s*****g
发帖数: 87 | 1 实验室开始做stem cell半年左右，现在想做一个human iPSC strain的 Karyotyping
和 teratoma formation analysis，请问各位做stem cell的大牛什么地方提供这种服
务或者合作？
我在网上查了一下，一个加州的生物公司 （Applied StemCell）提供这两项服务，但
是价格不菲：
Karyotyping 300$/line
teratoma formation analysis 2900$/line
有没有其他更好的地方？
谢谢！ |
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m******5
发帖数: 1383 | 2 chimera mouse都到手了，听到别人说aneuplody挺多的，最好要karyotyping一下……
恐慌中 |
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s********r
发帖数: 312 | 3 有chimera就mate吧，出不来germline再重新打。。有空就做做subclone和karyotyping |
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m******5
发帖数: 1383 | 4 谢谢，我现在完全是panic了上来求安慰……
karyotyping |
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m******5
发帖数: 1383 | 5 请教一下subclone的问题，为什么说subclone效果会好呢？passing 更多代数了阿
karyotyping |
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i*********0
发帖数: 915 | 6 karyotyping 你给我50欧，我就帮你搞定。 |
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D**B
发帖数: 117 | 7 首先祝福你这次怀孕一切顺利。
但是除非实验室把你的sample搞错了，羊穿出错的几率很小，特别是false positive，
因为羊穿是要把细胞培养出来，然后实际看细胞里面染色体的分布和数目的，并且会拍
照纪录。唐氏，trisomy 21，trisomy18，的意思是指染色体21号或者18号有3个而不是
正常的2个（一个来自母亲，一个来自父亲）。所以，即使你两次羊穿都是送到同一个
实验室，两次都出错（恕我不能苟同你的＂阴谋论＂）的几率还是很小的。另外就是对
于高龄产妇来说，唐筛其实准确率不高，这也是为什么保险公司对于超过35岁的孕妇是
允许不做唐筛，直接羊穿的。说到几率，其实唐筛才是几率，一般所谓正常的cutoff好像是1：250左右（相当于35岁的
cutoff），所以我觉得这个数据才真的意义不大。再有就是你可以要求你的羊穿结果，包括哪个染色体图(
karyotype)。
之所以说这么多是觉得你3次怀孕都出现问题，特别是连续两次出现基因异常的现象，
那么我真的建议你和你老公都去做下基因检查。而且除非你已经下定决心，就算是唐氏
儿也一定会生下来，那么我建议你还是做下羊穿。
下面的链接... 阅读全帖 |
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H********g
发帖数: 43926 | 8 似乎Y染色体上这个SRY基因比较重要，有SRY基因就会导致睾丸发育。
http://en.wikipedia.org/wiki/Testis_determining_factor
特别是下面这段说的内容，说这个SRY基因，如果不小心在爸爸的体内重组到X染色体，
就导致X染色体带这个SRY基因，然后这种X染色体做成小孩，就成了核型是XX但是外观
是男性。
所以如果故意给女孩胚胎转个SRY基因，也许再打点激素，应该可以做出男的来。
A genetic recombination event known as crossing over can result in
karyotypes that do not match their phenotypic expression.
Crossing over during paternal meiosis prior to conception can cause SRY to
be transferred from the Y chromosome to the X chromosome. The Y chromosome
that resu... 阅读全帖 |
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l**********n
发帖数: 8443 | 9 caused by inactivation of the INI1 gene (SMARCB1)on chromosome 22q which
functions as a classic tumour suppressor gene.
Inactivation of INI1 can occur via deletion, mutation, or acquired UPD.
Uniparental disomy (UPD) occurs when a person receives two copies of a
chromosome, or part of a chromosome, from one parent and no copies from the
other parent.
In a recent study[4], SNP array karyotyping identified deletions or LOH of
22q in 49/51 rhabdoid tumours. Of these, 14 were copy neutral LOH (or
ac... 阅读全帖 |
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i****n
发帖数: 56 | 10 Genome. 2011 Jan;54(1):26-32.
Karyotype of Zea luxurians and Z. mays subsp. mays using FISH/DAPI, and
analysis of meiotic behavior of
hybrids.
González GE, Poggio L.
Pubmed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?
term=Karyotype+of+Zea+luxurians+and+Z.+mays+subsp.+mays+using+FISH%2FDAPI,+
and+analysis+of+m
eiotic+behavior+of+hybrids
Please send paper to h****[email protected]
Thank you very much!!! |
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a*****t
发帖数: 81 | 11 Karyotyping can detect aberrant regions larger than 5MB. aCGH has much
better sensitivity in smaller microdeletion/microduplications than
karyotyping. For CNV larger than 300kb (ACMG recommendations for clinical
reports), false positive rate is pretty low.
On the contrary of your example, autism is a very well studied disorder in
aspect of genotype phenotype correlation. De novo CNV strategy is more
frequently used in CNVs with unknown of clinical significance.
schizophrenia
control
artifact |
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m******g
发帖数: 467 | 12 祝大家新年快乐！
我果然坑了，呵呵，这个帖子好久没更新。
圣诞节期间在忙别的没用的事情去了
以后求不坑，呵呵……
PNAS 13.11.26
推荐：
1. Gene amplification and microsatellite polymorphism underlie a recent
insect host shift
Model: polyphagous aphid
Host shift to feed on tobacco
expression level of CYP6CY3
expansion of dinucleotide microsatellite in promoter and a recent gene
amplification
稍微了解一下：
1. Intrinsic karyotype stability and gene copy number variations may have
laid the foundation for tetraploid wheat formation
allopolyploidy of tetraploid whea... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 13 祝大家新年快乐！
我果然坑了，呵呵，这个帖子好久没更新。
圣诞节期间在忙别的没用的事情去了
以后求不坑，呵呵……
PNAS 13.11.26
推荐：
1. Gene amplification and microsatellite polymorphism underlie a recent
insect host shift
Model: polyphagous aphid
Host shift to feed on tobacco
expression level of CYP6CY3
expansion of dinucleotide microsatellite in promoter and a recent gene
amplification
稍微了解一下：
1. Intrinsic karyotype stability and gene copy number variations may have
laid the foundation for tetraploid wheat formation
allopolyploidy of tetraploid whea... 阅读全帖 |
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h****n
发帖数: 333 | 14 听起来很典型的williams syndrome症状
心血管问题，智力问题，典型的面部特征，应该高度怀疑williams syndrome的。这个
deletion比较小，用karyotyping看不出来的。不知道为什么最开始只做了karyotyping
，没有做arrayCGH或者是FISH，直到那么后面才最终确诊。现在FISH已经做了，
williams syndrome的诊断本身应该是没问题了
williams syndrome一般不遗传，父母检测结果正常的话可以放心生第二胎
说实话williams syndrome是多器官疾病，还是挺严重的。除了智力问题，典型的心血
管问题，其他器官也可能出问题的，需要详细检查。不知道有没有查过血压和血钙浓度
？医生有没有说少吃钙和维生素D？
身体较瘦弱，肌张力高，牙齿发育不全，比较social，容易紧张，对音乐感兴趣，这些
都是williams syndrome的典型症状／特点。多给孩子听她喜欢的音乐，培养音乐方面
的爱好特长，能有效缓解她的紧张情绪的 |
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w******h
发帖数: 2 | 15 Temporal Research Technician position is available at Michigan Center for
Translational Pathology http://www.med.umich.edu/mctp/. Responsibilities include tissue culture, chromosome preparation from cultured cell lines, banding and karyotype analysis of human chromosomes, DNA preparation from bacterial culture, and preparation of direct and indirect labeled probes for multi color fluorescence in situ hybridization (FISH). The applicants will be working part time or full time with flexible sche |
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z***q
发帖数: 175 | 16 Amniocentesis analysis can only check the karyotype of fetus. It can only
diagnose aneuploidy like tri18, tri21,tr13,Tunner syndrom(45,X0),Klinefelter
syndrome(47,XXY), and some large chromosomal abnormalities. There are tons
of genetics disease out there that can not be diagnosed by amnio because the
disease-causing mutations are too small to be detected only by karotype
analysis, for example, single nucleotide mutation, small deletion and
duplication, gene copy number variations etc.
So, norma |
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x*********r
发帖数: 608 | 17 D&C后孕囊送去查基因了，结果大概还要两周后才出，医生说等有结果再开始做检查！
列了我们需要做的检查，麻烦大家帮我看看都是什么？空囊后还有什么是应该查的？
拼写可能有误，医生的字不太好认！是不是也太少了点？还是就这几种可能会出问题
Karyotype——genes 我们两个都要做的基因检查，好怕是染色体的问题
Hysterosalpingogram（HSG）不明白为什么我要做造影，D&C两次后输卵管会不通吗？
TSH 促甲状腺激素
Antiphospholipid 抗磷脂抗体？
anticardiolipid antibody 这个也是“抗心磷脂抗体”？
factor 5 leidin 这个是什么？中间的是5还是S我分不清
prothrombin gene mutation 凝血酶？
我自从结婚后有了性生活，就开始全身瘙痒起湿疹，开始用避孕药的时候尤为严重，后
来改用避
孕套就好些了，上次怀孕时脸上、脖子、手臂和乳头上都是，这次好些只有腿上有些！
我问医生
是不是我的身体认为老公的精子对我有害，所以产生抗体让它们非死即残了，是否该查
一下抗精
子抗体？她说精子过敏不会导致空囊，只可能不... 阅读全帖 |
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i**n
发帖数: 283 | 18 查了一下才知道，原来12周就有这么高的准确率。
Ultrasound Obstet Gynecol. 1999 May;13(5):305-7.
First-trimester determination of fetal gender by ultrasound.
Efrat Z, Akinfenwa OO, Nicolaides KH.
Harris Birthright Research Centre for Fetal Medicine, King's College
Hospital Medical School, London, UK.
Comment in:
* Ultrasound Obstet Gynecol. 1999 May;13(5):299-300.
* Ultrasound Obstet Gynecol. 2000 Mar;15(3):262-3.
Abstract
OBJECTIVE: To assess the accuracy of fetal sex determination at 11-14 weeks
of gestation.... 阅读全帖 |
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m**u
发帖数: 6829 | 19 网上人说羊穿能测，但我觉得可能不能全找出来。因为虽然有些是染色体断臂，也有没
全断的，是5号染色体少量缺失。wiki 上这么说：Prenatally the deletion of the
cri du chat related region in the p arm of chromosome 5 can be detected from
amniotic fluid or chorionic villi samples with BACs-on-Beads technology.G-
banded karyotype of a carrier is also useful.羊穿和cvs应该只是能测出全断的类
型。
这个跟遗传有关系的，先测父母的染色体会有帮助。B超什么的，准确率不高，倒是可
能看到些什么。其实5万分之一的概率，还跟父母遗传有关，一般人会得的概率太小了
，不用特别担心。 |
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g*b
发帖数: 17 | 20 希望只是虚惊一场。如果可能的话，还是考虑karyotyping吧，这个需要CVS或是羊穿。
FISH或是DNA-based (maternity 21, Harmony, Panorama, etc.) 都无法检查全部染色
体。另，楼上有位MM的回帖很贴心，但好像有个小小的笔误：人类染色体没有23这个编
号。 |
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s*****0
发帖数: 15 | 21 染色体检查的英文是 karyotype
保险的问题打个电话给customer service问问吧。同一家公司不同group的保险差别也
很大呀。你要告诉他们检查原因是recurrent pregnancy loss. 一般而言, 如果你的
diagnosis是infertility的话大部分保险都不给报。如果是流产就可以报。自己付钱的
话好像一人一千多美金。
对了,如果医生不给开,可以约个genetic counselor看看, 他们也开。
analysis |
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A*********1
发帖数: 813 | 22 约OB要尽早约。我的IVF诊所是九周毕业，听三次心跳之后才毕业。那会儿去约的时候
，好几个OB就约到差不多1个月之后。
用这个网站查due date和一些检测的时间点。我觉得很有用。
http://perinatology.com/calculators/Due-Date.htm
第一个trimester各种血液检查，医生开单子，抽个血就可以。测了HIV，血糖，尿蛋白
等等。
以下是基因检测：
1）血液检查Non-Invasive Prenatal Testing (NIPT) 9周－11周
主要是测几个三体和性染色体疾病。最早九周就可以做。从胳膊抽血，测的是在母体血
液里的free fetal DNA。这个也是测的胎盘的细胞。false positive（正常的被当成不
正常）相对比较多，所以如果结果不好，也先不用freak out。
False negative很少很少，但也还是有，33岁的母亲，第二胎，NIPT结果出来low risk
，没有做羊水穿刺，孩子出生是唐氏。这个是已经发表的一个学术文章，网上可以查到
。Boston Herald关于血液检查报道的，也提到一起，血液检查... 阅读全帖 |
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m******n
发帖数: 194 | 23 基因检测当然有很多有用的地方：
比如，单基因遗传疾病（Cystic fibrosis, beta-thalassemia), 癌症相关的突变(
BRCA1,2 mutations and increased risk for breast cancer), (EGFR mutation and
cancer Resistance of Non-Small-Cell Lung Cancer to Gefitinib), 常规的
karyotyping看染色体的变化（translocations, aneuploidies).
当然，国内有人混用概念来卖一些没有用的测试也是有可能的。 |
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i*********0
发帖数: 915 | 24 一般female chimera的后代有问题的比较多吧。
书上说的。 |
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s********r
发帖数: 312 | 25 female chimera mate起来太慢了啊，一般都选male的不停的mate个两三轮，当然前提
你 ES cell是male的 |
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y*********u
发帖数: 183 | 26 Early sign of chimera mice that carrying gremlin transmission.
Dear all, I am in a hurry to decide if it is worth to inject another ES cell
line of a KO mice.
The ES cell line I am using is SV129 cell line ,which carrying agouti coat
colour.
Right now I am having 9 male chimera mice and 1 female chimera mice, all of
the male chimera mice are with very high agouti number indicating a strong
ES cell contribution, and also, as stated above, a distorted gender ratio.
Meantime , I am getting above 80... 阅读全帖 |
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y******8
发帖数: 1764 | 28 Yes. On the level of somatic cells, there are many evidences. Even during
normal development or under physilogical conditions, some cells have very
weird karyotypes, which do not result in cell proliferation disadvantage. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 29 linker-based PCR
plus
iMapper soft:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18974167
//geocachingsoftware.com/imapper.html
more details
please to to E-Book
Chapter 2:
its link:
FTP://ftp.sanger.ac.uk/pub4/theses/kong/chapter2.pdf
citation:
>Based on these expectations, a web-based server called iMapper (Insertional
Mutagenesis Mapping and Analysis Tool) was developed for the efficient
analysis of insertion site sequence reads against vertebrate and
invertebrate Ensembl genomes. Taking linker-based PCR se... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 30 你的chimera能够go germ line 么？
chimera formation对priopotency的要求很低，我有一个karyotype和morphorlogy都恶
心得一塌糊涂的cell line都行 |
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s*****g
发帖数: 87 | 31 那当然好啊，不过我在米国。。。
有没有什么kit可以用的吗？需要什么特殊一起吗？
谢谢！ |
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s*****g
发帖数: 87 | 33 我看paper上说teratoma是证明stem cell 的golden standard，而且我看到别的组类似
的工作都做了teratoma啊 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 34 En
one aspect:
To keep stability and safety of Somatic cell Reprogramming to iPS cell
pls refer
Hamada M. et al. (2012)
Reprogramming to Pluripotency Can Conceal Somatic Cell Chromosomal
Instability.
PLoS Genet. 8: e1002913.
Abstract
ignored
These findings suggest that aneuploid cells can be selected for or against
during reprogramming depending on the W-CIN gene defect and present the
novel concept that somatic cell W-CIN can be concealed in the pluripotent
state. Thus, karyotypic analysis of s... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 35 终于克隆人了。
Human Embryonic Stem Cells Derived by Somatic Cell Nuclear Transfer
Cell, 15 May 2013
doi:10.1016/j.cell.2013.05.006
Reprogramming somatic cells into pluripotent embryonic stem cells (ESCs) by
somatic cell nuclear transfer (SCNT) has been envisioned as an approach for
generating patient-matched nuclear transfer (NT)-ESCs for studies of disease
mechanisms and for developing specific therapies. Past attempts to produce
human NT-ESCs have failed secondary to early embryonic arrest of SCNT e... 阅读全帖 |
|
b**********s
发帖数: 435 | 36 我没用过JM8A3，LS讲的对，除外，LZ可以考虑下面几点， my 2 cents：
1. Chimera的百分比高吗？
2. germline transmission的几率跟ES细胞的状态有很大的关系。需要可以germline的
ES line，用Germline Transmission-tested的FBS，跟cell culture整个过程也有关系。
3. 既然有chimera了，这个问题比较次要了 -- ES的karyotyping结果怎样？
4. 要确保提取的DNA质量好，PCR不是假阴性。LZ扩的片段有多大呢？
5. 排除各种低级错误 -- 由于标记错误，用来做injection的ES不是targeted，而是
wild type。
我们用hybrid的ES细胞，筛选50-70只F1之后，没有阳性的，就重新做targeting。这种
情况比较少。
你筛选的数量不多，继续做breeding吧。 |
|
s******a
发帖数: 472 | 37 多谢2cents :)
1. 8/14是chimera；
2. 文章里号称JM8A3应该是germline competent系。FBS等用的都是core facility的
SOP；
3. 没有做karyotyping；
4. 是说的筛ES克隆的PCR吗？BAC的阳性对照和阴性对照都很好，应该不会有问题。还
有southern。
5. 复苏之后都做二次validation，出错可能性应该不大。
现在又筛了一窝6个，另一只chimera的，也是都阴性。还有其他chimera，只能再
breeding再筛筛看。
系。 |
|
b**********s
发帖数: 435 | 38 我没用过JM8A3，LS讲的对，除外，LZ可以考虑下面几点， my 2 cents：
1. Chimera的百分比高吗？
2. germline transmission的几率跟ES细胞的状态有很大的关系。需要可以germline的
ES line，用Germline Transmission-tested的FBS，跟cell culture整个过程也有关系。
3. 既然有chimera了，这个问题比较次要了 -- ES的karyotyping结果怎样？
4. 要确保提取的DNA质量好，PCR不是假阴性。LZ扩的片段有多大呢？
5. 排除各种低级错误 -- 由于标记错误，用来做injection的ES不是targeted，而是
wild type。
我们用hybrid的ES细胞，筛选50-70只F1之后，没有阳性的，就重新做targeting。这种
情况比较少。
你筛选的数量不多，继续做breeding吧。 |
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s******a
发帖数: 472 | 39 多谢2cents :)
1. 8/14是chimera；
2. 文章里号称JM8A3应该是germline competent系。FBS等用的都是core facility的
SOP；
3. 没有做karyotyping；
4. 是说的筛ES克隆的PCR吗？BAC的阳性对照和阴性对照都很好，应该不会有问题。还
有southern。
5. 复苏之后都做二次validation，出错可能性应该不大。
现在又筛了一窝6个，另一只chimera的，也是都阴性。还有其他chimera，只能再
breeding再筛筛看。
系。 |
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m****e
发帖数: 489 | 40 1. Forensic Science International
Volume 91, Issue 1 , Pages 55-70, 9 January 1998
Analysis and interpretation of mixed forensic stains using DNA STR profiling
2. http://www.doc88.com/p-799222362957.html
3. Kleeman, L., Bianchi, D. W., Shaffer, L. G., Rorem, E., Cowan, J., Craigo
, S. D., Tighiouart, H. and Wilkins-Haug, L. E. (2009), Use of array
comparative genomic hybridization for prenatal diagnosis of fetuses with
sonographic anomalies and normal metaphase karyotype. Prenat. Diagn., 29:
121... 阅读全帖 |
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l********e
发帖数: 415 | 41 说句得罪人的话，这是研究者自己的问题吧。
Komp的ES cell
1)不保证可以传germline
2)很多没有southern confirmed targeting
所以拿到ES clone后马上就应该Expand，Karyotyping, Southern
hete
clone |
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s******s
发帖数: 13035 | 42 en. wiki上说
Some medical geneticists question whether the term "syndrome" is appropriate
for this condition[1] because its clinical phenotype is normal[1][2] and
the vast majority (an estimated 97% in Britain) of 47,XYY males do not know
their karyotype.[3] |
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m******g
发帖数: 467 | 43 Nature 14.09.11
没啥特别感兴趣的呢
小知识：
1. Early diet shapes gut flora
breast-fed vs bottle-fed rhesus
2. Microbiology: Bacteria get vaccinated
by defective phages
3. Viral tagging reveals discrete populations in Synechococcus viral genome
sequence space
4. Gibbon genome and the fast karyotype evolution of small apes |
|
m******g
发帖数: 467 | 44 Nature 14.09.11
没啥特别感兴趣的呢
小知识：
1. Early diet shapes gut flora
breast-fed vs bottle-fed rhesus
2. Microbiology: Bacteria get vaccinated
by defective phages
3. Viral tagging reveals discrete populations in Synechococcus viral genome
sequence space
4. Gibbon genome and the fast karyotype evolution of small apes |
|
r*****m
发帖数: 3619 | 45 Results: 46
Select item 25597018
1.
Exome-wide Sequencing Shows Low Mutation Rates and Identifies Novel Mutated
Genes in Seminomas.
Cutcutache I, Suzuki Y, Tan IB, Ramgopal S, Zhang S, Ramnarayanan K, Gan A,
Lee HH, Tay ST, Ooi A, Ong CK, Bolthouse JT, Lane BR, Anema JG, Kahnoski RJ,
Tan P, Teh BT, Rozen SG.
Eur Urol. 2015 Jan 14. pii: S0302-2838(14)01396-7. doi: 10.1016/j.eururo.
2014.12.040. [Epub ahead of print]
PMID: 25597018 [PubMed - as supplied by publisher] Free Article
Related citations... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 46 思路挺好的，我也非常同意通过挑无数克隆再去做genotyping的工作量是非常恐怖的。
我不知道你是在思考这个strategy还是已经付出实践。如果你做的是human ESC，根据
我们实验室以及我一些朋友的经验，通过FACS把单细胞sort到96孔板里，即使全程都加
了ROCKi，存活效率非常之低，低得令人发指，和mouse ESC完全不是一个数量级的。我
的经验是大概一个96孔板能活5个左右，但是还不能确定karyotypes是不是正确的，以
及可能的假阳性。我更倾向于推荐使用drug resistent markers，比如一个puro，一个
neo。虽然neo的假阳性偏高些，但是single cell colony的survival要好非常多。同时
可以像你原本design那样加一个negative selection marker，比如GFP。
还有一个可能对你有用的hint是：可以设计两个gRNA去切除一段genomic DNA，然后只
用一个引入point mutation的donor （带puro）去做homologous recombination。可以
现在293细... 阅读全帖 |
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j*****9
发帖数: 716 | 47 是确认iPSCs有多能性，就是常说的characterization。通常两种方法都可行，要么送
公司做核型分析（一般实验室做不了，做的了的看不懂的居多，我就看不懂）
karyotyping, 要么做EB再分化成三层：
Ectoderm对应的常用maker是 Tuj1
Mesoderm Smooth muscle actin
Endoderm alpha fetoprotein
然后才分化成你要的特定细胞类型 |
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u*****o
发帖数: 125 | 49 A 25-year-old woman who is 19 weeks pregnant comes to the office for a
prenatal examination. Her father had classic hemophilia. A karyotype
obtained from an amniotic fluid sample of the patient shows that the fetus
is XY. Which of the following should you tell the patient regarding her
infant?
A) The infant will neither have hemophilia nor be a carrier
B) The infant has a 50% risk for hemophilia
C) The infant has a 50% risk for being a carrier
D) The infant has a 75% risk for hemophilia
E) The i... 阅读全帖 |
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e****0
发帖数: 678 | 50 Screening
Pap smear for vervical cancer is 21 yo
DM
24-28 weeks
One hour 50 grams oral glucose tolerance test. BG > 140
Three hours glucose tolerance test (if two or more are positive)
1. Fasting BG > 95
2. One hour BG > 180
3. Two hours BG> 155
4. Three hours BG > 140
• Dysfunctional uterine bleeding (DUB)
Heavy vaginal bleeding occurs in the absence of structural or
organic disease
Endometrial biop... 阅读全帖 |
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