s******e
发帖数: 370 | 1 说是mac图像处理好，可是我碰到大多数软件都不支持mac，从lsm到image pro到nikon
element
还真想知道哪个软件能在mac下运行的，除了imageJ以外 |
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T**********t
发帖数: 1604 | 2 imageJ是基于java的，所以可以跨平台运行。Mac应该有自己的图像处理软件吧，不然
岂不是浪得虚名。我不懂不好乱说，等行家来吧。
nikon |
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s*****j
发帖数: 6435 | 3 看你要干什么了, 一般的ImageJ足够了.
要自动识别细胞的, 好象现在还没有真正能用的. |
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z****u
发帖数: 1007 | 4 就是把拍的serial slides 的片子重建为3D。imageJ 有这功能。。不过实在难用。。
我死活没琢磨出来。。还有别的软件吗。有啥教程不？
叩谢。 |
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p*******r
发帖数: 4048 | 5 imagej/fiji
件还能使用，所以这一点对过夜纪录
很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但是有些功能没有做定义，得你自己去
弄。
很好，上手相对快。
形处理中有很多功能，但是很多根本
没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复杂，要么就没有。比方说你要是想定
义一个空心圆圈的region? 不允许！
threshold,然后计算！
文件都按照同一种方式处理一下，那
么你最好是一个一个的打开处理。如果你想让机器自动处理（比方说自动打开下一个文
件，然后把新结果打开一个新文件
来存），那就等着哭吧。因为很多地方都不许你编程改动。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 6 搞懂ImageJ就不用花冤枉钱买commercial的啦.
当然, 3D rendering 和 deconvolution 的除外. |
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m****e
发帖数: 37 | 7 imagej采集功能如何？我只用过他们的处理，感觉不同的plugin实在相差太大。有的
plugin很好，有的则bug百出。
还有，你们用图像处理主要用现成的模块呢还是自己需要集成几个不同的功能和模块才
能满足自己的分析处理需要呢。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 8 Imagej 没什么采集功能.
自己的数据当然自己写macro或者plugin. |
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m****e
发帖数: 37 | 10 能给举个例子吗。你一般用imagej做什么样的分析处理？ |
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x*****a
发帖数: 972 | 12 选几个和选100个，这没区别了吧。100个确实很难搞，不过用ImageJ和matlab，还是可
以搞定。
我的问题是：应该选一个，还是选多个，来代表某个sample？ |
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w***y
发帖数: 192 | 13 需要处理荧光显微镜的图像
从图中挑出染色的小点，也就是发光的puncta
看之前其他实验室的文章，算法引用的是这篇paper
Olivo-Marin JC (2002) Extraction of spots in biological images using
multiscale products. Pattern Recogn 35: 1989–1996
但是我对于算法，小波变换这些完全不懂，现在只求能够用来处理数据就好
我现在用的是imageJ，找到Olivo-Marin写得一个a-trous wavelet transformation的
plug-in。但是这篇paper，我最不明白的地方时第三部分：3. Spot detection
我现在搞不明白，这个第三部分就是a-trous wavelet transformation本身可以做到的
，还是是其一个扩展？要在a-trous wavelet transformation上面加新的变换？
它是只是一个单纯的减噪的作用，还是能自动挑出来那些puncta？如果只是减噪，要怎
么来设置threshold来数这些puncta呢。... 阅读全帖 |
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s*****o
发帖数: 26 | 15 试试免费的ImageJ，网上可以搜到一些protocol。 |
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A*******e
发帖数: 284 | 17 多谢nimaging, 无奈我的图片太多了， 拍了一堆，要量细胞的大小，我愿想细胞轮廓
弄得很清晰，然后用imageJ或PS很快能搞定。如果细胞轮廓很清晰，就可以用魔术棒抓
了，否则用套索就麻烦了。能指点下怎么弄吗？ |
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s*****j
发帖数: 6435 | 18 你发一张典型的给我, 我看看ImageJ行步行. |
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D*a
发帖数: 6830 | 19 测大小的话imageJ 用threshold一下不就可以魔术棒了么 |
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q*******8
发帖数: 768 | 21
谢谢。。。我看了木有感觉。。。(怎么又来了个JDK1.3。。。）太晚了。。。还是明
儿个问老板吧。。。 |
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q*******8
发帖数: 768 | 23 搞定了 啊哈哈哈~~~
之前装的是08年的好像，重新装了带JAVA的，，，什么都不用管，直接把带*.JAR的拖
进PLUGIN文件夹就可以了~~~十分的好，，，下一步是研究那个怎么用法~~~太晚了先睡了
谢谢同志们了啊~！！！ |
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k*******1
发帖数: 45 | 24 如题。 如果有tutorial 的链接什么能提供 就更好了。谢谢 |
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e**r
发帖数: 1144 | 26 这不就是个line profile么....
用不着插件吧 |
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x*****e
发帖数: 309 | 28 second this, Image J基本能满足生物图片处理的大部分要求。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 33 你要是想发CNS这种等级的话, 就接着对着屏幕数yellow positive的就行了.
要发低一档次的, 就要用ImageJ 来算correlation了.
如果要发在Biophysical J 上, 就的编程序证明correlation不是random引发的. |
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c**n
发帖数: 73 | 35 你需要先在显微镜下calibrate
知道多少pixel等于多少um
然后在imageJ里面set up 这个scale
用image的直线功能测就行了 |
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w***x
发帖数: 265 | 37 找找ImageJ插件，很可能有。CellProfiler？木有用过。。。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 39 "但这样人是做不到的", 没那么难.
只要稍微认真一点, ImageJ写个macro也不是太难的事. 想要什么连贯性,噪音特征,
都办得到. |
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s*****j
发帖数: 6435 | 40 "但这样人是做不到的", 没那么难.
只要稍微认真一点, ImageJ写个macro也不是太难的事. 想要什么连贯性,噪音特征,
都办得到. |
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d****h
发帖数: 4291 | 41 一句话，造假，查出来的都是低级的，或者懒人干的
真要造假，防不慎放，就像楼上说的，牛人不管是 ImageJ写脚本，还是玩转photoshop
都可以不留痕迹
笨人直接上样上做手脚，需要多大量，需要啥大小的条带跑不出来？
大牛文章，大家往往关心故事完美或者新颖去了，很少有人去质疑
只是低层次的杂志，不但理论上不是很懂，故事也拼的乱七八糟，然后还造假，太恶劣
了，被看出来的就多些 |
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s******9
发帖数: 283 | 42 太感谢了！还想问两个问题：
关于四色，ImageJ四色默认为red/green/blue/gray。是不是magenta比gray要更受欢迎
？blue在黑色背景下有点暗，用cyan代替好不好？ |
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m******n
发帖数: 121 | 43 lz问一个问题，你们一般是怎么做wb条带浓度分析的啊，imagej吗？我们实验室都没人
做wb，然后现在实验结果我都不知道怎么数量化，是取条带中间最浓的一块算pixel还
是整个条带的的面积和浓度呀？求指导～～～谢谢～～～ |
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m*****j
发帖数: 144 | 45 confocal stack 成像，打算弄成有3维长度坐标的图像，请问大家都用什么软件操作啊
。我们系用的是Zeiss 5,可是倒霉的是，没有了3D和topography的功能，结果没法用
这个软件做3D了，只能做成2.5D,Z-axis实际上是intensity而不是长度坐标。
看网上有人用imageJ, BioimageXD,自己下载下来了，用了也不是特别好用（也可能是
自身原因，说明书没看完）
请大家推荐个好用的软件吧 |
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D*a
发帖数: 6830 | 46 这种点能分出来，可以用尺子量啊，就是费事点儿。。。
对了或者可以用imageJ量吧，类似一群细胞到底边的距离多少？ |
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D*a
发帖数: 6830 | 47 imageJ量点（到底边）的高度。
我还量过曲线（老paper截图），给了上千个值，excel删了五分之一的点再画图还是看
不出来缝隙。 |
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b******s
发帖数: 1089 | 48 glycine主要是加在blocking buffer里。
要做好fixation，infiltration和embedding，剩下的问题才是抗体结合。前面几个步
骤对最后的成像也会有影响。fix的tissue大小如何，fix的充分与否，fix时stress严
重吗？比如你用4%PFA4度fix，小tissue俩小时足够。如果是大tissue，一定要slice之
后再fix。如果sample stress很严重，背景也会很强。如果以上做好的话，那就是抗体
的非特异性结合，用glycine pretreat应该可以减少一些背景。
用软件稍微加强对比应该没问题。confocal的自带软件，imageJ都允许这样。只要你不
是copy&paste，都没问题。 |
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s******r
发帖数: 2876 | 49 谢谢恢复，看到发表的图都是背景漆黑干净，一清二楚，反差明显，
不知道原始照片是不是就这么好，还是有专业的软件辅助处理照片。
不知道用Photoshop锐化图片算不算造假。
glycine主要是加在blocking buffer里。
要做好fixation，infiltration和embedding，剩下的问题才是抗体结合。前面几个步
骤对最后的成像也会有影响。fix的tissue大小如何，fix的充分与否，fix时stress严
重吗？比如你用4%PFA4度fix，小tissue俩小时足够。如果是大tissue，一定要slice之
后再fix。如果sample stress很严重，背景也会很强。如果以上做好的话，那就是抗体
的非特异性结合，用glycine pretreat应该可以减少一些背景。
用软件稍微加强对比应该没问题。confocal的自带软件，imageJ都允许这样。只要你不
是copy&paste，都没问题。 |
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r**a
发帖数: 121 | 50 是应该是透明的，可能我拍的时候拍的不好
光线没有调整到最好
有人说，可以用imageJ试试，但是我不知道怎么用，用哪个插件。。。 |
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