g*********3
发帖数: 177 | 1 不知道大家有没有啥评论。学校最近买了oxford nanopore，不知道和pacbio比起来有
哪些优缺点。
另外长reads的测序到底有啥意义。好mapping？重复序列？还是价格优势？
懂行的朋友说说。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 2 不知道大家有没有啥评论。学校最近买了oxford nanopore，不知道和pacbio比起来有
哪些优缺点。
另外长reads的测序到底有啥意义。好mapping？重复序列？还是价格优势？
懂行的朋友说说。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 6 It's still too early to tell. Didn't follow it these days and not sure it
was based on engineering protein nanopore or solidstate?
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
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n******7
发帖数: 12463 | 7 nanopore和pacbio的特点是long reads
在splicing，genome sv， de novo assembly等领域还是很有用的 |
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a***l
发帖数: 6 | 8 I need those nanoporous alumina for my project. If you happen to have some,
maybe we can collaborate or I can buy some from you.
By the way, is it a difficulty process to make those? |
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O*T
发帖数: 7 | 9 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: ONT (就看看), 信区: JobHunting
标 题: Oxford Nanopore美国Cambridge MA site招人 Nanofab Scientist/Engineer
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 20 11:43:31 2014, 美东)
主要是做research chip fab和将来的fab process development。
详细的Job description和提交申请都在这里
https://www.nanoporetech.com/careers/job-centre/view/177
另外CV中请注明是否可以在美国工作 |
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s****l
发帖数: 10462 | 10 有人愿意讨论这里面提及的测序技术吗？优缺点，可行性，第一手经验等等
这里面谁现在是赢家很清楚，但是可见的将来和更远的将来谁会赢？
http://cen.acs.org/articles/92/i33/Next-Gen-Sequencing-Numbers-
全文拷贝如下
试试看图能不能贴上
/1407973177171.jpg
/1408028636124.jpg
OVER STORY
Next-Gen Sequencing Is A Numbers Game
As technical and cost barriers fall, instrument firms move their systems
into research and clinical markets
By Ann M. Thayer
Department: Business
Keywords: instrumentation, gene sequencing, diagnostics, genomics, cancer
[+]Enlarge
09233-cover-Openercxd_17647969-690
A... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 RE LZ
Did you read that Oxford nanopare NGS any relative paper? then replied with
below sentence?
1)
Nanopore 在
测长的DNA 上面有优势，号称没有 read length 的上限
2)
nanopore不用nuclease切DNA啊，你在哪里看到的。文章里明确说了，测完后还能
recover DNA的。它这个理论上就是靠DNA不同的碱基和那个pore蛋白的物理互作测序，
可能是氢键吧
3)
but now still has assembly problem
[ 47 ]
发信人: yuem0428 (ym), 信区: Biology
标 题: Re: 测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 22 17:43:13 2012, 美东)
I would say there are two problems.
1. IT support. All previous sequencing data are from ... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 12 NIH最近又房顶了八个小组，大家看看哪一个最有可能成功？
The new grants are awarded (pending available funds) to:
University of California Santa Cruz, $2.29 million over three years
Principal Investigator: Mark Akeson, Ph.D.
Investigators plan to sequence single DNA molecules by using a nanopore
device comprised of a sensor that touches, examines and identifies each
nucleotide, or DNA building block, in a DNA strand as an enzyme motor moves
it through the pore. The scientists will focus on DNA “resequencing” —
examining th... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 13 NIH最近又房顶了八个小组，大家看看哪一个最有可能成功？
The new grants are awarded (pending available funds) to:
University of California Santa Cruz, $2.29 million over three years
Principal Investigator: Mark Akeson, Ph.D.
Investigators plan to sequence single DNA molecules by using a nanopore
device comprised of a sensor that touches, examines and identifies each
nucleotide, or DNA building block, in a DNA strand as an enzyme motor moves
it through the pore. The scientists will focus on DNA “resequencing” —
examining th... 阅读全帖 |
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m**********l
发帖数: 142 | 14 版上爆此人不在少数。手贱还替他下单！下了20个sony TV 分4个账户，10单下的。叫
全部退货。
卖家不理，处理不下。群主直接踢群处理。
前面有一次也是给他下了东西，直接告诉我只能amazon gift card 支付。最后只好找
班上神医，亏本出掉。
我想这些都不是偶然。此人的品格行为交易过的都见识过了。
写这个只是让那些为了几个小钱还在傻傻给他下单的一个忠告。当然你还想下，那就请
继续。我想这种事情还会一次次上演。直到你不能忍受为止！
以下就是白纸黑字聊天记录。没见过的行为路径。
nanopore 2015/1/20 11:01:45
最好给个链接，怕买错呀
小凡 2015/1/20 11:03:06
Yes
小凡 2015/1/20 11:03:16
Item number 是唯一的
2015/1/20 11:19:14
nanopore 2015/1/20 11:19:14
下了20个
2015/1/22 13:44:14
nanopore 2015/1/22 13:44:14
在吗
nanopore 2015/1/22 13:44:18
sony那个来了
nanopore... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 Proposal just:
Oxford nanopore based NGKOT Next Generation Knout Out Technique:
用某种 dsDNA topoisomerase single molecular level cut and relink dsDNA with
magnetic tweezers
NB: NGKOT 能BACbase 300KP 内任意地knoct out 比起20-35 kp Vector的片段内PCR knoct out还是效率高啊
最佳的是可以Knock in again within BACbase 300KP 内任意的 based Oxford nanopore platform.
References:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21809210
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19377505
//en.wikipedia.org/wiki/Topoisomerase
//www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31... 阅读全帖 |
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w***7
发帖数: 1637 | 16 source: http://cn.wsj.com/gb/20130121/opn073445.asp?source=UpFeature
在这个追求即时满足的时代之中，医学界似乎有些格格不入。从一项激动人心的发现到
一种有效治疗方法的诞生，这其中的过程往往要花上十年甚至更长时间。
然而，就在这时好时坏、时阴时晴、最终又拨开迷雾见日出的漫长过程中，孕育而生的
是那些能够改变医学发展进程的深刻见解和科技进步。
11年前，人类基因组计划(Human Genome Project)的完成让人们看到曙光，彷佛衰竭性
疾病(debilitating disease)的治愈良方马上就能出现。如今，灵丹妙药依然难求，但
我们能以更快的速度和更低的成本来绘制人类基因图谱，这种能力带来了关于基因在疾
病产生中扮演何种角色的海量数据，而这些新知识正在持续地让一部分病人受益。在其
他一些方面，科技进步赋予了病人更多的能力，研究人员正在学习如何调动人体自身的
治疗和生长能力来抵抗各种疾病的侵扰。
Foundation Medicine
Foundation Medicine Inc.研究出一种检测突变基因的方法... 阅读全帖 |
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b**********e
发帖数: 531 | 17 Hi
Does anybody want to review manuscript?
Title: Preparation of Nanoporous Polymer Films for Real-time Viability
Monitoring of Cells
Abstract: We have demonstrated an alternative way to monitor the viability
of cells adhered on a nanoporous polymer film in real-time. The nanoporous
polymer films were prepared by laser interference pattering. During exposure
of holographic patterning, the dissolved solvents were phase separated with
photo-cured polymer and the nanopores were created as the solve |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 >
DNA prefers to dive head first into nanopores
January 8, 2013
by Kevin Stacey Enlarge
When a DNA strand is captured and pulled through a nanopore,
it's much more likely to start the journey at one of its ends (top left)
rather than being grabbed somewhere in the middle and pulled through in a
folded configuration. Credit: Stein lab/Brown University (Phys.org)—In the
1960s, Nobel laureate Pierre-Gilles de Gennes postulated that someday
researchers could test his theories of polymer networks by... 阅读全帖 |
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b**********e
发帖数: 531 | 19 Hi
Does anybody want to review manuscript?
Title: Preparation of Nanoporous Polymer Films for Real-time Viability
Monitoring of Cells
Abstract: We have demonstrated an alternative way to monitor the viability
of cells adhered on a nanoporous polymer film in real-time. The nanoporous
polymer films were prepared by laser interference pattering. During exposure
of holographic patterning, the dissolved solvents were phase separated with
photo-cured polymer and the nanopores were created as the solve |
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b**********e
发帖数: 531 | 20 Hi
Does anybody want to review manuscript?
Title: Preparation of Nanoporous Polymer Films for Real-time Viability
Monitoring of Cells
Abstract: We have demonstrated an alternative way to monitor the viability
of cells adhered on a nanoporous polymer film in real-time. The nanoporous
polymer films were prepared by laser interference pattering. During exposure
of holographic patterning, the dissolved solvents were phase separated with
photo-cured polymer and the nanopores were created as the solve |
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b**********e
发帖数: 531 | 21 Hi
Does anybody want to review manuscript?
Title: Preparation of Nanoporous Polymer Films for Real-time Viability
Monitoring of Cells
Abstract: We have demonstrated an alternative way to monitor the viability
of cells adhered on a nanoporous polymer film in real-time. The nanoporous
polymer films were prepared by laser interference pattering. During exposure
of holographic patterning, the dissolved solvents were phase separated with
photo-cured polymer and the nanopores were created as the solve |
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m***T
发帖数: 11058 | 22 这个现在看来很有可能。ilmn的技术最成熟，市场做得也最好，而且它也在发展自己的
nanopore。除了ont以外，还有多家在用nanopore发展的。pacbio因为成本问题机器很
难用于一线临床，只能在研究领域拼一拼。现在据说也在发展便携式的，具体到什么地
步了还不知道。solid已经停止发展了，所以基本上已经退出这块市场了，ion虽然
homopolymer的问题不大可能从现有技术上得到根本上的改善，但随着chemistry和更有
针对性的algorithm，现在的准确度还算不错。它的优势一是sample需要很低的起始量
，二是cancer hotspot panel等其它及个panel的效果在临床实验的观察来看feedback
比较positive，所以在临床论断市场还有些竞争力。如果它能彻底把tedious的epcr给
弃掉，会更有竞争力的。roche刚买了另一个以nanopore为技术的公司genia http://www.geniachip.com/，所以后面如何还不太清楚。genia的技术是在solid state上面不象目前的ont是engineering pro... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 23 我觉得算一点，但不是最重要的。
核算可以amplify，但是如果蛋白可以给你足够量的样本，也不需要amplify。
我觉得MS还是有些问题不能很好的解决。比如DNA/RNA fragmentation可以通过机械作
用/离子等作用等来尽可能的“随机”打断DNA/RNA来保证coverage的均一性。但是MS就
必须用酶来在特定位点来消化。
而且现在很多DNA/RNA测序为了解决扩增带来的bias，好多测序方法都是amplification
-free的。
不过我又仔细想了一下你这个amplification还可以理解为测序过程中的互补配对边合
成边测序，这样的话这个amplification是决定性的，在illumina、PacBio等测序方法
中。
但是oxford nanopore, ion torrent在测序过程不需要利用这个互补配对合成的过程，
当然后者的library prep中可能还是要用到。所以oxford Nanopore是完全和
amplification无关的。
所以关键还是ATCG四种信号相对简单易测，加上各种修饰也还好。蛋白几十种氨基酸加
上各种修饰就太复杂了... 阅读全帖 |
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f*******e
发帖数: 3433 | 24 1篇。大部分都是放导师的名。还完全不能证明自己独立研究。我认识一在美国教授，
每年nature子刊都超过5篇
22. Lei Fan, Houlong L. Zhuang, Kaihang Zhang, Valentino R. Cooper, Qi Li,
and Yingying Lu, Chloride-Reinforced Carbon Nanofiber Host as Effective
Polysulfide Traps in Lithium–Sulfur Batteries, Adv. Sci. 2016, 1600175
21. Qi Li, Juner Chen, Lei Fan, Xueqian Kong, Yingying Lu, Progress in
electrolytes for rechargeable Li-based batteries and beyond, Green Energy &
Environment 1 (2016) 18-42
20. Zheng Lianga, Dingchang Lina, Jie Zhaoa, Zhenda L... 阅读全帖 |
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m***a
发帖数: 1407 | 25 大家帮转或推荐一下。
我也是受人之托，招博士后的老板是一中国人，非常的nice，
做单分子生物传感器，用于分析检测以及DNA测序等。具体要求如下：
Two interdisciplinary postdoctoral research positions are available starting
from as early as August 2009 in the Department of Chemistry and
Biochemistry at the University of Texas at Arlington. The positions
represent an opportunity to study nanopore biosensor via engineered trans-
membrane proteins and polymeric nanopores for applications in chemistry and
biotechnology at the single molecule level. One position is in mol |
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m***a
发帖数: 1407 | 26 大家帮转或推荐一下。
我也是受人之托，招博士后的老板是一中国人，非常的nice，
做单分子生物传感器，用于分析检测以及DNA测序等。具体要求如下：
Two interdisciplinary postdoctoral research positions are available starting
from as early as August 2009 in the Department of Chemistry and
Biochemistry at the University of Texas at Arlington. The positions
represent an opportunity to study nanopore biosensor via engineered trans-
membrane proteins and polymeric nanopores for applications in chemistry and
biotechnology at the single molecule level. One position is in mo |
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b*****y
发帖数: 229 | 27 长片段太重要了。他们管理烂不烂我不知道，但技术是领先的。Nanopore 研发了都十
好几年了，最近才刚出来点东西，是否实用还是个大问号。要nanopore能行，illumina
也得完蛋。 |
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w********e
发帖数: 7186 | 28 【 以下文字转载自 Piebridge 讨论区 】
发信人: GoBlue (Wolverines), 信区: Piebridge
标 题: Re: 飞鸽到底什么事迹？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 9 15:31:37 2011, 美东)
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: Re: 飞鸽到底什么事迹？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 12 21:11:57 2011, 美东)
北加州政府征婚骗子，王跃 北美飞鸽 鹊桥飞哥 鹊桥征婚骗子
王跃－征婚骗子--人肉信息--请广泛转载，提高警惕
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 11 22:22:40 2011, 美东)
此人手段高明，2年来4次在鹊桥征婚，北美到处飞行见mm，ons,至少有50多人上当
请大家广泛转载，警示更多未婚女性
————————————————————————
王某， 三藩，联邦政府交通部工作，做project manager,负责马路的维修类的工作
h1b，35岁，实际身高167－168左右，穿上鞋子视... 阅读全帖 |
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p******a
发帖数: 483 | 29 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: Re: 我已报案，请删除所有所谓飞哥的帖，勿再在版上泄露我个人信息
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 11 23:00:30 2011, 美东)
王跃－征婚骗子--人肉信息--请广泛转载，提高警惕
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 11 22:22:40 2011, 美东)
此人手段高明，2年来4次在鹊桥征婚，北美到处飞行见mm，ons,至少有50多人上当
请大家广泛转载，警示更多未婚女性
————————————————————————
王某， 三藩，联邦政府交通部工作，做project manager,负责马路的维修类的工作
h1b，35岁，实际身高167－168左右，穿上鞋子视觉效果170，但征婚宣称172－173
皮肤黑，深黄铜色，河南濮阳人，中原口音，声音中等淳厚 ,真人其貌不扬，
蛮丑陋的，上次曝光的寸头，穿黄色T恤, 在太空人前的照片，看起来似乎还挺精神，
但真人很猥琐。
真人比照片丑多了,又矮又壮又黑,小眼睛,... 阅读全帖 |
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G****e
发帖数: 11198 | 30 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: Re: 飞鸽到底什么事迹？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 12 21:11:57 2011, 美东)
北加州政府征婚骗子，王跃 北美飞鸽 鹊桥飞哥 鹊桥征婚骗子
王跃－征婚骗子--人肉信息--请广泛转载，提高警惕
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 11 22:22:40 2011, 美东)
此人手段高明，2年来4次在鹊桥征婚，北美到处飞行见mm，ons,至少有50多人上当
请大家广泛转载，警示更多未婚女性
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王某， 三藩，联邦政府交通部工作，做project manager,负责马路的维修类的工作
h1b，35岁，实际身高167－168左右，穿上鞋子视觉效果170，但征婚宣称172－173
皮肤黑，深黄铜色，河南濮阳人，中原口音，声音中等淳厚 ,真人其貌不扬，
蛮丑陋的，上次曝光的寸头，穿黄色T恤, 在太空人前的照片，看起来似乎还挺精神，
但真人很猥琐。
真人比照片丑多了,... 阅读全帖 |
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M**i
发帖数: 13701 | 31 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: 《飞鸽》人肉信息
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 29 20:56:44 2012, 美东)
王跃－加州政府－征婚骗子--人肉信息--请广泛转载，提高警惕
此人手段高明，文学功底不错，能说会道，善于把握女性婚恋心理，迷惑性很大，请警
惕！
08年开始，6次在鹊桥征婚，打着结婚的旗号，北美到处飞行见相亲对象
同时和多人交往，发展一夜情，多夜情,至少有50多人上当
请大家广泛转载，警示更多未婚女性
————————————————————————
王yue， 旧金山，身份H1B，1976年生，河南濮阳人，中原口音，声音中等淳厚
加州政府交通部，做project manager,负责马路的维修类的工作
实际身高167－168左右，穿上鞋子视觉效果170，但征婚称172－173
方脸型，皮肤黑，深黄铜色，身材矮小壮实，小眼睛，塌鼻子，脖子很短
有一个双胞胎弟弟王jian,已婚。
真人其貌不扬，蛮丑陋的，比照片丑多了,反正就三字:巨猥琐
虽然也是读... 阅读全帖 |
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G****e
发帖数: 11198 | 32 【 以下文字转载自 Dreamer 讨论区 】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标 题: Re: 飞鸽到底什么事迹？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 12 21:11:57 2011, 美东)
北加州政府征婚骗子，王跃 北美飞鸽 鹊桥飞哥 鹊桥征婚骗子
王跃－征婚骗子--人肉信息--请广泛转载，提高警惕
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 11 22:22:40 2011, 美东)
此人手段高明，2年来4次在鹊桥征婚，北美到处飞行见mm，ons,至少有50多人上当
请大家广泛转载，警示更多未婚女性
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王某， 三藩，联邦政府交通部工作，做project manager,负责马路的维修类的工作
h1b，35岁，实际身高167－168左右，穿上鞋子视觉效果170，但征婚宣称172－173
皮肤黑，深黄铜色，河南濮阳人，中原口音，声音中等淳厚 ,真人其貌不扬，
蛮丑陋的，上次曝光的寸头，穿黄色T恤, 在太空人前的照片，看起来似乎还挺精神，
但真人很猥琐。
真人比照片丑多了,... 阅读全帖 |
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t*******d
发帖数: 2570 | 33 Orig Life Evol Biosph. 2008 Feb;38(1):57-74. Epub 2007 Nov 16.
Lipid-assisted synthesis of RNA-like polymers from mononucleotides.
Rajamani S, Vlassov A, Benner S, Coombs A, Olasagasti F, Deamer D.
Source
Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, Santa
Cruz, CA 95064, USA.
Abstract
A fundamental problem in research on the origin of life is the process by
which polymers capable of catalysis and replication were produced on the
early Earth. Here we show that RNA-like poly... 阅读全帖 |
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t*******d
发帖数: 2570 | 34 Orig Life Evol Biosph. 2008 Feb;38(1):57-74. Epub 2007 Nov 16.
Lipid-assisted synthesis of RNA-like polymers from mononucleotides.
Rajamani S, Vlassov A, Benner S, Coombs A, Olasagasti F, Deamer D.
Source
Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, Santa
Cruz, CA 95064, USA.
Abstract
A fundamental problem in research on the origin of life is the process by
which polymers capable of catalysis and replication were produced on the
early Earth. Here we show that RNA-like poly... 阅读全帖 |
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O**********0
发帖数: 61 | 35 ☆─────────────────────────────────────☆
BHistory (往者的影子) 于 (Fri Sep 9 00:20:11 2011, 美东) 提到:
俺曾认为生命是进化起源的，后来越找越发现进化论像是信仰而非科学结论。可是每有
飞机网友觉着俺如此看待进化论是反科学了。
所以俺本着科学的精神，问个问题，求各位飞机进化论牛人给个科学的答案。
大家知道达尔文进化论是以遗传机制为基础的，第一个有遗传机制的生命怎么来的，当
时根本没有提及。
后人发现这一问题后，就又提出了化学进化论，就是无机分子在某种机制下，自动组合
出了第一个有遗传的生命。此后达尔文进化论似乎可以take care（其实未必，今后再
讨论）。
今天我们先看比第一个有遗传生命的出现简单万亿倍的问题，第一个蛋白质如何化学进化出
现？
先亮亮俺一个愚昧基督徒的愚见：
已知最简单的具有遗传机制的单细胞生命的复杂度已经远远超出人们最初的想象，大概
有400种蛋白质几十万个组成。其中较小的蛋白质大概100个氨基酸，如果在随机热运动
中组成，因为自然界对称的氨基酸不少于40种（20多种氨基酸及... 阅读全帖 |
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O**********0
发帖数: 61 | 36 ☆─────────────────────────────────────☆
BHistory (往者的影子) 于 (Fri Sep 9 15:00:23 2011, 美东) 提到:
本帖是热运动组装第一个蛋白质的副贴。原帖：http://www.mitbbs.com/article_t1/TrustInJesus/676133_0_1.html
因为靠热运动组装第一个蛋白质是困难的，所以有观点认为第一个蛋白质是根据某个自
然产生的遗传基因密码(DNA/RNA)组装出来的。这便是热运动组装第一个遗传密码/基因
的理论。
在俺看来，这是先有蛋还是先有鸡的问题。蛋白质好比蛋，基因好比下蛋的鸡。如果自
然界糊出一个蛋很困难，那糊出一个下那个蛋的鸡就更困难。
事实上，每三个DNA碱基对决定一个氨基酸，加上基因的头码三个，尾码三个，对应一
个100个氨基酸长链的遗传密码（306个碱基对），其自然产生的困难程度和自然排列该
特定氨基酸长链的困难程度基本一样（遗传密码更难一点）。且遗传密码翻译为第一个
蛋白质还可能需要翻译和连接氨基酸的机制（类似一些细胞器的功能）。所以自然产生
第一个... 阅读全帖 |
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b*****h
发帖数: 783 | 37 Helico是目前商业化仪器种最好的，不过估计很快就要被这些新的仪器所超过。
更远的还有nanopore sequencing。
Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences) |
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I***W
发帖数: 218 | 38 个人认为：蛋白从头测序最有可能的解决方法是Nanopore，但现在Nanopore的技术还处
于初始阶段，用于DNA测序已经由公司在做，号称年底能有样机出来，等DNA/RNA解决了
，就是protein了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 39 microfluidic platforms plus nanopore
pls refer
1)
Choi JW et al. (2012)
High-Throughput Analysis of Protein–Protein Interactions in Picoliter-
Volume Droplets Using Fluorescence Polarization
Anal. Chem. 84: 3849–3854
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac300414g
2)
Rudenko MI et al. (2011)
Controlled gating and electrical detection of single 50S ribosomal subunits
through a solid-state nanopore in a microfluidic chip.
Biosens Bioelectron. 29: 34-9.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21855314
3)
... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 40 楼主 还是考虑用 牛津的Nanopore 吧
同主题阅读：测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
[版面:生物学][首篇作者：Farland] , 2012年02月17日
HTTP : //www.mitbbs.com/article_t/Biology/31636519.html |
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s******s
发帖数: 13035 | 41 和nanopore根本两回事啊。
这玩意儿不是直接测序用的，只是通过荧光标记DNA上特定位置，
用这个做marker看看CNV这类的。不知道和NGS平台的数据整合做
的怎么样，整合的好的话，估计还有点意思
nanopore |
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y******8
发帖数: 1764 | 42 这个更像pacbio的技术。但是要好很多。测conductivity可以避免现在pacbio的致命缺
陷。
从原理上看精准度应该和现有的nanopore差不多，但也可能好上一个数量级。毕竟合成
的速度比单纯的过一个孔要慢很多。如果现在nanopore是raw error rate 4%, 这个应
该在0.1 - 5%.
从读长上应该和pacbio差不多，都是取决于polymerase的processability. 500bp-4kb
左右吧，但是可以宣称做到10-20kb。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 43 sequencing市场更热闹了。
http://www.genomeweb.com//node/1396761?utm_source=SilverpopMail
Roche Acquires Nanopore Sequencing Firm Genia Technologies for up to $350M
NEW YORK (GenomeWeb) – Roche said today that it will acquire Genia
Technologies for $125 million in cash and up to $225 million in additional
payments tied to milestones. Once the deal closes, Genia will be integrated
into the Roche Sequencing Unit.
Genia, based in Mountain View, Calif., has been developing a single-molecule
sequencing-by-sy... 阅读全帖 |
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K**********t
发帖数: 42 | 44
感觉nanopore和纳米材料的差别还是挺大的，nanopore是一个纳米直径的孔洞而已。 |
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f*******e
发帖数: 628 | 45 有点儿意思。
看来各种 nanopore 横行。可是最先的 oxford nanopore 现在算成功了么？
moves
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f*******e
发帖数: 628 | 46 有点儿意思。
看来各种 nanopore 横行。可是最先的 oxford nanopore 现在算成功了么？
moves
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n******7
发帖数: 12463 | 47 你自己看最近的publication。pacbio的东西多年没关注了，这个nano pore应该是他们
最直接的竞争者。
http://biorxiv.org/content/early/2015/01/06/013490
We describe software developed to make use of these data as existing
packages were incapable of assembling long reads at such high error rate (~
35% error).
Some runs have produced upwards of 490 Mb of sequencing data per flow cell
over a 48 hour period. All together, we generated a total of 120x coverage
of the genome with an average read length of 5473bp but with a long tail
extendin... 阅读全帖 |
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