲基化修饰的抗体特异性很难说
而且随环境和技术影响变化很大，可重复性不好。
当年eric lander不是提出个es全基因组的bivalent domain概念么？
我们也重复过chipseq，不能说我们重复不出来，至少可以说数据差异很大。
组蛋白修饰本来就是会变的，再加上种种实验上的变量，最后能有多大参考价值很难说。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 29 我不是搞这行的，说了大家别信，呵呵
其实，只是想分析一下RNAseq，ChIPseq的data，不搞太复杂的东西，
比如算法，RNA editing等等，前面的linux/python/perl/BWA/samtools
都不用学，只要学会excel和R作图就行了。
galaxy.psu.edu |
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D****g
发帖数: 275 | 30 1. Pull down and then mass spectrum to check the target protein.
2. After ChIP experiment, load the sample to a protein gel, run western blot
with this antibody and other antibodies for same protein, include the other
antibody (H3K9 pull down, include h3k27, and vice versa) as well, to make
sure that you do pull down the right target but not the wrong target.
.... |
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k*****n
发帖数: 323 | 31 你的抗体是自己做的还是商业话公认的？
最严谨且变态的验证方法是敲掉k9me3的酶，没有了k9me3的pattern但27还在。同理
k27me3 |
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C***Y
发帖数: 61 | 32 I will be very surprised if they did not shown similarity. |
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a********u
发帖数: 259 | 34 商用的，以前是用在人里头的，现在拿到植物里头来用。只是小文章，不想再做太多实
验了。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 36 为啥要验证？商用的chip-seq ab, 把公司的ref翻出来，找找CNS把他拍翻
modification
二。 |
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a********u
发帖数: 259 | 37 本来是用在人里头的，现在搁植物里头，人家不信了。 |
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j*p
发帖数: 411 | 39 1. 180M估计是HiSeq2000 pair-end。pair-end 会产生两个文件，每一个文件大概有
100M reads，每一对read都互相对应。有时候能产生更多的数据，我反正是没见过有
380M这么多的。
2. 如果只想知道普通gene表达，30M reads应该是足够多了。那些做HiSeq的多数是想
要知道例如LncRNA，eRNA之类低表达的基因（需要ChIPseq），或者是想看看有没有不
同alternative splicing， circular RNA等。一般讲数据多，read长，分析后得出的
结果越靠谱。
3. 不同的library construction也会有影响，总的来说，polyA selection会比Ribo 0
，数据看上去要平滑，缺点就是不能够detect没有polyA的gene（废话）。
4. 具体问题具体对待吧。 |
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h**2
发帖数: 2841 | 40 +1
不一定得包全，几百bp of exon 1即可
不过最好是去找几个ChIPseq data再来决定 |
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t*****w
发帖数: 254 | 41 我可以分析ChIPseq data， 但是我要的报酬是5千美金。所以显然克隆promoter便宜多
了。 |
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h**2
发帖数: 2841 | 42 +1
不一定得包全，几百bp of exon 1即可
不过最好是去找几个ChIPseq data再来决定 |
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t*****w
发帖数: 254 | 43 我可以分析ChIPseq data， 但是我要的报酬是5千美金。所以显然克隆promoter便宜多
了。 |
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H**O
发帖数: 89 | 44 比如只用Flag tag做ChIP seq。
work吗？ |
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d****7
发帖数: 109 | 45 单个tag的话，一般用V5, biotin, GFP之类的
FLAG和MYC的话，没试过，这俩一般都用好几个copy的 |
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k*****n
发帖数: 323 | 46 3 x flag works in our lab |
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H**1
发帖数: 34 | 47 这个简单啊？做一大堆histone marker的ChIPseq，不就知道了？
epigenome |
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F*****d
发帖数: 23 | 48 八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。 |
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t*****w
发帖数: 254 | 50 do real time PCR to validate your sample.
20million
）。 |
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