i*****g
发帖数: 11893 | 1 很有意思，看见这么多人在说这个想法。
这个想法我在2005年1月之前，换实验室时，和PI说了，他听不懂这张PPT意味什么。
后来我又换了实验室，2007年（2008？）某天新老板和我听完某个不相关的seminar，
和我说起这个，他才开口说了2句，我就知道他想说什么，
他的反应是，i have not finished my briefing yet, you really understand my
point? 于是就和他说，of course i know what you want to do,然后讨论了半天，原
来他的朋友有这个想法 etc etc，后来我又做了一些Homework，还是决定放弃。这个很
不好做，估计是个死途。
这个技术最大意义是：能找到locus specific DNA-protein complexes。目前的通行做
法是，已知某个protein, 你用CHIP，证明在某个Locus上面，然后开始making story，
编剧。但其实，那个Locus上面可能有几十种特殊蛋白在调控！！！
2004年底，我的想法来源于推广TAP+MS，我已知 TAP+MS... 阅读全帖 |
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M****i
发帖数: 58 | 2 Let M be a Riemannian manifold, x and y are two pints in M. Assume that x is
not in the cut locus of y, then whether there exist a neighborhood U of x
and a neighborhood V of y such that for every point u in U and for every
point v in V we have that u is not in the cut locus of v? |
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y*********u
发帖数: 183 | 3 CHIP-Re CHIP;
Crosslinking and subsequent Western/Southern, and LC-MS downstream of it;
CO-IP using locus knock out cell line as control;
etc |
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n********k
发帖数: 2818 | 4 based on a friend who is a biochemist and an epigenetic expert...The
telomere locus is very much different from other scenario and likely a much
easier target but it still took long time for this paper to get through the
reviewing... |
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M****i
发帖数: 58 | 5 Thank you very much for your answer!
Is the closed set in your post is
{(x,y)\in M^2: x is in the cut locus of y}?
Could you please give a short proof for this? Or some references? Many thanks! |
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l********e
发帖数: 3632 | 6 cut locus在tangent space中是同胚于球面所以closed，exp的像也是closed的。
可以看Cheeger-Ebin
中文看伍鸿禧的黎曼几何初步
thanks! |
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n********n
发帖数: 8336 | 7 如來藏思想不是佛教
松本史朗 著 呂凱文 譯
法光雜誌 v.101 (1998.02 )
法光雜誌編輯委員會
前言
如同題目[1]所示，我認為「如來藏思想不是佛教」。以下將說明其理由。
為了論證如來藏思想不是佛教，首先將說明如來藏思想是什麼、佛教是什麼，然後再辨
明兩者不同。總之嚴格說來，我想考察如來藏思想是什麼、佛教是什麼。
佛教是什麼？
首先，關於佛教是什麼？我先說自己的意見。就結論而言，我認為佛教是主張無我
說、緣起說。然而，這裡所謂的「緣起說」並不是指重重無盡的法界緣起或是相依相待
的、同時的、空間的緣起。我所謂的緣起主要是指十二支緣起；依據《律藏》〈大品〉
所載，我相信釋尊是順逆地觀察十二支緣起而證悟。
然而一旦有這種言論，馬上就會招來所謂學術批判的聲音。這些聲音包括：釋尊的證
悟與緣起無關，或十二支緣起乃後代成立，或更極端的是認為釋尊的證悟與奧義書或原
始耆那教哲學之間在本質上不相違背。礙於篇幅所限，本文並不容許我就原始佛教（初
期佛教）的種種解釋深入問題討論[2]，可是基於兩個前題考量下，我敢主張釋尊是證
悟十二支緣起。第一... 阅读全帖 |
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S***n
发帖数: 1281 | 8 这文章写得挺有启发的。。
但在带来“打破”的启发效果的同时，却强化了概念的清晰边界，形成了鲜明的对立，
这恰是我想要纠正一下的。。
因为，破，不是为了立的。。
概念，本就是缘起，本就是可以借用的。。但也恰恰是最终要抛弃的。。并且，就因为
是缘起，所以也应该是与时俱进的。。
我这个论断，也同样会面临着这个命运。。
由此，也就能看出修佛的“无奈”---那就是：不立，就无法破。。立了，破了，却太
容易立得过牢了。。以后还要去破。。
但从这个“无奈”之中，却能明白修佛的方法论。。。
的、同時的、空間的緣起。我所謂的緣起主要是指十二支緣起；依據《律藏》〈大品〉
所載，我相信釋尊是順逆地觀察十二支緣起而證悟。
然而一旦有這種言論，馬上就會招來所謂學術批判的聲音。這些聲音包括：釋尊的證
悟與緣起無關，或十二支緣起乃後代成立，或更極端的是認為釋尊的證悟與奧義書或原
始耆那教哲學之間在本質上不相違背。礙於篇幅所限，本文並不容許我就原始佛教（初
期佛教）的種種解釋深入問題討論[2]，可是基於兩個前題考量下，我敢主張釋尊是證
悟十二支緣起。第一是為了要對抗客觀主義的學術，亦即視學術為客觀的想法，以及對
抗... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 9
Download pdf published by SfN (Chapter from 'The History of Neuroscience in
Autobiography, Volume 8' edited by Larry R. Squire)
Yuh-Nung Jan's CV
Lily Jan's CV
Yuh-Nung Jan and Lily Jan
Birth
Family History and Growing Up
National Taiwan University
The Hiking Trip to Shitou in the Spring of 1967
Graduate School Application
Graduate Study at Caltech (1968锟974)
Seymour Benzer Lab (1974锟977)
Steve Kuffler锟絪 Lab at H... 阅读全帖 |
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f********h
发帖数: 146 | 10 拜托这个不是心理问题啊。人本来就是有两种，叫做external locus of control和
internal locus of control。你应该属于后者吧，程度大一些。就是不要给自己压力
太大就好。这样的人多容易有成就啊^_^
Locus of Control
Extent to which someone believes outcomes in their life are influenced
largely by external events (external locus of control) vs. their own
behaviors and actions (internal locus of control). |
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h******o
发帖数: 9 | 11 是129（ES)和C57BL/6老鼠。
我想无论ES毛色基因是怎么样的，如果和C57bl/6反复回交后，毛色基因应该已经被全
部替换成C57bl/6的毛色基因了，也就是说应该是黑色。可是我目前的老鼠有黑有灰。
高度怀疑没有回交。
网上查的Genotype of mice:
C57Bl/6: C/C, P/P, a/a
129/Sv C/C, P/P, Aw/Aw
black: C (or tyr+); tyrosinase locus
albino (white): c (or tyr-); loss of tyrosinase activity; no eumalanin,
little if any phaoemelanin
C/C black coat
C/c black coat
c/c white coat
Pink eye dilution: p locus; change in shape of the pigment; granule (lighter
black coat and pink eyes)
p/p pink eye light gray coat
P/p... 阅读全帖 |
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y**********n
发帖数: 478 | 12 经典遗传学的东西怎么跟现代基因学联系起来有时候确实很头大。我试着解释下，先贴
一段wiki上的：
“An allele (UK play /ˈæliːl/ or US /əˈliːl/)
is one of two or more forms of a gene or a genetic locus (generally a group
of genes).[1][2] The form "allel" is also used, an abbreviation of
allelomorph. Sometimes, different alleles can result in different observable
phenotypic traits, such as different pigmentation. However, many variations
at the genetic level result in little or no observable variation.
Most multicell... 阅读全帖 |
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z*********n
发帖数: 94654 | 13 对，就是蝗虫，嘿嘿，不过不是蚂蚱蝗虫
是locus树
院子里成天有locus往出长，三天不注意就和个小树林似的了
问了邻居那种小树苗叫啥，他说是locus
那东西拔也拔不出根来，据说可以刷纯的roundup，刷过那个小树苗死了，过两天旁边
又长出一棵来，无穷无尽
咋办呢？比野草还厉害 |
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c******g
发帖数: 243 | 14 大家好。我是国内生物化学出身，目前的工作涉及到一些遗传学内容，但我对遗传学只
知皮毛。有以下几个问题请教大家，请不吝赐教。
（1），工作中常碰到这样一些术语：allele, locus, variant, determinant, 等。能
请哪位专业人士给出以上几个属于的简单解释，或者给出相应的中文表达吗？
（2），碰到以下句子：the major T1D susceptibility locus maps to the class II
loci HLA-DRB1 and HLA-DQB1 on chromosome 6p21。这句话中，class II 指的是什
么？能帮助将这句话翻译成中文吗？
（3），gene 和locus的区别何在？不都是指chromosome上的一段DNA序列吗？
非常感谢您的帮助。 |
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y*****1
发帖数: 73 | 15 One locus means one gene, and describes the position of the gene in one
chromosome.
Human is diploid which has two sets of chromosomes, therefore for one locus
(one gene) should have 2 alleles.
For example, MHC class II is a locus (means a gene), it has 2 alleles (means
2 copies of the gene). One is from your mom and one from your dad.
Allele could also mean variants (polymorphism), means the variation of the
gene sequence. It is caused by mutation during evolution. The MCH is highly
polymorphic... 阅读全帖 |
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k********n
发帖数: 756 | 16 Thanks a lot, Lumphy.
The mutant has dominant-negative effects and we would like to make a
inducible KI (so it is GOF) since I am sure homo will die and hetero will no
be able to breed. We would like to have rat line instead mice due to its
larger size for microsurgery on infant animals and better characterized
behavior.
Mutating at the endogenous locus or over-expression at Rosa26 locus will, I
believe, give the same phenotype. Which one is easier, simpler and faster?
Regarding the Kras v12 st... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 17 你觉得工业界的R&D效率就一定更高，对于有些方向也许是，肯定有我不了解的东西。
不过打比方对于罕见遗传病基因的寻找，工业界几乎没有贡献，基本都是学术界的功劳
。但是每个基因的发现，直接使所有该遗传病患者和其家庭获益。这是一个小例子。前
面我举的几个个体化医疗的target mutation，也不是什么工业界做出来的。
关于你说的第二点，你可以去看看现在的nature genetics， A J Human Genetics，每
一期都还有n个新的单基因疾病基因被克隆，这个能叫做already defined？而且现在主
要还只能做这些high penetrance的单基因，low penetrance的难度更大，还有很多空
白点，这个工作还根本没有做完。人20000多基因，不说所有基因都和单基因有关，就
算1/3和单基因有关（这也是学界公认的比例），7000左右，现在还只有4000多被“
define”了，留给遗传学家的东西还不少。
而如果是bi allelic 致病，理论上你需要的sample size是做单基因疾病的平方。你想
想现在还差多远吧。 我们现在看到貌似常见的肿瘤（前面... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 18 你觉得工业界的R&D效率就一定更高，对于有些方向也许是，肯定有我不了解的东西。
不过打比方对于罕见遗传病基因的寻找，工业界几乎没有贡献，基本都是学术界的功劳
。但是每个基因的发现，直接使所有该遗传病患者和其家庭获益。这是一个小例子。前
面我举的几个个体化医疗的target mutation，也不是什么工业界做出来的。
关于你说的第二点，你可以去看看现在的nature genetics， A J Human Genetics，每
一期都还有n个新的单基因疾病基因被克隆，这个能叫做already defined？而且现在主
要还只能做这些high penetrance的单基因，low penetrance的难度更大，还有很多空
白点，这个工作还根本没有做完。人20000多基因，不说所有基因都和单基因有关，就
算1/3和单基因有关（这也是学界公认的比例），7000左右，现在还只有4000多被“
define”了，留给遗传学家的东西还不少。
而如果是bi allelic 致病，理论上你需要的sample size是做单基因疾病的平方。你想
想现在还差多远吧。 我们现在看到貌似常见的肿瘤（前面... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 274 | 19 感觉你并不清楚你的locus of interest可能有什么样的DNA damage. DNA repair不同
领域的人用的assay是完全不同的，简直不能互相理解。一般来说，MMS damage repair
更多是用来test BER/NER pathway/factors，研究这些pathway很难用specific
endogenous locus. 对于DSB repair来说,MMS更多只是yeast领域里面用来suggest
epistatic relationship.
从你的描述，感觉你倾向于认为你的locus of interest可能undergo DSB upon
genotoxin stress. 检测最简单的方法就是genomic DNA southern blot for
rearrangements，或者gammaH2AX ChIP，PCR-based assay比如sequencing也可行if
PCR is possible. 当然前提是break frequency要比较高,不然什么assay都白搭。一些
比较fancy的next-gen se... 阅读全帖 |
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r********n
发帖数: 7441 | 20 发信人: conti (conti), 信区: TsinghuaCent
标 题: zz pk饶毅进入第二轮的张旭的背景
发信站: 水木社区 (Sun Aug 28 15:38:09 2011), 站内
如果神经方向就只能上一个候选人，那么张旭入选还真是一点也不出格
发信人: WeiLiao (WeiLiao), 信区: Biology
标 题: 张旭的publications
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 28 01:39:20 2011, 美东)
去查了一下，张旭总共发表了90多篇英文文章（不算中文）。回国之后作为联系作者也
有快20篇了。其中有cell, neuron, Journal of neuroscience, PNAS 好多篇。
而且他
1995年就回国了，那个时候国内的环境有多差不用说了吧。这也快20年了。比饶益
2007
年才全职回去多了12年。比起培养的中国学生也多多了，算国内贡献肯定不会小。如果
他一直留在国外，成就未必就比饶差。谁把饶益的文章列一列。国内多少篇，总共多少
篇，培养了多少中国学生？
1. Li KC, Wang F, ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 22 以后还用人类工人的公司，都是妥妥的大清农业GDP。
=========================================
机器之心
• 2017-03-24 • 行业新闻
美国《机器人商业评论》近日公布了它们的第六个年度「RBR50 名单」，即 2017 年《
机器人商业评论》认为最值得关注、全球最有影响力的 50 家机器人行业上市公司和非
上市公司名单。
编者按：本文来自微信公众号”机器之心“（ID:almosthuman2014），内容选自
Robotics Business Review，译者 微胖、李亚洲、蒋思源；36氪经授权发布。
美国《机器人商业评论》（Robotics Business Review，简称 RBR）近日公布了它们的
第六个年度「RBR50 名单」，即 2017 年《机器人商业评论》认为最值得关注、全球最
有影响力的 50 家机器人行业上市公司和非上市公司名单。
《机器人商业评论》选择这些机器人行业远见者的标准是以一些公认的原则为基础的，
还参考了这些企业的创新能力、突破性应用、商业成果和潜力等因素，这些企业代表了
机器... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 23 以后还用人类工人的公司，都是妥妥的大清农业GDP。
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机器之心
• 2017-03-24 • 行业新闻
美国《机器人商业评论》近日公布了它们的第六个年度「RBR50 名单」，即 2017 年《
机器人商业评论》认为最值得关注、全球最有影响力的 50 家机器人行业上市公司和非
上市公司名单。
编者按：本文来自微信公众号”机器之心“（ID:almosthuman2014），内容选自
Robotics Business Review，译者 微胖、李亚洲、蒋思源；36氪经授权发布。
美国《机器人商业评论》（Robotics Business Review，简称 RBR）近日公布了它们的
第六个年度「RBR50 名单」，即 2017 年《机器人商业评论》认为最值得关注、全球最
有影响力的 50 家机器人行业上市公司和非上市公司名单。
《机器人商业评论》选择这些机器人行业远见者的标准是以一些公认的原则为基础的，
还参考了这些企业的创新能力、突破性应用、商业成果和潜力等因素，这些企业代表了
机器... 阅读全帖 |
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c**i
发帖数: 6973 | 24 In the posting No. 9, I misspelled "takeawy." It should be "takeaway."
Adequate Intake (AI) is a term coined by Institute of Medicine, and
Recommended Daily Allowance (RDA), Food and Drug Administration (FDA).
In the previous posting, I wrote something which is attached below. It may
be construed that genetic engineered grape(s) is already in the market or in
the pipeline for commercialization.
A check of any GMO database will tell you there is no GMO grape. I apologize.
The second most popular ... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 25 local的farmer's market去找找。大超市里面水果基本
上是按照卖相和保质期选择的。上两个礼拜还有一篇文章
说让西红柿红的均匀好看的一个locus正好和口味的locus
在一起。。 |
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z*********n
发帖数: 94654 | 26 没拍过，回头拍一个
好像是那个地方曾经有一棵locus大树，某年某月被砍掉了
但是底下根还四通八达，所以会经常张出来
对门说我们整个neibourhood都有locus乱长的问题 |
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r******n
发帖数: 2730 | 27 虽然也会害怕困难，但是也还是认为努力就能够掌握本领。
我觉得这个就是推的一个目的 锻炼internal locus of control。缺乏internal locus of control的习惯
把得失归咎于先天 环境 他人或者是运气。
“对不可能的事情执着”，还是和智力发展有关系 你可以解释给他 soft 和hard的概
念 然后解释hard的容易搭 soft的不容易搭 |
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C**C
发帖数: 1553 | 28 1/25/2011
Control the food intake. Eat less at night!
Breakfast: two slices of whole wheat bread - 150
Lunch: 1/2 cup of rice + 4 pieces of beef + 1 cup of stir-fried locus root + pork meat - 500
Dinner: 1/2 cup of rice + several of stir-fried locus root + pork meat + 2 small bags of cookies + several roasted peanuts + 1 handful of sunflower seeds - 800
Total: 1450
Exercised : climbed 40 floors - 150 |
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b***u
发帖数: 12010 | 29 今天虽然黑店开成了白店，可你们下线后我自己玩了玩路人局，非常爽。只要双方实力
不是相差太大就很好玩。我这里说说我的打法。
locus，前两个点我只出grenadier。正常的，手雷炸护栏，有机会打盖。决窍就是要找
好的掩护点，能不被火力打到，又能扔雷扔到目标。死了以后，如果敌人前面路线很猛
，就换一路。这时经常防守不紧，有机可乘。
到了最后一个点，有钱就出蜘蛛。因为前面没花钱，这时应该无压力。蜘蛛最牛一招是
钻地，进去后至少打发动机一半血。有的图易守难攻，能把后面一两个很长血的护栏打
了大局也定了。
cog时我喜欢出工程。sentry攻击太强了，血双长，放好了经常双杀或三杀。需要注意
的是炮榙有时间限制，因此放时要有点想象力。如果能偷袭放到敌人中间就爽了。但要
注意你死了炮榙马上消失。因此要保证自己存活。locus喜欢用手雷spam ，因此不要蹲
在雷容易落的位置。事实上用护栏边上作掩护，往边上挪一点很多时候雷不容易炸到。
有些沙包做的台子上可以放炮榙，这些是好地方。
我建议基友们打打路人局，熟悉一下套路，我们应该能开很爽的黑店 |
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b*s
发帖数: 82482 | 30 正在看Greg Benford的In the Ocean of Night，就是讲星际机器文明和有机生物文明
接触的故事。
这本书是Galactic Center系列的第一部，这个系列有六本：
* In the Ocean of Night (1977) -- 1977 Nebula Award nominee,1978 Locus
Award nominee
* Across the Sea of Suns (1984)
* Great Sky River (1987) -- 1988 Nebula Nominee
* Tides of Light (1989) -- 1990 Locus Award nominee
* Furious Gulf (1994)
* Sailing Bright Eternity (1996)
最近看科幻都看长篇了，总觉得短篇的不过瘾。现在这个《In the ocean of night》
看得差不多了，大约百分之七十了。完了以后再写写感想。 |
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c****t
发帖数: 19049 | 31 6月16日，2012年轨迹奖（2012 Locus Awards）获奖名单出炉。
轨迹奖是由著名的幻想杂志《轨迹》（Locus）设立，由读者投票确定获奖的奖项
，评选内容包括科幻长篇小说、奇幻长篇小说、青少年读物、新作、中篇小说、小小说
、短篇故事、作品集等。
2012年轨迹奖全名单如下，标色为获奖作品和人物，未标色为提名作品和人物。
科幻长篇小说：
·《使馆镇》 柴纳·米耶维 （德雷出版社; 麦克米伦出版社）
·《苏醒的利维坦》 詹姆斯·科里 （美国轨道出版社; 英国轨道出版社）
·《11/22/63》 史蒂芬·金 （斯基伯纳出版社; 霍德和斯托顿公司出版社）
·《第34法则》 查尔斯·斯特罗斯 （艾斯出版社; 英国轨道出版社）
·《孩子的天空》 弗诺·文奇 （托尔出版公司） |
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P******l
发帖数: 1648 | 32 Here is my email to Victor Chang a few days ago. There is no response yet.
I also have friends in NCBI who may help me check this(verifying through
multiple samples) with existing online source.
"Are there any paper or tool to show that all these 789 sequences are same
for multiple people from all over the world? (2q13–2q14.1 789 nucleotide
sequence 108305-109093)
It doesn't have to be a big number of samples. Only 38 samples(from
different locations in the world) were tested to draw the con... 阅读全帖 |
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l*****g
发帖数: 2087 | 33 中国科学院院士李家洋
生平简介
李家洋（1956.7-）安徽肥西人。植物分子遗传学家，中国科学院院士，研究员。
中国
科学院副院长、党组成员。1982年毕业于安徽农学院（现安徽农业大学），1991年获美国
布兰代斯（Brandeis）大学博士学位，1991—1994年在美国康乃尔大学汤普逊（Boyce
Th
ompson）植物研究所进行博士后研究工作。历任中国科学院遗传研究所所长助理、所长，
遗传与发育生物学研究所所长。
李家洋主要从事植物分子遗传学研究，他利用模式植物拟南芥与重要粮食作物水稻探
索植物生长发育的调控机理。近年来的主要研究工作包括：采用图位法克隆了水稻分蘖控
制基因MOC1，开拓了水稻分蘖控制分子机理研究的新领域；利用水稻脆秆突变体分离了
B
C1基因，阐述了水稻机械强度的控制机理；通过获得的拟南芥胆碱生物合成突变体，初步
明确了胆碱合成与植物温度敏感雄性不育性的关系；通过图位克隆法分离出导致细胞死亡
的基因MOD1，明确了初级代谢途径的缺陷会导致植物细胞凋亡；利用转基因技术，创制出
色氨酸与吲哚乙酸合成量改变的转基因植物，从而提出植物生长素吲哚乙酸生物合成途径
的新模... 阅读全帖 |
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y****e
发帖数: 71 | 34 To make this more clear, I think my caculation won't differ
a lot
from the real world. Although, if we are talking a
perticular
disease, the danger is indeed not very high. Considering
there are
hundreds of locus for deadly genetic defect, another maybe
hundreds of
locus can increase your danger for cancer, heart attack, or
other
common diseases (which is not 100% controlled genetically).
It is
safe to say, first degree cousin marriage will sure give you
at
least one of the defect within those |
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c***3
发帖数: 251 | 35 我明白他的意思
他就要找一个基因，名字是固定的。
直接通过名字搜索，但是ncbi上结果出来400多个，他根据每一个结果的locus去下载序
列，发现序列长短不一，相似度也不是那么高。
所以他希望能够有个程序直接通过基因名字把所有相关序列都下载下来，然后根据序列
相似度聚类。
碰巧我这两天也在下载序列，不过我跟你需求不一样，我有locus列表，根据列表下载
序列。你要是不着急我可以过几天帮你弄弄
不同序列？还是你 |
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c****l
发帖数: 1086 | 36 即使在同一条染色体上还可以发生homologous recombination而组合在一起啊。
只是不能太近，这个几率可以用cM来测量。如果是在同一染色体的两头，重组的几率还
是不低的。
The centimorgan is equal to a 1% chance that a marker at one genetic locus
on a chromosome will be separated from a marker at a second locus due to
crossing over in a single generation
One cM is about 1 Mb apart. |
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j****x
发帖数: 1704 | 37 学生化的不懂这些概念确实有点说不过去吧。。。
1） google或者wiki直接就可以解决的。
2） class II这里指的是组织相容复合物MHC/HLA的分类，免疫学基本概念
3） locus特指gene或者一段特征序列在染色体/基因组上的具体定位，例如human TP53
的locus对应在17p13.1
II |
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W*****o
发帖数: 1780 | 38 去查了一下，张旭总共发表了90多篇英文文章（不算中文）。回国之后作为联系作者也
有快20篇了。其中有cell, neuron, Journal of neuroscience, PNAS 好多篇。而且他
1995年就回国了，那个时候国内的环境有多差不用说了吧。这也快20年了。比饶益2007
年才全职回去多了12年。比起培养的中国学生也多多了，算国内贡献肯定不会小。如果
他一直留在国外，成就未必就比饶差。谁把饶益的文章列一列。国内多少篇，总共多少
篇，培养了多少中国学生？
1. Li KC, Wang F, Zhong YQ, Lu YJ, Wang Q, Zhang FX, Xiao HS, Bao L, Zhang X
. (2011) Reduction of follistatin-like 1 in primary afferent neurons
contributes to neuropathic pain hypersensitivity. Cell Res, 21: 697-699.
2. Li KC, Zhang FX, Li CL, Wang F, Yu MY, Z... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 39 你老板没让你事先设计 reporter+ cassette modified vector 就做plasmid then
BAC transgene to Mouse 啦?
then 要证明Your transgene（insert）整合到特定locus
if yes plus next Long-range PCR does not work well.
return to start point then do below steps or similar steps:
Generation of knockin mice
Bacterial artificial chromosome (BAC) clone RP23-135A18
containing mouse genomic DNA encoding exon 1 of Zeb1 was
digested with PacI/SphI and SphI to yield 7.6-kb and 2.6-kb
homology arms, respectively, for targeting constructs (Figur... 阅读全帖 |
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T*********l
发帖数: 298 | 40 谢谢热心的大姐姐。5个大包子送上！
其实我要的是这样的file:
MicrobesOnline ID Locus tag Alternative locus tag gi strand
begin end name desc COG EC num evidence
VIMSS565331 PMED4_00001 PMM0001 33860561 + 174 1331
dnaN DNA polymerase III, beta chain COG592 2.7.7.7 GenBank/
CRITICA/GLIM2/GLIM3
VIMSS565332 PMED4_00011 PMM0002 33860562 + 1333 2040 NA
conserved hypothetical protein NA NA GenBank/CRITICA/GLIM2/
GLIM3 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 RE LZ
pls refer
PMID 21063464
Liu Y et al.
Tamoxifen-independent recombination in the RIP-CreER mouse. (2010).
PLoS One. 25: e13533.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21063464
>There are at least two possible explanations for
>these discrepancies.
>One possibility is that after many generations
of backcrossing to the C57BL/6 background, the expression of the
randomly integrated RIP-CreER transgene is enhanced, thus
increasing the probability of its nuclear entry, even in tamoxifenuntreated
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m******g
发帖数: 467 | 42 基本上就是题目+bulletin point的形式吧，不要纠结我对paper的品味，呵呵。新年快
乐！
PNAS 13.12.03
推荐：
1. Reintroducing domesticated wild mice to sociality induces adaptive
transgenerational effects on MUP expression
promiscuous / monogamous-line
higher MUP (pheromone) expression in pros-line
Male become more attractive
Difference in Mup promoter methylation level
2. High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude
using circle sequencing
Previously ~0.1-1x10^-2
Unique library preparation strategy
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m******g
发帖数: 467 | 43 基本上就是题目+bulletin point的形式吧，不要纠结我对paper的品味，呵呵。新年快
乐！
PNAS 13.12.03
推荐：
1. Reintroducing domesticated wild mice to sociality induces adaptive
transgenerational effects on MUP expression
promiscuous / monogamous-line
higher MUP (pheromone) expression in pros-line
Male become more attractive
Difference in Mup promoter methylation level
2. High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude
using circle sequencing
Previously ~0.1-1x10^-2
Unique library preparation strategy
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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l****y
发帖数: 486 | 45 Assume your knock-in here refers to mutating a site at the endogenous locus
(thus over expression-type approach, such as making transgenic mouse from
Rosa26 locus, will not be applied here).
Then the question is: you expect your mutation is a gain-of-function
mutation or loss-of-function mutation.
If your mutation is GOF mutation, it is easy, see Kras V12 KI strategy--
basically insert stopper element LSL before Kras V12 Exon. Note that the
allele LSL Kras V12 (before crossing with Cre) is a nul... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 46 allele: one of a number of alternative forms of the same genetic locus (from
wiki)
人是diploid，所以对于每一个人来说，每一个genetic locus上都有两个allele（XY除
外）。
allele是对于haploid genome来说的，对于人来说称作genotype更合适，例如AA Aa/aA
aa是三种genotype。楼主说的检测不同allele，我的猜测是检测携带homozygous AA/
aa genotype（而非allele）的细胞，因为细胞不可能是单倍体（除生殖细胞）。
SNP不止存在AT和GC变换，可以从ATGC中的任何一个变到ATGC中的任何另一个，有
transition和transversion的区别。
一个allele，可能存在多个snp吗？
这里概念搞错了。SNP是指一个位点上在群体里有不同的allele，比如你带AA，我带Aa
。而allele指的是A或a。
如果你的问题是，一个SNP，可能存在多个allele吗？当然可能，有tri-allelic的SNP
的... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 47 其实有很多ground truce
比如DHS已经做了很长时间了，早期locus specific的data也做了很多，很多locus都有
很清晰的认识
但是这个是不是你想要的？ |
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a*********3
发帖数: 660 | 48 定义 definition变量 variable面积 area直径 diameter半径 radius公式 formula
单价 unit price范围 range/scope/extent集合 set法则 principle本金 principal利
率 interest rate利息 interest单利 simple interest复利 compound interest正数
positive number负数 negative number解析式 analytic expression分类讨论
classified discussion性质 nature （不是很确定）奇函数 odd function偶函数
even function对称 symmetric坐标原点 origin单调性 monotonicity（不是很确定）
任意 random周期性 periodic 有界性 boundedness 数学 mathematics, maths(BrE)
, math(AmE) 公理 axiom 定理 theorem 计算 calculation 运算 operat... 阅读全帖 |
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