发帖数: 1 | 1 不是，我轻信了。实际情况就是我上面说的。
[在 crispr2016 () 的大作中提到：]
:你昨天不是说有人可能重复出来韩春雨的结果了吗
:又是虚晃一枪啊？
:indel |
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发帖数: 1 | 2 仇子龙自己确认的，并且同意公开确认可以重复出韩春雨的工作，他说效率低、但是可
以看到基因组水平的indel。
目前世界上第一个确认这一点的实验室。
拭目以待，早晚打脸 [手动微笑] |
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发帖数: 1 | 3 废话不多说，你直接秀数据吧，别说这是你的科研机密哦。
你做了几个基因、实验组是什么，测序多少个克隆，看到几个indel。你的对照是什么？
切割效率是多少，跟实验误差和对照怎么通过统计检验区分。 |
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发帖数: 1 | 4 你别忘了PCR和测序的时候也是有误差的。
举个极端点的例子：实验组测了100个克隆，看到一个indel；对照只做了3个，能说差
异显著、能下结论吗？
还有对照。空白对照、gDNA alone对照，都有吗？tweet那个哥们就是没有对照，看到
点假阳性就到处乱贴结果。
所以仇子龙出来秀data呗，显摆资历没用。data说话。 |
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F****8
发帖数: 289 | 5 google 讨论里:
7月11号
Seen some GFP loss by FACS, hope to confirm soon by T7EI.
7月12号
So far all T7EI assays are negative from my side. Anybody have any evidence
of editing at the sequence level??
7月20号
We got pups from embryos injected with NgAgo mRNA plus guide and no
phenotype, no indels. |
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F*Q
发帖数: 3259 | 6 人家的原话是这样的。
7-21-2016， 6:00am （美东时间）
As many asked an update on #NgAgo: Sanger -> Might have indels for sample 3
and 8 but messy
Overall I do prefer #CRISPR more efficient and cleaner than #NgAgo. Still a
fair way to go to improve #NgAgo
7-21-2016, 7:00am
I will keep everyone posted. #NgAgo is an interesting beast but very
unlikely to surpass #CRISPR. |
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n**********g
发帖数: 196 | 7 没看懂他做测序的逻辑：
他说主带下面的小片段是deletion造成的，最最下面的是primer dimer
所以据此逻辑应当测中间的那些片段
但是他竟然在sample 3 （只有WT和primer dimer）里测到了信号，说可能有indel，挺
无语的。。。 |
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发帖数: 1 | 8 首先 我不觉得有很多人重复了fig3c，有的看到了gfp下降，但是并没有看到indel数据。
然后14年高温的ttAgo是不能切割线性质粒的，文章中称ttago的切割需要负超螺旋结构
，切割的产生需要dna结构的帮助，而这个切割基因组的切割活性并不能确认。
退一万步讲，ttAgo在高温下能产生给切割，并不是说NgAgo在37度下就一定能切割，反
过来，如果NgAgo没有切割活性，也不能证明ttAgo就也在高温下没有活性。。这是两个
物种的ago系统，这两个之前没有什么必然的逻辑联系。
最近的例子，张锋的cpf1系统，张锋鉴定了好多物种的cpf1，很多在体外都有切割活性
的，都是cpf1系统，但是在哺乳动物细胞内，只有两个cpf1系统能够有效切割基因组。 |
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z*******4
发帖数: 285 | 9 事实上判定小保是否造假，也是用楼主的逻辑----只要有一家能重复关键结果就行！
所以日本最后让小保自己重复，她自己都重复不出来，才定性为造假。倘若有一家能重
复，哪怕效率再低，也只是系统不成熟，不能指责为造假。
如果NgAgo没有一家能重复，当然可以质疑造假，现在有其他教授公开声称可以重复关
键数据（ssDNA区域的indel）,某几个id依然抓着造假不放，让人不得不怀疑其动机，
以及思维逻辑是否合理。 |
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z*******4
发帖数: 285 | 10 反正已经公开声明了，测序数据也不是什么科学机密，请公布出来，证明设计的ssDNA
区域可以见到indel.
这是击败“韩春雨造假”说的子弹，一颗就够了。
作为一个中国生物科研工作者，真心不希望韩春雨被定性造假，否则以后每个中国人，
哪怕只是名字像中国人，想要发好文章，无形中的难度又提高了几成。 |
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w******n
发帖数: 767 | 11 ngago做p53应该是一个秘密流传的靶基因，确实可以检测到indel, 不过这东西跟ngago
没关系。
那种 |
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发帖数: 1 | 12 可能ngago在37度细胞内并没有切开基因组DNA，然而由于提的DNA不纯（或者直接拿裂
解液做PCR？），导致残留的ngago在pcr体系中高温下有了活性，切DNA。尽管切开后
DNA已经不能被修复，但有没有可能导致一些pcr产物是T7EI positive或者能测出indel？
所以说当DNA模板纯度高时，就看不到ngago的作用？
有这可能性吗？ |
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发帖数: 1 | 13 所以要韩春雨实验室公布原始数据。
这个还是解释不了图4.
indel？ |
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发帖数: 1 | 15 I guess you addressed a different bioinformatics need. You used targeted
sequencing, whereas he used RNA-seq. CRISPResso was designed for your
application, but I'm not sure if it works for RNA-seq as well. My gut
feeling is, the alignment in RNA-seq is more challenging.
BTW, congrats for your paper.
with
,
reads
as |
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发帖数: 1 | 17 谢谢。不过我不是targeted sequencing，所以你文章的这个方法不确定行不行，可能
要修改一下。
with
,
reads
as |
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发帖数: 1 | 18 非常感谢！这正是我在想的问题。具体问题就是你说的第2种情况。你觉得paired-end
seq比single好？我原先打算读300nt，single end。按你说的恐怕还是2*150比较好？
我发站内信给你了。
m
You
don'
. |
|
发帖数: 1 | 19 看到信了。很有意思的idea，跟我理解的还不一样。不好意思我的ID是偶尔看到你的问
题才临时注册回答的。好象有三天试用期，还发不了站内信。不介意的话我三天后回你
，或给个个人邮箱地址我email你。
: 非常感谢！这正是我在想的问题。具体问题就是你说的第2种情况。你觉得
paired-end
: seq比single好？我原先打算读300nt，single end。按你说的恐怕还是2*150比
较好？
: 我发站内信给你了。
: m
: You
: don'
: .
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c********n
发帖数: 225 | 22 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）的发布报告
第一则
- 发布方：Dr. Davide Seruggia
- 发布时间：2016年6月23日 至2016年7月20日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Boston
- 发布方研究机构：Boston Children's Hospital
- 实验室PI：Dr. Davide Seruggia
- NgAgo的来源：Addgene
- 重复及验证实验结果:
o 重复文章中的NgAgo/gDNA - GFP实验不成功 （对比实验Cas9 –“dramatic
reduction”）
o 拓展实验inject embryos - ”pups with no phenotype, no indels”
- 重复及验证详细信息: oligo来源及用量，实验简介，实验结果简汇
- 实验数据发... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 23 第一类“重复” 验证实验信息：匿名或无记名，网络、论坛发布
-成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
-包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
-不包含以韩春雨名义单方发布的信息
- 发布方：未知
- 发布时间：2016年8月6日
- 发布平台：google groups - Pooran's NgAgo Survey
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 重复验证实验结果: 成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：未知 - Survey 选项：NgAgo works，observed indel
and epitope tag knock-in
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
- 2016年8月6日，在15分钟内，有5人、次在survey输入同类选项
- twitter link
https://twitter.com/genes_edinburgh/... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 25 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Dr Joseph Miano
- 发布时间：2016年9月27日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Rochester NY
- 发布方研究机构：U Rochester
- 实验室PI：Dr Joseph Miano
- NgAgo的来源：original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with
elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果， 实验室在
Addgene proto... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 26 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）的发布报告
第一则
- 发布方：Dr. Davide Seruggia
- 发布时间：2016年6月23日 至2016年7月20日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Boston
- 发布方研究机构：Boston Children's Hospital
- 实验室PI：Dr. Davide Seruggia
- NgAgo的来源：Addgene
- 重复及验证实验结果:
o 重复文章中的NgAgo/gDNA - GFP实验不成功 （对比实验Cas9 –“dramatic
reduction”）
o 拓展实验inject embryos - ”pups with no phenotype, no indels”
- 重复及验证详细信息: oligo来源及用量，实验简介，实验结果简汇
- 实验数据发... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 27 第一类“重复” 验证实验信息：匿名或无记名，网络、论坛发布
-成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
-包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
-不包含以韩春雨名义单方发布的信息
- 发布方：未知
- 发布时间：2016年8月6日
- 发布平台：google groups - Pooran's NgAgo Survey
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 重复验证实验结果: 成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：未知 - Survey 选项：NgAgo works，observed indel
and epitope tag knock-in
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
- 2016年8月6日，在15分钟内，有5人、次在survey输入同类选项
- twitter link
https://twitter.com/genes_edinburgh/... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 29 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Dr Joseph Miano
- 发布时间：2016年9月27日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Rochester NY
- 发布方研究机构：U Rochester
- 实验室PI：Dr Joseph Miano
- NgAgo的来源：original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with
elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果， 实验室在
Addgene proto... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 30 八家都是既做了INDEL又做了KNOCKIN，MDZZ，侮辱智商啊
水军为什么不能找点专业人士，LOW |
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发帖数: 1 | 31 思路挺好的，我也非常同意通过挑无数克隆再去做genotyping的工作量是非常恐怖的。
我不知道你是在思考这个strategy还是已经付出实践。如果你做的是human ESC，根据
我们实验室以及我一些朋友的经验，通过FACS把单细胞sort到96孔板里，即使全程都加
了ROCKi，存活效率非常之低，低得令人发指，和mouse ESC完全不是一个数量级的。我
的经验是大概一个96孔板能活5个左右，但是还不能确定karyotypes是不是正确的，以
及可能的假阳性。我更倾向于推荐使用drug resistent markers，比如一个puro，一个
neo。虽然neo的假阳性偏高些，但是single cell colony的survival要好非常多。同时
可以像你原本design那样加一个negative selection marker，比如GFP。
还有一个可能对你有用的hint是：可以设计两个gRNA去切除一段genomic DNA，然后只
用一个引入point mutation的donor （带puro）去做homologous recombination。可以
现在293细... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 32 Indel在我们的细胞里面也是非常高的，几乎所有的筛选出来的细胞，两个拷贝都是被
切割了的，问题是经常只有一个拷贝通过同源重组把筛选标签和突变位点knock-in，另
一个拷贝却是NHEJ。
问题就是同源重组效率太低了，是不是因为我的同源臂之间的插入序列太长，我的有
5000多bp。 |
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发帖数: 1 | 33 独家专访：面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影：陈晓雪
内文提要：
独家专访：面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按：
5月初，《知识分子》以国际科学媒体的标准，第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论，并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后，国内媒体和单位纷纷跟进，因为没有新的工作进展，《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果，《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态，但不依据私下匿名来源为主作报道，直到13位中国科学家公开
实名发言后，《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之久，至今虽有多方表态，但仍然没有迹象显示很
快会得到解决。如何在学术规范下寻找解决之道，是摆在中国科学界面前的重要挑战。
10月10日晚，12位科学家实名呼吁调查（后增加一名科学家），《知识分子》
当晚连线韩春雨，并于第二日中午赶赴河北科... 阅读全帖 |
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D********d
发帖数: 2154 | 34 We could not detect any indel !
KO 变成KD，韩主席看见KD，想当然编造成ＫＯ。 |
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z*******x
发帖数: 103 | 37 我想他当时就是拍饶，替绕解围，才说0-5%。
0% 不需要证据。 |
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s***o
发帖数: 326 | 38 这是哪位？是自称“老子”的那位大牛吗？很好奇他在学生面前，在领导面前也是自称
“老子”吗？ |
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发帖数: 1 | 40 版上他最傻，建议大家去查查他之前发表的文章以及他的博士论文，说不定会有意外收
获。另外他的猴子自闭症模型估计也没有人能够重复出来的，等着打脸 |
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发帖数: 1 | 41 仇子龙是发了正式声明的，言之凿凿看到了indel，虽然效率低一些，就这么算了吗？
不需要负责吗？ |
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S****6
发帖数: 214 | 45 抓紧过来和老李合一个影。。
谢谢你的工作。
我从2007年开始接触二代测序数据分析。那时候这个Solexa 技术刚刚商业化，被
Illumina 公司收购。
那时候用它自带的ELAND。还自己试着用过BLAT和FASTA，后者主要是作为自己写的寻找
indel 工具的一部分。
再往后就是 BWA, BOWTIE, novoalign |
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m*********D
发帖数: 1727 | 47 镰刀性贫血症，通过干细胞好像在作了？还有那个艾滋病，白人里有1%的人是天然带一
种突变，病毒不能感染，这个点突变应该可以通过干细胞改造来完成。
上面各位，CRISPR的off-target不是新鲜事，不然就不会有人作那个Cas9n了。这个是
切一条DNA链的，一个切点不会出现DBS,就没有indel了。只有设计的两个guide-seq比
较接近（200bp以内？）时，才有可能出现DBS,才有修补和突变的机会。这个应该大量
减少off-target的突变。 |
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M***D
发帖数: 117 | 48 本人国内名校本科毕业，
美国癌症细胞生物学博士，癌症细胞生物学的各种实验技术都熟悉
美国计算机硕士，
擅长python编程，
懂Java 和 R 编程
懂常规数据库
对于二代测序的常规流程熟悉并有实际经验。
比如 alignment， assembly， SNP/indel callingk.
由于没有绿卡,
求大学,研究所,医院的工作,
二代数据分析最好,
实验室,测序中心, 数据中心都可以
也可以做部分癌症生物学或者细胞生物学的实验, 但不能超过总时间的一半.
工资要求5万以上.
恳求大家帮忙. |
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M***D
发帖数: 117 | 49 本人国内名校本科毕业，
美国癌症细胞生物学博士，癌症细胞生物学的各种实验技术都熟悉
美国计算机硕士，
擅长python编程，
懂Java 和 R 编程
懂常规数据库
对于二代测序的常规流程熟悉并有实际经验。
比如 alignment， assembly， SNP/indel callingk.
由于没有绿卡,
求大学,研究所,医院的工作,
二代数据分析最好,
实验室,测序中心, 数据中心都可以
也可以做部分癌症生物学或者细胞生物学的实验, 但不能超过总时间的一半.
工资要求5万以上.
恳求大家帮忙. |
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s**********8
发帖数: 25265 | 50 The CE markCE marking (also known as CE mark) is a mandatory conformance
mark on many products placed on the market in the European Economic Area (
EEA). With the CE marking on a product the manufacturer ensures that the
product is in conformity with the essential requirements of the applicable
EC directives.[1] The letters "CE" stand for "Conformité Européenne" ("
European Conformity").[2]
Contents [hide]
1 Meaning
2 Countries requiring the CE marking
3 Rules underlying CE marking
4 Self-certif... 阅读全帖 |
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