发帖数: 1 | 1 分不清三联体密码子codon和避孕套condom
我做presentation，就说这个突变有stop condom，那个突变破坏了start condom。
condom错了导致蛋白变短。
台下的白牛都咯咯笑，我还以为是我的data做得好，后来系里的HR找我谈话，说我
inappropriate language，我才明白codon和condom是两个词。 |
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c********1
发帖数: 3 | 2 As one of the world's leading suppliers of protein services, Creative
BioMart has a proven record of dedication to innovation in our constant
efforts to integrate new and updated technology into our gene expression
repertoire. Creative BioMart Codon Optimization system is a proprietary gene
optimization technology that can alter both naturally occurring and
recombinant gene sequences to achieve the highest possible levels of
productivity in any given expression system.
Visit http://www.creativeb... 阅读全帖 |
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f*****r
发帖数: 37 | 3 代房东打出租广告：三居1127sf codon在9469 fairgrove ln， rancho panasquitos
libary及YMCA对面.
carpet free，房子干劲整洁，privacy很好。小区常年小桥流水，多个游泳池，到处是
高大的棕榈树和热带植物，小区草坪维护良好。我11月下旬搬走，新租客直接跟房东签
约。房东很nice，这次我提前3个月搬走，不给我设任何条件。我目前租金是1795，估
计下任租客的租金应该差不多。有需求的可以先跟我约看房，有意向后再找房东谈。
[email protected]
(function(){try{var s,a,i,j,r,c,l,b=document.getElementsByTagName("script");l=b[b.length-1].previousSibling;a=l.getAttribute('data-cfemail');if(a){s='';r=parseInt(a.substr(0,2),16);for(j=2;a.length-j;j+=2){c=parseInt(a.substr(j,2),16)^r... 阅读全帖 |
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s**j
发帖数: 1663 | 4 刚来休斯敦一个星期，打算买一个codon，卖方代理人是一个华人
(from 台湾). 他想要我们找他做我们的(买方)代理人。他说他可以同
时是买卖方的代理人。这样对我们买方有什么利弊呀？知道的大侠
能不能讲讲，谢谢先。
祝大家有个快乐的冬天。 |
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v***a
发帖数: 1242 | 5 在NCBI上查到蛋白的mRNA序列，要设计引物以便引入Expression Vector中。
但这个蛋白我不需要全长，而是仅需要它的一部分，还得在比较精确的位置停止PCR的
反应，所以我想在要它停的地方引入一个TGA的stop codon。我平时设计anti-sense的
引物都是根据在NCBI上查到的mRNA序列从3'开始reverse读出一段作为引物，要引入此
stop codo的话，我有点想不通该怎么引入了，是要把TGA反向变为ACT加在平时正常的
引物后吗？
还有一个白痴问题，为什么我查到的mRNA序列会和我在别人paper上看到的cDNA序列一
模一样？
谢谢大家。 |
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v***a
发帖数: 1242 | 6 我用的是promega的pCI-neo Mammalian Expression Vector作cloning，它的manual上
明确说了insert需要有ATG来作translation initiation的，敢问各位大虾，我需不需
要在antisense primer的近5'端加stop codon呢？此vector在multiple cloning
region后是有ployA的。
谢谢您的回答。 |
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发帖数: 1 | 9 有没有方法可以预测start codon? 第一个ATG后面不多远还有一个ATG（和第一个没有
移码），蛋白检测像是从第二个开始的。 有没有方法可以从新预测或者实验证实？ |
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M*P
发帖数: 6456 | 10 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
aforementioned scanning model have been reported based on small scale
e... 阅读全帖 |
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g***j
发帖数: 40861 | 11 转录的terminator 是不是operon里最后一个stop codon 还是在这个stop codon的外边？
我觉得应该在stop codon外边
如果是这样，那么转录到这个stop codon 停一下，然后再继续转录到terminator吗，
这样就成了两段mRNA,对吗？
还是一直转录到terminator, 也就是转录成一个mRNA。然后，stop codon 到
terminitor 被切掉。或者翻译的时候只翻译到stop codon。
多谢！ |
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w******y
发帖数: 4871 | 12 NOVEL THERAPIES
Gene therapy — The identification of the gene responsible for the
dystrophinopathies led to initial excitement that transfer of a functioning
dystrophin protein (whether by transplanted myoblast or direct genetic
manipulation) may provide substantial benefit to or even "cure" affected
patients. Although myoblast transfer has been attempted in humans, the
results have thus far not been encouraging [47]. However, in one patient who
received a bone marrow transplant for severe combi... 阅读全帖 |
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w***x
发帖数: 265 | 13 http://www.nature.com/nsmb/journal/v16/n3/full/nsmb.1554.html#a
这是他们的文章。他们在discussion里第一句就是“Clearly, the information
necessary to specify the native three-dimensional structure is encrypted
in
the amino acid sequence.”。。。orz
这篇文章说，mRNA里有一些区域使用稀有codon来调节翻译速率，而在适当
的时候降低翻译速率是蛋白质适当折叠所需要的。
他们的实验里，一是人工增加tRNA浓度来增加翻译速率，二是替换codon,把稀有codon
变成常用codon但保持对应的氨基酸不变。
结果是增速翻译后折叠变得不好了。。。
第二个实验也许是他在博客里想要强调的部分。也就是说，尽管氨基酸序列仍然一样，
但因为codon使用的不同带来的翻译kinetics的差别，折叠结果可能不同。。。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 14 RE LZ
also 'ACGA' pls check if with or withnot
pls refer
The ribosome binding site (RBS; also known as the shine-delgarno sequence).
This is a series of nucleotides located 7-13 bases upstream of the start
codon. This sequence is recognized by the ribosome (the protein complex that
translates mRNA sequence information into protein).
from the bacteria E. coli and is:
AGGAGGA
In order to select a start codon you need to do two things;
1. Look at the various options for start codons. For each one,... 阅读全帖 |
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c**c
发帖数: 2593 | 15 嗯，好像作者实际上实现起来比四个字母要复杂，用的是氨基酸序列。作者特地做了如
下说明：
To keep to 'the spirit of the genome', I did the conversion, not from the
bases (adenine, cytosine, thymine, guanine), but from the 'codons'--the sets
of three bases that code for an amino acid. There are 64 (4X4X4) possible
codons and only 20 amino acids. Amino acids then, are represented by a
variable number of codons--from six down to one. I associated those amino
acids with the highest number of codon representations with the most common
notes of t... 阅读全帖 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 16 谢谢
我其实上周刚刚试了Takara家的一套5个chaperon plasmids
很可惜
因为用chaperon plasmid不能用codon plus或者rossetta strain
A蛋白完全没有表达
（WB探测不到；以前已经知道A有好几对tandem、甚至triple rare codon，需要codon
plus才能overexpression）
所以现在需要codon optimized ORF才行
还会继续试的
我想问问，如果说in vitro, low concentration试验的话
用什么手段检测/定性复合物呢
, |
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c********n
发帖数: 225 | 17 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Thomas DANIELE
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：wormbase forum
- 发布方国家：Austria 奥地利
- 发布方城市：Vienna 维也纳
- 发布方研究机构：Research Institute of Molecular Pathology (IMP)学総合研
究所
- 实验室PI：Dr. Cochella
- NgAgo的来源：Synthetic codon optimized NgAgo
“NgAgo DNA sequence has been taken directly from Entrez NCBI, then codon
o... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 18 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
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息的发布报告
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- 发布方：Thomas DANIELE
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- NgAgo的来源：Synthetic codon optimized NgAgo
“NgAgo DNA sequence has been taken directly from Entrez NCBI, then codon
o... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 19 9月28日Joe Miano
Most of you have already moved on from this discussion but I wanted to chime
in one last time with our negative data in the mouse. Whether we used
original plasmid or a custom NgAgo that was codon-optimized for mouse with
untranslated sequences, a Kozak Methionine, and polyA tail the results were
uniformly negative. We used a 5' phosphorylated ssDNA (both IDT bought or
in vitro phosphorylated) along with the mRNA to codon-optimized NgAgo and an
HDR template we used successfully ... 阅读全帖 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 20 如果是codon bias
可以
1.用某些特殊的BL21(DE3)菌株，具体不记得哪些选择了，自己去搜一下
2.实在不行可以codon optimize，换成ecoli喜欢的codon
conditions |
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l**********1
发帖数: 5204 | 21 sunny 老大和 长木行 longwoodwalk 不熟吗 in 2008 or 09 ?
LZ please refer
同主题阅读：Re: 这样构建bac，可行不？
[版面:生物学][首篇作者：longwoodwalk] , 2011年06月04日23:37:27
[分页:1 ]
longwoodwalk
[ 2 ]
发信人: longwoodwalk (长木行走), 信区: Biology
标 题: Re: 这样构建bac，可行不？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jun 5 11:34:27 2011, 美东)
如果是这样的话，又多了一种可能性。在mRNA上，不是所有情况下第一个ATG
都是起始密码子。前后的序列，比如Kozak序列，才是决定mRNA从哪里开始翻
译的起始位点。我怀疑还有一种可能性，因为你们破坏了A本身的ATG，Cre放
在了20bp之后。有可能Cre自己的ATG不能作为kozak或类似序列，所以，不能
被核糖体视为一个ORF的start codon，所以不能表达你的Cre。再往后面的
ATG, 即使有可能被视做一个ORF的起始密码字，... 阅读全帖 |
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b*****o
发帖数: 150 | 22 E coli的Stop codon的使用频率和真核生物的使用频率是不一样的。如果使用了老鼠不
常用的stop codon，那就很有可能"通读"了。
建议你在KO EXON的上游和下游各设计一对QPCR引物，然后检测就能知道你的STOP
CODON是否起作用。 |
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h**********r
发帖数: 671 | 23 必须是pESC系列。
当时我还问大家要不要加kozak序列，也没说出个所以然来。后来我终于等到了客服的
答复。下面就是：
The GAL1 and GAL10 yeast promoters from the pESC-Leu vector have the FLAG or
the MYC epitopes in the two MCS of the vector. Both include ATG codons at
the 5’ end of the FLAG and the MYC epitopes. If you clone into the Bgl II
or the Xho I site in frame with the ATG of the epitope tag, you will have
the start codon, kozak sequence and should get good expression of your N-
tagged protein. If you need the epitope tag at the C-terminal, ... 阅读全帖 |
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a****d
发帖数: 1919 | 24 准备建一个hESC reporter line, 有几个问题向有经验的大牛们请教。
我准备在目的gene末端插入XFP，那么在HDR之间是否应该这个顺序： last exon(stop
codon removed)-T2A-XFP-UTR？
目前在last exon上面找到了一些sgRNA序列，在stop codon上游大概50-150bp. 请问在
这个距离上double nicking是否可行？
另外选择好了sgRNA后，选择HDR是不是按照double nicking位置向上游选700-1000bp，
然后从last exon(stop codon removed)-T2A-XFP-UTR开始向下游选700-1000bp？没有
其他的特殊要求？
准备donor plasmid时，考虑到很难找到特异的酶切位点去匹配几个不同的片段，这种
几个大片段连接，是不是选择Gibson Assembly Cloning更容易一些？ |
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c********n
发帖数: 225 | 25 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Dr Joseph Miano
- 发布时间：2016年9月27日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Rochester NY
- 发布方研究机构：U Rochester
- 实验室PI：Dr Joseph Miano
- NgAgo的来源：original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with
elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果， 实验室在
Addgene proto... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 26 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
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- 发布方：Dr Joseph Miano
- 发布时间：2016年9月27日
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elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果， 实验室在
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m****s
发帖数: 18160 | 27 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 28 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在... 阅读全帖 |
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a**********u
发帖数: 28450 | 29 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Biology
标 题: 又听说一个中国postdoc投毒案
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 13 15:42:53 2015, 美东)
昨天听老板说的。一个老中postdoc在实验室的咖啡里掺了acrylamide，导致全实验室
人都中毒，去洗胃，而此老中逃回国了。 |
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c***n
发帖数: 223 | 30 发信人: codon (codon), 信区: Biology
标 题: Re: 又听说一个中国postdoc投毒案
发信站: BBS 未名空间站 (Thu May 14 17:54:14 2015, 美东)
昨天我老板扯闲篇的时候说的，因为被投毒的实验室跟我们方向一样，俩老板是熟人。
具体什么时候的事儿我也不清楚。
学校是UCSD |
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发帖数: 1 | 31 一个加州理工毕业的说（引用他的话，是用来驳斥的。在没有RaTG13之前，他说的其实
有理。）
“
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some regions don’t even have
sile... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 32 Puma2019 发于 2020-01-29 08:58, 论坛:
标 题: 跟一个朋友聊了会，这次武汉病毒不像合成的。
quote 如下：
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some region... 阅读全帖 |
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c***n
发帖数: 223 | 33 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Biology
标 题: Re: 打假需要政府设立独立的专职委员会
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 16 01:37:17 2015, 美东)
其实只要junior researcher发动共和党参议员，给他们递NIH的黑材料、提供弹药，配
合他们裁掉一部分NIH的funding，交换条件是迫使NIH成立打假小组，相信还是有可能
敲山震虎的。 |
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l********o
发帖数: 5629 | 34 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Biology
标 题: Re: 科研其实就是传销、庞氏骗局
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 13 17:04:07 2013, 美东)
化工还好，毕竟偏工程，外面工作大把。你室友刚拿到phd就有AP，绝对分行业。现在
做纯生物的，能不作博后直接拿AP的，老板得是如来佛。凡是应用前景好的，当然没人
稀罕去作什么教职，比如CS，EE。最典型的是金融：严进宽出，手里有phd的话上来就
给开十几万，照样没人愿意去教书。跟生物正好相反，是个人只要手指头没折，就给发
把pipette下bench去，整天上传销课：好好干，多发文，将来当AP。 |
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b***P
发帖数: 123 | 35 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Biology
标 题: 实验室有钱但留不住人，感觉快运行不下去了
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Dec 15 15:36:14 2014, 美东)
我这里是个综合排名20-50，医学院排名前20的公立大校。我们组不大，经费算是充足
，发文水平也不错，基本上每人每年0.2篇左右CNS，外加若干罐水文。
但是实验室里明显人心不稳。有本事、能干活的，来了一年就想跳。今天刚刚一个手里
握着还热乎乎的NRSA的postdoc宣布已经拿到industry的offer，过了新年就走人。反过
来说，待的时间久一点的，全都是混吃等死的，整天上班就是看新闻和youtube，或者
光烧钱不出结果。但是就是这些人，也在私底下搞小动作联系工作。
我们这儿虽然不是藤校、不是top10，但是招PI也非常严格。今年的比例大约是1:400，
最后on site的基本上都是top10，博士后期间有各种fellowship，差不多都有CNS。所
以实验室里的人心里都清楚，接着搞科研，哪怕是搞出CNS，也一样没有出路... 阅读全帖 |
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M****o
发帖数: 4860 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Biology
标 题: faculty search中令人揪心的一幕...
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 12 12:48:02 2015, 美东)
新一轮faculty search又开始了。过关斩将，到最后on site的大约有五六个人。其中
一个candidate，一个看上去不是并不是很强势的白妹子，在我们学校一个大组（下面
简称K Lab）拿的phd，之后去了英国，做了几年postdoc。
昨天开会回来，飞机上全是同去的、来自各个组的同事、phd学生，也包括几乎整个K
Lab，以及这个candidate。4天的会议过后，她脸上依然挂着疲倦的笑容，从机头走到
机尾，凡是见到有我们学校的人，都要热情地一一握手打招呼。
飞机降落，出了gate，看到luggage claim处站着一个帅哥，抱着个两岁左右的小娃，
被整个K Lab的人，以及PI K本人围着寒暄。这时候，令人诧异、揪心的一幕出现：我
们的candidate走出gate，整个K Lab却立刻散开。
两分钟之... 阅读全帖 |
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e********9
发帖数: 137 | 37 一遍看下来不知道写的啥
[在 MVPYao (退役了) 的大作中提到：]
：【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
：发信人: codon (codon), 信区: Biology
：........... |
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c***n
发帖数: 223 | 38 【 以下文字转载自 Seattle 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Seattle
标 题: 求助：UW医保里，怀孕算不算pre-existing?
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 24 00:52:08 2012, 美东)
过段准备携ld去UW，ld目前自己有独立的医保，过去之后跟我的(UW)医保。听说过不少
无良保险公司把先怀孕再买保险算成“pre-existing”的故事，生个娃自掏腰包上万都
不止，坑死爹娘。请问UW的几种保险中（UMP classic, UMP CDHP, group health等）
，哪个会把投保前怀孕算成pre-existing拒保的？谢谢！ |
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c***n
发帖数: 223 | 39 【 以下文字转载自 Visa 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: Visa
标 题: opt到h1b的断档，有什么解决办法么？只能撞eb1a了？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 25 00:39:54 2014, 美东)
目前我在17个月opt延长期里做postdoc，opt到2015年2月底过期。现在计划出去找工作
，但是今年的h1b申请我肯定是赶不上了。如果今年找到工作，或许可以干到明年2月底
，或许可以递2015年4月的h1b申请。但是2月到10月，就没有status了。
做过cap-gap的功课后，大概了解到，如果我的opt是2015年4月1号之后过期的话，就可
以自动延长。但是可惜我有那么一个月的gap，导致我落在60天的grace period里，不
能工作。
就我目前的情况看，是不是基本上可以不用想找工作，只能专心作postdoc憋eb1a了？
估计没有什么公司愿意等半年的时间吧... 跪请前辈解惑... |
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c***n
发帖数: 223 | 40 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: JobHunting
标 题: 零老印的工作环境值多少钱？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 4 23:26:51 2016, 美东)
码农们说说，如果把你周围能看得见的老印全部换成白人，从此不用再忍受阿三的各种
对上级阿谀奉承，对平级排挤抢功，对下级压榨抽油，全部fairplay，外加绝无咖喱味
，你愿意接受工资下降几成？ |
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r*******g
发帖数: 32828 | 41 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: codon (codon), 信区: WaterWorld
标 题: 最近好失败。只有唯一的成功...
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Dec 28 01:57:53 2013, 美东)
最近申请什么都是"we are sorry to inform you"，或者石沉大海。为了振作士气，最
近申了个东西，刚刚收到了令人振奋的消息：
congratulations, your mail-in-rebate has been approved... |
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c******n
发帖数: 16666 | 42 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mitbbs (未名空间), 信区: Biology
标 题: Mitbbs水平挺高的，纯从科学家角度质疑韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Sun May 21 23:40:17 2017, 美东)
2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的... 阅读全帖 |
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q*******8
发帖数: 768 | 43 讲个我自己以前的。。。一次问师兄问题，里面有个单词是CODON，发音发成CONDOM。
。。师兄耐心回答完后。。。安静了2分钟。。。（此间鄙人突然发现了问题，但师兄
未有表露）。。。于是暗自幸庆中。。师兄沉闷着嗓子道：CODON,NOT CONDOM |
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M****e
发帖数: 70 | 44 in the case of a couple of start codons, the context arround
is important to determine the initiation site. and the most
famous one is found by Kozak. basically, leaky scanning means
that ribosome scans the mRNA and bypasses the first start codon
it meets and initiates from a downstream one. some virus proteins
utilizes this mechanism for translation initiation.
shunting means "jumping". in adenovirus and hepatitis virus,
some genes use such ribosome shunting mechanism for translation
initiation |
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b*********t
发帖数: 877 | 45 kozac seq was found by a japanese lady whose name was kozac. she had a
single-author paper published in cell (in the 80s) describing a short
sequence around the start codon which gave rise to high level expression
in eukaryotes.
it is: ACCATGG. the "ATG" here is the start codon.
i always try to include this sequence when making plasmids for transfection. |
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m***e
发帖数: 21 | 46 我觉得有一下几个原因不用E。COLI
1。 一般的E。COLI细菌用的CODON PREFERENCE可能与MAMALIAN CELL不同，所以你用普通
的BL21的话可能蛋白根本不表达，但是这点可以克服，你可以用那种加入了RARE CODON的
CELL LINE，比如ROSETTA GEMI系列。
2。有一些MAMALIAN PROTEIN是需要表达后修饰才有活性的，而E。COLI可能无法提供这种
环境。
3。但是也有很多人用E。COLI表达真和生物蛋白，有时也能成功，但YEAST其实是一种挺
好的表达环境，比在FLY，或者作细胞培养方便多了。
所以建议你试一下用E。COLI，不行的话想办法提高YEAST中的产量。至少我知道不同培养
液对E。COLI表达量影响很大，可能你也可以换其他培养夜养YEAST。 |
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j********o
发帖数: 2 | 47 Yes. Not only BL21codon plus, but almost all BL21s except BL21(DE3)pLysS/E are
leaky. pLysS/E encode enzyme that degrade T7 polymerase to avoid leaky.
In your case with many rare Arg codons, you have to use codon plus. So, it is
importment to avoid leaky? otherwise, just express with leaky if it does no
harm. |
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j********o
发帖数: 2 | 48 BL21codon+ is indeed BL21 with a plasmid that expresses rare codons and
BL21(DE3)pLysS/E is indeed BL21 with a plasmid that expresses an enzyme that
degrade T7 polymerase to avoid leaky. Both plasmid are chlorepenicol
resistance. In inder to make codon plus in BL21(DE3)pLysS/E strain, drug
marker of one plasmid must be change and the system will become too
complicated - the strain resist to two drug, plus another drug marker for your
recombinant protein.
it.
are
is
no
of |
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e*****r
发帖数: 164 | 49 请问，表达植物蛋白，用E.Coli好不好？ 还是yeast比较好？
我觉得大肠杆菌快，但不知道codon usage 或者修饰会不会有问题。还是说要看具体的
蛋白，codon use？
先谢谢了 |
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m*********7
发帖数: 606 | 50 不客气，希望你能顺利克隆。
还有一个办法你可以试一下，如果你这个蛋白序列比较保守的话，你可以将已知的序列
，如sequence1,去和其他物种（如小鼠，大鼠，黑猩猩）的genome sequence及已知的
cDNA序列比较一下。高度保守的蛋白在较近的物种间coding sequence的exon和intron
间splice的方式很接近，有助于你判断start codon和stop codon的位置。反正你只需
要知道coding region和很小一部分的5'-UTR和3'-UTR的序列，方便克隆就行。 |
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