h******b
发帖数: 312 | 1 A guy post the following question in biojava mail list, thought it is
interesting to discuss:
*******************************
Dear all,
As we know ,there are two kinds of homolog, ortholog and paralog. Genes in two
species that have directly evolved from a single gene in the last common
ancestor are called orthologs. A set of homologous genes that have diverged
from each other as a consequence of genetic duplication are called paralogs.
Sometime those paralogs which arose from a duplication afte |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 2 only for paralogous
please go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15865991
its page one:
What is paralogy?
Since Darwin, for most biologists (or at least, for evolutionary biologists) homology has
come to mean something like ‘similarity due to common descent’, to distinguish it from
similarity due to convergent evolution. An accurate understanding of the relationships
between living things depends upon correctly identifying homologous characteristics of
an organism from other similarity. A classic ... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 3 plus capry (IA) can try
Ortholog Conversions
dbOrtho helps users run ortholog conversions where one identifier from one
species can be converted to an identifier in a different species. The input
and output identifer types can be the same or different. Visit our examples
page for a sample query.
web link:
http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/dbOrtho.php
cited from
HTTPS : //sites.google.com/site/compgensite/idconver
bioDBnet Mudunuri U, 2009 Link click here pls.
>
>> |
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b***1
发帖数: 668 | 4 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东没有经过北京生命科学研究所公开演讲和选拔的正常途径，私自聘请
魏丽萍。
魏丽萍根本达不到北京生命科学研究员的资格，更不要说资深研究员。研究
员要通过两次国际评审，经过高级研究员、资深研究员。
北京生命科学研究所... 阅读全帖 |
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b***1
发帖数: 668 | 5 ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东没有经过北京生命科学研究所公开演讲和选拔的正常途径，私自聘请
魏丽萍。
魏丽萍根本达不到北京生命科学研究员的资格，更不要说资深研究员。研究
员要通过两次国际评审，经过高级研究员、资深研究员。
北京生命科学研究所高级研究员都有Cell Nature Science论文，魏丽萍一
篇都没有，却高出这些人一级，没有经过国际评审，当了资深研究员。魏丽萍
2004年才有自己的课题组，年资不高，而且成绩平平，之所以能在北京生命科学
研究所当上高级研究员，是因为王晓... 阅读全帖 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 6 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 7 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 8 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 9 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SA... 阅读全帖 |
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C******s
发帖数: 1282 | 10 来来来， 读读原文：
Using the SARS-CoV reverse genetics system2, we generated and characterized
a chimeric virus expressing the spike of bat coronavirus SHC014 in a mouse-
adapted SARS-CoV backbone. The results indicate that group 2b viruses
encoding the SHC014 spike in a wild-type backbone can efficiently use
multiple orthologs of the SARS receptor human angiotensin converting enzyme
II (ACE2), replicate efficiently in primary human airway cells and achieve
in vitro titers equivalent to epidemic strains... 阅读全帖 |
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E******k
发帖数: 389 | 11 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4797993/
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，造了一个嵌合病毒，并对它进行了一些研究。这些结果显示，这
个嵌合病毒可以使用SARS的人类受体，ACE2。这个嵌合病毒可以在来自人的呼吸道的原
代细胞里高效增殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病
毒可以在老鼠肺里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
在这... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 12 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 13 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 14 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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a****2
发帖数: 1458 | 15 作者 石正丽 武汉病毒研究所
Using the SARS-CoV reverse genetics system, we generated and characterized a
chimeric virus expressing the spike of bat coronavirus SHC014 in a mouse-
adapted SARS-CoV backbone. The results indicate that group 2b viruses
encoding the SHC014 spike in a wild-type backbone can efficiently use
multiple orthologs of the SARS receptor human angiotensin converting enzyme
II (ACE2), replicate efficiently in primary human airway cells and achieve
in vitro titers equivalent to epidemic str... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 18 A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for
human emergence
https://www.nature.com/articles/nm.3985#article-info
The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV)
and Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV underscores the threat of
cross-species transmission events leading to outbreaks in humans. Here we
examine the disease potential of a SARS-like virus, SHC014-CoV, which is
currently circulating in Chinese horseshoe bat populations1. Us... 阅读全帖 |
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b*********r
发帖数: 2532 | 19 【 以下文字转载自 ChinaNews 讨论区 】
发信人: bixu1 (2-39), 信区: ChinaNews
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:22:46 2011, 美东)
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东做所长的研究所是国家研究所（National Institute），王晓东聘魏
丽萍担任北京生命科学研究所资深研究员，给予高薪和上千万研究经费。
王晓东... 阅读全帖 |
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c*******o
发帖数: 27734 | 20 ☆─────────────────────────────────────☆
benchmarker (maine) 于 (Wed Apr 6 00:41:15 2011, 美东) 提到:
发信人: bixu1 (2-39), 信区: ChinaNews
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:22:46 2011, 美东)
发信人: bixu1 (2-39), 信区: Military
标 题: 投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 6 00:20:09 2011, 美东)
◇◇新语丝(www.xys.org)(xys5.dxiong.com)(www.xinyusi.info)(xys2.dropin.org)
◇◇
投诉王晓东院士涉嫌权钱交易
作者：知情补报
本人郑重投诉北京生命科学研究所所长王晓东院士。请转达中国有关部门。
王晓东回国开公司Beigene，为了取得投资，他通过北大女教师魏丽萍，找
到她老公、巨有钱的张帆（红杉资本中国基金创始人）。
王晓东... 阅读全帖 |
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c*****g
发帖数: 21627 | 21 http://en.wikipedia.org/wiki/Outbreeding_depression
A concept in selective breeding and zoology, outbreeding depression refers
to cases when offspring from crosses between individuals from different
populations have lower fitness than progeny from crosses between individuals
from the same population. (In selective breeding, the concept is opposed to
inbreeding depression). This phenomenon can occur in two ways.
First, selection in one population might produce a large body size, whereas
in anothe... 阅读全帖 |
|
g**p
发帖数: 32 | 22 official definition from textbook:
genes sharing common ancestry are called homologs.
if genes are homologs and there's no evidence of gene duplication, they're
called othologs.
if there is evidence of gene duplication, genes derived from one copy of the
duplicate are also called othologs.
Genes derived from two respective copies of the duplicate are called paralogs. |
|
M****e
发帖数: 70 | 23 why mouse? mouse models have been used to understand the functions
of the orthologous human genes extensively. clinical investigations
of genes that are related to various diseases have been facilitated
using transgenic mice, such as studies on cystic fibrosis,
myotony dystrophy, obesity, diabetes mellitus. the recent publication
on Science 296:1661, "a comparison of whole-genome shotgun-
derived mouse chromosome 16 and the human genome", has highlighen
the homology shared between these two spec |
|
v*****n
发帖数: 133 | 24 nod.
the definitions can be found in Molecular Biology of the Cell (4th Ed.). |
|
w********e
发帖数: 275 | 25 for gene prediction, there are many tools. If you don't want to miss any
genes,use ORF finder.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
I think there should be other versions that allow you to set M as the
starting amino acid of ORF.
To see the difference on genes between two genomes, you can run a orthologs
comparison between two genomes. There are a number of those sites too, just
google. |
|
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j****x
发帖数: 1704 | 27 pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致，只是内含子序列不一致的情
况。
找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 28 你这是考试题么。。lol
是考试题的话：
expression cloning (e.g. EPO receptor)
affinity purification (e.g. ACh receptor)
bioinfo (只适用于已知其他物种里的ortholog 太多了这个)
如果是project:
问问老板为什么要让你做这个。。抗议之 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 29 估计你做的这个gene甚至物种是没有已知的基因组序列信息的吧，否则你也就不会费劲
做RACE了。
把你的编码产物比对一下近缘物种的基因组序列（如果有全长cDNA序列当然最好），蛋
白质的N端往往是比较保守的，根据近缘物种的ortholog可以很大程度上帮助你确定5'
端起始位点。
如果你确定你拿到了完整的5'端序列（包含UTR），那么根据Kozak规则，ORF里第一个
符合Kozak规则的ATG就很大可能是起始ATG。真核mRNA不同于原核mRNA，基本不存在什
么RBS序列的概念，5' mG cap就是核糖体识别和结合的位点，然后往下游移动遇到合适
的ATG就开始翻译了（至少我当年上医学分子生物学的时候老师是什么说的，呵呵）
如果你不确定你是否获得了完整的mRNA 5'序列，那么继续吧，至少先通过NB等方法确
定一下可能有几个转录本，最长的转录本有多大。因为alternative splicing等等因素
的存在，一个基因存在多个翻译起始位点确实很常见，这也是基因表达调控的一种重要
方式了，遇到这种情况，你可能需要在5' RACE的引物设计上下点心思，用来区别不同
的mRNA产物。 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 30 LZ现在的困惑不是转录起始位点，转录起始位点就是mRNA 5'UTR开始的位置，这个5'
RACE如果做的好的话直接就出来了，毕竟他genomic/cDNA序列基本是明确的，从前RACE
都是根据部分已知的序列来获取剩下的未知序列的，难度差多了。
LZ现在困惑的是翻译起始位点，这个和mRNA 5'端是否有60bp的差别关系不大，通过
northern也无法确定核糖体究竟从哪个ATG开始翻译。如果有ortholog就序列比对一下
看看其他物种中有没有已经鉴定过的同源蛋白，因为相对而言N端是保守的（不讨论
isoforms）。
就像你说的，基本上第一个ATG就是起始ATG，即使不是最佳的Kozak序列，至少也能低
水平的起始翻译，后面的ATG除非有IRES，否则很难有很强的表达，这甚至还有可能是
表达调控的一种方式。 |
|
W*****o
发帖数: 1780 | 31 I found a new family of genes, which are very different from orthologs in
other species. They do not have introns. What is advantage and disadvantage
of intronless genes? Thanks a lot. |
|
j****x
发帖数: 1704 | 32 1.近缘物种中保守性确实一般，高等哺乳动物之间的差异多在20%左右，不算特别保守
，当然变异也不算大。
2. 序列不算特别保守，但是功能上还是很保守的，ortholog很明确，从这个意义上说
，不可能认为是人的特有gene或者新基因 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 Y-2-H 用多重标记 做对照和比较
比如以下的 split-luciferase+GST+HA-epitope tagged
三重标记
they found new proteins interaction paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21530591
Protocol details:
>the wheat germ in vitro translation system for use in the splitlu
ciferase
assay and co-purifications with glutathione S transferase
(GST)- and HA-epitope tagged proteins (Fig. 2A).
>
In the split-luciferase assay, proteins of interest are fused to
N- and C-terminal fragments of luciferase. If the proteins interact,
the N... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 34 rna-seq
知道是啥吗
不清楚的话 维基一下吧
//en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
RNA-seq, also called "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing" [1] ("WTSS")
and dubbed "a revolutionary tool for transcriptomics",[2] refers to the use
of high-throughput sequencing technologies to sequence cDNA in order to get
information about a sample's RNA content, a technique that is quickly
becoming invaluable in the study of diseases like cancer.[3] Thanks to the
deep coverage and base level resolution provided by next-generation
s... 阅读全帖 |
|
s******a
发帖数: 252 | 35 So it's Barkai's student.
1 Science, 1 Nat Genetics.
That's outstanding but not surprising.
Publications:
Tsui K, Dubuis S, Gebbia M, Morse RH, Barkai N, Tirosh I, Nislow C (2011).
Evolution of nucleosome occupancy: conservation of global properties and
divergence of gene-specific patterns. Mol Cell Biol. 31:4348-55.
Dori-Bachash M, Shema E, Tirosh I (2011). Coupled evolution of transcription
and mRNA degradation. PLoS Biol. 9(7):e1001106.
Tirosh I, Barkai N (2011). Inferring regulatory mechani... 阅读全帖 |
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g***n
发帖数: 14 | 36 谢谢你详细的回复
我的mutant实际上还有很多noise，原因是我的线虫体外回交成功率极低，这也是为什么
而且，我研究的线虫基因组还没有发表，所以也没有common variants数据库了，我这
个搞非模式生物的也只能流口水
所谓的wildtype A和B，是同一个isolate里发现的，理论上来说genome的variation很
小，测序数据也证明了这点
其中一个问题是，两个wildtype的差异基因很可能是控制上游表达的，而mutant中的
candidates基本都靠近下游。这是通过研究c elegans的ortholog 得出的结论。但不是
很肯定，因为线虫间的差异很大。
另外，我手上还有两个wildtype在stage L2的transcriptome，这个stage是所谓
phenotype的决定期。通过分析发现不到30个基因差异表达。有没有什么方法可以把
genome和transcriptome放在一起做个cross analysis的？
你上一个回复中提到的structure variation，是指rna的还是蛋白的？是怎么做呢？如
果有已经发表的文章，能不能给... 阅读全帖 |
|
T****i
发帖数: 15191 | 37 补充一下，如果是lethal，het需要先转那个control plasmid （with the yeast
ortholog of your mammalian target) 再sporulate。还有别的策略，一时说不清，最
好周围找个yeast 专家问问。不是lethal，怎么都好办。 |
|
m******g
发帖数: 467 | 38 Nature 14.07.03
稍微了解一下：
1. Analysis of orthologous groups reveals archease and DDX1 as tRNA splicing
factors
小知识：
1. Evolutionary developmental biology: Use it or lose it
Multiple avenues to digit loss
Patterning and post-patterning modes of evolutionary digit loss in mammals
2. New specimen of Archaeopteryx provides insights into the evolution of
pennaceous feathers
Most likely display -> exaptation, later recruited for aerodynamic functions |
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g****n
发帖数: 13 | 39 KIF27 is one of orthologs for Drosophila Costal-2， international J oncology
, 2004 Dec, 25(6):1875-80.
请把文章发致y********[email protected]
谢谢。 |
|
C****n
发帖数: 79 | 40 这个考虑过，不过我想如果是这个话，所需要的工作和U6是一样的。得先证明我们这个
物种里的对应ortholog有活性。 |
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e********r
发帖数: 147 | 41 因为需要做对比实验分析，另一个ortholog理论上比它长30aa左右，但没有实验上的证
据，担心这30aa也是有功能的。如果到时候做结果来，功能差异来自预测差异，咱岂不
就虾米了吗？呵呵。 |
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p**********t
发帖数: 2636 | 42 Do you mean orthology search? |
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j****g
发帖数: 406 | 43 谢谢老大的建议，下面是introduction的第一段。版面有限估计贴不了更多的了，如果
老大，或者是其他哪一位有兴趣的话我可以发到邮箱里。谢谢。
The balance between protein synthesis and degradation is important for
normal function and survival of cells. While the ubiquitin-proteasome
pathway is responsible for specific clearance of short-lived proteins, long-
lived proteins are delivered to lysosomes by autophagy, which is the major
inducible pathway for general turnover of bulk cytoplasmic components
including entire organelles such as mitochondria (Klionsky and ... 阅读全帖 |
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z********7
发帖数: 241 | 44 对我来说技术太深奥了赫赫。
貌似喜欢用while, ", which". 老实说", which”的用法我一直不是很确定
看上去有些小语法错误。比如Almost all of these Atg genes have orthologs in
higher eukaryotic cells such as mammalian cells, suggesting that the
machinery of autophagy is well
conserved. “suggesting"的主语是“these Atg genes"? 说不通
大致还好，但是感觉有点拖沓。可能是段落太长了？
writing sample自然是尽量完美的好。不过也不是主要因素啦。继续加油
赫赫 |
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