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m**a
发帖数: 1208 | 2 好啊
最好学点GIMP，IMAGEJ， BLENDER，什么的。
还是用软件画得快。
你用过啥软件？ |
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s****c
发帖数: 11300 | 4
excel
ImageJ 或者 Amide 直接读raw 你要知道是浮点还是整型 |
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T****i
发帖数: 15191 | 6 我们这一个人需要处理很大的图像，用ImageJ, PC 和 mac 版都有。
他用的PC的CPU和内存，graphic memory都比一个两年新的iMac强多了，结果就是打不
开文件。
iMac 就没问题。
单位内部graphics 部门都用mac，看来是有原因的。
所以不能只看纸面上的指标 （相机也是如此，否则，大家为什么不买Sony A900？）
By the way, mac 上的default的汉字的字体看着也比PC上的好看多了。PC上的我看着
都眼晕。 |
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x**0
发帖数: 6149 | 7 多大的图像啊？
ImageJ我以前在PC上常用，没见过什么打不开的图像 |
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T*******a
发帖数: 23033 | 8
五年老的烂PC打开一堆ImageJ。你怎么玩的？ |
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C*********y
发帖数: 2738 | 9 用imageJ做过2048X2048X80X6（average），接近2G的图片load到内存里，
3dconstruction，没有问题，windows。图片大小一点都不是问题，内存不够，windows
会用硬盘做缓存的。打不开，只能讲你的PC不支持你的图片格式，或是你自己的问题，
不要埋怨windows。
你的问题基本是拉不出屎，赖茅房的级别。你要是讲，处理一样的图片，windows用了10分钟，mac只用了3分，这个可以看作是mac比windows NB的证据。 |
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P*********g
发帖数: 1336 | 10 看了半天，只有这个是正解。
EXTENDED DEPTH OF FIELD/FOCUS == 简写为 EDF
常用的分析软件都有这个功能。比如IMAGE-PRO, METAMORPH，或者免费的IMAGEJ+
PLUGIN
有两种EDF.看你是什么照片。
如果是荧光，你CAPTURE Z STACK，CONFOCAL可以，普通WIDE FIELD 光学显微镜也可以
。只要是若干张相片，在不同的FOCUS就可以。每个相片之间的距离（在Z方向）必须是
一样的。当然如果实在没有钱，也有人用手动聚焦，照若干张，算Z STACK的。
然后就是EDF软件合成为一张。这一张相片就包含各个Z POSITION清楚的东西－－就相
当与那么厚的SAMPLE你一下就看清楚了。
这个原理就是软件把每个相片里面（与其他上下相片比）最亮的像素给保留下来了。因
为OUT OF FOCUS的亮度一般没有IN FOCUS的时候亮。
如果是TRANSMITTED LIGHT,比如BRIGHTFIELD,不是荧光（FLUORESCENCE),也是用EDF,但
是用另外的ALGORITHM.因为这个时候，图片中最亮的地方不是... 阅读全帖 |
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P*********g
发帖数: 1336 | 11 GARBAGE IN GARBAGE OUT.
如果是在要调JPEG的化，试试各种软件的SHARPEN功能呗。比如上面的PS SCREENSHOT.
不知道IMAGEJ软件里面有没有。。。 |
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r*******i
发帖数: 1640 | 12 没法量化... 好歹摄影也算是一种视觉艺术吧，所以主观的模糊判断是不可少的，色彩
、构图、锐度都是如此，靠软件定量用ImageJ读个gel band还差不多...
一点建议：多次幅度较小的锐化效果要优于一次幅度较大的锐化，而且分步锐化容易控
制，发现过头了可以回头，还可以控制不同区域的锐化力度。基本标准就是史老师说的
，别出白边、锯齿和过多噪点 |
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b*m
发帖数: 124 | 13 【 以下文字转载自 Fashion 讨论区 】
发信人: blm (BN之白龙马), 信区: Fashion
标 题: Photography skill
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 3 11:15:01 2008)
You might be beautiful
Although the photos are awful
If you want to be wonderful
You've got to learn a handful
Read the damn manual of your camera
Get a tripod and download a freeware
Be it GIMP, ImageJ, ImageMagick, Picasa, etc
Shot a few and start over there
Fix the white balance and get the focus right
Crop the image and make yourself bright |
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m**********g
发帖数: 434 | 14 matlab for mac需要x11支持，但是mac os x版本高的自带了x11，就无需自己装那个
x11了
比如，我直接装matlab for mac r2010a on Mac OS X 10.5.8上就能用了；x11大概是
对以前低版本的时候的安装要求吧 |
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b*****e
发帖数: 762 | 16 我的典型一天的应用是这样的：先后要用到firefox\ie\qq\msn\、金山词霸、itunes、
暴风影音、winrar、photoshop、matlab、imagej、labview、mathematica、nero、
remote control、office series、visual studio、adobe pro。偶尔还要运行一下
dameon、guitar rig、以及极少量3d的大游戏等等。
你那台机器是xp的？ 与intenet隔绝吗？ |
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b*****e
发帖数: 762 | 17 我的典型一天的应用是这样的：先后要用到firefox\ie\qq\msn\、金山词霸、itunes、
暴风影音、winrar、photoshop、matlab、imagej、labview、mathematica、nero、
remote control、office series、visual studio、adobe pro。偶尔还要运行一下
dameon、guitar rig、以及极少量3d的大游戏等等。
这就是我说的“杂”（versatile). 而不是“heavy load”。
我经常看见老板们的mbp上同时开30个应用。然后不关机，而只是休眠。每次一唤醒，
就能继续上次工作。我的跑了一夜的matlab，第二天早上即便把matlab关了，机器也慢
得跟奔3一样，必须要重启。 |
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z*****a
发帖数: 323 | 18 我的image processing就是用一些软件像imageJ，autoquant啥的处理做microscopy的
cell image。主要是常需要deconvovle，image又很多，现在的电脑用起来很慢。 |
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t****g
发帖数: 35582 | 19 2D render这事连个亮机卡都能搞定。
我LD实验室换workstation前以前天天在我的机器上跑imageJ, metamorph之类的，4670
卡跑得一点问题没有。
这东西还是主要看cpu和硬盘，她们组里以前那个P4的Xeon工作站那叫一个慢，被我的
C2Q立秒。后来他们换了新机，双路Nehalem Xeon，又立秒我的机器了。 |
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o*******u
发帖数: 242 | 21 谢谢啊，这就解决了一大问题。
现在正在考虑下面两个小地方，
1. 空格会变成+， 当然可以手动把空格改成编码,或者用URI，因为网上的例子就是用
建立一个URI解决空格的编码问题。
2.latex里面的\都要变成\\。 |
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o*******u
发帖数: 242 | 22
第一个问题用了个笨办法解决了，第二个问题其实不存在，呵呵
下面是一个源代码，方家见笑
基本就是输入一个latex数学表达式，出来一个公式，可以copy/paste到别的图中
import java.*;
import java.net.*;
import java.io.*;
import java.lang.*;
import ij.*;
import ij.io.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*;
import java.awt.*;
import ij.plugin.*;
import ij.plugin.PlugIn;
/* Acknowledgement
1. www.texify.com
2. mimeTeX
3. s******[email protected]
*/
/* To do list
1. More options: size, background, etc
2. Better user interface, a GUI
3. Integration with opened images. Make it possibl |
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a*******e
发帖数: 3021 | 23 there is a software called ImageJ, based on java, runs everyware. pretty
good. |
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g*******1
发帖数: 8758 | 24 我觉得打入科研领域很有戏，比如NIH分析图像数据的ImageJ就是开原多平台。做量化
分析时，有个黑盒子的话很不爽，开源可以自己改算法，写扩展，我等菜鸟虽然不会写
，也至少可以看代码，知道输入输出之间是怎么回事。我身边没有用linux的个人用户
，但学校的电脑却看到不少，有些数学系机房全部fedora。
同意打入大多数用户群还有很多距离。不过对我来说可定制／可修改比易用更可贵（虽
然两者并不矛盾），可能我是computer control-freak吧，一定要知道电脑在干嘛，拿
到程序第一反应是找文本的配制文件。 |
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m********5
发帖数: 17667 | 25
Resize and other normal imaging processing can be easily down with
imagemagick. You do NOT need GIMP.
If you are familiar with PS, the learning curve of GIMP is very smooth. GIMP
is actually as powerful as PS and has much better latex integration. GIMP
also has nice support to WACOM Intuos4 I used.
For academic image processing, the ImageJ is much much ... more powerful
than PS.
So I see no reason to buy PS, unless u r industrial user who requires very
high productivity and strongly relies on s... 阅读全帖 |
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l***y
发帖数: 1166 | 27 java 有ImageJ ，用java编的，免费的。有很多plugin。
用户也可以自己编plugin |
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k**********g
发帖数: 989 | 29
码工没事就不要损生物男了。
SCIFIO format plugins extend ImageJ2's capability to read and write image
data. Further, these SCIFIO plugins benefit not only ImageJ, but all other
programs using SCIFIO, such as the Insight Toolkit (ITK), which recently
released version 4.4.0 featuring integration with SCIFIO. The SCIFIO format
plugin mechanism is based on the SciJava Common library which we generalized
from ImageJ2 earlier this year. The SciJava Common framework provides a
plugin mechanism and application conta... 阅读全帖 |
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g*********e
发帖数: 14401 | 31 imagej基于java?我怎么记得不是啊
2013 |
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d*****n
发帖数: 754 | 34 就用Java 的模块， 比如imageJ 不行么？ |
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h******s
发帖数: 176 | 35 lz盜版的問題還是不要在這裡說吧。
推薦ImageMagick, GIMP, ImageJ---good and free |
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s******s
发帖数: 3 | 36 ImageMagick, ImageJ, GIMP? |
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t**s
发帖数: 284 | 37 FYI, ImageJ has Mac and linux versions too. |
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p*****n
发帖数: 981 | 38 ☆─────────────────────────────────────☆
rainingcats (ice) 于 (Fri Jan 12 15:31:17 2007) 提到:
请问怎样用photoshop把三种细胞荧光染色合成起来？
多谢了？
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yxk (天天坛 tttan.com) 于 (Fri Jan 12 16:00:55 2007) 提到:
荧光显微镜的软件应该能做这个
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steedwang (Postpone Fever) 于 (Fri Jan 12 18:04:22 2007) 提到:
image pro（商业软件，贵）
或者免费的imageJ（免费，我经常用）
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IVYtony (村委书记) 于 (Fri Jan 12 19:10:32 2007) 提到:
荧光显微镜链接的电脑上没有类似的软件？ |
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p*****n
发帖数: 981 | 39 ☆─────────────────────────────────────☆
NittanyLion (GOLIONS) 于 (Mon Jan 22 11:22:14 2007) 提到:
做了immunofluorescence想看一下荧光的intensity（主要想比较一下wt和rnai处理过
的）,有什么软件可以用来分析的吗？望做过的指教，谢了！
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jasW (夏夜轻风) 于 (Mon Jan 22 12:05:15 2007) 提到:
MetaMorph.另外你照像最好用12bits。Photoshop or ImageJ 可能也可以。
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NittanyLion (GOLIONS) 于 (Mon Jan 22 12:45:50 2007) 提到:
哦。多谢
是不是照相的时候exposure time什么的设置要完全一样？
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d*****r
发帖数: 2583 | 40 ☆─────────────────────────────────────☆
muhe1985 (沐河) 于 (Fri Dec 19 14:54:36 2008) 提到:
似乎有显微镜带的软件有这个功能，不过还是比较喜欢photoshop……
似乎很多大牛的文章计算荧光强度也是用photoshop算的
不过该怎么算呢？取区域按色彩像素点计数？
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AuldLangSyne (Auld) 于 (Fri Dec 19 15:15:18 2008) 提到:
用 matlab。
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shanggj (shanggj) 于 (Fri Dec 19 15:57:45 2008) 提到:
用ImageJ, 方便很多.
你不时大牛的话, 用photoshop做分析会被人笑的.
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muhe1985 (沐河) 于 (Sat Dec |
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d*****r
发帖数: 2583 | 41 ☆─────────────────────────────────────☆
neverthink (nevernetbug) 于 (Sat Feb 14 22:12:52 2009) 提到:
hi, folks, in light of the recent discussion, I would like to kick off
a new thread of discussion on proper software for publication and data
analysis:
The questions are:
What software do you use for your publication and data analysis etc?
Powerpoint, Photoshop, illustrator, ImageJ, Matlab, Orinlab, etc etc...
What's good and what's bad and what is the software being used for etc
etc... |
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s*****j
发帖数: 6435 | 42 你binar file都弄出来了, 到"Analyze"->"Measure"不就行了吗?
另外你的那个binary file怎么搞得边界上都是白的, 还有4个pixel厚. |
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b*****l
发帖数: 9499 | 45 赞 boos :)
建议先用 DAPI image 来做 thresholding 找出每个 nuclei，可能还需要做
segmentation 来区分开相邻的 nuclei，这个用 watershed 比较好。然后用 nuclei
的结果做 mask 来处理 TUNEL 的图像（如果背景干扰比较大，而且背景跟信号有叠加
，可以先去一遍背景），就可以得出每个 nucleus 里的 TUNEL 信号来。把这 1000+
nuclei 的 TUNEL 信号统计起来画成一个分布，然后就可以用分峰软件准确地找到两个
峰，算出面积，就可以很准确地得出 apoptosis rate。同时，也可以找到最佳的
threshold 点来分 TUNEL 信号，这样就可以把原始图上的每个细胞核都标为 pos 或者
neg。这样做的好处是根据分峰结果可以算出两类错误分别是多少。
这个流程的每一步，都是很规范很常用的工具，可以 google 到 ImageJ 的代码。不知
道有没有人集成过，反正我到最后还是懒得集成了。
staining
see |
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a*****s
发帖数: 131 | 46 I didn't draw scale bar when I did confocal imaging.
How to draw a scale bar using photoshop or imageJ software?
Thank you!!! |
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d***y
发帖数: 195 | 47 metamorph应该可以,
imageJ也可以吧，
关键是怎么处理图像 |
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I*****y
发帖数: 6402 | 50 why do you need quicktime (plugin?) for ImageJ? |
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