r**********e
发帖数: 587 | 1 请问版上有人用CRISPR研究noncoding loci的么？比如很多疾病的GWAS loci都在
noncoding区域
noncoding SNP或者genetic variation的效果一般都是比较modest的，所以好奇是否有
人做过这种研究，crispr改变noncoding SNP后如果做RNA-seq，不知道基因表达量有多
大变化呢？或者说这种方法的robustness如何。。。
第二个问题，不知道现在CRISPR到底发展到啥程度了？如果现在才开始做，会不会算落
后了呢？
谢谢 |
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x********0
发帖数: 638 | 2 16000$已经安排给Noncoding，3200$咱们见面谈
cancel了192000是因为 cancel transaction只能整体cancel,只cancel 3200$不行，
16000$已经安排。
另外to noncoding:
当时钱在你手里你死活不出声，现在我也可以这么干，我钱付给你，问心无愧，你要愿
意出来谈就谈，不想谈算了，打包的问题你又100%的责任，你必须承认，损失的问题，
我可以帮你承担一些，这个后面再谈，就这样。
诬陷我的问题，要求道歉，最好公开，面子大不好意思，找个神医中介一下可以的或者
当面道歉也行 |
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L********3
发帖数: 87 | 4 noncoding人呢？不出来解释一下？还是说默认了？躲起来了？
『-』noncoding 不按要求打包，物品损坏, 手机拍的图见12楼，划痕的图28，32 33
34 35（两坑，一划痕）收了30个喷头，此人不按要求打包，三层变两层，而且至.....
... |
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x********0
发帖数: 638 | 5 noncoding出来回应，我提议大家当面验货，不扯皮，是你就是你的，不是你的我也不
会塞给你，没那么下作
另外请noncoding把你这三十个的二维码发给我，马上！！！咱们当面对证 |
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x********0
发帖数: 638 | 6 短时间内找三十个替代品挺不容易的，他要是找到这么多我也算佩服他了，后来他又在
cosell十几个期货，不知道到了没
我其实无所谓，本来大家好好商量，有什么说什么，都好商量，noncoding自以为牛逼
的很，两次威胁我，证据明确指向他打包有问题，做过喷头的人看到他的包装都知道这
样子很容易坏掉，而且是三十个在没有任何其他缓冲材料的情况下挤在一起，出问题了
到现在还死不承认，各种文字游戏，企图搅浑了自己溜走
link一下他的包装和大家的评价： http://www.mitbbs.com/article_t/FleaMarket/34569653.html
当然他还是在马甲的教育下想起来要对二维码，想最后捣成浆糊不了了之了，希望不大
，货都在我这儿，当面可以看，你要觉得你这张脸还值3K块钱就来真的，别玩虚的
noncoding你现在发帖承认你打包有问题 （现在！），导致物品损坏（这个可以当面给
你看看你的货），咱们还可以谈，不然就不用谈了 |
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p****x
发帖数: 4260 | 7 【 以下文字转载自 Notice 讨论区 】
发信人: deliver (自动发信系统), 信区:
标 题: phynix 封 noncoding 在 Money 版
发信站: BBS 未名空间站自动发信系统 (Fri Mar 8 13:35:50 2013)
【此篇文章是由自动发信系统所张贴】
由于 noncoding 在 Money 版的 滥发广告 行为，
被暂时取消在本版的发文权力 14 天。
版主:phynix
Fri Mar 8 13:35:47 2013 |
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a***l
发帖数: 32 | 8 发现一个蛋白调控一片noncoding RNA区域，怎样先map这个noncoding RNA的大小啊，
这一片有几百K,难道设计一堆引物么，或者做很多克隆做RNA探针杂交？。。。。。。
。。
求教啊 |
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j*p
发帖数: 411 | 9 There has been quite a few RNAseq data released recently, many of them been
uploaded to UCSC genome browser as tracks (human and mouse). You may want to
try:
(1) go to that loci of the noncoding RNA you are interested.
(2) check RNAseq data and computational predicted tracks and see whether the
RNA is expressed, how many exons, what is the predicted splicing structure
etc.
(3) then RACE or you might want to test some functional study before RACE.
Personally, I doubted a noncoding RNA covers ~100... 阅读全帖 |
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x********0
发帖数: 638 | 10 noncoding, 25个好的已经安排付款给你。
款在手里的时候你装死不回应，扯淡不负责
现在两个选择，
1. 你的5个坏头自己拿回去，出label给我
2. 出来大家见面谈，别扯淡，别拿别的喷头的二维码糊弄我，你又搞了30个头大家也
知道
不同意就法庭见
-----------------------------------------------------------------
自问从来没跟神医护士发生纠纷，发给神医的货出问题我都扛着直到问题妥善解决，这
个白神，braisl神医应该都有记录，护士出给我的货有问题我也自己扛着，这个需要的
话护士如果同意可以帮我做证。这次被逼无奈，大家心里都有杆秤，如果觉得我做的不
对，请推荐更好的做法，谢谢
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自问从来没跟神医护士发生纠纷，发给神医的货出问题我都扛着直到问题妥善解决，这
个白神，braisl神医应该都有记录，护士出给我的货有问题我也自己扛着，这个需要的
话护士如果同意可以帮我做证。这次被逼无奈，大家... 阅读全帖 |
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r******d
发帖数: 4666 | 11 noncoding装孙子, 要是不chargeback估计会装一辈子 |
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x********0
发帖数: 638 | 14 『-』noncoding 不按要求打包，物品损坏, 手机拍的图见12楼，划痕的图28，32 33
34 35（两坑，一划痕）
收了30个喷头，此人不按要求打包，三层变两层，而且至少五只有明显划痕，一只镜面
有坑，拒绝沟通，请神医收此人的货注意。以前也收到完全坏掉的头，护士打包没有问
题，我都自己扛了，不按要求打包不能接受，态度恶劣更不能接受，你可以不出货，我
不欠你钱
以下非neg,陈述事实：
注意此人要求billpay款到发货，周六交易的时候没有明确说明此事，当天billpay付款
，周
日发label并发邮件说明要求周一邮递，没有回复，你完全周日或者周一早点回复一下
，大家都有准备，可是你周一下午回信说款没有到，不发货，第
一次遇到这种情况，邮件电话沟通无果，周二没有发货，沟通无果，我电话提议cancel
交易，被威胁要neg我。周三drop。以后有这种要求麻烦直接说，求财不求气，大家时
间宝贵。
同时来的货，其他护士10个一包的，一点问题都没有，人比人气死人
估计此事无果，请大家引以为戒，我保留索赔的option
援引评价：有些人坏了ohio护士的名声 |
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L********3
发帖数: 87 | 15 总之要等款到才发货，拒绝沟通，是不是本来就知道这批货就有问题。
『-』noncoding 不按要求打包，物品损坏, 手机拍的图见12楼，划痕的图稍后上传收
了30个喷头，此人不按要求打包，三层变两层，而且至少五只有明显划痕，一只镜面有
坑，拒绝........ |
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x********0
发帖数: 638 | 17 noncoding, 25个好的已经安排付款给你。
款在手里的时候你装死不回应，扯淡不负责，只能这样逼你出来回应！
现在两个选择，
1. 你的5个坏头自己拿回去，出label给我
2. 出来大家见面谈，别扯淡，别拿别的喷头的二维码糊弄我，你又搞了30个头大家也
知道
不同意就法庭见
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自问从来没跟神医护士发生纠纷，发给神医的货出问题我都扛着直到问题妥善解决，这
个白神，braisl神医应该都有记录，护士出给我的货有问题我也自己扛着，这个需要的
话护士如果同意可以帮我做证。这次被逼无奈，大家心里都有杆秤，如果觉得我做的不
对，请推荐更好的做法，谢谢
这次被逼的没办法了，对方不跟我谈，几次要挟我，所有收到有问题的货我都自己扛了
，或者有些货丢了什么的，我都自己扛，这次实在没法忍，亏钱还挨骂，没法干 |
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c***y
发帖数: 615 | 18 我现在是有一批cufflinks assembled transcripts which does not seem to
contains coding frame. 也就是连续翻译的长度<30 amino acids.
这个结果是来自deep-seq, RNA是经过polyA selected.
看有些文献说long noncoding RNA 是可能含有polyA tail的。 所以在想是不是应该考
虑这些 tanscripts 是 long non-coding RNA.
不过我承认， 这方面东西我还读得太少。。。 |
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D***0
发帖数: 5214 | 19 至少最早找到的lncrna是pol2转的。但long noncoding是个很宽泛的定义。
单纯看cufflinks拼出的结果是没用的，mapping和拼接都有很多tricky的地方。你换个
流程也许拼出别的来了。老话：确定可能的candidate之后，需要别的实验证据的支持
，特别是得到全长序列。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.2.2 |
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n*******g
发帖数: 465 | 20 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: noncoding (noncoding), 信区: WaterWorld
标 题: 怎么才能克服这心理阴影？？？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Sep 5 11:22:32 2010, 美东)
发信人: noncoding (noncoding), 信区: Sex
标 题: 怎么才能克服这心理阴影？？？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 4 16:11:07 2010, 美东)
这是我在美国的第三个女友了。之前与两个分手的一个原因，可以说跟其中一个分手的
主要原因是她有过白男朋友。没想
到刚刚认识的一个又是这情况。对这女孩的感觉真的还不错，觉得比前两个要好，她也
主动跟我说前男友是白人。听到这
个消息的当时心里就咯噔一下，我这是咋了？我本觉得女孩交白人男友很正常，完全可
以理解，怎么到了自己遇到这情况
还是有点不舒服？是否因该去咨询一下心理医生？真的很喜欢这姑娘。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 22 未来long read普及，成本继续降低，对于在计算机层面认识noncoding sequence，以
及structural variation，以及repetitive sequence，甚至telomere centromere肯定
有革命性帮助，从这点说，NGS远远不会衰落。
毕竟一个生物和疾病层面很重要的东西---noncoding sequence，98%的human genome我
们都不清楚功能。我们可以更好更精确的identify complex structural variation，
甚至运用到prenatal的产检上去，这是industry的机遇 。
但是一个根本性问题是，哪怕你做再多的evolution层面的比对，请你告诉我：
noncoding sequence的biology function是什么？什么promoter，enhancer，intron这
些都是已经研究相对清楚的（但哪怕如此研究起来还是很困难），有更多的gene
desert的东西，必须要通过实验实验实验实验实验实验来证实。。。。。但一提到实验
，尤其是subtle effect的，就各... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 23 未来long read普及，成本继续降低，对于在计算机层面认识noncoding sequence，以
及structural variation，以及repetitive sequence，甚至telomere centromere肯定
有革命性帮助，从这点说，NGS远远不会衰落。
毕竟一个生物和疾病层面很重要的东西---noncoding sequence，98%的human genome我
们都不清楚功能。我们可以更好更精确的identify complex structural variation，
甚至运用到prenatal的产检上去，这是industry的机遇 。
但是一个根本性问题是，哪怕你做再多的evolution层面的比对，请你告诉我：
noncoding sequence的biology function是什么？什么promoter，enhancer，intron这
些都是已经研究相对清楚的（但哪怕如此研究起来还是很困难），有更多的gene
desert的东西，必须要通过实验实验实验实验实验实验来证实。。。。。但一提到实验
，尤其是subtle effect的，就各... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 24 我用的是psicheck-2的质粒，就是Renilla和Firefly在同一个plasmid上。Renilla是
control
我研究的这段noncoding序列有复杂的secondary structure，而且大概2kb，所以很可
能这样的序列会影响整个psicheck-2的空间结构和表达，包括作为internal control的
Renilla。
psicheck-2-noncoding-SNP-A和psicheck-2-noncoding-SNP-B，每次我用相同量的质粒
，相同数量的细胞转染，这个internal control的Renilla总是有明显差别；所以觉得
这里的control是没用的，但同时也说明在转录水平SNP-A和B有差别。
所以我的问题是：
1. 还是用这套系统，但我做RNA level的qPCR，我用GAPDH来控制细胞数量，同时我保
证转染加入的plasmid是相
同的量，那么我做出来的表达差别是否可信？可否发表？
2. 当然我可以重新找一个single Renilla vector，把noncoding插到这个vector上，
然后co-tran... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 25 拜托，我自己就是做基因组学的，各个方面都有涉及，尤其是noncoding。
你说的很正确，promoter，enhancer，insulator，你还可以给我来很多3d genome一堆
fancy的。noncoding rna就不晓得分了多少种。所以多少学术界的也就是靠着这个混饭
碗呢。
但很抱歉我们这里讨论的是华大，是业界，是使用价值，是利润。
除了promoter区域我们是比较了解的，姑且可以算作是和coding一样；其他所有的
enhancer blabla的，我们有多清楚？noncoding的规律过于复杂，什么xx snp可以导致
2倍的gene upregulation之类的，反正我是不信的。
换句话说，我们对noncoding区域生物学功能以及在疾病里功能了解太少，导致我们就
算是做了whole genome sequencing也没法interpret。
基础科学层面我们都研究不清楚，请问如何做成有利润的商品呢？
所以我说，看好的是exome seq＋rna－seq
哪怕我们就说coding区域，你seq病人得到一个rare nonsynonymous mutation... 阅读全帖 |
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g******w
发帖数: 852 | 26 No1
Sci. Signal., 2 February 2010
Vol. 3, Issue 107, p. ra8
[DOI: 10.1126/scisignal.2000568]
RESEARCH ARTICLES
T. Kino, D. E. Hurt, T. Ichijo, N. Nader, G. P. Chrousos, Noncoding RNA Gas5
Is a Growth Arrest– and Starvation-Associated Repressor of the
Glucocorticoid Receptor. Sci. Signal. 3, ra8 (2010).
No2
Long noncoding RNAs and human disease Review Article
Trends in Cell Biology, Volume 21, Issue 6, June 2011, Pages 354-361
Orly Wapinski, Howard Y. Chang
No3
RNA Biol. 2010 Sep-Oct; 7(5): 582–5... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 27 sequencing: 更多的sequence 新方法，还有intron, promoter sequencing, levi
的TERT promoter是不是要引起一阵promoter and intron region sequencing的热潮
关于melanoma promotor mutation的文章，不知道大家有何评价？
70%的sporadic melanoma都有promotor区域的SNP，这也太surprising了
一般我们就是找coding region的SNP，或者noncoding区域的CNV/SV；没想到小小的
promotor的SNP竟然会成为背后杀手。
同样的，对于其他的神经疾病的genetics，会不会也是noncoding region的很多问题呢
？真是越来越难做了。从SNP到SV/CNV到complex region，从coding到noncoding
levi |
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r**********e
发帖数: 587 | 28 非常非常赞同
第一，3D其实都搞了很久了
第二，ChIP-seq里都是猫腻一堆，就别说3D了。我自己不是内行，但听了很多人抱怨说
不太相信3D/Hi-C的结果
第三，这个3D，坦白说也是noncoding genome的一部分；坦白说整个noncoding genome
会一直是学术的热点，但临床实际应用坦白说遥遥无期（除了一些比如promoter我们了
解的清楚的noncoding） |
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h***u
发帖数: 90 | 29 Job description
The Laboratory of Dr. Housheng Hansen He at the Ontario Cancer Institute and
the University of Toronto is focused on elucidating the functional role of
epigenetic regulation in cancer development and progression, with a special
focus on interplay between epigenetic regulators and noncoding RNAs. The lab
is utilizing and developing cutting edge experimental and computational
methods based on next-generation sequencing. One computational and two
experimental postdoctoral-fellows wi... 阅读全帖 |
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i******4
发帖数: 20643 | 30 ☆─────────────────────────────────────☆
Richard630 (快乐的粉刷匠) 于 (Tue Feb 26 17:33:05 2013, 美东) 提到:
【起因】
我在整理6i (guangyao Li)的信息，想着怎样讨个公道。透过google发现了一位被骗$
1000+的受害同胞happymini爆了一个跟骗子6i UA帐号关联的Solon,OH的地址。我就把
该地址加到我的帖子里。
【经过】
几分钟后wuyh要求我删除他家该地址。我以为wuyh是养了一段时间的6i马甲，抓坏人心
切，怕有人正在受骗所以仓促发帖说wuyh是疑似6i新马甲。后经过大家热烈的讨论和网
友的齐心协力，以及zxh30作保（他也为siyu作保），wuyh更可能的身份是guangyao li
的校友，曾经在一个导师下做研究。Solon,OH的地址是他的。据wuyh说，他也借钱给
guangyao li,有些还给他了，有些没还。据wuyh说，guangyao li最初东窗事发他还曾
今帮助/参与扣留guangyao li护照并交由警方处理。
【结果】
由于情况非常... 阅读全帖 |
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k*******8
发帖数: 1304 | 31 ☆─────────────────────────────────────☆
isis1414 (完工了，yeah~~) 于 (Fri Mar 8 07:48:21 2013, 美东) 提到:
没说要辞职，一边歇着去。
先感谢昨晚群里的一些朋友帮我打抱不平，很感动。不过今天我要跟你们撇清关系，跟
群撇清关系，就这么着了。
这一晃当这个版副也一年多了。先说我们的版主新蛋，当年真心激动呀，多好的版主，
有壮志有雄心有安排，我真是全心全意跟着她干的。不过版主实在是忙，三五个星期不
上版面看一看，信箱永远满，每次出事了要请示得给版主所有马甲发一遍，然后三五日
后收到回音，不过一般那时侯大错已经铸成，吸取教训下次改进。这个版副当的真心窝
囊，除了人家叫声"版副"得瑟几下，每月240伪币工资，剩下的就是遭人恨，遭人骂，
给人当枪使。向版上各位给我删过封过的大牛赔个不是，真心对事不对人，傻乎乎的就
想认真做好工作，你们别跟我计较。
言归正传，这次的起因是某个马甲在二手版发了个帖子，揭露了todays群的很多不堪事
，刚巧我在这个群里，也看到马甲很多都是瞎说。于是马上在二手回了贴。回到e... 阅读全帖 |
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k*******8
发帖数: 1304 | 32 ☆─────────────────────────────────────☆
Caige (财哥) 于 (Fri Mar 8 10:42:57 2013, 美东) 提到:
居然还带了马甲？
呵呵
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firing (放火是很有前途的职业) 于 (Fri Mar 8 10:43:53 2013, 美东) 提到:
悬崖勒马了？
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noncoding (noncoding) 于 (Fri Mar 8 10:50:25 2013, 美东) 提到:
估计是被教主踢出去了，你们感受下
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flawless (花无缺) 于 (Fri Mar 8 11:29:21 2013, 美东) 提到:
在哪个群，是自由吧，。就象去了哪个party一样。 跟版面没什么关系。但是，我奇
怪的是群为什么收费呀。
刚一上来，铺天盖地的都是这... 阅读全帖 |
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k*******8
发帖数: 1304 | 33 ☆─────────────────────────────────────☆
mir (rebates) 于 (Fri Mar 8 10:46:43 2013, 美东) 提到:
不许欺负我家蛋妹
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Caige (财哥) 于 (Fri Mar 8 10:48:38 2013, 美东) 提到:
老大，你说说，是他先拉偏架在先，然后借机报复，落井下石，这兔子逼急了还咬人呢
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noncoding (noncoding) 于 (Fri Mar 8 10:49:35 2013, 美东) 提到:
财哥是中立派，顶
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sungo (sungo) 于 (Fri Mar 8 10:59:46 2013, 美东) 提到:
在什么地方说什么话。
NEWEGG是EBIZ的版主，看TODAY的群不顺眼，在EBIZ的地盘上
想删想封都... 阅读全帖 |
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k*******8
发帖数: 1304 | 34 ☆─────────────────────────────────────☆
fading (逝) 于 (Fri Mar 8 14:53:00 2013, 美东) 提到:
先不要说回弹劾帖的大都是几百年不来这个版的，不是马甲就是从来没发过言的。
一群已经自立门户自建网站的人跑来弹劾mitbbs的版主
这就好比一群来美国拿了公民的民运轮轮们要弹劾土共的领导
很搞笑的说
~
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limaojian (mm) 于 (Fri Mar 8 14:55:00 2013, 美东) 提到:
一针见血
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aladdin (The bear went over the mountain) 于 (Fri Mar 8 14:59:11 2013, 美东) 提到:
说得很好, 呵呵
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gangnam (江南四大) 于 (Fri Mar ... 阅读全帖 |
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n*******g
发帖数: 465 | 35 【 以下文字转载自 FleaMarket 讨论区 】
发信人: noncoding (noncoding), 信区: FleaMarket
标 题: [-]zhhyyy
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 4 19:38:03 2013, 美东)
对方ID:zhhyyy
Feedback (+/-/0): -
交易原始连接:
http://www.mitbbs.com/article0/FleaMarket/33754303_0.html
我的评价:没诚信.联系说要人民币.开始说急需,我回复急需就不交易.过一会来信说可
以交易,并要了我的收款帐户,而后就不见反应,站内问不再回复. |
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d*******h
发帖数: 5065 | 36 ☆─────────────────────────────────────☆
cd90 (c**[email protected]) 于 (Wed Feb 5 17:03:03 2014, 美东) 提到:
本来就是一件小事，来龙去脉大家都清楚了，对方也是和我合作了很久的老人了。
所以，一开始晚回应完全没想到之后会引出如此大的后果。
其实也就是因为开始认为和对方合作时间不短了，大家互相都有了足够的信任。对方一
在版上公开找我，我才如此的愤怒。我想，我们合作了五年，连这点基本的信任都没有
么？为什么要弄到版上公开，让我的声誉受损，这是要大家公开批判我的节奏么? Even
though I said shut up, but YYKK also 操我大爷 many times. 我向YYKK道歉(
Even Paid, should not ask YYKK shut up, he has the right to 发帖吐槽)
但是，就算我多愤怒也不应该言辞过激，不礼貌，这是我的不对，向各位道歉了，希望
大家海涵。
最后说一下，事情已经处理好了，我并没有故意拖欠应付的钱。(I Pai... 阅读全帖 |
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n*******g
发帖数: 465 | 37 【 以下文字转载自 FleaMarket 讨论区 】
发信人: noncoding (noncoding), 信区: FleaMarket
标 题: 请求仲裁 关于xiangpi810 5个坏喷头
发信站: BBS 未名空间站 (Fri May 16 14:19:42 2014, 美东)
25个喷头的款，我希望xiangpi810安排支票，money order，或cash
我今天安排label，要求xiangpi810把5个坏喷头包好发给我
30个喷头的二维码我会发给版上两位神医存档，是发货当天用iphone照的。 |
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n*******g
发帖数: 465 | 38 虽然你已经回邮件表示不给，
我在版上再催一次。
你拿不出二维码就必须按我昨天的提议把证据亮出来，否则就有栽赃陷害的嫌疑。
发信人: noncoding (noncoding), 信区: FleaMarket
标 题: 关于跟xiangpi810喷头交易事件的提议
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 28 14:43:41 2014, 美东)
xiangpi810来信说检查了10个，有一个带大坑，还有几个有划痕。这个损坏几率属于非
常高了。我觉得任何人收到货发现这个情况就会即刻警觉起来，会对剩下的20个喷头认
真对待。可能会有两种情况：1. 立刻封存剩下的喷头。如果xiangpi810还没有拆开这
20个喷头包装，那我建议当面跟xiangpi810检查核实这些喷头，或请版上第三方验证这
20个喷头，按照概率，如果是我这边的问题，这20个里面必定还有不少坏的。
2. 拆包取证。如果xiangpi810 已经拆开了这20个包装，那当时应该留下了足够的证据
来证明这里面有些喷头拆开前就已损坏，请把这些证据放到版上来让大家评判。
目前，xiangpi810放到版上的几张照片，我认为... 阅读全帖 |
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x********0
发帖数: 638 | 39 to noncoding: 我说过不给吗？你觉得你这个給法有问题没？你自以为是，老玩文字游
戏有意思吗，我是怎么回复你的？多少人提醒你你的solution有问题了？自己装死看不
懂？
To:现在的问题是没法信任他，这人胡搅蛮缠，无理找三分，
我发过去这几个二维码，他可以马上替代掉说不是他发的，所以我要求他把这批30个的
二维码都给我，这样大家都跑不掉，货在我这儿，没人能伪造出来，至于有人说的替换
二维码，这个要是有人做手脚马上就能看出来，大家都没那么傻，noncoding你觉得自
己智商高人一等吗跟？
或者我们就当面对证，中间挑个地方，你带着你的二维码，我带着你的货，再次提醒你
别凑30个二维码！ |
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n*******g
发帖数: 465 | 40 【 以下文字转载自 ebiz 讨论区 】
发信人: noncoding (noncoding), 信区: ebiz
标 题: xiangpi810 charge back $19200
发信站: BBS 未名空间站 (Fri May 16 10:10:44 2014, 美东)
xiangpi810你现在charge back 30个喷头的款共$19200
如果你不能证明是坏在我手里，请立刻：
1.付全款
2.把所有属于我的喷头安全返回
否则你的导师，系主任都将收到我的信，法庭见。 |
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h***u
发帖数: 90 | 41 Job description
The Laboratory of Dr. Housheng Hansen He at the Ontario Cancer Institute and
the University of Toronto is focused on elucidating the functional role of
epigenetic regulation in cancer development and progression, with a special
focus on interplay between epigenetic regulators and noncoding RNAs. The lab
is utilizing and developing cutting edge experimental and computational
methods based on next-generation sequencing. One computational and two
experimental postdoctoral-fellows wi... 阅读全帖 |
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n*******g
发帖数: 465 | 42 【 以下文字转载自 ebiz 讨论区 】
发信人: noncoding (noncoding), 信区: ebiz
标 题: 刷amex biz卡的机会来了
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 13 14:28:46 2013, 美东)
gift card for employee appreciation day. no fee. |
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n*******g
发帖数: 465 | 43 【 以下文字转载自 Sex 讨论区 】
发信人: noncoding (noncoding), 信区: Sex
标 题: 怎么才能克服这心理阴影？？？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 4 16:11:07 2010, 美东)
这是我在美国的第三个女友了。之前与两个分手的一个原因，可以说跟其中一个分手的
主要原因是她有过白男朋友。没想
到刚刚认识的一个又是这情况。对这女孩的感觉真的还不错，觉得比前两个要好，她也
主动跟我说前男友是白人。听到这
个消息的当时心里就咯噔一下，我这是咋了？我本觉得女孩交白人男友很正常，完全可
以理解，怎么到了自己遇到这情况
还是有点不舒服？是否因该去咨询一下心理医生？真的很喜欢这姑娘。 |
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b*****e
发帖数: 288 | 44 随便去pubmed搜了下：
A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene
repression in the p53 response.
Huarte M, Guttman M, Feldser D, Garber M, Koziol MJ, Kenzelmann-Broz D,
Khalil AM, Zuk O, Amit I, Rabani M, Attardi LD, Regev A, Lander ES, Jacks T,
Rinn JL.
Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19.
Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer
metastasis.
Gupta RA, Shah N, Wang KC, Kim J, Horlings HM, Wong DJ, Tsai MC, Hung T,
Argani P, Rinn JL, Wang Y, Brzoska P, ... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 45 拿到某疾病sample的whole-genome sequencing数据，鉴定出SNP；其实不仅SNP，各种
structural variants我也搞到了手上。
请问然后做什么呢？
和已经有的database比较挑出rare variants？
然后看这写variants影响了什么coding region？
甚至和DNAse 1 hypersensitivity或者eQTL比较来找影响到了什么noncoding region？
我感觉WGS之后的下游genetic basis分析然后来找什么致病位点挺傻的，大部分
noncoding region我们都搞不清楚是什么功能。然后作为bioinformatician能做的就这
么多了，不晓得在biology/medicine角度还有什么可以继续探究的思路？
另外，如果我拿到100个甚至500个WGS的data，又应该怎么做呢？做population
genetics？
请前辈高人指教！
谢谢 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 46 新出炉的ENCODE的regulome的数据库
http://regulome.stanford.edu/index
我想问下，哪里有完整的database可以下载的？这样就可以自己在terminal里分析，而
不是一个个的在browser里query
download里能下载的只有Category1，2，3
另外还有一个问题，
能下载的Caterogy1/2/3的文件的format是：
SNP_name chr1 100 All evidences from ENCODE (say, chip-seq, DHS)
我就是说我能下载到的文件都是提供noncoding SNP和对这个noncoding SNP的
annotation
但如果在browser里直接搜索，随便输入一个coordinate，哪怕不是SNP，也会告诉你这
个位点的score是多少。
也就是说，这个背后肯定有都每个位点的annotation的数据库，而这个数据库目前我下
载不到。
谢谢！ |
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b**********a
发帖数: 930 | 47 楼主说的对，现在的化合物库和化合物设计、合成、in vitro筛选等都不是瓶颈，in
vitro筛选的效力惊人，只要有足够的化合物，in vitro活性都可以得到。
真正的瓶颈在in vivo筛选，这里面的最大问题的动物模型，现在最常用的是大鼠和小
鼠。这些动物in vivo和人类的相关性、预测性等完全没有办法，动物模型本身的病理
状态和人疾病的相关性等。如果哪一天猴子模型可以很普遍的应用，可能这些预测性和
相关性会好很多。
《PNAS》最近提到的生命科学类11月最受关注的十篇论文中提到小鼠模型须小心使用，http://www.biomart.cn/news/103/129225.htm
小鼠被广泛用于模拟人类代谢、疾病和药物应答，是医学研究中的一个基本工具。然而
斯坦福大学的研究指出，人类和小鼠的基因表达存在着惊人的差异，不论是蛋白编码基
因还是非编码基因。这项研究发表在十一月十七日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。
相信在未来的不久对大鼠基因表达也会有类似的研究，这样应该可以比较好的解释为什
么动物模型的相关性和预测性是如此之差。
小鼠被广泛用于模拟人类代谢、疾病和药物应答，是医... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 48 TFBS在ENCODE project里面已经做烂了
http://www.nature.com/encode/#/threads
如果你关注的是纯计算TFBS prediction，我觉得已经很准确了。如果没记错，ENCODE
用的是MACS这个软件
https://github.com/taoliu/MACS
但是坦白说从纯biology角度，现在大家完全不满足于binding site；
1. Binding doesn't mean function! 好文章现在都要求证明binding后是否调控了
gene expression change
2. 蛋白-DNA和蛋白-蛋白作用非常复杂，所以很多ChIP实验本身就值得质疑，很多猫腻
3. ENCODE project当年豪言说根据他们的研究human genome 80%都有function，当时
受到了批评和质疑
你去看UCSC genome browser里面，一个位点可能有几十个TF在bind；你从单个TF
binding很难预测说，一旦XX TF bind后会有什么作用
对于noncoding human genome... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 49 1. 我刚才没仔细看你的帖子，你提到了TFBS的“预测”和“鉴定”
这两个完全不同。
我刚才以为你说的是“鉴定”-identify，比如用ChIP-seq；这个应该叫
identification，而不是prediction吧？我相信MACS这样的软件
open to all species吧？只要你提供Sea Urchin的genome就可以了吧？
但如果你说的是“预测”-prediction，坦白说我觉得很不靠谱；但是也有很多类似的
research，基本逻辑估计也是基于一堆ChIP-seq的“鉴定”出来的TFBS，算出motif (
比如-TAAA-), 这个是training data；然后拿到新的感兴趣的数据里去test？
2. 关于神经系统的genetic variation；其实我只是工作中遇到过，并没有系统去研究
，虽然也觉得有意思。
我做neurology的（但坦白说neurology的人其实不太懂neuroscience，两个不同行当）
，我过去的工作之一就是研究我们这种神经疾病一些GWAS noncoding SNP是否有功能。
这种研究很多时候非常frustra... 阅读全帖 |
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