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s******s
发帖数: 13035 | 2 这种理论上的都是臆测。说不定下半年另一家公司或者类似pore的出来就把它
打倒了。 |
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y******8
发帖数: 1764 | 3 then, even better, right? |
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s****l
发帖数: 10462 | 4 NP 一个数据都没有，就想到四年之后未免太高瞻远瞩了。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 5 Ion 的bead现在多大？downsize 的极限在哪？ |
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t*d
发帖数: 1290 | 6 有些时候还是可以想象一下的。而且有些时候需要想象一下。对于有些人来说，未来几
年年 NGS 的发展空间，直接影响自己的职业规划。 |
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y******8
发帖数: 1764 | 7 proton也许是1 um
bead本身没有极限，但是太小了，chip loading需要很大改动，没准要一个20k的
loader
再就是Ion的pH计原理让信号不稳定，尤其需要bead这个中介。这让今后的downsizing
变得困难。如果没有了bead，整个下限会多一个数量级，通量会上100倍。
去掉emPCR, 流程可能快很多。
这些都需要Ion推出新的芯片甚至机型，所以proton应该降价。 |
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s*********e
发帖数: 399 | 8 谁能估计一下nonopore估计测序什么价格？
小的那个大概$500－1， 000一个G
大的呢？ |
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t*d
发帖数: 1290 | 9 谢谢！
Bead 据说做太小了 ，大小就不均匀，影响效果。
downsizing |
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S****u
发帖数: 42 | 14 有没有人想过这事后面的商业行为？
Illumina刚刚拒了Roche的bid。现在是Sequencing公司卖个好价钱的时候。急匆匆抛出
个每太多数据支持的Prototype。 |
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s****l
发帖数: 10462 | 15 What's your hypothesis? 是Roche还是Illumina支持抛出来的？好像Illumina有15%的
NP股份。
另外，有谁知道除了那个DNA蛋白通道，NP还用了什么酶没有？ |
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s****l
发帖数: 10462 | 16 如果不能“capture 到同一个 strand 来测”，怎么用coverage解决error? |
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f*******e
发帖数: 628 | 17 对呀，这就是我觉着有问题的地方啊。只好希望 sample 在不扩增的情况下也不只一个
copy，而且 copy 数量足够，来达到需要的 coverage。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 18 你们都没有好好读文章
它说了，不用denature，就是直接读双链DNA |
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s****l
发帖数: 10462 | 19 我的理解是样品中的核酸分子会不停的进出蛋白孔，如果没有降解的问题，只要有足够
长的时间，就可以产生足够多的序列信息，因为测过的分子还有重新来过。然后通过
assembly，可以得到统计一一上的正真序列。所以看它的介绍里面是说，你要设定一个
统计目的，然后让gridion/minion去测，当达到了你设定的可信区间，这个测序就完成
了。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 20 我不太明白，为什么你说他会不停进出一个孔呢。想象一下，一条很长很长的链条（一
段DNA分子），进入一个刚刚够大的孔，你觉得让它在这个孔里来来回回难度大不大？
我相信其实是通过水压或者电磁力驱动DNA通过孔的，是单向的。实际上文章里也说了
，测完后可以重新收集侧过的DNA，没有损失
你说的可信区间，我不觉得和我的理解有任何矛盾。比如你加了10000个白细胞进去，
那么对于任何一个常染色体片段都是大约20000个拷贝，仍然是很多的，打比方你要测
21号染色体，你测到比如说
这20000个21号染色体有大约10次通过这个孔（哪怕其他染色体还没有到10次），你就
觉得到了你的可信区间了，就可以停下来了。
当然我也不觉得这个可信区间有太多意义，即使它一次能测50kb，对于一条染色体来说
还是要打断成很多片段才搞得定的，这么多次读取，平均分配到每条染色体的概率就很
大了，提前很多测完某条染色体的可能性并不太大 |
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m***T
发帖数: 11058 | 21 非常好的讨论，学习了。对于双链的DNA，它似乎是用hairpin的方式来读取的。
它的优势大家已经讨论过了，从一个竞争者的角度来看，我来提点它存在的问题（至少
从目前看）。
1、对于一个今年下半年就要上市的产品，到现在都没有真正的data出来供大家参考。
它present的data太小，能不能scalable，如何能做到scalable后保持相同甚至更高的
accurate rate，是它要面临的一个大问题。
2、用protein做介质，稳定性能否保证。看介绍它们只能保证6个小时，临界情况下的
data quality如何，这个还得等到有了具体的data才能知道。
3、它依赖于长而完整的DNA来有效测量，那么对于一些短的sequences诸如short
amplicons及FFPE等临床样本则基本上没有用武之地。不知道这个是不是它的一个短板？
还有些其它的，但觉得这几点最重要。 |
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y******8
发帖数: 1764 | 22 I would say there are two problems.
1. IT support. All previous sequencing data are from short reads, less than
500 bp. Very challenging for IT people to develop effective tools in a
relative short time.
2. Before its scale can handle 10x human genome, no big bonus to attract
current NextGen users.
I think other competitors would have two years to catch up with the
technology, and 3-4 years to adjust marketing strategy.
I think they might keep each chamber small, and increase the module numbers... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 23 这个没有看到有提到，我猜如果测短序列速度慢的话，可能是因为DNA进入那个pore的
速度是个瓶颈吧。可以想象一下，那么小的一个DNA头，要进入一个和它几乎一样大的
孔，温度还不能太高，恐怕确实不容易 |
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b****r
发帖数: 17995 | 24 估计有可能，DNA，特别是它说的这种没有变性的DNA，恐怕二级结构甚至三级结构都还
存在的 |
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f*******e
发帖数: 628 | 25 有这个瓶颈的话，应该是长的 DNA 才更难进入。
大概影响速度的瓶颈在目标分子到达 pore 所需要的时间，之后真正测序反而很快。所
以分子长的话，一旦碰到一个可以一直测序很长一段，每个 pore 的利用效率高。分子
短的话，读过之后又要闲置等待下一个分子进入。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 26 就是这个意思了，大分子虽然可能更难进，但是一个就能测几十k，比起几百BP的小片
段还是效率高 |
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y***i
发帖数: 11639 | 27 从讨论来看似乎真是比较有希望的样子。看来得学NGS了，没太多时间就真得用得上了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 28 one decade later PCR and shot gun will just an ancient tale... |
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l**********1
发帖数: 5204 | 29 标题不用六年 就成历史啦
Oxford nanopore NGS if became truth, then title should be: 生命分子物理信息
生物学者是干神马的 |
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X***n
发帖数: 366 | 30 Cannot understand what you are saying.
YAC based, up to 2 Mbp transgenic is reported. Does size matter?
Feng Zhang's approach is fantastic. I bet on ZFN.
with
PCR knoct out还是效率高啊
nanopore platform. |
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s******s
发帖数: 13035 | 31 不是年初就说1000了么，现在接受了啥啥挑战。
不过，还是期望nanopore, 不用做library |
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s******s
发帖数: 13035 | 32 华大要做宇宙第一大service company了
不过，华大还是技术太差，连真正自己的技术都没有，也就仿造一个454吹吹牛。
CG的技术是不是也有点过时了？华大为啥不拼命bid一下ion torrent或者nanopore一类的
Illumina |
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C********4
发帖数: 308 | 33 ion torrent或者nanopore 华大倒是想买，但是人家得卖啊 华大买得起吗
类的 |
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f*******e
发帖数: 628 | 34 nanopore 现在还小，不知道买不买得了。不过是英国人，比较傲慢，可能不好谈。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 35 nanopore不大，而且现在募资都是内部投资者。不过我觉得BGI
买个20%啥的人家肯定愿意，这个就是lock住了最大的一个客户啊！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 36 Continue:
Microfluidic tools for high-throughput applications
Microfluidic strategies might hold the key towards fast, simple and
inexpensive high-throughput screening platforms These platforms could
revolutionize basic research in biology and medicine, in addition to
dramatically reduce costs in key industrial areas such as drug discovery. To
this end the development of microfluidic tools, capable of dealing with
miniaturized samples (and therefore with large amounts of information) are
needed.... 阅读全帖 |
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a**m
发帖数: 184 | 37 说收到好多CV还能信（当然很多要求必须有生信phd，估计大部分不满足，只是tech或
者半路出家），说好多AP去凑热闹就难以置信了。。。现在哪个没有bioinfo的学校不
在筹备开program。。。今天中午吃饭还说B大今年第一次招纯生信phd。
至于楼主所说，个人推测nanopore 3年之内会成熟，到时候data的容量较之现在就不是
几个几十个fold的增加了。。。
不过话说回来没绿卡bioinfo找工作应该也很有难度的 |
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s******s
发帖数: 13035 | 38 nanopore出货了没有? 怎么年初印象里暑假就应该有了？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 39 如果我没有搞错的话，Ion Torrent的技术是基于polymerase 的吧？
我们有什么理由认为我们地球上的polymerase 是可以识别火星上的碱基的？
这个实在是too much a long shot. 如果是用Nanopore sequencing来找
ordered polymer, 理论上还勉强说得过去。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 40 Nanopore 华大在裆的淋导下 也会吃掉它的 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 Oxfird nanopore 个人Gemone sequencing and cancer risk GWAS 分析 成为
iPhone3GS 那样的流行后 即检测费 低于iPhone5 时价
各保险公司 大病保险加入前 必测的那会
楼主 该申请成立个 果果 iOS 转行版，支持的请顶本跟帖 Lol |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 Oxfird nanopore 个人Gemone sequencing and cancer risk GWAS 分析 成为
iPhone3GS 那样的流行后 即检测费 低于iPhone5 时价
各保险公司 大病保险加入前 必测的那会
楼主 该申请成立个 果果 iOS 转行版，支持的请顶本跟帖 Lol |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 cited from OX dot ac dot uk
6 gene sequencing test for cancer patients on the NHS
Health
Science 25 Mar 13
The first multi-gene test that can help predict cancer patients' responses
to treatment using the latest DNA sequencing techniques has been launched in
the NHS, thanks to a partnership between scientists at the University of
Oxford and Oxford University Hospitals NHS Trust.
The test detects mutations across 46 genes in cancer cells, mutations which
may be driving the growth of the cancer in... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 45 patent concern at this season |
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b****r
发帖数: 17995 | 46 那会那么hyper，然后突然一点动静都没有这么久，不得不让人生疑
不过 这个原理还是完全符合常识的 ，即使他们不行，我觉得迟早有人会实现的 |
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b****r
发帖数: 17995 | 47 今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
Irys单分子基因组结构成像系统
剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
Irys系统特征
长链DNA分子
DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
高质量的数据
单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗
应用灵活
Irys系统可以作为一个开放的平台为研究人员提供多种形式的遗传分析
让我们组织，而不是堆砌数据
在过去的几年里，二代测序的高通量一直主导着基因组研究的发展。
但是二代测序技术可以廉价的获得大量的测序数据，但是受制于较短的读长，这使得科
学家们无法简单而直观地看到整个基因组范围的结构变化。现在，针对更长片段的分析
方法对于基因组结构研究显得越来越重要。另外，由于基因组的复杂性，诸如重复序列
和结构变异，限制了基因组的重构和对功能元件的理解。Irys系统克服了这些困难，利
用一种新的方法去获取单分子，尤其是长链DNA分... 阅读全帖 |
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b******k
发帖数: 2321 | 49 你们有兴趣没？我恰好认识这家公司的一个头头 觉得他们这东西非常cool
opgen似乎有个类似的技术 但是没有这个cool
nanopore |
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f*******e
发帖数: 628 | 50 这个，。。。是 mapping, 不是 sequencing. 这个在美国好几个公司在搞，把
gemomic dna 拉直固定成像的具体技术少许区别而已。
说道多么有用，还远着呢。学术界这么多年了也很难让多数人相信分析出来的结果。
opgen 搞了这么多年也就是 bacteria 做一做。 很多时候还是有限的用于帮助
sequence alignments.
nanopore |
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