发帖数: 1 | 1 自己查那几个基因吧
看看携带者有多少
We previously reported that a number of patients show a thermal instable
phenotype of compound hetero/homozygous variants of CPT II. To understand
the mechanism of the metabolic disorder resulting from CPT II deficiency,
the present study investigated CPT II variants in patient fibroblasts, [c.
1102 G>A (p.V368I)] (heterozygous), [c.1102 G>A (p.V368I)] (homozygous
), and
[c.1055 T>G (p.F352C)] (heterozygous) [c.1102 G>A (p.V368I)] (
homozygous)
compared with fibroblasts from... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 2 1. Crispr载体选择， px330, px335(nickase), px459(puro+), px462(nickase,
puro+)
Nickase的系列在做KO的时候效率会高些，不知道做knock-in mutation哪种效率更高？
你所说的selection marker是crispr载体上带的selection marker(eg.
Puro+), 还是donor上带的selection marker? 我准备用ssDNA做donor, 做点突变的
时候好像也不方便在donor上引入selection marker
**我用的459，主要是要它的puro-selection。这个是筛选transfected cells的。也可
以用带GFP的vector,作cell sorting. 我原文说的selection和这个无关，是指有HDR发
生后的筛选。是，这个selection marker是一个头疼事，我也不太熟悉。
2. 你是在donor 上引入酶切位点（通过silence mutation）, 然后PCR酶切鉴定吗？
*... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 3 你是说发一个method? 关键是你真要引进一个mutation的时候，你这插入的两个“带有
不同的颜色”的HDR templates（大约是表达GFP一类吧）就会影响你想改变的基因的表
达吧？类似的已经发表了，但只用了一个带颜色的template （GFP),你看看
BioTechniques,57:115-124.他们拿到homozygous的概率蛮高的，有没有必要两个不同
颜色的template，会有疑问。
我最近也完成了point mutation，都是只改变一个amino acid,发现拿到的homozygous
的概率大约是拿到heterzygous的一半。但拿到heterzygous的概率大约是1 out of
1000-1500 transfected cells. 也就是homozygous的概率是大约1/2000-3000。我是用
了mutant的特性来筛选的，没有在HDR template插入任何东西，就是引入point
mutation和几个不改变amino acid的突变，如restriction enzyme sites. 没有筛选，
确实比较费劲。 |
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w********g
发帖数: 107 | 4 as your calculation:
( 9/50) x (1/2) x( 1/10) x (1/2)= 0.0045
but the correct answer in this question is (B) 0.045 =( 9/50) x (1/2) x( 1/
10) x (1/2)
Actually, 0.045 is the best answer here but not the perfect one.
I saw another version of this question as below:
A man is a known heterozygous carrier of a mutation that causes
hemochromatosis (AR). Suppose that 1% of the general population consists of
homozygotes for this mutation. If the man mates with somebody from the
general population, wh... 阅读全帖 |
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M****e
发帖数: 70 | 5 for the offspring from 1st cousin, the possibility getting
homozygous mutations (derived from one of the grandparents)
is only 1/64. and for the reason that uteral or embryonic
lethality increases with homozygous recessive mutations, the
observed genetic disorders could be underestimated. for the
research per se, i have not read the paper. but i would like
to point out that genetic background and subpopulation
structure must be taken account to interpret the data. otherwise,
it could be easily b |
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h********n
发帖数: 4079 | 6 我们有个KO老鼠, 把一个gene的exon 5 切掉, 引起frame shift(exon 6开始不远的地
方出现stop codon), 结果homozygous KO胚胎致死; 而同样这个gene, 把exon 4切掉
引起frame shift(exon 5开始不远的地方出现stop codon), homozygous KO胚胎一点问
题都没有, 老鼠长得很好.
各位觉得会是啥问题呢?
谢谢 |
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n**********s
发帖数: 228 | 7 研究的基因是一个酶，很简单的knock in模型，就是将GFP-Neo同源重组到基因的第一
个exon前面，这样homozygous的老鼠该酶实际上是knock out的。
理论上GFP表达细胞是受该基因调控的，现在的结果是，在已知正常情况下该基因表达
的器官，homozygous的老鼠GFP细胞数大概是heterozygous的2倍多，比较的是相似位置
的切片，做过统计，基本上是这个结果。
请教这种现象准确原因是什么？Allelic Imbalance造成的吗？好像没什么理论基础支
持这个？另外，该基因也不存在明显的imprinting，应该不是这个原因吧。请高人指教
！ |
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j**W
发帖数: 89 | 8 当时还没有homozygous. 今天刚做了genotyping证实拿到了homozygous。这样不管用
nested PCR还是用qq007说的方法，都要比heterozygous好。多谢！ |
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l****y
发帖数: 486 | 9 Not sure about your point here.
For example, if you are studying a kinase function in neurobiology. You
found total KO of your gene leads to embryonic lethal phenotype, and
conditional KO of your gene in neuron leads to very interesting phenotype.
Culturing of KO neuron in vitro also showed dramatic phenotype.
Interestingly, restoration of kinase dead (KD) mutant in KO neuron fully
rescued the phenotype (same as restoration of WT).
You wonder whether the neuronal phenotype you observed in vivo i... 阅读全帖 |
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h****a
发帖数: 65 | 10 我是新手，正准备做crispr point mutant, 很多问题想请教
1. Crispr载体选择， px330, px335(nickase), px459(puro+), px462(nickase,
puro+)
Nickase的系列在做KO的时候效率会高些，不知道做knock-in mutation哪种效率更高？
你所说的selection marker是crispr载体上带的selection marker(eg.
Puro+), 还是donor上带的selection marker? 我准备用ssDNA做donor, 做点突变的
时候好像也不方便在donor上引入selection marker
2. 你是在donor 上引入酶切位点（通过silence mutation）, 然后PCR酶切鉴定吗？
3. 一般knock-in mutation挑克隆都挑一百个克隆以上，具体操作的时候，是不是
在大板上有单克隆后，转96孔板里面，然后duplicate， 其中一板用来做PCR鉴定？做
PCR鉴定的模板是96孔板里面的细胞提取的g... 阅读全帖 |
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D***a
发帖数: 516 | 11 pcr产物用annealing后t7 endonuclease切？
比如：能切开的是杂合，不能切开的是WT或homozygous mutant。再把这个不确定的和
已知WT的再次annealing， 切不开的是WT，切开的homozygous mutant。 |
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发帖数: 1 | 12 还不是标准方法，现在大多数是只用一种荧光，然后再从带有荧光的细胞里边筛hetero
和homozygous。如果我用两种荧光，那不就是一步得到，只要细胞同时带有这两种荧光
就是homozygous的 |
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t*******w
发帖数: 107 | 13 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28557981/#comments
FYI all.
Xiaolin Wu2017 May 31 2:11 p.m. (6 days ago) 9 of 9 people found this
helpful
This paper raises important safety issue for gene therapy application of
CRISPR-Cas9. However, there are serious doubts about the results or
interpretation. First of all, the authors listed Top-10 predicted off-target
sites. But all genes are wrong! looking at the sequence they listed (supp.
figure 3), you will not be able to find it in the genes! After ca... 阅读全帖 |
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d****y
发帖数: 2180 | 14 Female is from general population.
The probability of heterozygous carrier in the general population is: 9/50
Carriers are asymptomatic. People with homozygous mutated genes will show
disease.
The question stem said the male marry someone in the general population,
the chance for him to marry a homozygous disease female is low,because
disease people are only 1% in the population. 99% of people are symptom-
free.
So most likely the female he married is either normal or a carrier. |
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w*********7
发帖数: 2883 | 15 【 以下文字转载自 JQCLUB 俱乐部 】
发信人: winnie91107 (爱的承诺), 信区: JQCLUB
标 题: ISIS
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 5 13:32:08 2011, 美东)
Isis Reports Financial Results and Highlights for Second Quarter 2011
21 hours 30 minutes ago - PR Newswire via Comtex
PR Newswire
Isis Pharmaceuticals, Inc. (Nasdaq: ISIS) today announced its financial
results for the quarter ended June 30, 2011. The Company finished the second
quarter of 2011 with a pro forma net operating loss (NOL) of $11.6 million
and $24.9 million for the thr... 阅读全帖 |
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y****g
发帖数: 36950 | 16 rs9332964 is a nonsynonymous change known as R227Q in the SRD5A2 gene. The
SRD5A2 gene encodes steroid 5-alpha-reductase, an enzyme which catalyzes the
conversion of testosterone in the body. Polymorphisms in SRD5A2 have been
implicated in several disorders of male sexual development such as
micropenis. The homozygous rs9332964(A;A) genotype has been observed in
several Japenese males with micropenis.
基因详情
参考文献
位点：rs9332964 基因名：SRD5A2
CC
Average
TT
Micropenis
CT
carrier for mutations linked t... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 17 这是科研界的共识
https://www.nature.com/articles/srep17607
Rare individuals homozygous for a naturally-occurring 32 base pair deletion
in the CCR5 gene (CCR5∆32/∆32) are resistant to infection by
CCR5-using (“R5”) HIV-1 strains but remain susceptible to less common
CXCR4-using (“X4”) strains.
能看懂吗？ |
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S*******l
发帖数: 4637 | 18 CCR5作为靶点的真正原因不是预防HIV。真的原因是CCR5 deletion mutation在欧洲人
中有10%， 没有很明显的异常。是个相对安全的靶点。敲掉后孩子出问题的几率比较小
。这个基因的研究很多年了。
纯粹是为名利的计算，和预防艾滋病有效无效根本没关系。
其实即使是CCR5 mutation，也不能保证不感染艾滋病。
有homozygous CCR5 mutation 的艾滋病人。 |
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x****e
发帖数: 1780 | 20 你不是说米国医院撒谎吗，为什么你信这个
: 自己查那几个基因吧
: 看看携带者有多少
: We previously reported that a number of patients show a thermal
instable
: phenotype of compound hetero/homozygous variants of CPT II. To
understand
: the mechanism of the metabolic disorder resulting from CPT II
deficiency,
: the present study investigated CPT II variants in patient fibroblasts,
[c.
: 1102 G |
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t**x
发帖数: 20965 | 21 请你仔细看看，
良性的三个报告。其中一个是这个德国医生自己的，他承认自己从来没有看过。第一个
genedx，是我们出院(04/13)后一个月报的(05/13)， 这个极有可能就是我们宝宝的结
果，被报呈良性。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/92429/
这个变异发现10多年，欧洲基因库收录为恶性。只有美国报称良性，在我们宝宝刚刚出
院。你真得仔细看看时间和事情了。
你没有看到跨国界作假反而。。。你看看荷兰医生的回信。我真怀疑你到底是干什么的
？
这个变异发现了10多年了， 这个德国医生的链接的文献没有说是良性的， 你自己看看
下面德国医生附上的文献。我不是医生，我看不出来说这个变异是良性的。你如果愿意
看看我家宝宝cpt2的两个结果， 一个1.5%酶活性，一个15%酶活性，跟下面的温度相关
吻合得多好。
我家宝宝的下降更多，大概是因为他的变异更多。这个特征的变异很多年了，但是
cchmc和Baylor都没有查出来。你说说他们不知道？！
Here the excerpt von OMIM regarding this mut... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 22 yangyi和aning我没有跟她/他斗， 我劝你们好好看看德国医生给的参考资料, 这个资
料你怎么得出是benign的结论的：
0018 ENCEPHALOPATHY, ACUTE, INFECTION-INDUCED, SUSCEPTIBILITY TO, 4
CPT2, PHE352CYS AND VAL368ILE [dbSNP:rs2229291] [dbSNP:rs1799821] [ClinVar]
Chen et al. (2005) found an association between 2 thermolabile polymorphisms
in the CPT1 gene and susceptibility to infection-induced acute
encephalopathy-4 (IIAE4; 614212) in Japanese children. The variants were a
1055T-G transversion, resulting in a phe352-to-cys (F352C) substitution (
rs... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 23 我可以跟你说这个写这个文章的医生是一个十恶不赦的王八蛋！因为这个德国医生就是
跟西雅图儿童医院勾结的个婊子养的畜生。
这是我的信：
Von: Andrew Xie [mailto:[email protected]/* */]
Gesendet: Montag, 19. September 2016 13:24
An: Wieser, Dr. Thomas, Chefarzt
Betreff: RE: Question on a benign mutation / NM_000098.2(CPT2):c.1102G>A (p.
Val368Ile) Simple - Variation Report - ClinVar – NCBI
Dear Dr. Wieser,
Thanks for your reply.
In the link it says 3 sources reporting ‘benign’ :
1. GeneDX on May 29, 2013
2. Emory Genetics Laboratory on Apr 16, 2014... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 24 无知真可怕，
给你看句话
“Ser113Leu (338C>T) is the most common mild mutation observed in
adult
cases, it has an observed allelic frequency of 65% in adult cases,[2] and
both homozygous and heterozygous cases have been documented.”
这个病得概率非常非常高， 上面这个基因是犹太人的。 犹太人能得到诊断，
treatments, 然后发扬光大，，， 淘汰个屁。
你看看犹太人占世界多少人口，能拿到65%得诊断。
弱智都不懂还天天诅咒我家小孩， 自以为要maga得华人弱智傻逼一堆。。
病不是你有缺陷， 能得病， 正确诊断， 还能得到社会照顾是地位得象征。
你黄人死了活该， 累死累活扣一个帽子说你贪得无厌， 而你需要的诊断和照顾门都没
有。
firework001， 你就傻逼吧。 看看犹太人的比例。。
我家小孩估计我现在算对了23%活性， 说不定比大多数犹太病人应该更... 阅读全帖 |
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b********d
发帖数: 65 | 25 请mm们推荐湾曲好的high risk ob,最好是东湾的。刚刚知道是双胞胎，又是MTHFR
homozygous.
谢谢！ |
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d********r
发帖数: 303 | 26 Aquaporin is related to some diseases.
- Mutations in the aquaporin-2 gene cause hereditary nephrogenic diabetes
insipidus in humans.
- Mice homozygous for inactivating mutations in the aquaporin-0 gene develop
congenital cataracts. I don't know whether similar situation exists in human.
- Some people have been identified with severe or total deficiency in
aquaporin-1. Interestingly, they appear clinically unaffected, but have not
been examined under conditions of water deprivation. Mice with t |
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r****o
发帖数: 105 | 27 本文献给YL
（十三）神奇的inbred
Blanche在第一天上午的课程中花了很多时间讲解一些小鼠遗传学的基本概念。其
中最重要的一个概念是近系小鼠（inbred strain）。Inbred strain 的特点是所有的基
因位点都是纯合的（homozygous）。严格的定义是经过连续二十代兄弟／姐妹交配（
brother sister crossing）的小鼠品系。由于是兄弟／姐妹交配，一旦交配的雌鼠和雄
鼠在某个位点是同样纯合的基因型，以后所有的后代在这个位点都会保持住纯合的基因型
。这样经过多代交配，小鼠所有的基因都会变得纯合。兄弟／姐妹交配是很典型的近亲繁
殖，所以一些有害的隐性基因会显露出来，导致小鼠的生育能力急剧下降，这个现象叫做
inbreeding depression。所以在inbred小鼠出现之前，不少人认为完全纯合的小鼠是不
可能培育出来的。但事实上，只要大规模交配，总能找到能够生育的小鼠，并且过了第八
代之后，小鼠中的有害等位基因往往已经被去掉了，inbreeding depression的现象也随
之消失。不同的inbred小鼠品系有专门的命 |
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c*t
发帖数: 1063 | 28 一个dominant的老鼠，heterozygous breeding female根本不怀孕，所以无法得到
homozygous的老鼠。现在只能用heterozygote来找mutation。并且位点在比较大的
intro上，如何找这个mutation呢。。
大概图（exon 2 and 3 deletion）
exon1（70） （intron 60k） exon2（1800） exon3（400） （intron 20k） exon4
（140）。
欢迎各位前辈指教.
谢谢！！！ |
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R****e
发帖数: 53 | 29 how do you know the mother is homozygous for black hair? what if she is
heterozygous.
Actually, the skin or hair color is not determined by a single gene but more
than 1 gene. For instance, hair color of mouse are determined mainly by 5
loci. |
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h********n
发帖数: 4079 | 30 A是transgene, homozygous的A++老鼠发育有问题. 我写成A+/-, 不知道合适不合适.
最终的mating 是 FVB/B6 X B6, 好像后代的background不太一样. 我打算每组用20只
老鼠. 当然phenotype强才好.
有没有啥办法知道FVB/B6 X B6后代的背景情况, 比如测一些gene?
谢谢.
所以跟自然生物界的更接近blablabla，
样的background用的老鼠都是10只以上，8只就是没办法了，四五只就是实在没办法了 |
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h********n
发帖数: 4079 | 31 那你到了最后的选老鼠岂不是比例很低? 是不是要很多老鼠来选?
我的有些类似, 一个oncogene, 两个Flox/Flox, 一个Cre老鼠. 其中两个flox/flox我
都要homozygous.
谢谢. |
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g****e
发帖数: 137 | 32 I need homozygous for 2 flox/flox, heterzygous for one flox/flox and cre, it
took me one whole year to get it. The ratio at beginning is very low, but
you can increase efficiency after a few rounds of mating. |
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g*******0
发帖数: 2152 | 33 a. make sure the four genes are on different chromosome
b. plan the breeding carefully so that for each round of breeding the
mendelian ratio of getting your target genotype is no less than 1:4 ( below
1:16 is almost mission impossible). This way, in general, it takes one round
of breeding to introduce one mutated allele to the genome. Say you are
planning to introduce 4 mutated genes, 2 homozygous 2 heterozygous, you will
need 4 + 2 = 6 round of breeding. Each round will take at least 9 weeks ( |
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h********n
发帖数: 4079 | 34 我一直觉得Cre只是切一次DNA, homozygous vs heterozugous应该是一样的(对于Cre的
功能来说).
各位有这方面的经验吗? |
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S*****s
发帖数: 287 | 35 这个难度比较高。你知道 transgene 插入在基因组的位置么？如果知道的话设计
Primer 扩充相应位置就行了。好奇的问一句，你为什么要 homozygous tg mice？ |
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h********n
发帖数: 4079 | 36 各位老鼠大牛说说.
按说也没啥, 但我有些担忧. 老鼠是homozygous LoxP, 以前同样的male也正常出生. |
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s******r
发帖数: 2876 | 37 以前没养过老鼠，现在开始学，
老鼠都是Jackson Lab的，Trangenic 或者 Knock-out，Knock-in，
我有一些很基本的问题想请教大家，
1，通常大家怎么标记老鼠，打耳洞，剪指甲？哪一种比较方便能够
追踪每一只老鼠？
2，大家应该用软件管理老鼠吧，一般那种软件比较常用？每只老鼠需要记录那些信息？
3，自己实验室养老鼠，大家还严格纪录代数吗？比如F1, F2, ....Fn等，F应该是兄妹
自交吧？如果回交的话，比如F3和F1杂交，那代数怎么算？还有如果两种Trangenic老鼠
杂交，比如Cre line跟flox line杂交，最终拿到flox homozygous的老鼠，这一般至少
两代，这每一代该怎么记录，这肯定不能算是F了。
请大家多指教。 |
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l**********k
发帖数: 189 | 38 这是Allelic exclusion， 很正常。好多基因都有这种情况。至于一个细胞里面表达哪个
染色体上的等位基因，是随机的。在你的小鼠里面，heterozygous小鼠里某类细胞
的GFP＋比例是homozygous小鼠的30％－70％都是正常的。 |
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m*********n
发帖数: 215 | 39 等一下。。。你这个homozygous和heterozygous的表达差别难道和copy number没关么
？两个copy和1个copy的区别？ |
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h******y
发帖数: 351 | 40 我的建议是，在和老板争论是否有deletion之前，利用其他的办法证实你的PCR所发现
的结果。PCR是很容易出错的，如果你能利用Southern证实homozygous的deletion确实
存在，相信你的老板是会接受你的结论的。
Constance L. Cepko实验室最近retract了G&D上的一篇文章，很好的说明了PCR的易错
性。有兴趣的可以看看。
http://genesdev.cshlp.org.mutex.gmu.edu/content/25/12/1344.long
“We are writing to clarify the interpretation of the results from our above
-mentioned paper. In this study, we used two methods to examine the
structure of RNA from the mouse Math5 (Atoh7) locus. Our initial
characterization was an analysis of the Math... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 42 我倒是好奇他们怎么做screen？这方法在我看来的好处是把chimera mating的步骤省了
。但targeted的老鼠是het还是要在后代里回交后自交才能拿到homozygous 的老鼠 |
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d****d
发帖数: 214 | 43 A conversation with Robert Lefkowitz, Joseph Goldstein, and Michael Brown
Ushma S. Neill and Howard A. Rockman
Published May 1, 2012
Today we shift the format of our Conversations with Giants in Medicine and
allow three of our most charismatic giants (Robert Lefkowitz, Joseph
Goldstein, and Michael Brown) to interview each other (Figure 1). Lefkowitz
(Duke University) is known for his seminal discoveries in understanding G
protein–coupled receptor function. The legendary partnership between Brow... 阅读全帖 |
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h********n
发帖数: 4079 | 44 chk1 hypomorphic KI homozygous的胚胎至死, hetero才行. 本该长成肺癌的细胞没
法证实, 是推测. 我们有其它染色的结果支持结论, 比如死掉的细胞更多之类的. |
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s****z
发帖数: 50 | 45 在做一个KO mouse, 拿到了heterozygous, 想快点拿到homozygous做表型分析。想问问
版上做老鼠的大虾们，多大的老鼠就可以开始set up mating了啊？ 一定要等到6周吗？
谢谢 |
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F******p
发帖数: 2099 | 46 If phenotype is only seen in homozygous then mixed genetic bacgound is fine.
However the phenotype is only seen in heterozygous mice, this complicated
the issue. you better explain it in a gain-of-function way and use knockout
mice as control.
see
phenotype
of |
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a***y
发帖数: 19743 | 47 一个是Jackson Lab的
129S1/SvImJ
一个是Charles River的
129S2/SvPasCrl
我们从合作者哪里要一个homozygous KO
他们自己breed说是129/Sv的WT，但是鉴于自己breeding我们这里可能买贵，所以在考
虑直接购买WT。
以上两个supplier两个129/Sv不知道有什么区别？
谢谢！ |
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s********r
发帖数: 312 | 48 TALENs是最好的，如果转染效率还可以的话，homozygous的克隆不难拿到。AAV的话好
处是转染效率高，但是实验室自己做病毒拿不到那么高的titer，那个纯化的kit也不便
宜，跟公司送过来的比titer差远了。 |
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b*****g
发帖数: 119 | 49 新人求教 我在做一个基因的oocyte specific KO 拿到正确genotype的老鼠后 去做
staining 那个蛋白居然还在... 请问会是些什么原因呢 我的mating scheme如下
Cre+ ; fl/+ male x fl/fl female 得到 Cre+ fl/fl female
现在想到的问题有一下几个 1.可能蛋白在Cre前就已经表达了
2. 同时excise 两个有loxP的allele是不是不够efficient阿? 由于我做的是oocyte 所
以尽量选择让公老鼠carry Cre, 因为是homozygous lethal 我不是不是需要一步一步
的去除基因呢
请问大家我该如何着手解决这个问题? 谢谢了! |
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j**W
发帖数: 89 | 50 另外一个位点（见图)，也是heterozygous.当时用Ｐ３－Ｐ４做PCR, gel purified
band with size of targeted allele, but not wild type allele （两个分得很开)
, P1做sequencing得到wild type sequence，虽然读的序列很短.当时真是晴天霹雳！
有多大可能性是我图上画的mis-targeted的情况？用homozygous genomic DNA做nested
PCR会有不一样的结果吗？ |
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