b****r
发帖数: 17995 | 1 性命攸关的事情，如果不是很有把握，建议还是少发言吧，患者家人病急乱投医，可能
会因此绕弯路走错路，另外，一些不准确的信息病人家属记住后如果先入为主，可能对
医生们将来的处理带来不少麻烦，最终不利于患者治疗
楼主小孩的情况我还没有仔细分析，但是基本可以肯定是代谢性疾病，代谢性疾病除了
X 连锁的一小部分，基本上都是隐性遗传，一般都是双亲各给予一个杂合突变造成，很
少由de novo mutation 引起。此外，治疗方面，遗传病确实有不少没有什么对症治疗
的方案，但是代谢性疾病里有大量的例外，打个比方，每个州那几十个newborn
screening包括的遗传病，大部分都是代谢性疾病，之所以花大价钱对每个患儿进行代
谢病的早期诊断，就是因为代谢性疾病通过饮食，药物等治疗，很多可以获得极好的效
果，比如苯丙酮尿症，枫尿病，治疗后患者能够获得和正常人类似的生活质量。楼主的
小孩目前状况还可以，也许一旦找到病因，能够通过简单的办法取得很好的效果。说句
题外话，这也是为什么我们做临床遗传学的需要花很大的精力进行科研和探索，因为新
的科研成果可能马上就能转化成实实在在的临床疗效。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 Pls check,
>This underlines the importance of identifying the presence and
understanding the function of these antisense non-coding RNAs. The
information concerning strand ori-gin is often lost during conventional RNA-
Seq; capturing this information would substantially increase the worth of
any RNA-Seq experiment. By manipulating the input cDNA during the template
preparation stage it is possible to retain this vital information. This
forms the basis of strand-specific RNA-Seq. With an ability ... 阅读全帖 |
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o****u
发帖数: 214 | 4 de novo design本来就是烧钱的东西。不然全世界也不会只有几个地方能做了。
如果你自己表达，基因合成的费用也是要那么多的。
我们一般一个蛋白设计的项目，前期基因设计/合成的的预算就要准备150000美元左右
，做大概一百个左右的设计。大学的实验室自己做可能比较吃力，但是商业项目的话，
这个只相当于一个人头一年的开支。考虑到节约的时间，还是很划算的。
当然，要是你们搞了什么逆天的牛算法出来，可以一次预测成功的，当我什么都没说，
我等着读你们的文章。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 5 差不多，就是做一个de novo expression 的库，看看哪个能够成功的表达以及折叠。
因为不是每一个序列都能表达出来的。 |
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o****u
发帖数: 214 | 6 现在预测的瓶颈不在算法，而是电脑科技发展速度太慢了，即使是大型的cluster也不
行。
我所知道的主流预测算法都是不含水的。包括rosetta都是完全不含水的干蛋白计算。
如果需要加入水分子的计算，现在的电脑运算速度还需要提高至少数千万倍（一个蛋白
含100个水分子，每个水分子按照XYZ轴每5度角的旋转计算一次能量）。
按照摩尔定律18个月速度提高一倍的速度，我退休之前是看不到那一天了。
我个人认为de novo design本身在可以预见的将来是没有什么商业价值的。但是从中衍
生出来的很多方法学是可以应用到实际工作中的。大致可以比喻为有机合成中的全合成
，本身没什么用，但是其中某些步骤可以应用到大规模化工生产中。 |
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z*t
发帖数: 863 | 7 你说的是agi-6628,早期的inhibitor?新的agi-221对r172k也适用，他们的cohort里有
一例R172k，也是有效果。idh1和idh2 WT基本就是不同功能...idh1在de novo lipid
synthesis和redox状态维持上更重要。只有neomphoric mutation功能是一致的。
Incyte这点是不错的，不过咱们算这些预期能占到市值的一半，MF,PV类的市场在
ruxolitinib的专利期内还是有2-4 billion的市值的。不过agios这个药celegene要全
部吃下来，最后估计agios会被celegene合并吧
lily |
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s*****g
发帖数: 87 | 8 谢谢回复！
我们可以算是一个独立实验室，主要需要做exome sequencing 和 RNA sequencing, 不
需要做de novo human genome sequencing，加上预算有限，所以准备买一台这个试试
看。 Miseq似乎不能满足exome sequencing 的要求。 |
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s********3
发帖数: 231 | 11 《科学》对STAP手稿的专家评审意见曝光
《科学》对传说中的STAP细胞论文的三名评审专家意见，过去一直被雪藏，今天终于
被曝光。专家对这一研究的评价不高，认为非常全面的描述性研究，如果结果确定，可
能导致发育生物学大厦的颠覆，其实是不相信这种研究结论。因为没有当时的投稿件，
所以没有办法对这些评价进行更深入分析。不过这些资料显然都在某个地方，只是拥有
的人不愿意拿出来。
Retraction Watch readers are of course familiarwith the STAP stem cell saga,
which was punctuated by tragedy last month whenone of the authors of the
two now-retracted papers in Nature committed suicide.
In June, Science‘s news section reported:
Sources in the scientific community confirm that early version... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 12 PacBio 在 Science/Research 能dominate? 除了长，在HLA/de novo测序上有些优势，
其他都不成气候，而且单独一个它自己的平台绝对不行
Oxford Nanopore好久都没有消息了。最后的消息是数据准确度不太行。你说future是
它家的，听上去你有些一手经验？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 13
你这个毫无意义，技术上很美不等于应用上美。用最土的sanger sequencing
也能比illumina做de novo上强，没通量有人用么！ |
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m***T
发帖数: 11058 | 14 如果只是microarray结果，不一定非常准确（要看用的平台和方法以及最后分析的手段
）另外他们有没有其它的手段来validate这个发现。我粗略查了查我们的数据库，此位
点的duplication和遗传疾病相关的有下面这么几篇，你如果有时间可以读一读。另外
，似乎所有的研究都处于experimental或early studiy in human，所以临床上的意义
不是特别大。我自己没有读这些paper，所以不知道文章里的研究是不是非常match你的
情况。希望能对你有所帮助。
Warburton, D.; Ronemus, M.; Kline, J.; Wigler, M.; Jobanputra, V.; Levy, D.;
Anyane-Yeboa, K.; Chung, W.; Awad, D.
CNVs contributing to the cause of congenital heart defects may include not
only those containing candidate genes but regions more commonly as... 阅读全帖 |
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v********g
发帖数: 25 | 15 同学，请你理解一下为人父母的感受。目前NIPT的各个技术有局限性，特别是对检测
microdeletion/duplication的灵敏性和准确性比较低。像楼主这种情况做羊水的array
检测的人有很多，但确实De novo microdeletion发生的概率非常低。楼主和老公尽快
去做一下array再说。现在不用多想。 |
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s******9
发帖数: 283 | 17 实验筛选现在还是不可或缺的，David Baker他们所今年就在招高通量功能筛选的
tenure track PI。
大自然进化蛋白都是从已有的某些起点开始，然后突变在筛选。现在很多起点（结构与
功能）可供选择，做de novo design的优势何在（现在protein design的成本不低）？ |
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j*********j
发帖数: 124 | 18 de novo design是一个科学问题。。。用来检验我们是否解决了protein design。。。
如果用计算的方法设计序列得到蛋白，成本可以很低。。。
做突变然后筛选是一个工程问题。。。现阶段，成本肯定不低。。。 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 19 2000刀？你paper给我挂个名，我分分钟免费帮你搞定。 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 21 不需要的。single end不过短一点，效果差一点，但还是可以用的。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com] |
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d***i
发帖数: 20 | 22 人家测的是基因组，你tophat和Trinity是转录组的那一套 |
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s*****5
发帖数: 52 | 23 同问。请问各位行家，umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗？trinity是不是必
须linux环境运行？谢谢。 |
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x*****d
发帖数: 704 | 24
你得先用bam2fastq之类的软件把bam转成fastq，然后才能导入trinity。 |
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I*****h
发帖数: 470 | 25 请一个公司做基因组测序
测完了做了de novo assembly结果还是有很多小gap，而且这个公司做不了gap closure。
请问有可以帮忙做gap closure的公司吗？
谢谢！ |
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s******y
发帖数: 17729 | 26 华大倒是测得便宜，但是听说北美华大好像都快完犊子了。
也有听说送国内去测的，感觉不靠谱
中国的测序太多太杂了，一是不知道哪家强，二是对运输不放心。
因为测得比较多de novo，测基因组，所以不得不考虑价格。北美测序哪家强啊 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 27 她很有热情。Broad Institute里，据说Eric Lander最喜欢的就是Aviv Regev和张锋。
这两个实验室也是Broad里最看重的两个实验室。
Regev实验室人超级多，各种合作特别多，常驻的加上临时的各种人员有100+。她应该
是以色列过来的，有些口音。Regev实验室常年有以色列的访问学者、学生来交流合作
，也有很多美国或者其他地方的学者来短期或者长期交流。实验室专门有个Hotel区来
供这些人作为临时办公室。再加上Broad内部的和Boston地区的其它各种合作交流，
Regev实验室做很多项目，不少项目都用到当前前沿的技术和概念。Regev实验室还有几
个人专门负责数据分析和软件开发，比较有名的比如Trinity de novo assembly的作者
Brian Haas，所以他们有很牛的技术和数据分析能力。
目前知道的一些项目涉及single cell sequencing，single nucleus sequencing，结
合Microfluidics，Microscopy based single cell isolation等等，做了好多项目。... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 28 nanopore和pacbio的特点是long reads
在splicing，genome sv， de novo assembly等领域还是很有用的 |
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b****r
发帖数: 17995 | 30 我知道一般NGS的结果都会先往reference genome 去做alignment
我关心的是recurrent translocation，断裂重接到位置相对固定，我的目的是想找到
手里的十万个细胞里有多少发生了这种translocation
用NGS的话，怎么来做比较好？直接align的话，那些跨过断裂点的可能根本align不上
被扔了。de novo assembly显然计算工作量大，而且如果translocation的细胞的丰度
低，可能直接就测不到。
不知道这么做难不难：就是把常见断裂并且重接的那一段突变后序列也加到reference
genome里面，然后随便给他个命名比如chromosome 24，然后去align，有重接的序列会
和这一段非常吻合，就不会被扔掉了。
或者还有什么别的比较简单的办法吗 |
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n******7
发帖数: 12463 | 31 别纠结了
这个是遗传你的 不是de novo的
你非要优生的话，除非你不生。。。 |
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a********t
发帖数: 270 | 32 Background:
Fireflies! These silent fireworks on warm summer nights fill us with wonder.
But so much about these fascinating critters remains shrouded in mystery-
from the details of how they light up their lanterns to the way some species
are disappearing.
The firefly genome project is one of 5 FINALISTS TO WIN A FREE DE NOVO
GENOME SEQUENCING hosted by the PacBio 2016 “Explore Your Most Interesting
Genome” genome contest， which will be determined by community polling.
Request:
If you’d lik... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 33 不懂，帮顶！
顺便问几个naive的问题，不同个体之间的各种SVs大概有多少？这些SVs是不是对于以
后个性化治疗什么的极为重要？
现在哪种测序技术对于准确检测出这些SVs更有优势？Illumina？Ion Torrent? PacBio
? Complete Genomics？其它？数据分析看样子还是一个巨大的挑战？先做de novo
assembly然后和reference比较是否可行？ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 34 谢科普！
我以前也觉得PacBio错误率高，嫌弃它。现在搞明白了，PacBio可以通过对同一个分子
重复测序来correction，把错误率降到非常低。但是PacBio成本比较高，比Illumina还
是贵不少。不缺钱的话应用PacBio可以做不少事情，de novo assembly在好几个物种里
一个染色体就是一个contig，在人里边还是差一些但是比illumina要厉害。
等PacBio成本降下来了，肯定对SV研究会有新的方法和认识。
translocation,
repetitive |
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r**********e
发帖数: 587 | 35 de novo assembly,我觉得对于全基因组，很难，计算机运算的耗费太大
过去尝试过一下，好像最基础的都需要very big RAM， 比如一个node需要256GB的RAM
， 这个对于一般学校很难有这样的大型运算cluster
另外，如果reads很短，纵然你做assembly也会很难，因为overlap的区域很短。
所以high-quality long reads还是我们要等待的革命性技术。
推荐一个很好的assembler-based SV calling： http://cortexassembler.sourceforge.net/
现在比较实际的是，用其他办法找到的SV或SNP candidate，然后做local assembly来
精确breakpioint，计算量大大大大大降低
以后long reads出现或者普及，我们就少了很多BWA的那种multiple alignment的麻烦
，不管mapping还是assembly都可行
当然了，对于novel insertion，这种ref里没有的sequence，当然assembly是王道。目
前short ... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 36 是的，de novo assembly对计算要求太高，数据要全部load到内存里，所以特别吃内存
，瓶颈不在CPU。
要是搞生物信息的和CS的能开发出更快速、准确、对硬件要求低的算法就好了。
RAM |
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f*******K
发帖数: 34 | 37 是有点低，但这个取决于它上样量的多少等很多其他因素，不好评价。
你的coverage有55%，我觉得问题不大。
你要是有精力，自己找几个unannotated spectra做de novo sequencing 看看有没有什
么特异性的peptide由于数据库等原因没有坚定到的
简单来说，找另外一不同MS在鉴定一下呗 |
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f*******K
发帖数: 34 | 38 de novo sequencing by MS |
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发帖数: 1 | 39 http://www.jhltonline.org/article/S1053-2498(14)01155-3/pdf
Three-year results of an investigator-driven multicenter, international,
randomized open-label de novo trial to prevent BOS after lung
transplantation.
Ar Glanville C Aboyoun W Klepetko H Reichenspurner Ea Treede A Verschuuren P
Boehler PA Benden Hopkins Corris
The journal of heart and lung transplantation. , 2015, Vol.34(1), p.16-25
email: [email protected]/* */
thanks |
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发帖数: 1 | 41 The impact of early de novo donor specific antibodies on lung transplant
outcomes: Is Timing Everything?☆
Christopher S. King, MD, FACP, FCCP1,emailPress enter key to Email the
author, Adam B. Cochrane, Pharm.D., BCPSemailPress enter key to Email the
author
1Tel.: +703 953 7837.
http://www.jhltonline.org/article/S1053-2498(16)30243-1/pdf
email [email protected]/* */
thanks a lot |
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g****g
发帖数: 74 | 42 刚查了一下，文章list的foundation 信息
First one
FUNDING:Braun Anaesthesia Scientific Research Fund and Wu Jieping Medical
Foundation, Beijing, China. Study drugs were manufactured and supplied by
Jiangsu Hengrui Medicine Co, Ltd, Jiangsu, China.
second literature
Acknowledgments
We thank all the health professionals who were involved in the CNHSS and the
3B study for their contributions to data collection and quality control.
The CNHSS was supported by a research grant from Novo Nordisk China, and the
3B s... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 43 你说反了
我很喜欢pacbio
之前用pacbio做de novo
结果PERFECT
我从来没有预期能做出那么好的结果 |
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r******8
发帖数: 1486 | 44 103这个问题上诉之后就是de novo review啊，还真不好说会怎么判。
而且就算102，103可以通过，万一最高法院来个101，你也没办法啊。高院那么喜欢101
. |
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g*****x
发帖数: 3283 | 45 peptide的de novo sequencing是非常非常old的东西了。。。。。但技术上来说，已经
有了DNA测序技术，再发展peptide测序就没太大意义了；反过来，放着那么大一个cDNA
database不用，不是傻么 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 46 那我们俩说的不是同一个annotation。我主要是说的gene model annotation。
一个物种测了genome或者测了transcriptome，然后做个组装，预测的gene model和
coding sequence，然后把这些通过genome sequencing和RNA-seq测序得到的“
predicted” protein sequence提交到了uniprot里边，大多数应该是靠谱的，但是有
相当一部分是不靠谱的。对于人和老鼠这种genome和gene model研究都相对透彻的系统
来说，问题不大，但对于其他动物来说，很可能就是一个严重的问题。至少我PhD期间
做的三个gene的蛋白序列在uniprot里边都是fragmented或者干脆就是错的。。。这些
错误都源自最早的genome sequencing的质量太差，gene model annotation不好，接下
来的以这个genome作为reference RNA-seq或者MS都会有些问题。除非是做de novo
assembly绕过这个genome，或者重新做新的genome referen... 阅读全帖 |
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K******S
发帖数: 10109 | 47 就算不提能否扩增，de novo的难度差着数量级呢，核酸有几种？氨基酸有几种？加上
各种可能的修饰。
peptide |
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z**m
发帖数: 48 | 49 刚刚phone interview 一个 scientist position
略有紧张， 也由于时间问题，觉着回答的不是很完美
他们那里都是什么级别的人才能进去呢？ 据说差不多都是海归博士
有知道待遇如何的么？ |
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b******g
发帖数: 36 | 50 要就是那个诺和诺德的话，听说fresh 的博士大概25万税前，去年的价，仅供参考，刚
好是一同学的朋友，不过最后没去，接着postdoc了 |
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