s*********e
发帖数: 399 | 1 违规这个词我用的不好。 抱歉。
一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
室也可以做一般的研究型项目。
如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
）， 一般的clinical exome, 在我认知以内使用miseq居多， hiseq2500快速在大型医
院也有。
最后一个问题，是否可... 阅读全帖 |
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s*********e
发帖数: 399 | 2 违规这个词我用的不好。 抱歉。
一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
室也可以做一般的研究型项目。
如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
）， 一般的clinical exome, 在我认知以内使用miseq居多， hiseq2500快速在大型医
院也有。
最后一个问题，是否可... 阅读全帖 |
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n******2
发帖数: 11 | 3 大费城地区的兄弟姐妹请看过来，儿童医院临床分子诊断室招人作whole exome
sequencing data analysis (more specifically, variant analysis-to find the
underlying pathogenic mutation out of thousands of sequence variants in
patient's exome). No bioinformatics background required.
欢迎直接网上申请:
https://www.chop.edu.apply2jobs.com/ProfExt/index.cfm?fuseaction=mExternal.
showJob&RID=30613
Requisition #: 13-30613
Job Title: Whole Exome Sequencing Data Analyst (The Children's Hospital
of Philadelphia)
City: Philadelphia
State: ... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 4 我做计算，不太了解这方面。拿到一个cancer genomics的data，exome平均一个平人在
exome内只有1000不到的snp，这个数据正常吗？ |
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h****n
发帖数: 333 | 5 像1000genome，NHLBI ESP database那样的public exome database，针对autism的，
有吗？
在Simons Simplex Collection 看了一圈，没找到exome data
也不知道是不是我找错地方了。多谢！ |
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h****n
发帖数: 333 | 6 像1000genome，NHLBI ESP database那样的public exome database，针对autism的，
有吗？
在Simons Simplex Collection 看了一圈，没找到exome data
也不知道是不是我找错地方了。多谢！ |
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A*F
发帖数: 2272 | 7 有两篇manuscript需要reviewers
领域是SNP analysis和exome sequencing
请感兴趣的同学发简历或近期文章列表至站内信或[email protected]/* */
谢谢
需要一定bioinfo基础，只做wet lab的同学可能不行 |
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A*****n
发帖数: 243 | 8 你要是作exome sequencing的话，一般来说你不用关心图像识别，basecalling这些阶
段的，
如果是facility作的测序，他们会提供fastq序列文件，从这里开始分析就可以了。
如果是outsource到华大什么测序的话，他们一般会在fastq序列的基础上提供一些初步
的分析结果。 |
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S*********e
发帖数: 127 | 9 just get the whole exome sequencing results. need help for followup analysis
on mutation/snp etc.
any suggestions? |
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S*********e
发帖数: 127 | 10 what we have: mutant whole exome sequencing reads, three reference whole
genome sequence databases with SNPs.
What we want: sorting out point mutations in exons.
We are looking are a suitable aligner/program to sort out the high peak of
linkage loci.
Thanks, |
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h****n
发帖数: 333 | 11 太感谢了！我之前自己google的时候看到这个了，感觉好像这个colleciton只有GWAS
data，没有exome sequencing data，是我理解错了吗？ |
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h****n
发帖数: 333 | 12 太感谢了！我之前自己google的时候看到这个了，感觉好像这个colleciton只有GWAS
data，没有exome sequencing data，是我理解错了吗？ |
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m****c
发帖数: 244 | 13 你可以到dbgap里确认一下。
另外那个Simons foundation确实有exome，trio和nuclear family都有。但是embargo
release还得等一段时间。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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h****n
发帖数: 333 | 14 谢谢！真高兴，碰到专家了
dbgap里似乎要填个DUC表格才能看到具体内容，我们打算先申请了再说了，不知道过程
需要多久
simons foundation你是说确实有exome的？但是目前暂时还没公开，所以我看不到？
embargo |
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s******s
发帖数: 13035 | 15 便宜的惊人啊。
75x是average？99% exome最低coverage多少？ |
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发帖数: 1 | 16 我的意思是，面对肿瘤患者做肿瘤的exome，看哪里发生了突变。还是面向消费者的，
不是大批量做。
只是DNA来源从唾液变成了肿瘤。 |
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l***y
发帖数: 638 | 17 如果做exome enrichment理论上细菌序列都去了大部分应该是on target的human序列 |
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b********w
发帖数: 334 | 18 我们Genos 很靠谱
$399 CLIA-certified 75x whole exome sequencing
Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
私信我 |
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s*********e
发帖数: 399 | 19 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
持，那就没问题。
DTC |
|
b********w
发帖数: 334 | 20 下周有去ASHG的吗？
来Genos的booth 432. 每天下午3：30PM有抽奖， free personal exome sequencing。
而且ASHG有一个特别的discount. 走过路过不要错过 |
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s******s
发帖数: 13035 | 21 便宜的惊人啊。
75x是average？99% exome最低coverage多少？ |
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发帖数: 1 | 22 我的意思是，面对肿瘤患者做肿瘤的exome，看哪里发生了突变。还是面向消费者的，
不是大批量做。
只是DNA来源从唾液变成了肿瘤。 |
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l***y
发帖数: 638 | 23 如果做exome enrichment理论上细菌序列都去了大部分应该是on target的human序列 |
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b********w
发帖数: 334 | 24 我们Genos 很靠谱
$399 CLIA-certified 75x whole exome sequencing
Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
私信我 |
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s*********e
发帖数: 399 | 25 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
持，那就没问题。
DTC |
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b********w
发帖数: 334 | 26 下周有去ASHG的吗？
来Genos的booth 432. 每天下午3：30PM有抽奖， free personal exome sequencing。
而且ASHG有一个特别的discount. 走过路过不要错过 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 27 Results: 46
Select item 25597018
1.
Exome-wide Sequencing Shows Low Mutation Rates and Identifies Novel Mutated
Genes in Seminomas.
Cutcutache I, Suzuki Y, Tan IB, Ramgopal S, Zhang S, Ramnarayanan K, Gan A,
Lee HH, Tay ST, Ooi A, Ong CK, Bolthouse JT, Lane BR, Anema JG, Kahnoski RJ,
Tan P, Teh BT, Rozen SG.
Eur Urol. 2015 Jan 14. pii: S0302-2838(14)01396-7. doi: 10.1016/j.eururo.
2014.12.040. [Epub ahead of print]
PMID: 25597018 [PubMed - as supplied by publisher] Free Article
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t*d
发帖数: 1290 | 28 找到一点信息
The Ion Proton I Chip, which the firm said will be ideal for sequencing
exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton II Chip, designed for
sequencing whole human genomes, will be available about six months later.
Lucier said that the cost of exome sequencing would be brought down to $500
with the new chip.
不知道这个是不是包括 chip 和 reagent 的价。是不是还包括了 exome capture 的
cost？现在 exome 的 cost 大概多少？
如果genome 比exome 大至少20倍吧，这样算，whole genome 需要 $10,000? |
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a**m
发帖数: 184 | 29 Package for calling CNV using whole exome sequencing data.
Key words: CNV, whole exome sequencing
The ones used by others already: ExomeCNV, ExomeNorm, ExomeDepth, CoNVEX (
Copy Number Variation Exome Sequencing), XHMM (Exome Hidden Markov Model),
CoNIFER (Copy Number Inference From Exome Reads)
The one I have in mind: eCNV, which is okay but not ideal.
5 baozi for the one I choose as favorite.
Thanks XD |
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n******2
发帖数: 11 | 30 大费城地区的兄弟姐妹请看过来，儿童医院临床分子诊断室招人作whole exome
sequencing data analysis (more specifically, variant analysis-to find the
underlying pathogenic mutation out of thousands of sequence variants in
patient's exome). No bioinformatics background required.
欢迎直接网上申请:
https://www.chop.edu.apply2jobs.com/ProfExt/index.cfm?fuseaction=mExternal.
showJob&RID=30613
Requisition #: 13-30613
Job Title: Whole Exome Sequencing Data Analyst (The Children's Hospital
of Philadelphia)
City: Philadelphia
State: ... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 31 这个，还是少说点废话空话大话。。。
说个对自己研究最实在的：
我分析exome data，希望寻找可能的disease-causing mutation；目前大家主要关注的
还是exon里面的nonsynonymous mutation，或者frameshift mut （主要还是SNP，然后
加上少数indel）；而且还要通过1000G的筛选找到rare mutation，还要根据疾病的模
型进一步筛选。所以筛选到最后，反正我自己的project就是找不到。
那么我就想问，是不是这个ENCODE出来了以后，等于说更多的genome被annotate了？那
我们的寻找disease mutation的眼光就不用只放在exon上了？。。。可能致病位点就是
在那些regulatory sites上呢。。。当然这样就不能仅限于exome测序了。。。。。但
到底多少疾病是因为regulatory region的SNP导致的呢？我看nature genetics上很多
遗传病或者遗传相关的疾病还是exome的突变导致的 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 32 作为一个曾经0基础的菜鸟，我还是蛮有体会的。
想想一年前我连linux里的grep都不晓得是啥。老板说“grep”，我说gre。。啥？greb
吗？老板摇摇头说you really have a lot to learn...不过老板超好，想办法给我把
各种基础的东西讲清楚。。。包括RAM是啥。。汗。。。
做NGS/bioinformatics的，我觉得核心思想还是：如何利用计算机手段解决生物问题。
说起来简单但未必每个人都深刻体会的到。什么python/bash/perl啥啥的，要入门很快
，但也绝对不是什么两个星期就搞定。我现在和python打交道也一年了，但也完全就是
个皮毛，主要是你自己的project决定的。。如果你永远只需要简单的process下你的
text，而且text如果不大比如100MB，你可以永远for line in text。。或者readlines
（），但如果碰到很大的text，就不能readlines（）了因为cluster可能没有那么大的
memory to load the whole text.
所以我觉得就是现学现用，除非你是CS系科班搞计算出身... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 33 关于whole exome sequencing和whole genome sequencing
exome sequencing已经做的如火如荼了；但纵然你去看NG paper，whole genome的还是
很少。
但是我在想，whole genome的优势/意义在哪里？
我能想到的就只是：可以观察到很多的noncoding region/regulatory region的
mutation，可以分析罕见的structural variants
大家觉得WGS还有什么别的意义么？
而其实大部分疾病还是SNP引起的，所以估计一般的思路还是先exome，如果实在找不到
再WGS；或者压根也没钱做whole genome |
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m****c
发帖数: 244 | 34 BCM exome测序对Mendelian疾病的检出率只有25%。small indel，tandem repeat 都
call不好。并且抓exome的时候会丢掉一部分，所以覆盖不全。建议：
1）TCH的检测实验室可以做lipid panel，只抓lipid相关的exome，抓不到的会sanger
测序补上。你可以去试试。
2）做high coverage 的 whole genome sequencing，父母孩子一起做，call de novo
mutation，但这是一个科研问题了。并且可能要做细致的de novo assembly，耗时长，
没有成熟的pipeline。我们在做这方面的研究，但遗憾的是还不能立刻用。
祝福孩子！
MCT
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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t**x
发帖数: 20965 | 35 没有回中国， 全部证据在美国收集到。
打算到欧洲，结果医生不愿意接。 专家一看就知道了，这是回信：
3/26/2015
Dear Mrs. Yong,
Thank you for your Email and it is absolutely great that your child has now
been seen by Dr.Balistreri at the Cincinnati Children`Hospital which is a
real good children’s hospital headed by someone I know Prof. A. Strauss.
Importantly, I do know Dr. Balistreri from literature and he is an excellent
doctor who really knows about inborn errors of metabolism notably involving
the liver.
I think you are in real good hands wi... 阅读全帖 |
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i********f
发帖数: 206 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: iamicewolf (icewolf), 信区: Biology
标 题: 求审稿机会NGS, Genomics, Bioinformatics
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 1 00:44:39 2013, 美东)
博士学的生物信息,主要做植物的基因组和表达的分析.有统计的硕士学位,熟悉常用的
统计分析.对建生物的数据库,以及网页工具比较熟悉.
现在工作主要是做人的exome sequencing部分,用于癌症以及遗传疾病的检测.
Keywords:
NGS
exome sequencing
genomics
bioinformatics
谢谢 |
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m*********r
发帖数: 2456 | 37 God, please read the paper more carefully, this paper using the target exome
sequencing, it is different
whole-genome exome capture sequencing~~ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 Ding
plus
>
April 04, 2012
The New Genetics of Autism – Why Environment Matters
by Thomas Insel
>
Last week’s autism news was about prevalence. The CDC reported a 78 percent increase in autism
prevalence since 2002. This week’s autism news is about genetics—three papers in Nature describe new
genes associated with autism. For many people, these two stories seem contradictory or, at best, unrelated.
Increasing prevalence suggests environmental factors like chemicals and microbes changing over the... 阅读全帖 |
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w*****i
发帖数: 54 | 39 不好意思啊各位，跟进再问一声，
50M 是不是差不多cover了所有exome啦
人的exome不是说是基因组的1%，那大小最多也就几十M吧 |
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m***T
发帖数: 11058 | 40 hiseq-X对于临床的意义不太大，至少现在。目前在临床上基本上是panel based的test
，连whole exome的都非常少，不过前些日子atena刚宣布有条件支持whole exome，所
以可能会加速它进入临床的速度 |
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m***T
发帖数: 11058 | 41 running cost两个chip是差不太多的。如果你用proton 1来做whole genome当然cost要
高很多，但用proton II来run，跟proton 1做exome的cost不会有非常显著性的差别的。
exome capture的cost，我想是不包括的。从目前的技术来看，这部分的cost是相当可
观，而且不是特别容易降下来。agilent刚买了halo，不知道在这方面会不会有什么更
好的做为。
500 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 42 不晓得大家有没有看这个文章：
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900166-3
Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes
Michael Synder在14个月内各种genomics，transcriptome，proteomics，
metabolomics的数据叠加起来，最后准确的预测了他要得糖尿病
我觉得只要：
1.DNA测序技术本身质量足够高（比如更加准确，read更加长），价格足够低；那么需
求量会越来越大。你看几年前exome sequencing还是不多；而现在成百上千的exome
sequencing都满天飞了。DNA测序可以解决genomics和transcriptome这两样最重要的
omics
2.搞清楚这些sequences到底干啥的。coding protein到底什么作用；noncoding区域
regulatory function（比如ENCODE project），以及这些regulato... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 43 我觉得你说到点上了，应该M起来
“4.对基因组，genome biology本身的认识。其实纵然是whole-genome sequencing，我
看大部分的paper也就是先找找coding region/splicing的SNP/indel；或者说大家还是
gene-centric的。现在我们对基因组的认识还很不完善，且不说loci interaction，就
连最基本的每个loci是什么作用都不清楚。很多基因的功能都不知道，而且gene本身的
概念也在被扩充，不断有新的gene被发现，以及各种新型的什么miRNA gene啊，
linkRNAgene被发现。还有很多regulatory region比如被ENCODE给annotate出来。除了
非常明显的罕见的large deletion/duplication，或者一些repeat expansion，我们的
精力还是停留在missense mutation上，因为这个最好解释。而splicing site，或者
regulatory region有一个哪怕是罕见的A到T的突变，请问你能立刻给我解释下这个
rare SNP ... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 44 你说的common SNP估计是GWAS的结果吧。
我才入行一年，正好碰到sequencing这个潮流，所以直接关注的都是rare mutation；
对于complex disease，基本上现在exome seq做的多的就是rare/de novo SNP，认为他
们有large effect size，可以解释autism这样幼儿疾病；这点我个人是很相信的。但
过去的GWAS所有的common SNP就都没意义吗？我觉得有些common SNP对于疾病的
susceptibility还是有贡献的，只不过是small effect size。。。所以我觉得如果有
足够多的样本，每个样本都有序列（目前当然不可能），完全可以做个sequencing-
based的association study。
其实我倒巴不得测序成本降低的慢点，这样做我们这行的就不会太吃力，有更多的时间
来“忽悠”。比如现在你要再起步做exome sequencing就都已经晚了，因为做的人已经
太多太多了。
但其实我个人觉得测序成本降低的很快，所以很快就可以做很多的whole genome
sequencing... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 45 广义上说，copy number是SV的一种。
exome纵然优化（估计你说的优化是同时拿几百个exome样本做control，然后remove
noise），对于CNV的power还是比较差的，毕竟还是局限在coding region
而我一直都觉得，真正的坐落在coding region的gene的比如大于1kb的CNV，应该很少
见吧？大部分的大于1kb的big deletion还是在noncoding region
略了 |
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b****r
发帖数: 17995 | 46 de novo SNP 是啥？既然叫做polymorphism，那人群里起码1%，de novo怎么可能有这
么高的频率
你说SNP有small effect，理论上当然可能性是存在，但是我刚说了，起码目前做了这
么多GWAS，重复性就是非常差，绝大部分在功能上也没能解释，这个是目前的事实
至于将来的发展，还是我前面说过的，没人能预料，最安全的搞法，只能不把自己钉死
，啥热就搞啥，还有就是和医生联系起来，最好自己能拿到标本。只能仰人鼻息
至于copy number，现在做的工作还是相当少的，远远不如GWAS那种水平，你不要急于
下结论。做法的话，如果你先想到的是NGS，显然你还相当不了解这个领域，这也从另
一个角度说明了这个领域还是比较有东西可挖的。用CMA或者SNP array都可以call
copy number variation,而且比NGS便宜太多了，分辨率也不是什么10M，现在几百K可
以说很容易call出来，几十K也是常有的事。当然，现在主要还是针对基因区域。我在
clinical lab，CMA发现基因缺失或者gain并能够解释病因的比例不能说低，加上便宜
，现在来个疑... 阅读全帖 |
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i********f
发帖数: 206 | 47 博士学的生物信息,主要做植物的基因组和表达的分析.有统计的硕士学位,熟悉常用的
统计分析.对建生物的数据库,以及网页工具比较熟悉.
现在工作主要是做人的exome sequencing部分,用于癌症以及遗传疾病的检测.
Keywords:
NGS
exome sequencing
genomics
bioinformatics
谢谢 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 48 Before NGS 2.0 or 3.0 Illumina platform can read enough longer different
isoforms within Exome sequencing and systems biology aspect,
it is still elusive to answer the linkage between SNP2.0 or 3.0 alternative
splicing with
syndromic disease...
Pls check,
>Although previously described in TS, no CACNA1C mutations have been
reported for
>non-syndromic LQTS. With our functional studies confirming Cav1.2 gain-of-
function as the cellular basis for the CACNA1C mutation-positive patient’s
LQTS pheno... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 49 Before NGS 2.0 or 3.0 Illumina platform can read enough longer different
isoforms within Exome sequencing and systems biology aspect,
it is still elusive to answer the linkage between SNP2.0 or 3.0 alternative
splicing with
syndromic disease...
Pls check,
>Although previously described in TS, no CACNA1C mutations have been
reported for
>non-syndromic LQTS. With our functional studies confirming Cav1.2 gain-of-
function as the cellular basis for the CACNA1C mutation-positive patient’s
LQTS pheno... 阅读全帖 |
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