d*********e
发帖数: 3835 | 1 Western-built aircraft with more than 100 seats make up 74% of the Russian
airline fleet and 28% in the regional fleet.
Speaking at last week’s Aircraft Maintenance Russia and the CIS conference
in Moscow, Vasiliy Shapkin, head of State Research and Development Institute
for Civil Aeronautics, said that in 2011 89% of Russia’s passengers flew
in Western-built aircraft. Passenger traffic on Russian aircraft decreased
from 9% in 2006, the largest in history, to 5% in 2011. Soviet-built
aircraft ha... 阅读全帖 |
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k****o
发帖数: 991 | 2 现在NEXTGEN SEQUENCING那么火； 不管什么样的SEQUENCING PLATFORM上下来的数据
都需要大量的计算机分析； INDUSTRY对BIOINFO的需求其实非常大。 |
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y********a
发帖数: 138 | 4 Suggest search pubmed. plenty of review papers, both about bench and data
analysis.
Personally feel literture is better than textbook in depth and width
and surely more uptodate. |
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m***T
发帖数: 11058 | 6 Thanks for the input and I will check them out. |
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o********r
发帖数: 775 | 7 每个program有自己的强项，所以你申请前要想好你到底想做啥，比如WashU (st.
Louis)的NextGen Seq十分强，如果你想做这方面WashU是个好选择。Pitt的Bioinfo是
和CMU合作的，因此他们在计算机领域的实力非常强，如果你想做Imaging相关的研究，
Murphy实验室很不错，不过最近他那里好像没啥中国学生。 |
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d****u
发帖数: 1553 | 8 策略大概是这样的，首先假定这是一个negative selection， 筛选marker是细胞的生
长速度。我们用一个pooled shRNA library（好比说有100K hairpins）去转染或感染
细胞。那么经过一段时间的细胞分裂之后（让我们假定一个月），有些hairpin会使细
胞增长加速，有些hairpin会延缓细胞生长。从表象上看就是在整个细胞群体中，有些
hairpin被富集了，有些被降低了。这时候就可以收细胞提DNA，然后PCR扩增hairpin
sequence。然后或者上array或者上nextgen sequencing。两者的read out都是hairpin
在整体中的丰度。然后再normalize to 第一天的data。就能算出哪些hairpin可以促进
或抑制细胞生长了。我的问题就是这时候做PCR如何保证整体里不同的hairpin是线性扩
增使得最后的read out能够进行比较。我的理解是这时候不管是array或sequencing都
不能让你知道在整个population里那个基因被knockdown了。而是告诉你你的这个DNA中
有哪些ha... 阅读全帖 |
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y******8
发帖数: 1764 | 9 Congrats!
Anyway, its a real job compare to a postdoc one. Have you done a lot of
Nextgen Sequencing work? |
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t******r
发帖数: 209 | 10 以前看到**说这个好象很热门,自己有一年多经验,投了大半年公司,还是没什么消息,这
个方向现在工业界open非常的少。我准备复习功课干回老本行it了，唉。 |
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e*****t
发帖数: 642 | 11 这个。。。
找不到工作很很多可能，有时候是市场的，有时候是自己的。
你是master还是phd，现在药厂master如果没有绿卡，很难进的。特别做bioinfo，大部
分还是要phd。
你的一年多经验是不是用opt的？为什么不留在这个公司呢？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 12 next gen当然主要是高校研究所啊
工业界要你干这么基础的东西干嘛
没有逻辑啊 |
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s*********e
发帖数: 399 | 13 www.genomics.cn
www.bgiamericas.com |
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l******n
发帖数: 520 | 15 BGI的价格有绝对优势，他们按数据量收费，好像20G的数据5-8万RMB
而且测序后的生物信息分析支持比美国的傻逼公司要好很多 |
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l******n
发帖数: 520 | 16 好像可以直接寄样品给大陆的BGI吧
测序结果直接登录服务器 |
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s********n
发帖数: 2939 | 18 外行问一下，20G是什么概念？像一般的细菌基因组大概在1-5 M，20G是指20,000M的序
列信息？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 19 你得到了它
还有一个重要的概念叫coverage，无论对于定性的DNA还是定量的RNA-seq。
针对你这个例子，20G的数据理论上可以有4000x-20000x的coverage，这对于序列拼接
或者in-deep sequencing是至关重要的。 |
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s********n
发帖数: 2939 | 20 那这个价格很便宜啊。还有个问题就是比如测一个基因组，多少倍的coverage比较合适？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 21 看目的了，如果是细菌基因组resequencing，有参考序列，那么coverage有10x可能
就够了，如果是denovo seq，没有参考序列，那么考虑到拼接问题，一般30x以上，
当然还要看基因组复杂度有没有重复序列。如果你想in-deep找SNP，那么取决于你
需要的敏感度，要想找1%左右的SNP或者mutation，那么理论上也是至少100x，考虑
到防止测序错误造成的假阳性，一般1000x是比较理想的。
适？ |
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