c****5
发帖数: 77 | 1 第一位：Shinya Yamanaka，Ph.D. 日本京都大学前沿医学研究所干细胞生物学系，加
州大学旧金山分校心血管疾病研究所教授
代表作文章
1. Takahashi K, Tanabe K, Ohnuki M, Narita M, Ichisaka T, Tomoda K, Yamanaka
S.
Induction of pluripotent stem cells from adult human fibroblasts by defined
factors.
Cell. 2007 Nov 30;131(5):861-72.
2. Okita K, Ichisaka T, Yamanaka S. Generation of germline-competent induced
pluripotent
stem cells. Nature. 2007 Jul 19;448(7151):313-7.
3. Nakagawa M, Koyanagi M, Tanabe K, Takahashi K, Ichisaka T, Aoi T, Okita K,
Mochiduki Y, |
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w****8
发帖数: 36 | 3 i am using actin-CreER line so that i don't need to think about the germline
issue. Just be careful and try. Good luck. |
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e**s
发帖数: 856 | 4 Tapetal cell fate, lineage and proliferation in the Arabidopsis anther.
Feng X, Dickinson HG.
Development. 2010 Jul;137(14):2409-16.
PMID: 20570940 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.Cell-cell interactions during patterning of the Arabidopsis anther.
Feng X, Dickinson HG.
Biochem Soc Trans. 2010 Apr;38(2):571-6. Review.
PMID: 20298223 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
3.Packaging the male germline in plants.
Feng X, Dickinson HG.
Trends Genet. 2007 Oct;23(10):503-1 |
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n********k
发帖数: 2818 | 5 Joke of the day or what?
there is not a most shameless but more shameless!
Results: 33
1.
Viable fertile mice generated from fully pluripotent iPS cells derived from
adult somatic cells.
Zhao XY, Li W, Lv Z, Liu L, Tong M, Hai T, Hao J, Wang X, Wang L, Zeng F,
Zhou Q.
Stem Cell Rev. 2010 Sep;6(3):390-7.PMID: 20549390 [PubMed - in process]
Related citations
2.
Production of mice using iPS cells and tetraploid complementation.
Zhao XY, Lv Z, Li W, Zeng F, Zhou Q.
Nat Protoc. 2010;5(5):963-71. Epu... 阅读全帖 |
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m**********3
发帖数: 706 | 6 听到这个消息是很痛心。孩子是娘的心头肉啊。
不过，这个22号染色体突变是GERMLINE mutation。但却不是由父母遗传给孩子的。是
新的突变。所以父母也不要怪罪自己把孩子送回国了。因为送回去之前突变就在那里了
。 |
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S*****s
发帖数: 287 | 7 我还以为作者里面有 Harry Potter，一高兴就重复了一下 lz 的 data，发现结果完全
是 Pseudo-positive。Pubmed 现在能搜到的含有 Harry Potter 的文章一共三十二篇
，全部贴在这里了，基本上都是在摘要或者标题里提到 Harry Potter 的。这也是
fans 多的表现吧。
1: Bellomo R, Morimatsu H, Presneill J, French C, Cole L, Story D, Uchino S,
Naka
T, Finfer S, Cooper DJ, Myburgh J; SAFE Study Investigators and the
Australian
and New Zealand Intensive Care Society Clinical Trials Group. Effects of
saline
or albumin resuscitation on standard coagulation tests. Crit Care Resusc.
2009
Dec;11(4):250-6. ... 阅读全帖 |
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j********8
发帖数: 21 | 8 讲的就是基因组印记？
要是这样岂不是将灌水发挥到了极至？
Paternally Induced Transgenerational
Environmental Reprogramming of
Metabolic Gene Expression inMammals
Epigenetic information can be inherited through the
mammalian germline and represents a plausible
transgenerational carrier of environmental information.
To test whether transgenerational inheritance
of environmental information occurs in mammals, we
carried out an expression profiling screen for genes
in mice that responded to paternal diet. Offspring
of males fed... 阅读全帖 |
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n***g
发帖数: 5027 | 9 nature上的，标题：
Nanog safeguards pluripotency and mediates germline development
thanks |
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i*****n
发帖数: 53 | 10 germline activation in the female oocyte. |
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m*******r
发帖数: 7495 | 11 KO是germline deletion还是tissue specific?
WB看了几个tissues? |
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J*****i
发帖数: 55 | 12 germline deletion
就看了一种细胞 |
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s********r
发帖数: 312 | 13 有chimera就mate吧，出不来germline再重新打。。有空就做做subclone和karyotyping |
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o********r
发帖数: 775 | 14 这个需要biopsy，除非有啥germline的marker，否则还是不方便 |
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y*********u
发帖数: 183 | 15 刚拿到chimera mouse，正要mate
其中有1只 100% ES cell agouti colour 的chimera mouse, facility说这样的老鼠
germ line transmission的概率非常高，因为100% agouti说明 targeted ES cell 完
全out growth 原 host embroyo 的细胞了。
但是我从另一方面想，似乎100% agouti也不是个好兆头，比如兴许发生了一些
aberrent使得ES cell长得飞快，但无法进行germ line contribution
周围没有特别熟悉这个Process的人，所以只好发到这里来问问 |
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y*********u
发帖数: 183 | 16 非常感谢！另外，如果ES cell 性别是ｍａｌｅ的话，从ｃｈｉｍｅｒａ的性别比例能
否看出germ line transmission的概率呢？
如果拿到了很多只ｃｈｉｍｅｒａ的话 |
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c****l
发帖数: 1086 | 18 净扯淡，大部分癌症突变都是somatic，not germline， 所以not inheritabble，打回
家好好学习再来。 |
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c****l
发帖数: 1086 | 19 cancer susceptibility is inheritable for sure. For majority of cancers as
you mentioned, however, are caused by somatic mutation due to environment.
You need to figure out what do somatic and germline mutation mean.
般人高吗？要不然保险公司也不会问这个问题吧。
。归根到底还是跟基因有关。 |
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c****l
发帖数: 1086 | 20 看你愿意讨论学术问题，会你一个。
二者概念也许不同，使用的语境也许不同，但本质没有区别，
只是penetrance不同罢了。我之前也没有说二者不同，如果
我的回帖给你这种错误的印象，那是我的错。
我之前讨论的是germline的mutation和somatic
mutation的区别，前者可以遗传，后者是后天环境导致，是
肿瘤mutation的绝大部分，所以在个体上谈不上是否有选
择。
听大家意见！
法来确定，也是case by
要为质量性状，表现为携带
为不能沿家系追踪的，主要
发生的贡献只存在效果上的
基因的效果不能导致群体完
样的基因表型，也有致病和
关。以前面其他网友提到的吸 |
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w*e
发帖数: 740 | 21 你说的很有道理
但是
这个要看怎么说了，如果按照这个ARGUE，以前的GERMLINE KO 老鼠的研究统统都要怀疑 |
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y*********u
发帖数: 183 | 22 Early sign of chimera mice that carrying gremlin transmission.
Dear all, I am in a hurry to decide if it is worth to inject another ES cell
line of a KO mice.
The ES cell line I am using is SV129 cell line ,which carrying agouti coat
colour.
Right now I am having 9 male chimera mice and 1 female chimera mice, all of
the male chimera mice are with very high agouti number indicating a strong
ES cell contribution, and also, as stated above, a distorted gender ratio.
Meantime , I am getting above 80... 阅读全帖 |
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p*******7
发帖数: 134 | 23 is this cell paper?
1.Xia L, Jia S, Huang S, Wang H, Zhu Y, Mu Y, Kan L, Zheng W, Wu D, Li X,
Sun Q, Meng A, Chen D.* 2010,The Fused/Smurf complex controls the fate of
Drosophila germline stem cells by generating a gradient BMP response. Cell,
143(6):978-90. |
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m******5
发帖数: 1383 | 24 请教一个关于knock in mice genotyping的问题：
我们刚拿到一个knock in mice，刚刚用插入片段的引物做genotyping确定了germline
transmission.
关于如何keep这个line,见过一种观点，是最好一直用long range pcr来keep colony，
维持一个完整的选择压力，也就是说如果一直用插入片段的小片段pcr，可能会导致意
外地保留了一些随机事件，在某一代出现飘变
但是long range pcr成本当然要比普通pcr高多了，光酶就贵了n倍——
另一些常见做法就是就选择一个特意的插入片段，甚至neo casette来genotyping
在大多数实验室似乎也work得很好
不知是否有有经验的同学来谈谈？ |
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f**u
发帖数: 346 | 25 如果原因真的是像你提到的这个PI说得这样的话，可以试试germline transformation |
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f**u
发帖数: 346 | 26 这个嘛，关键看能不能把germline给KI了。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 27 下一步就是要拿到germline
光是chimera 还发不了大paper.
其实HR肯定可以发生，就是效率太低。
俺有一个想法就是
如果直接manipulate embryos效率太低的话，可以先转一个artificial chromosome作
一个stableline.然后跟抑制NHJR的mutant line cross，然后后代筛选homologous
recombinants.
鱼能产很多卵，筛选几万个应该不难。 |
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n********t
发帖数: 1079 | 28 下游？关键就是编故事，比如作paired analysis（tumor vs germline），最好就是找
到一些recurrent的mutation，fit某些hypothesis，独立验证后PI就可以开吹了，到这
一步bioinformatics的主要工作结束。
资源 |
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z*t
发帖数: 863 | 29 Beutler得奖，Medzhitov会不会有意见？
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761309002
Ruslan Medzhitov
This year marks the 20th anniversary of a publication (Janeway, 1989) that
in many ways revolutionized our understanding of the immune system. As part
of the proceedings of the Cold Spring Harbor Symposium on Immune Recognition
, the paper authored by the late Charles A. Janeway, Jr. was not a standard
peer-reviewed publication. In fact, Charlie used to refer to it as “the
best paper I've ... 阅读全帖 |
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b**j
发帖数: 415 | 30 3 are from biomedical field
National Medal of Science
Jacqueline K. Barton
California Institute of Technology
For discovery of a new property of the DNA helix, long-range electron
transfer, and for showing that electron transfer depends upon stacking of
the base pairs and DNA dynamics. Her experiments reveal a strategy for how
DNA repair proteins locate DNA lesions and demonstrate a biological role for
DNA-mediated charge transfer.
Ralph L. Brinster
University of Pennsylvania
For his fundamenta... 阅读全帖 |
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i*********r
发帖数: 5101 | 31 诱变所有细胞吧，只不过诱变的germ line cells 会遗传到下一代。诱变的体细胞容易
肿瘤癌变。操作enu的人不容污染到自己的germline cell 吧， 但是不小心会污染到自
己的其他细胞。ENU的诱变率很高。 |
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o********r
发帖数: 775 | 32 Then the mutation is called a "germline" mutation, not a "somatic" mutation.
It is impossible to identify driver mutations from bioinformatics alone
using a single patient. |
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o********r
发帖数: 775 | 33 Then the mutation is called a "germline" mutation, not a "somatic" mutation.
It is impossible to identify driver mutations from bioinformatics alone
using a single patient. |
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X***n
发帖数: 366 | 34 技术成熟后，scale up每个基因的边际成本趋近于0. 投资你从哪步算起？从germline-
competent C57BJ/6N的ES cell line算起还是再往前推？再说，没有现在的基础设施建
设，将来多个基因协同作用如何characterize?
现在生物学研究花钱很多，突破少，是因为人家做A我做B的太多了。技术发展本身很快
，是好事。生命问题的复杂性使得对技术进步的需求近乎无止境。而技术进步将大大拉
大两极分化，与其抱怨技术滥用，不如登高望远。 |
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T****i
发帖数: 15191 | 35 不说别的，ES cell clone screen, microinjection, 养老鼠，phenotyping，这些减
到一定程度成本不能再少。
还有，告诉你个秘密，就是C57BJ/6N 可能有重大问题，某些基因的mutation 导致的
phenotype 使得用B6N做的KO老鼠对某些领域的研究基本没用。不过我不能细说。NIH正
在研究这个问题，这两年你会看到文章的。以前某领域不少用B6N发的文章，基本都废
了。
至于多个基因协调，靠这类方法，还是只能找找correlation，看看表面现象。还有，
多个基因协调作用要看具体情况。Gene network这种概念非常笼统。你要找的话，很多
基因都可以联系到一起，用不同interaction，比如epistasis, physical interaction
，expression control，post transcriptional and postranslational regulation等
等。但如果不能定量或不把量化信息放进network，就没多少prediction power。比如
physical inte... 阅读全帖 |
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Q****1
发帖数: 69 | 36 做完A再做A+，然后A++。。。，繁衍出来的弟子做A++++。以前大学一个国家实验室，
竟然把一个溶菌酶作了30多年，有屁用。
germline- |
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g***y
发帖数: 201 | 37 应该是因为male chimera are more desirable. 如果运气不好，只有一两只老鼠是
chimera，
或者是ES cell contribution比较少，需要筛选很多后代才能得到germline
transmission,
公老鼠breeding就比母老鼠要有优势。
用来注射ES cell 的blastocysts 的性别比是 50：50，但是如果ES cell
contribution比较多的话，
就很可能把本来应该发育成母老鼠的“受体” blastocysts “反转” 成公老鼠。所以
得到chimera是公老鼠
的概率总是比母老鼠要大。
选xy ES cell唯一的drawback大概就是如果想target x-chromosome gene,得到正确克
隆的概率要小些。 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 38 PLoS Biol. 2012 Apr;10(4):e1001298. Epub 2012 Apr 3.
Cytoneme-mediated delivery of hedgehog regulates the expression of bone
morphogenetic proteins to maintain germline stem cells in Drosophila
忍不住骂了十几个Fuck！生物就是让这种垃圾文章搞得没法搞了。作为现在研究stem
cell niche最好的系统，竟然无视十几年来大家的工作，为了发自己的垃圾文章，说
escort cell分泌Dpp和Gbb。那你倒是有证据也行啊，就一个qPCR在正文中（fold
change：0.6， 可笑啊，做过qPCR的都明白）。再说了，escort cell和germarium才占
整个overy的多少比例？有十分之一不？但是每个egg cahmber可都在分泌dpp和gbb啊。
再看Sup Fig6，唯一一个证明HH影响BMP的直接证据。control 图里用PS做了那么大一
个黑洞，才把图改成了那个样子。我... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 39 我给编辑写信了，他回信说我去评论，作者会自动收到评论并会回复。
我是不会去的。我已经不做germline stem cell了，平白无故给自己加一个学术上的敌
人不好。
而且这篇文章的老板在之前还帮过我，给我寄过果蝇，还帮我解决实验中的问题。
就让这个领域的人去评论吧。 |
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i*********0
发帖数: 915 | 40 we did not try to get a germline transmission. |
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m******5
发帖数: 1383 | 41 用的G4 mES line用matri-gel似乎germline transmission没什么保障…… |
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m******5
发帖数: 1383 | 42 我的意思是楼主不用担心loxp丢掉，至于能不能用是另外一回事
一听到自己不用做老鼠的就妒忌得不行……做construct打ES再等germline
transmission 最后等表达等phenotype多折腾人啊！！！
设计那么多酶切位点太夸张了，我觉得只要PCR sequence一下就可以了
800 bp那个floxed region他们设计酶切位点是precautions?最后有发现只有一个loxp
的克隆么？我看文献里报道了这种情况的都是2k floxed region才发生的。 如果800
bp能发生岂不是说明short arm只要800bp就能做targeting? (当然也可能，不过300bp
我觉得如果发生了可以发个genesis报告了)
http://www.currentprotocols.com/WileyCDA/CPUnit/refId-mo100159.
鼠女王能帮忙下载一个paper么？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Cell 2012 may 同一期
三姐/妹 印度裔英国人 Serena Nik-Zainal
Supervisor: Mike Stratton
Exploring the cancer genomes of tumours derived from germline BRCA1 and
BRCA2 mutations carriers
//www.cimr.cam.ac.uk/study/clinicians/current_fellows.html
Nik-Zainal S et al. (2012)
The life history of 21 breast cancers.
Cell. 149:994-1007.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22608083
Nik-Zainal S et al. (2012)
Mutational processes molding the genomes of 21 breast cancers.
Cell.149: 979-93.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 44 同意，自己做一个老鼠出来，从前期开始担心各种有的没的问题，后面担心germline
transmission, 再担心allelle是否work，半条命都没了 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 45 我搞错了，是mESC的东西
Here we show that mouse androgenetic haploid ES (ahES) cell lines can be
established by transferring sperm into an enucleated oocyte. The ahES cells
maintain haploidy and stable growth over 30 passages, express
pluripotent markers, possess the ability to differentiate into all three
germ layers in vitro and in vivo, and contribute to germlines of chimaeras
when injected into blastocysts.
不过，这样子很惊人啊，haploid ESC |
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j****x
发帖数: 1704 | 46 对于transgenic animals，该序列在germline就已经存在了，自然就被识别为自身抗原
而不会引起免疫反应。不是transgenic的话，比如我要先用病毒载体，那么免疫反应就
是一个没法回避的问题了。 |
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j****z
发帖数: 67 | 47 我有一个基因A-flox的line,我用mox2-cre的line,把它做了一个germline deletion,就
是 A+/-；mox2cre/+的老鼠 （通过检测cre确定genotype)，发现这个老鼠有我感兴趣
的phenotype.
现在我想继续研究基因A, 还是用这个A+/-， 但是要去掉mox2-cre.可是问题来了， 这
样的下一代老鼠，我怎么检测delete呢？在不知道A-flox具体序列的情况下，我怎么能
设计引物呢？
有没有什么公司能测genome上的小段序列？因为我大致知道是A基因的哪几个exon被
delete 了。
多谢多谢！ |
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b*****g
发帖数: 119 | 48 新人求教 我在做一个基因的oocyte specific KO 拿到正确genotype的老鼠后 去做
staining 那个蛋白居然还在... 请问会是些什么原因呢 我的mating scheme如下
Cre+ ; fl/+ male x fl/fl female 得到 Cre+ fl/fl female
现在想到的问题有一下几个 1.可能蛋白在Cre前就已经表达了
2. 同时excise 两个有loxP的allele是不是不够efficient阿? 由于我做的是oocyte 所
以尽量选择让公老鼠carry Cre, 因为是homozygous lethal 我不是不是需要一步一步
的去除基因呢
请问大家我该如何着手解决这个问题? 谢谢了! |
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D*a
发帖数: 6830 | 49 cre刚切完还有蛋白也是可能的。flox/flox我觉得不影响cre的效率的，cre好用的话一
个两个都无所谓，不好用的话就是不好用了。
你做oocyte 的 genotype了么，是什么结果？直接上staining看蛋白了？当然oocyte
特异PCR不好做，但是你自己想办法看见带吧。
如果cre f/f的母老鼠跟+/- 公老鼠交配，后代应该是一半纯和致死的，你观察到了么？
你现在的信息说这个cre好用不好用都太早。 |
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f*******n
发帖数: 141 | 50 有几种可能：
1. cre不行，你没说是哪个cre，帮不了你；
2. 抗体不行，识别的根本不是你的这个蛋白，做过western blot吗？
3. 抗体识别残余的蛋白，那就做RT-PCR验证，看看mRNA的那一段还在不在；
4. genotyping有问题，那就不说啥了。 |
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