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全部话题 - 话题: otu
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g******1
发帖数: 295
1
来自主题: Biology版 - OTU,taxonomy,和phylotype的区别
请问16S分析中, taxonomic classification (RDP)和 OTU clutering有什么区别?
我没有搞清楚OTU,taxonomy,和phylotype的区别. 望指导,谢谢
c**********e
发帖数: 70
2
来自主题: Biology版 - OTU,taxonomy,和phylotype的区别
taxonomic classification: by similarity to the sequences in RDP
OTU clutering:by similartiy of the reads
g****t
发帖数: 31659
3
来自主题: Detective版 - 草清
书吏们也纷纷攘攘吵着,这时候就听外面一阵板子chōuròu声,还夹杂着凌luàn的惨呼。
“来了来了……可算是来了。”
书吏们抹着额头的汗,庆幸不已,这是他们手下的巡役赶过来救主了。
mén外几十号巡役挥着木棍,打得人群如cháo水倒卷,眼见围拥之人就要溃散,又一拨套着“巡”字号衣的人马出现了。
“干什么干什么?人家只是在说话,你们怎么就动手了?当自己是官差呢?”
刘兴纯lù面了,他带的可是巡检司的正经巡丁,这么一喊,那帮巡役人一愣手一软,顿时被人群又倒推回去。
“出来说话”
“别躲耗子了平日在咱们船上那些神气呢”
人群又吵嚷起来。
嘎吱一声,mén开了,终于有个书吏脸sè发白,xiǎo心翼翼地探出脑袋,背后好几双手赶紧把他推了出来。
“那个……大家别闹,过年嘛,和气生财,jiāo了钱就走。”
那书吏指着远处江面木mén说着,那里停的都是jiāo了钱的船只,只等第二天开关就放行。
回应他的是一堆杂物,甚至还有唾沫... 阅读全帖
w***n
发帖数: 738
4
是用软件mothur做的,我也不清楚算是什么格式
一个包含所有序列名字的文件,每个otu之间用“;”隔开,otu内部不同序列名用“,
”隔开

taxonomy

发帖数: 1
5
英语抗噪声? Try this:
rrssaceadoBt in rtrulcaapi eraf htat lmlsear asttniso htta reayl
wetnrok gsainl to toilasde rasea ilwl tge seqzdeue otu — a onpit
aiCrg uFetag, a dtrreoci fo hte rdaleFe Emeegnycr aneamegtnM
gAycen renud sPernedti abOam, dame in a rFayid po-de waignrn hatt
aurrl dessnirte duclo imss otsrm rsainwng.
f*********1
发帖数: 13
6
Internships are available in a joint venture between the Biomolecular
Systems Laboratory and the Daniel Segrè Laboratory at Boston University.
Interns will be able to apply and extend their expertise in systems
programming and information technology by contributing to the development of
a web-based platform (microbialnet.org) for the construction, mining, and
analyses of microbial networks. The project is sponsored by NIH and will be
eventually integrated with another NIH-sponsored project (visa... 阅读全帖
c****o
发帖数: 32446
7
来自主题: Living版 - 移动AC foundation大约多钱?
不平会说短OTU寿命
B********o
发帖数: 15
8
由于楼主是工科小白,表示楼上的大师们说的都很高深啊。因为是唐耗斯,昨天邻居家
的老爷爷特地来跟我说,大家都是一批空调,只听说过漏氟的,还没听说谁家需要整个
换掉unit的。被老爷爷这么一说,我心里又犯嘀咕了。因为没有大家能工巧匠的本事,
确切地说,也不太看得懂工人怎么检查的电路啥的。汗。。。估计只能花钱再找个人来
确认一下了。。。真的确认了要换otu,我再打电话去四处quote价格好了。
万分感谢大家的建议和信息!!!!!
f********y
发帖数: 24
9
转贴的,
有关“买回国机票”
购买回国机票的几个途径
1)通过旅行社:
在巴黎有很多华人旅行社,一般都是通过他们购买国航或者是东航的机票
文华旅行社
01 44 21 82 58 01 44 21 81 54 01 44 78 99 00
法华旅行社
01 42 36 38 88
国旅(巴黎)
01 42 86 88 66
新国泰旅行社
01 53 38 90 10
01 45 85 32 66
欧中旅行社
01 45 84 84 00
2)通过网络订票:
这里介绍几个网站,大家上网搜搜,有的时候也能找到特价票
OTU Voyage
特别推荐!!专门面向学生的旅行社,可以找到不少便宜票,有德国汉莎或者其他
国家航空公司的机票。如果在AGENCE买票,还有减价!!
SNCF.COM
在线预定购买机票,火车票,旅馆,租车
Opodo.fr
网上旅行社,安全可靠
Air France
直接在法航的网站买法航机票,26岁以下可以买青年票,这个暑假最低票价695欧

Travelprice
很不错的网上购票网站
3)通过航空公司:
中国国际航空公司巴黎办事处地址:10,Bd.Malesherb
w***n
发帖数: 738
10
我原始序列是400bp左右,20万条,不过后面已经经过cluster,得到9000左右OTU
每个序列已经做过相应的taxonomy
alignment以后的文件也有,大概还是有几百M大小吧(5万左右的unique sequence序列)
w***n
发帖数: 738
11
已经安装了,load哪种文件呢?试了下我的包含Otu信息的文件,好像不认
sequence文件可以load,但是怕结果和我前面的align和cluster不一致啊

发帖数: 1
12
来自主题: Biology版 - 16S 序列分析
kraken用法照manual就可以了吧, kraken的方便之处是直接将每条序列分类。 不过
16S的常规做法一般都是先做OTU table.
主流是Qiime和Mothur,使用都很简单,都有SOP. 但如果你没安装qiime的话,安装可
能头大点,直接上虚拟机好了。
还有就是qiime的illumina SOP 初始是没有demultiplex的。
如果你的初始文件是已经demultiplex好的paired end reads, 可以看一看这个教程:
http://bioinformatics-ca.github.io/analysis_of_metagenomic_data_module2_lab_2016/
也就是说可以用 qiime, pear, usearch, 甚至mothur,先把所有的序列合并了, 再输入
qiime pipeline.
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