H****S
发帖数: 1359 | 1 你这么崇拜的FDR，为了和南方民主党人达成协议，同意将黑人排除在social security
之外，并在任期之内保证不通过任何anti-lynching法案。FDR任内初期多次派人到纳粹
德国取经，墨索里尼看了他的书以后公开声称罗斯福是自己人。美国没有走向法西斯对
外战争之路，是因为美国庞大的国土和经济总量可以独立支撑政府庞大的经济扩张政策
，换成了德国和意大利就不行，国家负债急剧增加，走向对外扩张侵虐战争势在必行。 |
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T**********e
发帖数: 29576 | 2 床铺民调落后10+时候，主流关于老头集团覆灭的剧本都写好了，没想到FBI。问题是现
在局面是FDR死亡，还是元首突然有了原子弹。
In recent weeks, the mood at Trump Tower has veered between despair and
denial—with a hit of resurgent glee when the news broke that the FBI was
looking into more of Clinton’s emails. When I asked one senior Trump
adviser to describe the scene inside, he responded: “Think of the bunker
right before Hitler killed himself. Donald’s in denial. They’re all in
denial.” (As Times columnist Ross Douthat put it, in a tweet, “In
Trumpworld ... 阅读全帖 |
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h*********t
发帖数: 822 | 3 这个好像有点太激进了。FDR新政把美国从大萧条中拉出来，又领导美国打败法西斯；
林肯解放黑奴，打赢南北战争，凭这些都完全可称最伟大。FDR有和纳粹勾结的黑点，
但瑕不掩瑜。 |
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a**e
发帖数: 8800 | 4 哪尼
高中生给FDR推过轮椅, 当过警卫。
FDR, 哪个左臂敢批?
：华盛顿作为奴隶主已经要打成头号反动派了，可不能这么说。
： |
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f***e
发帖数: 5443 | 5 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: feebe (支持新疆独立), 信区: Military
标 题: 中国的崛起和美国的崩溃
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 9 22:01:55 2009, 美东)
中国的崛起和美国的崩溃的关键点是金融控制权，也就是世界铸币权。美帝国的无比强
势就来源于世界铸币权。有这个权力，美国从bush 到 o8 增发数十万亿美元，成本多
由外国付费。
我们听到新闻里说美国冻结某某流氓国家的资产，美国为何能这么做，就是因为世界各
国的金融资产，是以美元形式存放的， 换句话说，中国的2万亿美元，只是美国的各个
银行计算机中的一个符号，最终都是FDR的一个符号。也就是说，如果中美发生冲突，
美国可以让这2万亿化为灰。
中国不解决这个问题， 根本没有崛起的可能性。特别是现在政府依然增持美元。在别
人手中的筹码是越来越多。
中国政府正在解决这个问题，搞人民币区域兑换试点就是搞这个。但是步伐太慢。千万
不要觉得如果美元对人民币贬值，自己就损失。。。因为这个2万亿，只是FDR的一个符
号，如果不花，美国正在帮你花，所谓刺激计划，就 |
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w*********s
发帖数: 2136 | 6 Flight 77 Cockpit Door Never Opened During 9/11 “Hijack"
Flight Data Recorder By Sheila Casey / Rock Creek Free Press
Pilots for 9/11 Truth has reported that the data stream from the flight data
recorder (FDR) for American Airlines flight 77, which allegedly struck the
Pentagon on 9/11, shows that the cockpit door never opened during the entire
90 minute flight. The data was provided by the National Transportation
Safety Board (NTSB), which has refused to comment.
The FDR is one of two “black bo |
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d**1
发帖数: 19 | 7 好像我也很猥琐，早上brooklyn bridge都是中lane开到接FDR硬塞进去，晚上FDR中
lane接brooklyn bridge出口还是硬挤。是猥琐了点。 |
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n******n
发帖数: 12088 | 8 #1 is good to know. but how do they trace my purchase? what if i buy gold in
china?
#2, although fdr forced to take gld from ppl with lower price, nixon did
push gold up. :)
also, i don't think mr maobama has the same guts as fdr, hehe. |
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k***n
发帖数: 3158 | 9 true
but still one step better than paper
people can only do the best to fight against a fascism government
there is no reason to avoid gold simply because of this
also, FDR did NOT confiscate gold. People were paid for their gold in 1930s.
Just FDR raised gold's price after people had redeemed their gold. |
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v*********0
发帖数: 941 | 10 Now I have two Excel spreadsheets as below:
Spreadsheet1
Gene change padj
1 212 0.0006
2 99 0.09
3 15 0.7
4 59 0.456
5 418 0.00001
6 566 0
Spreadsheet2
Gene statistic FDR
1 28 0.0005
2 17 0.007
3 3 0.81
4 8 0.28
5 48 0.002
6 111 0
Using Excel, how can I create one new spreadsheet that only includes the
Genes with both padj and FDR are less than 0.05?
And how can I do this in any other statsitica... 阅读全帖 |
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k********8
发帖数: 7948 | 11 http://www.zerohedge.com/news/guest-post-keynesian-solutions-af
Submitted by Jim Quinn Of The Burning Platform
Keynesian Solutions - After Total Failure -Try, Try Again
“Lenin is said to have declared that the best way to destroy the capitalist
system was to debauch the currency. By a continuing process of inflation,
governments can confiscate, secretly and unobserved, an important part of
the wealth of their citizens. By this method they not only confiscate, but
they confiscate arbitrarily; and... 阅读全帖 |
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o**********e
发帖数: 18403 | 12 FDR 还均贫富呢。 没有FDR，
我等都尸骨无存，被发左衽了。 |
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i*****h
发帖数: 169 | 13 Arapaho Glacier Trail
11:30AM在trailhead碰头
自带午餐，水，water-proof jacket and pants(有可能下雨）
Direction to trailhead:
Highway 72 -> turn west onto Rainbow Lakes Road (a.k.a. County Road 116, and FDR 298);
Look for the University of Colorado Mountain Research Station sign. Drive past the Sourdough Trailhead, and after approximately 1 mile turn left (south) on FDR 298, following signs for Rainbow Lakes Campground.
This is a rough, native-surfaced road and it is about 5 miles from Hwy. 72 to the trailhead. |
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e***s
发帖数: 195 | 14 如果在西边就直接走9a不用过桥
东边就走278换小桥进fdr，或者95直接转fdr |
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d*******n
发帖数: 524 | 15 那个canal是不是老是堵啊？
有人跟我说穿城最好的走法是出了holland tunnel沿west st往南走然后上FDR，再从
FDR上桥，虽然绕一点，但是不堵车。这个走法怎么样？
. |
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s*m
发帖数: 6980 | 16 荷兰隧道下来到曼哈顿桥头：0.9mile vs 3.5mile，差别还是有点大的。
而且从FDR下来绕上曼哈顿大桥还有好一段路
不知道你几点过曼哈顿，难说FDR堵不堵车，你可以试试，呵呵。 |
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b***8
发帖数: 156 | 17 走GWB 右边出口到FDR
FDR 12出口（63街），开几个block（有路标） QueensBoro bridge（58街）
出QueensBoro bridge 选North Blvd 到法拉盛
只需付GWB |
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b***8
发帖数: 156 | 18 走GWB 右边出口到FDR
FDR 12出口（63街），开几个block（有路标） QueensBoro bridge（58街）
出QueensBoro bridge 选North Blvd 到法拉盛
只需付GWB |
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i*****g
发帖数: 2564 | 19 A lot of people like the downtown section (by SI Ferry) of FDR in the
morning.
Also, driving down on 9A is not bad. Traffic around central park is not too
bad during the weekends.
Try this route:
take Broadway down to SI Ferry and get on the FDR;
go all the way to GWB and get off on 9A (without crossing into NJ);
exit on 96th Street and take Central Park West (or cross Central Park and
take either Central Park East or Park Ave) down to 30th Street.
街的地方。我想的是开车在市中心转一圈。我女朋友想买个citypass去帝国大厦
skyr... 阅读全帖 |
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m*********o
发帖数: 7545 | 20 ☆─────────────────────────────────────☆
beatxiaopi (caorrr) 于 (Thu Jan 5 21:52:15 2012, 美东) 提到:
以前玩过一次，主要是公共交通。准备这个周六，周日开车再去纽约玩两天。住在30街的地方。我想的是开车在市中心转一圈。我女朋友想买个citypass去帝国大厦skyride之类的。不知道哪位牛人能提供个详细的计划。只有两个包子，发给最满意的两个回复好了，谢谢。
☆─────────────────────────────────────☆
GZBOY (邮差叔叔) 于 (Thu Jan 5 21:55:57 2012, 美东) 提到:
曼哈顿停车这么难， 还是坐地铁巴士吧， 或者完全不下车， 只在车上看风景
☆─────────────────────────────────────☆
FlyBack (荼蘼) 于 (Thu Jan 5 22:13:44 2012, 美东) 提到:
周末会堵车，尤其是景点。还不如地铁快呢。
完全不懂开车是为了啥。
也有那种双层bus... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 21 <<纽约生活》8月20日─8月26日
世界新闻网 北美华文新闻、华商资讯
August 19, 2012 06:05 AM | 643 次 | 0 | 2 | |
【8月20日 星期一】
●查理派克爵士庆典Charlie Parker Jazz Festival- Lakecia Benjamin
时间：9pm
地点：Malcolm X大道310号
查询：http://www.cityparksfoundation.org/summerstage/
门票：免费。生长于爵士圣地纽约的Lakecia曾就读拉瓜地亚音乐艺术表演高中，毕业
后随Clark Terry的爵士大乐队巡迴演出并逐渐在音乐界打响知名度，曾与知名艺人
Stevie Wonder、Alicia Keys、Keyshia Cole等同台演出。这场音乐会的演出曲目为完
全原创，Lakecia希望她的写作才能可以有效地将展示她的音乐才能。
●夏日电影节「法柜奇兵」HBO Bryant Park Summer Film Festival-Raiders of the
Lost Ark
时间：5pm
地点：曼哈坦布莱恩公园，4... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 22 独立日大苹果活动精彩荟萃
Jun 29, 2015, 14:06 PM
【侨报纽约网林婷、祝琳清编译报道】1776年7月4日，《独立宣言》问世，意味着
美国从大英帝国宣布独立，美利坚合众国从此诞生。自此每年7月4日，全美各地都会举
办各种各样的活动，纪念这个移民国家的崛起和发展。纽约作为重要城市，每年更是以
梅西独立日烟花盛宴享誉全美。此外，当天各种精彩丰富的活动也吸引了大量居民游客
参加。下面就让小编为你提前预告！
烟花篇
Macy's Fourth of July Fireworks
梅西烟花盛宴
每年7月4日，为庆祝美利坚合众国的独立与诞生，全美各地都会举办隆重烟花展。
自1976年以来，纽约梅西烟花节就成为了全美国庆日的一大焦点。今年第39届梅西（
Macy）烟花节将再度绽放在纽约市东河（East River）上空，同时也作为美国独立日（
Independence Day）最大型的烟花表演与公众见面。
这场烟花表演将于当晚8时左右开始，在曼哈顿中城（Midtown）的东河以及南街海
港历史区（South Street Seaport historic district）两个地点... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 23 四万烟花将照亮今年梅西烟花节
July 4, 2015, 01:32 AM
【侨报编译组报道】7月4日是美国国庆日，美国各地都会举办各种各样的活动，纪
念这个移民国家的崛起和发展。纽约作为重要城市，每年更是以梅西独立日烟花盛宴享
誉全美。此外，当天各种精彩丰富的活动也吸引了大量居民游客参加。
每年7月4日，为庆祝美国的独立与诞生，全美各地都会举办隆重烟花展。自1976年
以来，纽约梅西烟花节就成为了全美国庆日的一大焦点。今年第39届梅西(Macy)烟花节
将再度绽放在纽约市东河(East River)上空，同时也作为美国独立日(Independence
Day)最大型的烟花表演与公众见面。
这场烟花表演将于当晚8时左右开始，在曼哈顿中城(Midtown)的东河以及南街海港
历史区(South Street Seaport historic district)两个地点举行。
据悉，今年烟花表演的主题是“勇敢”，届时将有逾4万种烟花筒在25分钟内同步
绽放。此次烟花展由烟花制造商索萨公司 (PyroSpectaculars Souza)提供设计，烟花
燃放地点分布于四处，分别是中城第23街... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 24 璀璨烟花多姿活动 点亮纽约客独立日长周末
Jun 27, 2016, 10:52 AM
【侨报纽约网报道】一年一度的独立日即将来临，今年恰逢周一，身处纷繁大苹果
，纽约客你打算如何度过这个长周末呢？
1776年7月4日，《独立宣言》问世，意味着美国从大英帝国宣布独立，美利坚合众
国从此诞生。自此每年7月4日，全美各地都会举办各种各样的活动，纪念这个移民国家
的崛起和发展。纽约作为重要城市，每年更是以梅西独立日烟花盛宴享誉全美。此外，
当天各种精彩丰富的活动也吸引了大量居民游客参加。下面就让小编为你提前预告！
推荐一：
Macy's Fourth of July Fireworks
第40届梅西烟花盛宴
每年7月4日，为庆祝美利坚合众国的独立与诞生，全美各地都会举办隆重烟花展。
自1976年以来，纽约梅西烟花节就成为了全美国庆日的一大焦点。今年第39届梅西（
Macy）烟花节将再度绽放在纽约市东河（East River）上空，同时也作为美国独立日（
Independence Day）最大型的烟花表演与公众见面。
这场烟花表演将于当晚在曼哈顿中城（Midtown）的东河以及南街海港历史区（... 阅读全帖 |
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d*********g
发帖数: 2906 | 25 我对你说的有些事也看不惯，尤其是public worker's pension program。但说老实话
，这些和巴马也没有什么关系，在巴马上台之前的几十年前就这样了。
巴马搞的这个新医改，肯定有利有弊，现在谁都不知道未来会出什么问题。连social
security现在都要破产了，当时FDR搞social security，阻力不比现在新医改大几百倍
，尽管现在因为人口老龄化SS出问题了，但有几个人会说当时FDR就不该搞SS。我坚信
在未来人们也会以同样的态度看待巴马的新医改的，毕竟美国是目前全世界唯一一个没
有UHC的发达国家，UHC是人类历史的趋势，连中国现在都有UHC的初步结构。
我觉得中国老话说的好，叫做不能因噎废食，不能因为有可能失败就不干事情了。
大？ |
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a******o
发帖数: 16625 | 26 胡佛之后是FDR，如果没有二战，美国经济能好转吗。FDR的任期内，美国经济也是一直
低迷。所以，我觉得经济这个东西和总统关系不是那么大。
卡特任期正好在金本位取消之后，利率高到20%，谁在台上也不行。
老布什也正好赶上经济的低谷，但是现在普遍认为克林顿时期的经济发展得益于里根和
老布什时代的持续减税政策。
现在美国的经济困局，我觉得和奥巴马关系其实也不大，小bush和克林顿应该各有一半
责任，都是为了数字好看猛吃兴奋剂的恶果。我对奥巴马不满，几个原因obamacare，
移民政策，能源政策,外交政策。 |
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o**********e
发帖数: 18403 | 27 共和党比较isolationist.
FDR硬要禁运日本的油，才激得日本
不得不珍珠港。 那以前，FDR也给
老中援助来着。
如果是共和党总统，这些都是不一定的。
反正老中缺点感恩教育。 老觉得
一切都是自己牛， 没别人的事。
职场这样，政场这样，很容易陷入
孤立无援的困境，还不自知。
瞎蹦达。
共和党也好，对老中也有恩。
但是老中以为美国跟中国一样，
不是东风压倒西风，就是西风压倒
东风。
这是误解。 老中不学习
烙印，黑人两党通吃， 硬要
逼已经民主党混了很久的政客
反水政治自杀，来成就
共和党。 就是倒行逆施。 |
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a*********a
发帖数: 3656 | 28 38年正是FDR民主党new deal的时候。
后一次民主党高潮是Kennedy/LBJ，civil rights，great society, war against
poverty.
8马这是又一次左倾高潮。
FDR和8马都是在经济危急的时候靠劫富济贫的口号上台的。 |
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o**********e
发帖数: 18403 | 29 确实啊。 共和党对孤立的中国
伸手，我也很感谢的。 而且
二战绝对是两党一起打胜利的。
我只是说民主党的FDR对老中
1937-1941的明暗支持是后来
日本被迫开战的引子。所以老中
感谢FDR和Nixon和很多不知党派的
老美都是应该的。
您说得对。 握手。
Ro Khanna就是个变色龙。
好吧，我不反共和党，也不反民主党。
我是中国龙，我反变色龙。 |
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o**********e
发帖数: 18403 | 30 1937-1941,美国的外交政策非常复杂：
一边是英国裔的想要支持英国反纳粹的。
一边是很强的isolationists,包括很有
势力的德裔。
FDR对英国的援助和对中国的援助，和对日本
的禁运 form a pattern. 没有FDR的支持
老中国民政府，共产政府都未必能撑到日本
偷袭珍珠港。
古人一饭之恩，尚思回报。
老美呢：
民主党也好，共和党也好；
私心也好，大义也好；
善意也好，恶意也好。
反正人家陌路平生，
给老中雪中送炭。
老中就三生相报吧。
他们即使不想报，
咱也要报。。。 |
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D**0
发帖数: 2048 | 31 ☆─────────────────────────────────────☆
feebe (No TO SCA5) 于 (Thu Aug 14 11:10:14 2014, 美东) 提到:
美国是法治社会，法律才代表真相，政客的话是狗屁
反对SCA5的时候我调查了一下民主党和共和党的立法情况，发现对现在华人不利的法案
全部是民主党主导
http://www.mitbbs.com/article0/SanFrancisco/34119355_0.html
可以看到，月嫂事件，本版民主党铁杆，是站在我们华人的对立面
fremont 学区事件，可以肯定也是民主党的推手
再次提醒大家，民主党的理念是结果平均，至于如何达到这个平均，就是出台对骗子，
不劳而获的人有利的法律，顺便说一句，真正认真工作的月嫂，只能因为这些法律减少
收入。因为大家都要给律师进贡。民主党的精英支持这个理念，是因为他们自己可以从
中获利，民众越分裂，就越依赖政客和律师。搞轻罪重判，重罪轻判，才能将权利集中
到司法和律师手中。
长期民主党统治，法律扭曲的厉害，继续民主党统治，法律只能更扭曲。
☆─────────... 阅读全帖 |
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p**********6
发帖数: 19 | 32 这家的三四五月周末日程都排满了。周中应该可以。
我比较长去的公共野靶场是下面这家，在WV。有手枪场和步枪场，停车场可以停10几辆
车，在国家森林里面，管理员天黑前会来收垃圾。不过周末也经常有人。周中去基本上
都很空。
West Side Shooting Range
With eight covered benches Westside shooting range provides shooting lanes
of various length. The range is located on FDR 151, about one mile north of
the junction of FDR 151 and Route 33. The turnoff is about one mile east of
the Brandywine Lake Recreation Area in West Virginia. Moving targets, glass
and metal targets are prohibited. Shooters must provide their o... 阅读全帖 |
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g**********y
发帖数: 14569 | 33 啧啧，你们就把人往火炕里推。
Race要能有更好的成绩当然应该争取，要不能有，我觉得跑总比不跑要好吧。
Take a method and try it. If it fails, admit it frankly, and try another.
But by all means, try something. -- FDR
The only thing we have to fear is fear itself. -- FDR again |
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b*****d
发帖数: 61690 | 34 也有别的总统在任上病死了吧.FDR是破了传统,钻了空子.当了4届.不过到第四次时候,
大家都知道他可能要死在任上.所以果断决定换副总统,让杜鲁门上,准备接班.要是FDR
健康状况好些,就没杜鲁门的事情了. |
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k**n
发帖数: 3989 | 35 贴个全的
Communix - 概述
Communix是流行操作系统的一种。曾经与Windows并称世界两大主流操作系统。版本、
分支众多。采用单一内核模式和集中式系统资源管理模式。但目前装机数量已经大不如
前。
Communix - 早期发展
Communix操作系统最早是两个德国人Marx和Engles开发的（称为Communix基础版，或
Communix 1.0和2.0），遵守GPL，它的早期支持者曾经先后组织过两个国际讨论区。
当时少数先进的国家都使用微软的Windows，其他的绝大多数国家要么用DOS，要么作为
受Windows主机控制的远程终端，相比之下， Communix支持的机子很少，但移植
Communix的努力一直就没停止过。最早是以法国为主的一些人在巴黎、里昂等地移植过
，但失败了。
Communix - 俄版Communix
此后Communix分成两条路发展，一条是删除一些不兼容的代码，把Communix移植到
Windows运行；反对微软的另一批人在俄国著名程序员 Lenin的领导下，在俄国移植
Communix获得成功（第一次发行时称为俄版Communi... 阅读全帖 |
|
t*n
发帖数: 14458 | 36 看不动
累
贴个全的
Communix - 概述
Communix是流行操作系统的一种。曾经与Windows并称世界两大主流操作系统。版本、
分支众多。采用单一内核模式和集中式系统资源管理模式。但目前装机数量已经大不如
前。
Communix - 早期发展
Communix操作系统最早是两个德国人Marx和Engles开发的（称为Communix基础版，或
Communix 1.0和2.0），遵守GPL，它的早期支持者曾经先后组织过两个国际讨论区。
当时少数先进的国家都使用微软的Windows，其他的绝大多数国家要么用DOS，要么作为
受Windows主机控制的远程终端，相比之下， Communix支持的机子很少，但移植
Communix的努力一直就没停止过。最早是以法国为主的一些人在巴黎、里昂等地移植过
，但失败了。
Communix - 俄版Communix
此后Communix分成两条路发展，一条是删除一些不兼容的代码，把Communix移植到
Windows运行；反对微软的另一批人在俄国著名程序员 Lenin的领导下，在俄国移植
Communix获得成功（第一次发行时称为俄版... 阅读全帖 |
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D***3
发帖数: 12712 | 37 Sony FDR-AX53
FDR-AX100....... |
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n********k
发帖数: 2818 | 38 Just got some of my ChIP-seq data back:
For histone markers, looked great and the cores told me it is great above 70
% mappable reads and peak calling with FDR of <5%...
for my TF, the data make sense to me but the core said it is trash/useless,
9-20% mappable reads (out of 9-11M, meant to get 20M) and peaks calling with
a FDR of 100%.
Luckily my TF has been chipped many many time and has very conserved binding
sites. I randomly picked the mapped peaks, most of them with at least 1
high confid... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 39 "for my TF, the data make sense to me but the core said it is trash/useless,
9-20% mappable reads (out of 9-11M, meant to get 20M) and peaks calling with
a FDR of 100%. "
Mouse sample with 20%x11M = 2.2M is useless for publication. But it is still
potentially useable for trouble shooting.
Possible reasons(most likely -- least likely):
1. Anti-body doesn't work, did not pull down anything, therefore, no signal
enrichment on sites that are supposed TF-binding. The whole signal should
look no diffe... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 40 我是外行
不过FDR是啥东西我还是懂，是说的false discovery rate吧，peaks calling with a
FDR of 100%. 那不是说等于没有任何阳性结果？
另外你只有20%的序列可以map到genome里，其他都是些啥东西，你有没有看过，会不会
是什么东西污染，还是就是纯粹的noise？打个比方，如果是细菌或者其他实验残留的
污染，能不能找到污染源，减去这个background？这么大的序列应该能找到到底是啥东
西，如果不是noise的话 |
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w***a
发帖数: 432 | 41
呵呵。这个很有意思。
我老板曾经很津津乐道FDR。 等他终于明白FDR就是骗骗医科生的时候， 他有时候还是
会下意思的拿这个来混我。 |
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w***a
发帖数: 432 | 42
False discovery rate, 是指多次统计检验的时候，得到的p value的不可靠性会增加
。比例在基因芯片分析的时候，这个问题突出了，因为芯片的大容量。但是事实上的情
况是，你可以根据一些条件把很多基因在进行统计检验之前就进行筛选。这样筛选后留
下的基因越少，统计检验的次数就越少，那么FDR就会变小。所以这个在很大程度内是
可以人为控制的。尤其是用基因芯片的结果去解释实验生物学的问题的时候，这个FDR
基本上就不用考虑的。当然，最后这点是我个人的理解，就不展开说了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Sure plus one paper from CA(gri)U
Yang R et al.(2010)
Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on
autoregressive spectral estimation.
Bioinformatics. 26:i168-74.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20529902
and
its Fig. 6.
Area-proportional Venn diagram addresses the predictive power
of three algorithms for identifying Arabidopsis circadian-regulated genes.
The microarray data were originally analyzed by COSOPT in the study of
Edwards et al. (2006), and scored 350... 阅读全帖 |
|
t*d
发帖数: 1290 | 44 limma 不是还有 其它的 FDR么，还有各种不同的算法。
话说 FDR 的cutoff 一般不用 0.01，0.05 之类的，0.1， 0.2，甚至 0.25 都是可以
说得过去的。
David Altshuler 有时连GWAS 中为矫正的 p = 0.05 都 SNP 都研究一番。
还有些人连 p = 0.5 都东西都不放过。反正最后用其它手段验证，能证出来就好行。 |
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M********r
发帖数: 142 | 45 请问，我做Gene expression之后，得到两万多基因的表达值；如果FDR设定0.05之后，
还剩300多。
打算做GSEA，和别人的KD数据比较，那是用FDR filter之后的300多基因，还是直接把
全部基因都导入到GSEA软件里面让GSEA filter？
谢谢！ |
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s*****5
发帖数: 52 | 46 percolator我有一个问题，就是如何控制protein level的FDR呢？PD是自己search了
decoy database，但是decoy spectra输出都没有，没法从结果直接控制protein FDR。
还有就是我比较过mascot+percolator和MSGF+的结果，用一个spike in的sample（就是
知道真值的），percolator的结果不太可靠。不知道你们是不是有相关的测试呢？可以
交流交流。我觉得identification非常重要，但是都没有一个统一去control和
evaluate的标准。
R包干的事情说起来有点长，简单来讲就是把peak AUC的data 和quantifiable
spectrum associate起来，然后再normalization, clean-up, aggregtation等等。。。
的R |
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K******S
发帖数: 10109 | 47 我个人越来越觉得FDR没太大用处了，现在的仪器都是HR/AM，测量精确度一般都是1，2
个ppm以内的偏差，ID的FDR是2%或者5%会对结果有很大的区别？
而且ID后面还有好多事情要做，biologist也不care,只要他们能用生化或者细胞试验验
证，mass spectromist也不care,因为我们会inspect raw spectra,真正重要的东西会
合成peptide来验证。
。。 |
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K******S
发帖数: 10109 | 48 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
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K******S
发帖数: 10109 | 49 let me put it this way
1st experiment, total ID 5,000, FDR 50% but I got all my lead peptides
verified with either standard peptides or biochemistry/cell biology
experiments. total number of lead peptides ~20
2nd experiment, total ID 5,000 FDR 1% but there's no follow up validation on
lead peptides, total number of lead peptides ~ 200.
If you are about to develop expensive antibody or other assays to translate
the findings into clinic, which experiments you prefer to trust more? You
see my point... 阅读全帖 |
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s*****5
发帖数: 52 | 50 percolator我有一个问题，就是如何控制protein level的FDR呢？PD是自己search了
decoy database，但是decoy spectra输出都没有，没法从结果直接控制protein FDR。
还有就是我比较过mascot+percolator和MSGF+的结果，用一个spike in的sample（就是
知道真值的），percolator的结果不太可靠。不知道你们是不是有相关的测试呢？可以
交流交流。我觉得identification非常重要，但是都没有一个统一去control和
evaluate的标准。
R包干的事情说起来有点长，简单来讲就是把peak AUC的data 和quantifiable
spectrum associate起来，然后再normalization, clean-up, aggregtation等等。。。
的R |
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