m******g
发帖数: 467 | 1 Science 14.06.13
稍微了解一下：
1. Molecular basis of transcription pausing
Interactions between RNA polymerase and the “core recognition element”
counteract pausing
2. Strong male bias drives germline mutation in chimpanzees
小知识：
1. Dinosaur metabolism neither hot nor cold, but just right
Evidence for mesothermy in dinosaurs |
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a*******a
发帖数: 4233 | 2 好象是赛业？ 我们在南京模式动物中心做的。这行确实粘性特别大，价格只是一方面
，如果老是搞不到germline 耽误时间损失的可不止是几万块钱。
不如在国内做克隆美国打靶。培养环境应该能洁净些。我们当时怎么都不进germ耽搁了
很久。 |
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l*********y
发帖数: 12 | 3 我的几个朋友在赛业做基因敲除小鼠，对他们的服务都很满意。赛业的几个技术骨干好
像都是从美国主要模式动物公司海归的，应该水平不错。据说赛业保证germline，不然
不收费。
在国内做克隆美国打靶当然好，不过打靶载体的设计需要有经验的人员把关才好。 |
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b********e
发帖数: 50 | 4
者。
这里都是做科研的人。做广告没有什么，但不能靠忽悠。以下是你的信息：
上站次数：5次，
发文数：4次。
下面是你的4次发文。是赛业的人也没有关系，告诉大家一些实在的东西比较好吧。
发信人: lovebiology (lovebiology), 信区: Biology
标 题: Re: 一两百万启动经费在小地方做老鼠模型是不是不可行？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 26 19:28:28 2013, 美东)
赛业在转基因，基因敲除模式动物方面做的相当出色，其主要技术骨干均是留学归国人
员，他们帮Stanford, UCSF等科研机构制备了大量的转基因，基因敲除小鼠。
发信人: lovebiology (lovebiology), 信区: Biology
标 题: Re: 海归博士养鼠一对售价18万 销遍近百家实验室(图) (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 6 11:34:05 2013, 美东)
据我所知广州的那家公司的质量和可靠性都非常好，老鼠运回美国的话海关也没有问题
。不过基因打靶KO小鼠八九万可能下不来，十万出头吧，也已经很便... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 5 这是什么trick?求教！ 我也有过一个chimera怎么也不进germline后来扔掉了
了g |
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a*******a
发帖数: 4233 | 6 敲老鼠拼的就是人，国内很便宜
招几个本科硕士生做克隆细胞系鉴定
高薪挖一个资深技术员管打靶注射
农校招一个新生负责养老鼠
酱紫
我们有阵子用r1好像，怎么都不进germline。换了个技术员就有阳性了，又换了个新系
，效率就很高了。
那么 |
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l**********k
发帖数: 189 | 7 自从ZFN（后来的TALEN, CRISPR)开始应用以来，大家一直在找一种好的办法做基因敲
进。以大鼠为例，如果没有一系列的CRE工具鼠，大家就不会去做条件性基因敲除。但
除了小片段（或ODN)以外，大片段的基因敲进一直没有成功的报道。
这几年我自己也一直在想如何能够在这方面做点事情。做公司跟做科研不一样。科研实
验室里对效率不是很关心。比如可以通过注射几百上千的受精卵，最后只要有成功的就
算成功，然后发文章。而做公司更关心的是技术的稳定性，也就是除了高效率，还要重
复性好。所以我们就组建了一个研发团队，专门做大鼠的基因敲进研究。
经过一年多的摸索，最后终于找到了一种通过受精卵注射做基因敲进的方法。这个方法
的原理是通过利用ZFN/TALEN/或CRISPR先在染色体上切一刀，然后让带有同源臂的打靶
载体在切割位点进行同源重组。我们先在细胞系上进行摸索，最后得到了一个很有效的
基因组编辑系统。然后我们就看这个系统是不是可以在大鼠上用。因为信心比较大，我
们就直接进行双基因敲进实验了。分别是在大鼠CD4基因后面加上DsRed，在FoxP3后面
加上 IRES-DTR-2A-EGFP-p... 阅读全帖 |
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R****n
发帖数: 708 | 8 >90% TCGA normal controls are solid normal tissues. Blood might be used for
germline DNA analysis,and other analysis should stick to normal tissues due
to the organ specific distribution of mRNA,miR, methylation, etc..... |
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l********e
发帖数: 415 | 9 说句得罪人的话，这是研究者自己的问题吧。
Komp的ES cell
1)不保证可以传germline
2)很多没有southern confirmed targeting
所以拿到ES clone后马上就应该Expand，Karyotyping, Southern
hete
clone |
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s*******e
发帖数: 1389 | 10 Neuron,enteroendocrine cell, lots of epithelial cell，germline cell都不是多
倍体 |
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s*****g
发帖数: 3693 | 12 你觉得你说的这个问题到底是转基因技术的问题，还是政策和监管的问题？Monsanto肯
定有推荐的除草剂用量，如果使用推荐用量土壤残留会杀死其他作物的话，sue
Monsanto保证律师名利双收。Living版上用round-up nuke草坪，也没有第二年重新种
寸草不生的。
农民为了图省事过量使用除草剂，和为了杀虫过量使用杀虫剂，对环境的破坏是一样的
。你也别指望农民不用roundup之后就会自己去拔草。这完全是政策和监管不力的问题
。南美国家除了卖矿石之外几乎fail了所有的事情，在遇到问题时指责欧美大公司是推
卸责任最简单的解决方法。
实际上阿根廷自己也做转基因作物，为什么阿根廷农民不用自己国家的还是用Monsanto
的种子？就是因为转基因技术捆绑在Monsanto优秀的germline上面。Monsanto垄断或者
所谓的依赖性来自于用传统育种手段获得的优势种系，而不是没有专利保护的转基因。
阿根庭是Monsanto转基因大豆的大宗出口国，阿根廷每年用的monsanto种子大概只有１
７％是给钱的，而且有政府主导的彻底不付钱的趋势，阿根廷政府一直和monsanto打官
司，阿... 阅读全帖 |
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H****N
发帖数: 997 | 13 The cre efficiency is not so important here. what you can do is to identify
a few het pups that has had the deletion in the germline. By crossing the
hets, you can get homos that are 100% mutant. |
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s********3
发帖数: 231 | 14 《科学》对STAP手稿的专家评审意见曝光
《科学》对传说中的STAP细胞论文的三名评审专家意见，过去一直被雪藏，今天终于
被曝光。专家对这一研究的评价不高，认为非常全面的描述性研究，如果结果确定，可
能导致发育生物学大厦的颠覆，其实是不相信这种研究结论。因为没有当时的投稿件，
所以没有办法对这些评价进行更深入分析。不过这些资料显然都在某个地方，只是拥有
的人不愿意拿出来。
Retraction Watch readers are of course familiarwith the STAP stem cell saga,
which was punctuated by tragedy last month whenone of the authors of the
two now-retracted papers in Nature committed suicide.
In June, Science‘s news section reported:
Sources in the scientific community confirm that early version... 阅读全帖 |
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i***l
发帖数: 1656 | 15 少量有害物质 need to difuse into layers of sometic cells, then may get some
chance enter germline cells
ie. dose and possibility |
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i*******i
发帖数: 145 | 16 "一直觉得GWAS的数据重复性不是很好，现在准备和朋友做一个传染疾病的易感基因分析
。如果测上一万个样本，不知道数据是否能有真正借鉴意义，而不是忽悠文章。"
楼主的意思不是somatic吧？somatic主要是做cancer tissue的？（我觉得）易感人群
分型是germline的吧？ |
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l********e
发帖数: 415 | 17 1) 医生的建议很有道理，如果正常的父母有一方的microarray发现有同样的染色体问
题，即使小孩携带这个，出现不正常的可能性就非常小。
2) 这么大的区域，而且是duplication, 真的很难说会怎么样。如果一定要猜的话，
心脏方面问题的可能性比较大。因为GATA4。其他的基因在OMIM还没有什么记录。参
考这个链接：
http://omim.org/geneMap/8?start=45&limit=10&highlight=52
3) 这个突变未必是germline的，也有可能是体细胞突变。假如这样的话，危害有可能
小很多。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 18 可以看看果蝇germline stem cell方面的文章，研究很多 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 19 干细胞衰老有研究的，如最近的：
Notch Signaling Mediates the Age-Associated Decrease in Adhesion of Germline
Stem Cells to the Niche.
Tseng C, Kao S, Wan C, Cho Y, Tung S, Hsu H.
PLoS Genet. 2014 Dec 18;10(12):e1004888. doi: 10.1371/journal.pgen.1004888.
eCollection 2014 Dec.
life |
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z****u
发帖数: 1007 | 20 没仔细查过文献。
按你说的查了一下，发现有些。比较有代表性的该是Stanford的 Thomas Rando拿肌肉
sattelite cell做的研究了。有篇他的review不错
Rando TA, Chang HY (2012) Aging, rejuvenation, and epigenetic reprogramming:
resetting the aging clock. Cell, 148: 46-57.
Germline
. |
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x********e
发帖数: 35261 | 21 Yukiko和Xin好像都是M. Fuller实验室出来的，都是以果蝇germline stem cell为模型
做，她们两个人合作很密切。
Yukiko主要做GSC中心体对Asymmetric division的影响。她也用Brdu标记(之后用某种
酶降解template strand)看染色体在是不是优先分配到stem cell里，具体文章我没仔
细读过。
Xin是做histone不对称遗传的，前两年发了篇Science报告现象, 现在在接着做机制，
具体的就不说了哈。
XIN |
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l****y
发帖数: 486 | 22 Not sure about your point here.
For example, if you are studying a kinase function in neurobiology. You
found total KO of your gene leads to embryonic lethal phenotype, and
conditional KO of your gene in neuron leads to very interesting phenotype.
Culturing of KO neuron in vitro also showed dramatic phenotype.
Interestingly, restoration of kinase dead (KD) mutant in KO neuron fully
rescued the phenotype (same as restoration of WT).
You wonder whether the neuronal phenotype you observed in vivo i... 阅读全帖 |
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G******n
发帖数: 289 | 23 不是专家，只是正好做这方面的。
是对表皮细胞检查的。理论上DNA是一致的，除非口腔细胞有突变，且突变数量的细胞
数目足够多。大家习惯性用血液，其实唾液也可以。23andMe就用的是唾液。主要是看
germline mutation。
你要注意看看他们提供的这100个疾病都是什么，每个疾病覆盖多少gene，每个gene覆
盖多少区域，只是coding region还是包括intron和intergenetic。对于某些疾病，预
测性较好，其他的大多数很差……
而且要结合你的ethnicity 和其他character进行预测。
通过这个唾液检测发现的mutation，你可以再order further testing，针对某几个比
较严重的mutation做深一步的test，比如用血液。 |
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i*e
发帖数: 352 | 24 nocnv记得是tumor cnv去除germline cnv
难道我记错了？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 25
懂得不多，只是提提个人观点
其实你们两个人 说的是对的
你可能看过RP Lifton的papers。他一直致力于 研究 rare mendelian diseases。 他
目前和BCM,Wash U@SL 和 JHU 一起在做 mendelian genetics consortium。 通过在
全世界找 “extreme phenotype - disease outliers” 和 “inbred family的疾病”
来寻找 human knockout的phenotype。
通过 RP Lifton的实验，你发现，这个世界上 仍然有很多 monogenic的病。 但是从
临床的角度来考虑， 研究 monogenic的疾病 究竟有治疗价值吗？ 1/100,000 的
mutation导致的 rare disease, 有哪个药厂会愿意生产药物来治疗呢？ 所以，工业圈
自然也不会对这个领域感兴趣...
--你不能把眼球停留在眼前，应该放眼10年以后，你职业生涯的成熟期。100，000人一
例患者，全世界有多少患者？数十万！测序技术的普及以及互联网，在几年后就会把这
几十万人基本... 阅读全帖 |
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h****n
发帖数: 333 | 26 你确定那个公司的cancer diagnostic panel是用的cfDNA吗？
如果是抽血的，会不会是一般的germline的cancer predisposition genes？
或者一般的用tumer tissue的？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 27
懂得不多，只是提提个人观点
其实你们两个人 说的是对的
你可能看过RP Lifton的papers。他一直致力于 研究 rare mendelian diseases。 他
目前和BCM,Wash U@SL 和 JHU 一起在做 mendelian genetics consortium。 通过在
全世界找 “extreme phenotype - disease outliers” 和 “inbred family的疾病”
来寻找 human knockout的phenotype。
通过 RP Lifton的实验，你发现，这个世界上 仍然有很多 monogenic的病。 但是从
临床的角度来考虑， 研究 monogenic的疾病 究竟有治疗价值吗？ 1/100,000 的
mutation导致的 rare disease, 有哪个药厂会愿意生产药物来治疗呢？ 所以，工业圈
自然也不会对这个领域感兴趣...
--你不能把眼球停留在眼前，应该放眼10年以后，你职业生涯的成熟期。100，000人一
例患者，全世界有多少患者？数十万！测序技术的普及以及互联网，在几年后就会把这
几十万人基本... 阅读全帖 |
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h****n
发帖数: 333 | 28 你确定那个公司的cancer diagnostic panel是用的cfDNA吗？
如果是抽血的，会不会是一般的germline的cancer predisposition genes？
或者一般的用tumer tissue的？ |
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m******5
发帖数: 1383 | 29 看细胞系，看用来干嘛，如果要求germline transmission那是必须铺
铺MEF都崩溃也太夸张了
mES 怎么着也是全球排名前10好养的细胞系 |
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s********r
发帖数: 312 | 30 129strain的mES不需要feeder，像46C啥的，germline也没问题。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 32 Germline KO, Compelte KO or Genomic KO， 三种说法我都听过 |
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m***T
发帖数: 11058 | 33 这不就是somatic和germline的区别吗，还什么新发现？ |
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H****s
发帖数: 301 | 34 Case by case, it really depends on the germline/framework usage, VH/VL
pairing and CDR sequences. |
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发帖数: 1 | 35 转帖：今天一早打开微信发现“转基因自闭症猴”研究报道刷屏了，两大知名科普微信
公众号“赛先生”和“知识分子”都在第一时间推送了相关报道，同时国内外各大媒体
做了较为详尽的报道。这篇研究论文于今日凌晨在Nature在线发表，标题为《Autism-
like behaviours and germline transmission in transgenic monkeys
overexpressing MeCP2》，同时Nature配发了评论文章《Monkeys genetically
modified to show autism symptoms》。
这项研究是由中科院上海神经科学研究所研究院仇子龙课题组和孙强研究组合作
完成的。这项研究是全球首例利用非人类灵长类动物建立的自闭症研究模型，为后续深
入研究自闭症致病机理和探索治疗自闭症的研究方法奠定了基础。在这里小编就不再重
复今日媒体报道的内容了，今天写这篇文章主要是综合了国外媒体的报道，谈谈这项工
作受到某些人质疑的内容或者说是不足吧。小编首先声明不是来黑这项标志性的具有重
要意义的文章的，本人只是从另一个角度聊聊国内媒... 阅读全帖 |
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r**********n
发帖数: 9 | 36 Sorry for the sad news about your lovely baby.
ATRT的预后非常差，是肯定的。
如果你想尝试St. Jude or Boston，您可以直接与他们联系。复制并翻译所有的医疗记
录。如果他们接受你的宝宝，通常你需要提前支付作为一个国际病人。St. Jude 是研
究医院，可能对美国人免费。不知对国际病人如何。
因为它是ATRT，你要想清楚你花代价是想要什么结果。
以下转自UpToDate:
Atypical teratoid/rhabdoid tumors — CNS atypical teratoid/rhabdoid tumors (
ATRTs) are highly malignant tumors primarily occurring in young children
less than three years old [91]. Histologically, ATRTs are characterized by
rhabdoid cells and are similar to that of other small ro... 阅读全帖 |
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m*****7
发帖数: 366 | 37 我是做Pancreatic Cancer genetics方向的，包括像germline genetic variant/
mutation (GWAS和whole exome sequencing)，somatic genetic variants都有涉及，
欢迎也是做胰腺癌genetics一块的同行（包括population/clinic level或basic
science level）一起合作讨论。
多谢！ |
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m****g
发帖数: 530 | 38 来自主题: _Harvard_Medical_School版 - 干细胞恰似睡美人 美国密苏里州斯托瓦斯医学研究所（Stowers Institute for Medical Research），堪
萨斯大学医学院解剖与细胞生物学系
的解廷教授在最新一期的《Cell Stem Cell》上发表评述文章Stem Cell in the Adult
Drosophila Hindgut: Just a
Sleeping Beauty，点评本期《Cell Stem Cell》发表的一篇研究性文章The
Drosophila Hindgut Lacks Constitutively
Active Adult Stem Cells but Proliferates in Response to Tissue Damage。
解廷教授主要从事干细胞方面的研究工作，对干细胞niche的研究有较深的造诣，曾在
《Cell Stem Cell》发表干细胞衰老
调控研究的成果文章。利用果蝇卵巢生殖干细胞（germline stem cells，GSCs）作为
研究模型，证明干细胞功能中年龄
依赖性的下降和其niche在干细胞整个衰老过程中扮演着十分重要的角色。
在这篇新的Cell Ste |
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