z*t
发帖数: 863 | 1 try to“抛砖引玉”
For tools
The most fashionable things nowadays are tons of IP and related high
throughput sequencing ChIP/Me-IP/hm-IP, the application of hybridization
chips are not as popular as several years. But take DNA methylation(the only
staff I'm familar with:)) as example, the Me-IP can highly enrich promoter
region with dense CpG, the hybridization chips developed by Andy Feinberg
are more unbiased. But as everyone knows, the best way is whole genome
bisulfite sequncing, which is expensiv... 阅读全帖 |
|
z*t
发帖数: 863 | 2 let us go to DNA methylation first:) |
|
t******e
发帖数: 37 | 3 It is a very hot field, Zymo Research just launched genome scale methylation
profiling platform using Nex-Gen sequencing |
|
z*t
发帖数: 863 | 4 效果咋样？花销大不？
我觉得现在急于bisulfite的甲基化测定虽是最solid的办法，但总归是针对群体的，而
即使被普遍认为homogenous的系统如cell line也会存在一定程度的heterogenety，（
比如细胞周期，细胞对特定药物的敏感度）,即使epigenetics研究的就是population
heterogenety但现有手段几乎不可能得到pure homogenous sample，可能最终还是要看
single cell level的epigenetic state
methylation |
|
n***g
发帖数: 5027 | 5 这个总结不错：
申请精华帖：我了解的Epigenetics牛人一览
我是从C.D.Allis，Danny Reinberg，Tony Kouzarides，Yi Zhang， Yang Shi这几个
人发的文章看起的，这几个人基本上就是目前做表观遗传最牛的一批人了。然后你看看
他们文章citation里面出现频率比较高的人名，那往往就是大牛了，然后一点一点扩展
。个人感觉看CNS及其子刊还是王道。另外推荐一个很好的网站，http://www.epidna.com/ 可以查这个领域最top的lab，也可以查该领域最新的论文。
# ^2 P/ }, _0 h" U8 m) P6 b
; l* o$ y- |- V5 g0 I0 T然后在申请选校的过程中，我也逐渐了解到一些
epigenetics领域的big names和rising stars。所以我感觉看各个牛校的faculty也是
了解一个领域的好学校好lab的方法。我的做法是每看一个学校，就把相关领域做
epigenetics的faculty留下来，然后以后看CNS时或者Journal club上看到熟悉的名字
，就重点关注下。$ ... 阅读全帖 |
|
d****t
发帖数: 139 | 6 3H filter paper binding assay |
|
|
b****r
发帖数: 17995 | 8 这确实要看你到底想分析什么有何目的，否则很难给出有意义的答案 |
|
r**z
发帖数: 37 | 9 Cell Biochemistry and Biophysics
Volume 15, Numbers 1-2, 79-86,
DOI: 10.1007/BF02991581
The DNA methylation system in proliferating and differentiated cells
Gerd P. Pfeifer, Sabine D. Steigerwald and Stefan Grünwald
谢谢
f*******[email protected] |
|
n*********m
发帖数: 38 | 10 Look his publication
Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights
from structural and biochemical studies on human RPE.
Liang W, Ouyang S, Shaw N, Joachimiak A, Zhang R, Liu ZJ.
FASEB J. 2011 Feb;25(2):497-504. Epub 2010 Oct 5.
PMID:
20923965
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.
Structural basis for the inhibition of human 5,10-methenyltetrahydrofolate
synthetase by N10-substituted folate analogues.
Wu D, Li Y, Song G, Cheng C, Zhang R, Joac... 阅读全帖 |
|
p****s
发帖数: 3153 | 11 这个您说错了，主要不是仪器的限制，仪器可以提高信噪比，所以磁场越高越好，现在
应该有950M-1G的吧
但是对于大蛋白来说，限制NMR的主要是transverse relaxation，蛋白越大转得越慢，
灵敏度sensitivity就越低了。这个
大概不是提高磁场就能很好解决的，我想对于一个50 kDa的蛋白来说600 M和800 M没啥
大区别。现在常用的方法就是避
免relaxation造成的低灵敏度，方法有TROSY和methyl labeling，还有在高温下做(
thermophilic system)。蛋白大的另
一个问题是残基太多，峰的位置重复，但是这个可以用高维NMR解决，现在不是都有7维
了么。 |
|
|
s******y
发帖数: 28562 | 13 质疑也是一个好处啊。至少说明有人在关注：）
CNS里面被质疑的文章多了，光是那个de-methylation, 就唱了多少台戏？ |
|
y******8
发帖数: 1764 | 14 http://www.bio.pku.edu.cn/exchange/index.jsp
Chengqi Yi, Ph.D 主讲 Probing the Biology of Nucleic A
11:00 - 12:00, May. 19, 2011, Thu. 北大新生物楼517会议室
Suhua Feng, Ph.D 主讲 Studying DNA methylation in Eukaryotic Organisms
09:00 - 10:00, May. 19, 2011, Thu. 北大新生物楼517会议室
YuHang Chen, Ph.D 主讲 Exploring ion channels by crystallography and
electrophysiology
08:00 - 09:00, May. 19, 2011, Thu. 北大新生物楼517会议室
Xiang Yang, Ph.D 主讲 Novel Photoreception in Drosophila Larval Body Wall:
from Molecules to Behavior
10:0... 阅读全帖 |
|
|
|
|
c******r
发帖数: 3778 | 18 这个问题有意思。我不是很清楚二者的关系。我个人的理解，二者有点像与门电路，而
没有直接的因果关系。二者的调控好像是独立的。虽然可以互相interact，但是并非一
导致二这样。
不知道我理解的对不对？ |
|
l******o
发帖数: 3764 | 19 1.if high blood cholesterol/glucose level can change the epigenetic pattern
of somatic cells--i.e. up/down regulates methylation or histone modification
, I think it is also possible to change that of germ cells to some extent.
2.not quite understand what you mean...
3.as joyhead said, I tend to view epigenetics as a part of gene expression
regulation, and also epigentic chances as quantitative rather than
qualitative traits. In another word, changes are subtle. So I don't see why
it would viola... 阅读全帖 |
|
D******9
发帖数: 2665 | 20 癌症的发展过程， 基因突变并不是LZ所设想的完全随机的， 最近几年测序的结果就说
明的这一点， 对一种肿瘤来说， 有一些基因突变的几率要高很多，同时同一个tumor
中比如breast cancer or colon cancer中， 平均只有13个左右基因的突变。 但是还
有很多因素在里头， 比如epigenetics, 一个癌细胞至少有几百个TSG的methylation。
我不知道楼主能否设计出这样的程序来， 呵呵 |
|
j******i
发帖数: 939 | 21 It's not surprising that transgene is silenced after two weeks or longer
time. The reason could be inserted into heterochromatin, or methylation.
However, those colonies might still be resistant to puro because of high
density. |
|
g*********d
发帖数: 233 | 22 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 23 The role of small non-coding RNAs in genome stability and chromatin
organization
http://jcs.biologists.org/content/123/11/1825.full
Josien C. van Wolfswinkel and René F. Ketting*
Journal of Cell Science 123, 1825-1839
© 2010. Published by The Company of Biologists Ltd
doi:10.1242/jcs.061713
Summary
Small non-coding RNAs make up much of the RNA content of a cell and have
the potential to regulate gene expression on many different levels.
Initial discoveries in the 1990s and early 21st centur... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 24 这个很正常，三大大山都经常做这种事情，其实Science is not alone.
比方说有关DNA de-methylation 的文章，PTEN 修饰 的机理，
和植物里的ABA receptor 的文章，
三座大山都是轮流上阵发文章，然后再互相攻击对方发的文章不正确，
都快成月经了。现在我看到这些题材的文章就习惯性的跳过不看。 |
|
e*****t
发帖数: 642 | 25 如果能建一个统计模型，把这三个整合到一起，是不是很cool？ |
|
|
d****u
发帖数: 1553 | 27 我觉得最重要还是你这个模型得够精确吧。很多时候模型分析出来得准确程度并不见得
就比纯手工实验得准确度高很多 |
|
l******u
发帖数: 936 | 28 这个是5年前的fashion了，叫 integrative genomics. |
|
|
e*****t
发帖数: 642 | 30 随着统计学方法的不断改进，总是会越来越精确。如果measurement的noise越来越小，
signal/noise越来越大的话。 |
|
e*****t
发帖数: 642 | 31 做histone marker和这个不矛盾。现代生物学就是bench和计算相结合。你要找任何生
物现象的相关性，就得用统计模型，就像QTL 对gene mapping的贡献。有种你发
genomic paper，不用任何统计方法，能发的出去，我就佩服。 |
|
l******u
发帖数: 936 | 32 早都有了，有FISH的时候就开始研究这个了，后来有了array CGH 就方便很多了，现在
的测序技术更是极大提升了这方向的研究能力。 |
|
l******u
发帖数: 936 | 33 为啥一定要用cell line 这么artificial的东西？ |
|
e*****t
发帖数: 642 | 34 那时候的data还远没有到whole genome的程度。几十年前就有SNP了，那时候能做GWAS
吗？ |
|
s******s
发帖数: 13035 | 35 cell line都做不出来，组织就更不用混了。
我的point就是，yes, 你可以用统计方法拼命regression，加无数变量做个R2 0.9;
但是仍然没啥意义，因为如果是好方法，就要不仅能解释，还要能应用，也就是同样
用来解释其他cell line或者组织。如果你不把细胞特异性考虑进去，我觉得这种
model多半不work, 如果为了每个cell line都要做实验estimate一些新的variable,
意义也不大。 |
|
l******u
发帖数: 936 | 36 array CGH 就是GWAS 的， 比10年前就有了。
GWAS |
|
l******u
发帖数: 936 | 37 为啥“cell line都做不出来，组织就更不用混了。”牛人解释一下？ |
|
s*********t
发帖数: 600 | 38 CNV主要还是依赖于array的。
CNV－seq虽然有些人在做，但是并不好用。找CNV也不需要测序，array足以。
CNV还是最近两年得到重视的。 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 39 array找breakpoint的精度也太差了吧？ |
|
|
d****i
发帖数: 2346 | 41 我们从老鼠分离出来细胞，裂解细胞后酚氯仿抽提DNA，沉淀后溶于20uL水。随后用
QIAGEN的kit进行convert和纯化，用Tis洗脱后做模板进行PCR扩增，产物用来做
pyrsequencing检测甲基化程度。
问题：PCR的时候条带很淡，有的sample扩增不出来。可能的原因是什么？
第一批sample模板用量6uL的时候扩增不出来，减少到2uL可以，条带很明显。
第二批sample用同样的办法，摸索了不同的模板量都不能成功。
谢谢！ |
|
s******s
发帖数: 13035 | 42 首先引物设计对么？
模板要多用，要加DMSO,酶要好酶（Hifi Taq一类，最好加taq extender)，pcr
温度要低。当然这都做到了，有些还是批不出来，你最好多设计点引物，至少
有个阳性对照吧？ |
|
m******5
发帖数: 1383 | 43 恩，用高特异性长引物配合GC buffer低退火温度+好酶
基本就不用摸条件了，由短到长战无不胜 |
|
d****i
发帖数: 2346 | 44 2批sample唯一的区别是sample不一样(但是treatment很类似)，其余的都一样。所以，
不可能是引物和PCR温度的问题。 |
|
|
s******s
发帖数: 13035 | 46 没有啥肯定的。好P的东西怎么P都能做出来，不好P的东西同样条件，
稍微有点微小扰动就可能P出来。 |
|
|
d****i
发帖数: 2346 | 48 大家都用哪个kit抽提DNA？
那个kit进行convert？我们现在用的是QIAGEN的，但是那个bisulfite mix每次都不能
彻底的溶解，tube下面总有一点颗粒的东西不能完全溶解，放60半小时也不行。 |
|
|
|
