w******y
发帖数: 8040 | 1 哪片？ 能给个link嘛?
“Oncogenic pathway signatures in human cancers as a guide to targeted
therapies”？
你的意思是不仅是Potti这个阿三的行为， Nevins本身就有问题？ |
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g**********y
发帖数: 423 | 2 是这篇：A Genomic Strategy to Elucidate Modules of Oncogenic Pathway
Signaling Networks
另外，我总觉得他们用binreg(svd+probit reg)来预测pathway activity有个问题，就
是他们选的gene signature based on the correlation coeff between phenotype
and the gene exp。如果你仔细看看Bild 2006 的Nature paper，可以看出每个
pathway选出的gene list数目都在变，有时候75，有时候200，300等等，然后再作svd(
效果等同PCA)。这样的feature selection 到底对不对？
就像我们做clustering，只选top highly diff expressed genes做clustering可能有
问题，也可能没事？ |
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w******y
发帖数: 8040 | 3 Potti绝对是造假
它们最初的oncogenic pathway就没有CV理解错误的问题
而且它们paper里总有个biostat的professor, 不可能犯这种错误 |
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w******y
发帖数: 8040 | 4
这个估计值只可能是小于或等于， 等于的情况相当于stratification不存在
oncogene说的没什么错 |
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h********r
发帖数: 12 | 5 各位
我有几位做教授的朋友，由于他们实验室的进一步发展，想通过我介绍一些愿意从事生
物医学研究的博士后，访问学者或政府公派留学人员到他们的实验室工作。他们有些是
一些知名杂志的编委，比如，Journal of Cell Biology, Cancer Science, Gene and
Development, Molecular Cancer Research, Journal of Biological Chemistry,
Autophagy, Oncogene. 如果你有兴趣这些方面的研究，我可以帮你推荐也可以帮你修
改你的CV。 |
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f***u
发帖数: 110 | 6 Could not agree more that Boss never appreciates your reconciliation. While
ONCOGENE made a good point to balance the input/ouput ratio in this struggle
. I personally am still very hesitate to bring this issue to the third party
in seeking " Justice". As it is clear that justice is nothing but an
illusion within this regard.
I will meet the boss tomorrow morning, hopefully, I can get my notebooks
back in case I have to provide evidence for what I have contributed.
Again, I appreciate all your i |
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h********n
发帖数: 4079 | 7 那你到了最后的选老鼠岂不是比例很低? 是不是要很多老鼠来选?
我的有些类似, 一个oncogene, 两个Flox/Flox, 一个Cre老鼠. 其中两个flox/flox我
都要homozygous.
谢谢. |
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n********k
发帖数: 2818 | 8 Hold on...I would be applying for bankruptcy to Oncogene anytime soon:))) |
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j*****d
发帖数: 787 | 9 I am curious if we can do the following short-cut transformations:
Mouse Embryonic Fiberblast (MEF) ===>>> mouse embryonic neural stem cells
Mouse Embryonic Fiberblast (MEF) ===>>> mouse cancer-like cells (without
extra expression of oncogenes)
each of two needs to start with MEF.
anybody can help (and link) ? |
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n********k
发帖数: 2818 | 10 Mark! Baozi, Oncogene!
is
fast
purification
mentioned |
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t****p
发帖数: 1504 | 11 另外我对本版禁止转载新语丝的文章表示不解。方舟子的某些科普文章，某些打假是可
以对我们加深一些认识的。如果某些打假的确太有争议性，扰乱了本版的讨论秩序，那
可以对某些话题进行限制，但是不应该对新语丝所有的文章都排除在外。希望斑竹
oncogene再考虑一下。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 12 无论投票结果如何，对于新语丝和方舟子的讨论版务都会严加控制，否则版面的讨论
秩序会被严重扰乱。投票结束后，版务将对此相关规定进行适当修改；在此之前，
不准转载新语丝文章的版规继续执行。
从此刻起，任何相关文章，不准有攻击性的字体出现。要讨论，可以，但要理智平静
地讨论，不准意气用事，随便乱说。无论是挺方还是反方，出现攻击性字体，先封３
天以示警告。
Oncogene
2010 08-30 |
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w******y
发帖数: 8040 | 13 笑死我了, 阁下的阅读能力就仅限于字面意思?
如果我说韩寒也是娱乐圈人物,是不是得超出阁下的大脑容量了? comfort
何况我说娱乐圈人物也不就一定是贬义, 对韩寒我就完全是褒义,hehe
我提这个无非是回答oncogene为啥这样两个放到领域外完全不入流的人物会成为话题中心
原句毫无褒贬， 阁下大脑不正常才得出泼脏水的脑残结论 |
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w******y
发帖数: 8040 | 14 来告诉我从我回oncogene的这句话里你怎么看出来是泼脏水的？
发信人: wsbioguy (postdog), 信区: Biology
标 题: Re: 饶毅施一公的回归是又一个中国生物医学败落的开始！
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Sep 5 02:27:49 2010, 美东)
这两头基本是娱乐圈人物, 爱频频向公众露脸
公众自然也把它们当成娱乐圈人物
fair enough
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b****n
发帖数: 311 | 15 我提议由ahvy牵头，众biowsguy联署驱逐饶施骗子先。然后由oncogene斑竹牵头联名能
敦促政府政治改革。 |
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b****n
发帖数: 311 | 16 我没有投诉的兴趣，我就对照版规，只想问oncogene要个解释，你公开给个解释就行了
，删贴不是能耐，封杀更不是能耐。你的耐性不是对我问题的回答。
请求您删贴给理由，公正中立不是自封的，我是在问你问题，敦促并请求你解释一下版
规的问题。 |
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b****n
发帖数: 311 | 17 请你不要回答不是我问题的东西。
我问的是你的版规你执不执行，摆明了是句空话的版规要不要改。你屡次顾左右而言他
，给我帽子倒扣了不少。知道你生气，可你诚心回答不就好么。我还生气呢，难道你生
气就比我生气更有说服力？
你把我的帖子设成不可回复，客观造成了我就同一个话题发多个帖子，请你不要把扰乱
版面秩序的罪名加到我头上。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 18 违反版规一定要处理。如果以前哪里处理不周，还请谅解。最近帖子太多，可能有一些
违反版规的帖子没有从严处理，造成了误会。以后我们三个版务会尽量做到及时公正
的处理。
如果大家看到哪个帖子有违反站规版规的地方，还请提醒我们版务。谢谢。 |
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b****n
发帖数: 311 | 19 不是帖子多少的问题。您自个儿就颇有时间参与了多个话题的讨论，并删掉了多个我向您提问的帖子，当然我的言辞比较尖锐，这点我道歉。
版规很简单，我不认为甄别违反版规的帖子有一点难度。
请您简单过目一下版规：
发文前请仔细阅读下列版规：
1. 本版严禁人身攻击，轻者警告，重者封杀；
2. 如果没有确定证据，请不要任意评价甚至攻击某一科学家的学术道德；
3. 请不要随意公布与别人的私人谈话、通信。
作为中国人，我们应该团结，尽力做到互帮互助。我们应该多向
犹太人和印度人学习，一个族群的前进会极大推动你个人的成功。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 20 我也向你道歉。以后一定注意，严格执行版规。其实我们都是想维持一个文明有序的
讨论环境，本质上没有冲突的地方。
向您提问的帖子，当然我的言辞比较尖锐，这点我道歉。 |
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b****n
发帖数: 311 | 21 好吧，我到此为止。希望斑竹们能真正做到执行版规，不需要严格，对照版规公正及时
一点就行了。 |
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b****n
发帖数: 311 | 23 其实我对维持一个文明有序的讨论环境没有兴趣，真的。只对版规和负责执行版规的人
何时动手又一点兴趣。您老什么时候动手阿，都多少天了？今天您在版上也呆了够久了
吧？ |
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O******e
发帖数: 4845 | 24 恕我见识短，还真没看出你说的这个paper比他们的结构文章高明到哪里去了。
现在你要列个oncogene或者tumor supressor的单子，估计好几页纸都写不完。
research
like |
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V******9
发帖数: 1281 | 25 排名 ID 帖数
1 oncogene 137
2 sunnyday 123
3 peoplem 120
4 biofan 94
5 neverthink 73
6 purity 73
7 yuuli 62
8 weisgone 52
9 thisjobiwant 47
10 wsbioguy 46
11 clonebar 45
12 ratnaraj 44
13 kevinao 44
14 justaneuron 42
15 dua 42
16 htscorpion 37
17 dajiamajia 34
18 puppeteer 32
19 sinister 31
20 lmh 31
21 bgwizard 31
22 lonelyeu 30
23 gdlk2010 30
24 larvend |
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j**a
发帖数: 165 | 26 我的背景是physics，做的是一些medical imaging方面的东西，因为所做项目和以后职
业的需要，我考虑修一门introduction to cancer biology的课，但我从大学开始就没
有学过生物了，这是那门课的lectures:
Histopathology of Cancer
Principles of Cell Transformation
Mouse Models of Carcinogenesis
Angiogenesis
Mechanisms of Carcinogenesis
Oncogenes
Tumor Suppressors
Cell Cycle Control
Genomic Integrity |
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p*****m
发帖数: 7030 | 27 恩 可以这么说。。不过这个奖如果发 也就是看谁第一个发现tumor suppressor gene
就算了 具体的机理方面的贡献也许不会那么重要。。要说weinbetg之前得
那个oncogene的也许更顺理成章一点？ |
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p*****m
发帖数: 7030 | 28 I think this depends on the philosophy of Nobel: rb is a conceptual advance
that cancer can be controlled in a negative way, oppose to oncogenes. P53,
while is much more profound in cancer development, does not imply a big
conceptual breakthrough. Just my two cents. |
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p*****m
发帖数: 7030 | 29 我知道啊 所以我才说就看发奖的原则是啥了 要是发给tumor suppressor的作用 p53更
说得过去；可是要发给tumor suppressor的概念性突破 第一个说明有这么一种东西的
的人才重要 这样的话weinberg和李文华基本是同样重要的...
当然了 我之前觉得文华枪不过weinberg还有politics啦 文华混的太差 人缘也没法比
...而且weinberg在oncogene和tumor suppressor两方面都有贡献 |
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h********n
发帖数: 4079 | 30 I am so glad to read your thought. I would like to discuss a little more.
to 1: the term of CSC is controversy, but what if I say: "In lung adenocarcinoma, there is a population of tumor cells whose potency (in vivo) is much higher than other population in the same tumor. It is important to study this population of cells. How about we call it tumor initiating cell?"
what is your opinion to my above thought?
to 4: I don't agree with you on this point. Most lung cancer model use SPC or CCSP or C... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 31 Thank everyone for the discussion!
As pineseed pointed out, too many topics were discussed here.
But my personal interests are:
1. what is the cell origin of different type of lung cancers?
2. does cell origin or mutation decide tumor types?
3. how to model different type of lung cancer?
HGTPase, it seems you are working in this field (more lung development than
lung cancer?), and I hope you can give your opinions. We can also discuss in
private mails for technique details.
1. ... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 32 谢谢你贴出这个文章。非常有用的一个资料。比这个系列里很多空对空的争执
有用。
我得指出的一点是： EPA的这个资料里明确说了：他们只测了短期的毒性，
但是他们认为长期的毒性应该是由短期的毒性积累后引起的。所以在短期没有毒性
的情况下就没有测长期毒性的必要。
The acute oral toxicity data submitted support the determination that the
Cry1Ab protein is non-toxic to humans. When proteins are toxic, they are
known to act via acute mechanisms and at very low dose levels (Sjoblad, et
al.1992). Since no effects were shown to be caused by the plant-incorporated
protectants, even at relatively high dose levels, the Cry1Ab delta-
endo... 阅读全帖 |
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c****5
发帖数: 77 | 33 从网上看到消息：
10月24日上午，上海交通大学医学院召开全院干部大会，宣布市委、市政府对上海交通
大学医学院领导班子的调整决定，任命陈国强为上海交通大学医学院院长，免去朱正纲
上海交通大学医学院院长职务。
陈国强，1963年9月出生，汉族，湖南攸县人，研究生毕业，医学博士，研究员，1999
年6月入党，1985 年7月参加工作。1980年9月-1985年7月，湖南衡阳医学院医学系学生
，1985年7月-1993 年7月，湖南衡阳医学院心血管病研究所教研室教师，这期间，1985
年9月-1988年7月，上海第二医科大学病理生理学硕士研究生。1993年7月-1996年7月，
上海第二医科大学内科血液学专业博士研究生，1996 年7月-2002年1月，上海血液学研
究所副研究员，这期间，1997年和1999年，先后到法国和美国的医学单位做访问学者。
2002年1月-2006年6月，先后任上海血液学研究所副所长、上海第二医科大学基础医学
院病理生理学教研室（两校合并后称上海交通大学医学院病理生理学教研室）主任，
2006年6 月起任上海交通大学医学院副院长，这期间，2006年3月-2009年... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 34 如题－－－
要求: 内容是: 观MITBBS BIOBOARD有感
常驻ID参与评奖，ONCOGENE:））给与BAOZI |
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l****u
发帖数: 529 | 35 老公也不容易，维持全家人的身份，干最辛苦的活，拿最少的钱，天天看老板脸色，还
要周旋于
实验室的政治斗争。他为这个家的付出决不少于我。
在 Oncogene (何时问天) 的大作中提到: 】 |
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C*******h
发帖数: 75 | 36 Thanks for your suggestion. Oncogene!
Well I told my postdoc (not the previous one, left my lab already) to visit
this bbs to learn things not only from me and have some sort of fun from
here when he joined my lab. He should know my posts on this board anyhow. He
is a good postdoc, working hard with critical thinking. Within three months
he successfully cloned three genes under my supervision. Previously he had
no mapping experience at all. If I can raise a big funding, I believe he
will achieve... 阅读全帖 |
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j***r
发帖数: 316 | 37 多说一句啊，我只是在回答ONCOGENE的问题。没有任何对楼主不敬的意思或者影射。楼
主的文章我还是很爱看的，就像我说的，我还是很喜欢生物的。我觉得楼主写的非常有
价值，请继续。
客户的钱出去投资，就是炒股票，证券，期货等等，然后赚了钱你分成。 SELL SIDE的
意思就是说我给你提供服务，比如各种公司的盈利预测啊，美元石油的前景啊，或者是
你通过我的平台能够更容易的买卖股票。SELL SIDE提供服务，赚服务费。BUY SIDE赚
的是投资的真正回报。
说你是个QUANT，你做的是DESIGN（INVENT）一个TRADING的策略。这个过程和我们做实
验是一回事。都是首先有一个IDEA，然后用历史数据检测这个IDEA是不是赚钱，这个过
程中有时候会有一些其他的意想不到的发现，那么你可能会改变你的初衷，不管怎么样
，你在这个过程中找到一些POSITIVE的信号，然后你用这些信号去作为你买卖的依据。
一般是你现在实践中找一段OUT OF SAMPLE 的数据检验，如果结果好的话，那么你就可
以按照这个策略去真实的市场去买卖，看能不能赚到: 钱。
出来的结果不发表，也不用申请资金。能... 阅读全帖 |
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f**u
发帖数: 346 | 38 能direct+quantitative当然是好，但问题是很多时候无法direct，
或者说如果要direct，工作量要大上很多很多，这时候indirect是很好的starting
point.
比如我听说过的一个挺精巧的screen目的是要找拟南芥线粒体上的protein channel
就是把nuclear encoding 的蛋白质转到线粒体里的那些冬冬。
他们就在植物里表达一个target到线粒体的自杀蛋白，但是这个东西如果在胞质里就没事
于是能活下来的就很可能有他们要的突变。
细节我不是很清楚，有可能有出入，但大体上是这样的。
这种东西你好像很难做到direct，而且他们是用survival这样的黄金phenotype
作为readout，应该是设计很不错的screen。
另外和你要address的问题有关，有些问题天生适合用genetic screen来搞定，
有些就很难做到specific。
比如果蝇里面用眼睛大小来screen tumor suppressor基本一晒一个准，
找大眼睛果蝇就是了，每个染色体晒几百万个没问题。
但如果你想用小眼睛晒oncogene就能得到... 阅读全帖 |
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a*****y
发帖数: 269 | 39 【 以下文字转载自 SanDiego 讨论区 】
发信人: alvinpy (生命就是一场歪打正着), 信区: SanDiego
标 题: Post-Doc Positions at Pfizer
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 16 20:10:46 2010, 美东)
Please send in cover letter and CV to Nathan Lee: n**********[email protected]
Postdoctoral Positions in Pfizer Oncology, La Jolla CA
The post doctoral positions will be responsible for elucidating the
mechanism of action of existing Pfizer
portfolio compounds, ensuring that we have the appropriate patient selection
strategies for such
mechanisms, aligning ... 阅读全帖 |
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s*r
发帖数: 2757 | 40 对呀 对呀，很多小分子要都是针对某个pathway来的，
oncogene请展开说说你的2
bah. |
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p****n
发帖数: 9263 | 41 再拜托，发帖要仔细
你是在回答为什么last name特别长的老印都不靠谱....
发信人: Oncogene (何时问天), 信区: Biology
标 题: Re: 又一个老印造假十年上了 Nature
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 22 16:48:57 2010, 美东)
^_^，为什么？ |
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w******y
发帖数: 8040 | 42 看oncogene关于6万5的人最幸福的帖子想起来的
工资多少生物千老们愿意一直呆在千老的位置上终老?
据我小范围的调查结果是69
即中西部6万, 两岸9万, 按目前的购买力
你们觉得呢? |
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x**e
发帖数: 163 | 43 这个严不严谨根本和张启发无关，他说得很清楚，小鼠喂饲实验是专门的医学实验室做
的，他只是给出最后的实验结果。他培育的品种，不可能他还能当裁判员，如果用他自
己的鉴定报告估计骂的人就更多了。
不知说他是学霸的人到底是听说还是真看到了，还是受过他打压，给些例子，有助于大
家了解张的为人。说他搞政治的也指出来他担任了什么级别的行政职务。据我了解，他
的最高行政职务应该是华农生科院的院长。
太赞成oncogene的话了，这些个傻b也就敢找几个做科研的捏捏。农药每年导致的人畜
中毒和生态环境破坏这么大，他们敢到农药厂去闹革命吗？多给他们几个卵蛋也不敢。
强烈建议下岗的飞锤肖以后做转基因，看这些傻b敢到肖教授的会场去闹么？ |
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b****n
发帖数: 311 | 44 人不是也发人民日报了么？我已经说过好多遍了，别视而不见。
再多说一句，揪住science不放，是不是典型的前清心态。嘴上说着自信，一见洋人的
杂志就跳起来，
不知道这自信在哪里？您有点这调调，oncogene就更清晰了。 |
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g*********d
发帖数: 233 | 45 导读：治癌症，中国民间一直流传着以毒攻毒的说法，用小剂量的砒霜可治愈癌症。但
多少年以来，
人们对于砒霜为什么能够以毒攻毒却知之甚少，而新近上海血学研究所的专家却为世人
揭开了这层神
秘的面纱，从分子学的角度阐述了砒霜的作用机理。砒霜是中国民间自古以来就有的药
方，这也将为
中医药治疗疾病提供了西医的解读途径。
三氧化二砷俗称“砒霜”，经证实可用于治疗急性白血病，但“以毒攻毒”的分子机制
一直是个难题。我
国研究人员最近在这个领域取得重大突破，上海交通大学医学院附属瑞金医院上海血液
学研究所、医
学基因组学国家重点实验室等，近日在国际权威杂志《科学（Science）》上发表了“
三氧化二砷治
疗急性早幼粒白血病（APL）分子机制”的最新研究成果，研究揭示癌蛋白PML-RARα是
砷剂治疗APL
的直接药物靶点。
APL曾经被认为是最为凶险的白血病之一，很多患者在发病早期即死于严重出血，缺乏
有效治疗方
法。上世纪90年代，上海血研所陈竺、陈赛娟研究员等经过临床证实，全反式维甲酸和
三氧化二砷联
合应用，可以使约90％的APL患者达到5年无病生存。但三氧化二砷的直接分子靶点和分
子机理，... 阅读全帖 |
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j********r
发帖数: 156 | 47 最近观察到一个现象，百思不解，各位帮忙分析一下。
某癌细胞中, 稳转 tet-on shRNA vector targeting gene x (which is a
potential oncogene). 加Dox 3-4天，发现细胞明显停止生长，死细胞增多 (also
there
is induction of PARP cleavage). Akt phosphorylation does not change.
However, these seems obviously increased phosphorylation on ERK1/2 and
ribosomal protein S6. Can't figure how cell death occurs in the
presence of mTORC1 (hyper-) activation.大家说说有哪些可能的survival
pathways, 多谢！ |
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f*****i
发帖数: 10 | 48 查查oncogene-induced cell death. |
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j********r
发帖数: 156 | 49 Is it true?
Can anyone explain the cell-autonomous pro-oncogenic roles of NF-kb pathways
? I sort of want to follow the hypothesis or model that one gene I am
working on might activate NF-kB, which then inducs pro-apopototic proteins
like Mcl-1, and consequently confers resistance to certain target therapy.
Not sure it is worth pursing this direction. Any suggestion is appreciated! |
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b****n
发帖数: 311 | 50 噢~~~，饶毅被俺们oncogene斑竹狠批告洋挟洋自重后怕了。弱弱的自辩几句认个罪也
就罢了，还敢嘴硬，居然花10分钟写个长篇大论，倒打一耙说斑竹自卑感没消除。太过
分了！太猖狂了！ |
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