N******n
发帖数: 3003 | 1 page = urllib2.urlopen(link).read()
我把关键词写进link里面：https://www.google.com/search?q=+Toward+a+
statistically+explicit+understanding+of+de+novo+sequence+assembly
链接能手动打开，但是为什么不能用urlopen呢？
raise HTTPError(req.get_full_url(), code, msg, hdrs, fp)
urllib2.HTTPError: HTTP Error 403: Forbidden
google是不是不让这样搜索。 |
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l*****k
发帖数: 587 | 2 because of the nature of my work, I just hear a really exciting news. It
is about drug design that produced peptide with almost identical activity
as the cell surface's natural conjugates(an import hormone). Sorry, I don't
think it is appropriate to reveal more details about it.. The peptide is
much, much easier to produce than the real hormone.
I wonder if we can talk about the prospect of this kind of research, I
personally think it is a revolutionary success, it changed the whole way we
can t |
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j*******e
发帖数: 26 | 3 You have to intimate your de novo idea to the boss to the degree that he feels
it is very important to do, as his own idea! Also, you have to intimate your
promotion to the local environment that all the other lab members feel that
your promotion is their promotions! To reach the first point, you have to give
the boss an impression that your idea inspired by his previous work. To get
the second goal, you have to support some of the other people's ideas in the
group. This is the so called persona |
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h******b
发帖数: 312 | 4 There are primarily 2 types of microarray, comercial Affymetrix chip and
spotted array(cDNA/pcr), I guess u mean spotted array.
two major differences between the 2 types:
1. spotted material: affy use de novo synthesized oligo, 20mer or 25 mer,
called a probe, each gene is represented by 11? or 16 probes. the whole thing
called a probeset, so a probeset correspond to a gene. spotted array is
relative flexible, can print on the chip cDNA(comercially synthesized) or pcr
product, or even promoter s |
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e*******e
发帖数: 1837 | 6 基因组测序"不用动太多脑子就能发nature"的时代已经过去了.
大熊猫这篇除了楼上说的那些东西还有个新的二代测序序列全新组装(Short-read de
novo sequencing and assembly)的亮点.否则光分析个基因组发Nature已经很难了. |
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m**********2
发帖数: 6568 | 7 the key word of the panda genome sequencing papar (Nature) is
de novo assembly
That's something pretty NB.
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s***m
发帖数: 6197 | 8 这个几家公司都在改进
一般现在大家de novo用454足够了
re-sequencing用illumina的机器
今年pacific bioscience就要上市了
拭目以待呀 |
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A*****n
发帖数: 243 | 9 454贵，而且reads数目和总的碱基数一般来说没有Illumina多
但是对于de novo的基因组拼接尤其是metagenome效果还是
比Illumina强很多的。 |
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f**********e
发帖数: 1994 | 10 NGS 这行当现在基本上是可以靠船坚炮利玩的。叫一个 single molecule lab 买
128 台 confocal + storm 估计也买不出个 nature 来。用 short-read 装
de novo 是很酷 -- 只要想尽办法拼出很大的 N50 contig 就行了。 |
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t*****l
发帖数: 25 | 11 very true. Seems like people were not happy about BGI's short read de novo
having many Ns to pump up the N50 size. |
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c****l
发帖数: 1086 | 12 All the examples listed in there are those that had some modification based
on prototype drugs. Give an example of de novo design based on structure. |
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a****o
发帖数: 1786 | 13 since mRNA level does not change, it is unlikely the stability of mRNA is
the cause. it is more likely to be translation efficiency or protein
stability changed. I suggest you to check the association of ribosome with
this mRNA first, then check if protein level is higher in a protease
deficient strain, another thing you can check is the de novo synthesis of
mRNA by ChIP. maybe only newly synthesized mRNA can be translated. Good
luck! |
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f**********e
发帖数: 1994 | 14 正确，color space 到 base space 必须要 mapped to reference.
大熊猫的 de novo 测序那些 contigs 的组装正确性有什么方法能确定？
是不是就是 N50 越长越好？不然我记得一篇很早以前的 paper 就讲到错
误的组装可能有更好的 N50。
当测序结果
来 |
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d**z
发帖数: 20 | 15 他们这帮人除了会测序还会干什么？
09年的nature
The sequence and de novo assembly of the giant panda genome
Ruiqiang Li1,2,27, Wei Fan1,27, Geng Tian1,3,27, Hongmei Zhu1,27, Lin He4,5,
27, Jing Cai3,6,27, Quanfei Huang1, Qingle Cai1,7, Bo Li1, Yinqi Bai1, Zhihe
Zhang8, Yaping Zhang6, Wen Wang6, Jun Li1, Fuwen Wei9, Heng Li10, Min Jian1
, Jianwen Li1, Zhaolei Zhang11, Rasmus Nielsen12, Dawei Li1, Wanjun Gu13,
Zhentao Yang1, Zhaoling Xuan1, Oliver A. Ryder14, Frederick Chi-Ching
Leung15, Yan Zhou1, Jianjun Cao1, Xiao |
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j*****d
发帖数: 787 | 16 a sexy dream.
人类对能量的转移已经超越了其作为生物一员的智慧。不过话说回来，我们有类似叶绿
体那样的超级能量生成器吗，de novo那种？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 17 actually there are a bunch of amino acid transferases. Those thing can add
one amino acid to the existing peptide chain without mRNA. However, it
cannot creat a polypeptide de novo. |
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s**********y
发帖数: 122 | 18 1.Improved efficiency of bovine somatic cell nuclear transfer by optimizing
operational procedures.
Zhao LW, Yang XY, Guan PF, Fu J, Li H, Zhou YY, Huang SZ, Zeng YT, Zeng FY.
J Reprod Dev. 2009 Oct;55(5):542-6. Epub 2009 Jul 1.
PMID: 19571467 [PubMed - indexed for MEDLINE]Free Article
Related citations
2.Selection of in vitro produced, transgenic embryos by nested PCR for
efficient production of transgenic goats.
Huang SZ, Huang Y, Chen MJ, Zeng FY, Ren ZR, Zeng YT.
Theriogenology. 2001 Sep 1;5... 阅读全帖 |
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s*********e
发帖数: 399 | 19 补充一下，因为细菌的genome比较小，所以一般的NGS,一个round就可以很多次.
这样,bgi不推荐reseq, 更推荐直接de novo. 这样的费用和reseq差不多. |
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s********n
发帖数: 2939 | 20 de novo和re-sequence有何区别？只是coverage的区别吗？ |
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l*******k
发帖数: 361 | 21 发信人: fliiimaster (三楼楼长), 信区: Biology
标 题: Re: 归不归？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Dec 30 17:27:47 2010, 美东)
lz是纯外地海龟。也就是说在北京毫无社会关系和基础。这种条件下，50w/年，才刚刚
够在美国做千老的生活。
有人说比较生活质量，按1：3来算比较合适，也就是说在美国收入16.7万美元对应国内
的50w，不知道哪里能出得起这么高的postdoc的工资（就算两个人也要80k+)
我知道的行情，一个做了六年博后发了cell去上海中科院当百人的姐姐，房补700k，工资200k，这个待遇是好于绝大部分大学的,按照你的说法，那根本没人海归了
另外有一个去生物公司做project manager的朋友，工资150k,绩效50k-60k，公司正帮
着申请青年千人计划，拿到后国家会给500k的房补
一个美国phd，又做了4-5年postdoc的师兄，去了novo nordick在北京的研发中心，税后加上各种补贴福利有200k
一个国内top2 phd,又在这边做了4-5年postdoc的师兄，去了南京... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 22 一个做了六年博后发了cell去上海中科院当百人的姐姐，房补700k，工资200k，这个待
遇是好于绝大部分大学的
I wonder how many of people can get this kind of positions in 上海中科院?
Who can find this kind of positions in 上海中科院?
发信人: fliiimaster (三楼楼长), 信区: Biology
标 题: Re: 归不归？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Dec 30 17:27:47 2010, 美东)
lz是纯外地海龟。也就是说在北京毫无社会关系和基础。这种条件下，50w/年，才刚刚
够在美国做千老的生活。
有人说比较生活质量，按1：3来算比较合适，也就是说在美国收入16.7万美元对应国内
的50w，不知道哪里能出得起这么高的postdoc的工资（就算两个人也要80k+)
我知道的行情，一个做了六年博后发了cell去上海中科院当百人的姐姐，房补700k，工
资200k，这个待遇是好于绝大部分大学的,按照你的说法，那根本没人海归了
另外有一个去生... 阅读全帖 |
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l*********1
发帖数: 351 | 24 伊是大明星。directed evolution谁都能做，de novo design就他家了。mayo 跟
hellinga都已经成为过去式了。关键是人nice，supportive |
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j*****d
发帖数: 787 | 25 我想拉马克的遗传进化学说是个针对de novo的新性状 的遗传
epigenetics其实还是相当稳定的，至少我们目前所讨论的epigenetics都有内在“机制
保障+感应”， 也就是说epigenetics是相对传统DNA genetics来讲遗传规律。 不要神
化这个概念，它其实 只是 regulation of gene expression 反式调控(trans?)的一个
深化。 |
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z*t
发帖数: 863 | 26 那篇cell相当坑爹，我在jc上讲过，看上去很花，信息量很少，而且一篇paper内的结
论并不能相互印证，是大家critisize paper的好选择。。。至于metastable
epiallele遗传,现在的看法一是会产生后代phentype variance，是不是de novo gain
of phentype就是见仁见智的问题了，二是epigenetic inheretance可以传递10-50代。
瑞士FMI的 Antonie Peter有个学生Urszula Brykczynska写了个thesis放在网上，对
epigenetic inheretance做了相当详细的review，推荐一读 |
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s******i
发帖数: 115 | 27 至少2008年以前，Fan 在西北大学Feinberg School of Medicine做博士后。这些是他
在该实验室的Publication:
Du Z, Park KW, Yu H, Fan Q, Li L.(2008)Newly identified prion linked to the
chromatin-remodeling factor Swi1 in Saccharomyces cerevisiae.Nat Genet. 40(4
):460-5.
Fan Q, Park KW, Du Z, Morano KA, Li L.(2007)The role of Sse1 in the de novo
formation and variant determination of the [PSI+] prion. Genetics. 177(3):
1583-93.
现在在哪就不知道了。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 28 。。。遗传不仅是基因重组。。。还有很多de novo变化
原始的gene pool也有多样性的
就是重组，也是非常复杂的 |
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d*****s
发帖数: 647 | 29 We have now received reports from 4 referees on your manuscript. As you will
see, the referees have raised serious criticisms that preclude publication
of your work at this stage in Nature Medicine. We have therefore closed your
file, so that you may submit your work elsewhere without further delay, if
so you choose.
The referees are somewhat split in their views of the interest of the work,
with referees #3 and #4 expressing interest in principle, whereas referee #2
feels that evidence that the... 阅读全帖 |
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s****z
发帖数: 50 | 30 it's re-submission, not bad.
good luck! |
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L*******a
发帖数: 293 | 31 soapI的框架是07年夏天BGI从北京搬去深圳的最初期，Ruiqiang自己写的。后来又逐渐
有其他人加入，最后找了香港的一个team优化了算法，进一步包装，然后发表。
再之后就一直有专门的人负责维护，以及开发之后一系列的soapSNP，soap de novo等。 |
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h***0
发帖数: 248 | 32
存储用什么系统，是否开源，等等。
如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
data mining主要用JAVA
data mining 你指什么?结合功能数据?
现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
comparative -omics的研究
还有各种分析软件的开发
测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 33 看了看，好像没有楼主要求的这种peptide kindom database，
楼主本质是要求有个现成的database(not from bioinformatics, but from
functional ones)
现有的所谓protein database，似乎是bioinformatics，一些相对简单的算法，直接从
genome上面生成的，缺乏很多很多posttranslational modification。 这样ms 搜索这
个数据库，匹配法鉴定蛋白，不需要de novo分析出来某个蛋白，大大减少了ms的数据
库工作。这种办法，据说是Scripps John Yates发明的。
现实中，某种功能性的peptide都是一点一点在实验室多少人年 磨出来的。
所以，你的想法注定落空； 现实似乎也没有一个队伍专门做literature screen，归纳
出来一个不断更新的peptide kindom。
这些peptide当然可以归类 到某些蛋白ABC.... 然后你在整个蛋白ABC。。。mapping，
作总结图。这个相信可以找bioinformatics的人搞定，肯定不... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 34 我们领域做过的牛人也用过Trinity。听有经验的人都说de novo耗内存，Trinity说需
要1G RAM per 1M ~76 base Illumina paired reads。还好我做的transcriptome大概
12M 左右的reads，现在在准备装一个小型的工作站，先用16G 内存试一试看够不够。
有机会也去试试BGI的，BGI现在连着几期都在Nature上做广告了，知名度也在提升啊。
希望他家的东西也不错。^_^
point.
,
what
and
SNP |
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c*********r
发帖数: 1312 | 36 我们领域做过的牛人也用过Trinity。听有经验的人都说de novo耗内存，Trinity说需
要1G RAM per 1M ~76 base Illumina paired reads。还好我做的transcriptome大概
12M 左右的reads，现在在准备装一个小型的工作站，先用16G 内存试一试看够不够。
有机会也去试试BGI的，BGI现在连着几期都在Nature上做广告了，知名度也在提升啊。
希望他家的东西也不错。^_^
point.
,
what
and
SNP |
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s*********e
发帖数: 11 | 38 回的迟了一点，现在velvet的性能提升了不少，如果用，下新版本的。缺点就是内存占
用比较大的，我做水稻de novo assembly using 512Gb mem仍然卡，abyss 也表现不错
，建议试一下。
_^ |
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c****y
发帖数: 373 | 39 个人感觉BGI的东西一般。
transcriptome 的de novo assembly 可以试oasis， trinity，MIRA， IDBA-trans
denovo的工具主要都要求大内存，特别是多个lib的情况。128G的机器基本上是低配了
。我现在都用1T的跑。
好象还有一个叫SGA的，号称省内存得很，5G内存就跑完human genome assembly，就不
知道结果如何，如果好的话真是穷人的原子弹呀。
如有兴趣合作分析，可站内信联系。
_^ |
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w*****y
发帖数: 1201 | 40 clc做一些de novo的RNA-seq assembly还可以，需要内存不是很大，大概16G的内存组
装50million的reads没有什么问题，大概几个小时，推荐至少32G内存。
pipeline |
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c****y
发帖数: 373 | 41 个人感觉BGI的东西一般。
transcriptome 的de novo assembly 可以试oasis， trinity，MIRA， IDBA-trans
denovo的工具主要都要求大内存，特别是多个lib的情况。128G的机器基本上是低配了
。我现在都用1T的跑。
好象还有一个叫SGA的，号称省内存得很，5G内存就跑完human genome assembly，就不
知道结果如何，如果好的话真是穷人的原子弹呀。
如有兴趣合作分析，可站内信联系。
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w*****y
发帖数: 1201 | 42 clc做一些de novo的RNA-seq assembly还可以，需要内存不是很大，大概16G的内存组
装50million的reads没有什么问题，大概几个小时，推荐至少32G内存。
pipeline |
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