x********e
发帖数: 35261 | 1 **************************前言******************************
这个数据分析是受到华农最新文章的影响。初心是想独立验证一下华农文章里分组的合
理性已经对病毒起源演化的推论。华农文章掀起了一股“美国投毒阴谋论”。我个人立
场是，我只做数据分析并进行有限推测，如果数据不足或者采样有偏差，我倾向于等信
息更充分再更新结论。
**************************原帖******************************
我抽空利用GISAID的数据库和美国官方发言做了个比对，锁定“零号”病人。顺带证明
一下我一个月之前所说加州要沦陷的预言。再顺便评两句华农新文章的准确度。
Figure1：我把GISAID 108个病毒基因组按照divergence cluster，得到两个分型很独
特的clade。
发散状的clade对应华农的C group，树状分支的clade对应B group。每一支是一个样品
，包括107个病人样品和1个海鲜市场的环境样品。支的长度代表分化程度。注意！这图
只是按分化程度作图，并不等于中心点是“... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 3 变动时间大概在今日0点到2点之间。因为有几个数据点我的annotation有问题我返回
GISAID核查，发现数据变动了。左边是变动前的截屏，右边是现在的截屏。除了对照
CDC新闻做annotation，我把NCBI GenBank#也加进去了。曾经上传了数据的2名加州撤
侨患者和德州游轮第一名确诊数据都被禁了。GISAID显示总样品数仍是108，但
phylogeny上不显示这三点。另外，NCBI上也没有这三名患者的基因组。相当于美国CDC
偷偷把这三名开除美国籍了？ |
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x********e
发帖数: 35261 | 4 GISAID是公开database。看来我还得把NCBI的数据库也备个份。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 5 另外说一句，GISAID只是个data sharing platform，有权限修改数据和tags的是上传
者。美国数据都是谁上传的呢？ |
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S*******l
发帖数: 4637 | 7 武汉又测了一百多，结论是目前病毒没有大变异，还在99%相似度之内。
过两天估计会传到GISAID。 |
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发帖数: 1 | 9 呵呵，仔细看看这篇文章，
The BatCoV RaTG13 sequence was downloaded from the GISAID BetaCov 2019–2020
repository http://www.GISAID.org.
RaTG13的序列早就在GISAID库里有了,不是才发明的。
另外还引用了一篇Science文章，
Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV)
rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination
event
D.Paraskevisa， E.G.Kostakia， G.Magiorkinisa， G.Panayiotakopoulosb， G.
Sourvinosc， S.Tsiodras |
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x********e
发帖数: 35261 | 10 我来挑一下外行的叙述有多少是错的吧，看下面
>错，GISAID有108个，中国的数据库有150多个
>错，有大段缺失也有突变，点突变里大部分是错义突变，影响蛋白功能，具体见植物
所和华农文章
>错，GISAID和中国新冠资源库都有统计，一看就知你在瞎扯
：三个古老型目前并无先后之分，海鲜市场只是其中一个的衍生型
>哪里来了三个古老型？你去看外行报道能变内行？H13在GISAID和中国生信数据库里都
是H3的后代。H56是H1的后代。mv2更是扯淡的超级传播者，现在中国数据库把一个越南
患者的样本定为mv2了，属于H3的后代，下面就四个子代，超级个屁啊 |
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x****6
发帖数: 4339 | 11
The occurrence of concentrated pneumonia cases in Wuhan city, Hubei province
of China was first reported on December 30, 2019 by the Wuhan Municipal
Health Commission (WHO, 2020). The pneumonia cases were found to be linked
to a large seafood and animal market in Wuhan, and measures for sanitation
and disinfection were taken swiftly by the local government agency. The
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and Chinese health
authorities later determined and announced that a novel coro... 阅读全帖 |
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C***S
发帖数: 1159 | 12 要点：罐装病毒导致的感冒占比是10%到30%。这次的不同之处是能攻击下呼吸道。R0在
2左右，感染能力一般。
这次宣传出了大问题，应该一开始就说新型流感，重症可以转化为肺炎。现在直接封城
，简单粗暴，是上了港灿和老酱的当。
Science News
How the new coronavirus stacks up against SARS and MERS
For the third time since around 2003, a coronavirus has jumped from animals
to people
2019-nCoV transmission electron micrograph
A new coronavirus called 2019 novel coronavirus, or 2019-nCoV, (seen here in
a transmission electron micrograph) is spreading in China. It is similar to
both SARS and MERS.
COURTESY: IVDC, C... 阅读全帖 |
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w*******s
发帖数: 285 | 14 2月2日，印度研究人员于1月31日发表在bioRxiv上的有关新型冠状病毒来源于实验室的
论文撤稿。
相关：印度研究人员新冠病毒论文被质疑“扭曲事实” 已撤稿
此前，网上不断有各种版本的流言，或多或少都把此次疫情的发生与国内科研机构的实
验室病毒标本泄露关联在一起。
对此，2月2日下午，中国科学院武汉病毒所研究员石正丽在朋友圈说：“2019新型冠状
病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有
关系。”
《中国科学报》记者向她本人求证此条朋友圈消息属实，并获准通过本报发布。
石正丽朋友圈截图（经本人授权发布）
同时，1月31日，《科学》也发布最新调查报道称，生物信息学家正努力用科学击败“
阴谋论”。
作为石正丽的长期合作伙伴，美国非盈利组织环保生态健康联盟疾病生态学家Peter
Daszak在接受《科学》采访时表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸如实验室
泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”。“这令人羞耻！”
中山大学医学院院长郭德银也对《中国科学报》表示：“阴谋论从来不需要提供证据，
但科学需要。”目前，基于基因组序列对病毒在进化上的分析结果，为... 阅读全帖 |
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T*G
发帖数: 600 | 15 病毒除了几支到二月以后传到欧洲的，没有变异
“近来收到多位微信好友转给我的美国投毒论和新冠病毒来源美国论，虽然我一直说逻
辑上行不通。但还是认为拿出事实比较有说服力，于是开始follow GISAID病毒基因库。
基因树里蓝紫色的为中国上传，其中12月和1月早期为来自武汉的病毒基因序列，后来
的基本为中国湖北外的上传的样本。红色的为美国样本，黄绿色的为欧洲样本。
截至今天早上，各国上传序列样本数为729例(图一)，图一最上方分支最早的一例绿色
的样本来自德国，我还纳闷为什么这一分支一直没有武汉的样本(这也成为某些阴谋论
者提出病毒来源不一定为中国的论据，虽然很经不起推敲的论证)，但鉴于当时
available samples里12月和1月中上旬武汉上传样本仅为十几例，这在当时的感染规模
里占很小的比例，所以没有这一分支武汉早期样本也很正常。
然而，刚刚病毒库又增加了一百多个样本(图二，共838样本),这次增加了之前缺失的最
上面一个分支早期的武汉病毒基因序列。至此，病毒基因树清晰可见目前全世界爆发的
病毒基因所有分支从亲缘性来看，全部可以溯源找到来自武汉的样本!请美国五毒教主
闭嘴吧！... 阅读全帖 |
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k*****o
发帖数: 1972 | 16 对病毒来源，我不排除任何猜测。
一开始我是很支持武汉p4泄露的；而且一开始我也是坚信美国不会大流行的。
不过CDC的行为太让人可疑了。
其实有几个问题要弄懂：
1). 武汉的病人是0号病人么？另一个说法是，如果有另外一个0号病人游荡在别的地方
，会不会产生一样的进化树？
2). 病毒的进化的进化速度跟病人时间对的上不？
3). 假设有几个病毒源头，这些源头不停变异。然后会不会是武汉的先爆发了，然后其
他地方才爆发？这样也会给出类似的进化树的。
4). 800例还是太少了。而且每个国家都在捂盖子，选择上传的可能性非常高。比如，
都选择有跟中国人接触过的病例上传？所以要看病人的接触史。这样也可以证明是不是
有多名9号病人在游荡，或者排除这样猜测。
从这些角度看，其实赵立奸问的问题非常的好。既然CDC承认以前的流感有新馆的可能
性。那看这些新冠的基因图谱就非常重要。
要知道，美国流感每年几乎从10月底就开始了。赵的twitter肯定是深思熟虑才说的
但是，无论源头是哪里，科学肯定可以回答。因为事情太大了，怎么捂，都捂不住盖子
的了。
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[回复] [回信给作... 阅读全帖 |
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D****8
发帖数: 408 | 17 问题1已有部分答案：
RaTG13是指2013年7月24日在云南普洱捕捉的一头雄性中华菊头（蝙）蝠身上获取SARS
基因序列。该序列已于昨天（1月24日）上传到GISAID.org的网站上供公众下载。 |
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发帖数: 1 | 18 最接近的 RaTG13 就是武汉病毒所的， 1月24号之前没有人知道
网上搜来的
RaTG13是指2013年7月24日在云南普洱捕捉的一头雄性中华菊头（蝙）蝠身上获取SARS
基因序列。该序列已于昨天（1月24日）上传到GISAID.org的网站上供公众下载。 |
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发帖数: 1 | 19 最接近的 RaTG13 就是武汉病毒所的， 1月24号之前没有人知道
96%相同，还只是病毒所自己说的， 怕是有更接近的，已经被销毁了吧
习大大应该立即军管病毒所，扣留所有电脑，复制所有的文档
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这一段中RaTG13的基因序列数据在美国 ncbi.nlm.nih.gov 数据库中查不到，所以学者
们得到的结果都是“新病毒与舟山蝙蝠SARS样病毒最接近”。谁知到武汉病毒所还有
RaTG13的数据呀。“让人很生气”。如果高福有了这个数据会不会撤稿？（注：这只是
我的一段气话。）
RaTG13是指2013年7月24日在云南普洱捕捉的一头雄性中华菊头（蝙）蝠身上获取SARS
基因序列。该序列已于昨天（1月24日）上传到GISAID.org的网站上供公众下载。 |
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a***k
发帖数: 1038 | 20 。
基因组共线性分析、ORF注释等表明这个未知冠状病毒是典型的BetaCoV（orf1ab、S、M
、N、E等基因）。共线性图里颜色较浅的是S蛋白区域，是差异最大的基因。
经过与WHO官网推荐的SARS 7条PCR验证靶标序列比对，发现平均相似度也只有90%左右
，关键是引物序列也有几个变异，推测SARS的检测试剂盒无法检测这个未知病原体（后
面的很多地方的实验验证也是如此）。
此外还做了很多其他针对基因、蛋白等详细的深入分析，不再赘述了。
分析至此已经基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个病毒，但这个病毒与所有已
知基因组信息的病毒都不太像，可能是一种跟Bat SARS like coronavirus类似的新型
病毒。
（现在看回我当时的那句话，真是一语成谶，对不起全国人民了，都怪我这个乌鸦嘴）
这不一定是SARS，传染性、致病性都未知，同时也意识到了问题潜在的严重性，对实验
室做了全面清理消毒，样本无害化销毁，实验操作相关人员进行了相关监测。
接下来就是怎么去报告的问题了，直接报可能会吓着医生，何况这可能是一个新发病毒
，报错了就是重大的事故。有一些必要的信息还是需要先进行排查... 阅读全帖 |
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D****8
发帖数: 408 | 22 GISAID就是大家认可的放序列的地方
当然有说，你以为石是在论坛灌水啊 |
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B******n
发帖数: 1920 | 24 我不是用户没法找到GISAID其中的信息. 能找到是什么时候上传的序列吗? 文章或者引
文还是2020年的,没法排除嫌疑
2020 |
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B******n
发帖数: 1920 | 25 你找到石什么时候上传RaTG13的序列在GISAID库里了吗?时间点很重要! |
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发帖数: 1 | 26 基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播
2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（现称
COVID-19），新型冠状病毒爆发已两个多月，确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地，
对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要
的意义。中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员
一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93
个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传
染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1
），包括3个古老超级传播者单倍型（H1, H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56
和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传
播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途径。新型冠状病毒在2月12日
之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。
华南海鲜市场的新冠病... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 28 在这项研究中，研究团队使用了来自GISAID EpiFluTM数据库的93个完整的新冠病毒基
因组，
其中中国患者样本有54个，包括重庆3个样本、广东18个样本、湖北22个样本、
中国台湾2个样本、浙江4个样本，另外其他5个省份有1个样本。
中国境外包括亚洲其他国家、欧洲、大洋洲、北美洲的39个样本。
样本采集时间为2019年12月24日至2020年1月5日。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 29 再次打脸。GISAID只有108个，你怕是把各种动物的都算上去了 |
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发帖数: 1 | 30 华南海鲜市场的新冠病毒来自其他地方，这个结论有了基于基因序列的证据。
中国科学院西双版纳热带植物园的研究人员在分析 93 个新型冠状病毒样本基因组数据
后发现，基于 120 个变异位点得到 58 种单倍型（基因类型）中，来自华南海鲜市场
患者样品单倍型与 H1 有关，而作为更古老的基因类型样本 H3、H13 和 H38 则来自华
南海鲜市场之外。这印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
这个研究印证了此前 1 月 24 日发表在《柳叶刀》的研究结论，即追踪第一批 41 个
确诊病例发现，这批最早在 12 月 1 日报告的病例中，总共有 13 个病例与海鲜市场
无接触史。也就是说，病毒在进入海鲜市场之前就已经潜入武汉居民的生活中。
这个研究由中国科学院西双版纳热带植物园郁文彬联合华南农业大学和北京脑科中心的
科研人员进行，于 2 月 19 日发表在中国科学院科技论文预发布平台 ChinaXiv 上。
作者认为，确定海鲜市场是不是病毒发源地对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，
对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。
郁文彬 解释说，这是一种基于种群遗传学的分析方法。一种基因型不... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 31 我来研究一下GISAID的phylogenetic tree。数据库比华农文章要大，信息更丰富。两
方画的树出入有点大。 |
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h*********n
发帖数: 11319 | 32 现在CDC还在修改GISAID呢
昨晚刚把美国的新冠病例删除了3个。 |
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O**W
发帖数: 58 | 34 佩服
我记得上次business insider 偷换H1N1数据也是你先发现 |
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m*****u
发帖数: 15526 | 36 买买提牛逼了。既通tg中央，美国CDC也有人在这蹲点。 |
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n****4
发帖数: 12553 | 38 老夏直奔下一任CDC指挥长，director，的职位去了 |
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O**W
发帖数: 58 | 40 同时可以看出
只要是有人的机构，就会存在利益驱动，就会存在为了利益做些不可告人的事情，此为
政治
一味相信数据的该醒醒了，数据也是可以人来改的 |
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k****r
发帖数: 421 | 44 哇，美国这下玩大了，能把这些发给中国和西方媒体么，看看谁敢爆 |
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c******2
发帖数: 4019 | 47
你知道地球上有多少千老吗？有多少在盯着这件事吗？ 要有点常识，博士的全称：哲
学博士。 |
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O**W
发帖数: 58 | 48 所以我说土共大外宣都是吃屎的，递枪都不会用
上次business insider偷换H1N1数据本来就是很好一把枪
类似的事情要是土共做了，第一时间上MSM 头条 |
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x********e
发帖数: 35261 | 49 美国在108个样本库里有14个样本，现在这个库里只显示11个样本，你说撤侨两病例还
有TX病例是被谁吃了呢？总是有人在我昨晚查数据前后修改了样本库。 |
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c*********9
发帖数: 229 | 50 你这个分析做的不错，现在看，美国起源可能是一个不同证据
共同指向的一个收敛的结果。 |
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