m***7
发帖数: 62 | 1
很多细胞系建系过程中P53或者其他基因突变是自发的，如果没有突变，细胞会
senescence。偶尔有突变DE 细胞才能存活并扩增下去。 |
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f******g
发帖数: 1003 | 2 以下观点纯属猜想
我看到的很多文章，包括很好的文章，象CNS级别的文章，很多都是描述一个现象，展
示某个基因有某些功能，机制上主要是向很经典的pathway靠，其实这些机制不一定是
最主要的机制，但是为了快速发表发文章，就往最经典的通路上靠了。
这样做的结果就是，与很经典的基因，例如p53，有相互作用的基因有成百个，当然了
，在不同细胞中，相互作用的基因可能是不一样的。
我总是想，细胞基因相互作用中有没有可能发现很基本的定律，象物理中的牛顿三定律
，数学中的很多公理定理。
比如影响一个基因的表达的因素有很多，目前我所知道的有：转录因子调控，microRNA
调控，甲基化调节，乙酰化调节，磷酸化调节，泛素化调节。
我们有没有可能应用数学上的知识，用一个方程来描述这个基因的表达，各个参数可以
用不同条件下的实际测量值来解决。
to be continued |
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h***l
发帖数: 168 | 3 搞不懂这个问题有什么意义？
p53 还是 single copy呢。。。 |
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j*****d
发帖数: 787 | 4 我碰到的是SIBS的科技处的处长，好像财务归他，SIBS的钱柜。就像p53所言，估计方
向是排第一位的，publication自然也很重要。
上海一块生机勃勃是有传统的，特别是自2000年后，我觉得这已经是SIBS人的共识。
至于translational medicine方向是根据我和健康所，营养所交流得出的，我觉得神所
和生化细胞所似乎对这个不感冒，NIBS其实 也往这方面走。值得一提的是，外围很多
所也在做类似的事情，比如昆明动物所和植物所。
不知道讲明白没有，我也不是他们体制内的。 |
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B******o
发帖数: 496 | 6 你试过几个不同的shRNA么？
有时候可能那个shRNA积累在细胞内会造成毒性。换个别的就好了 |
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d******u
发帖数: 178 | 7 如果不是因为毒性的话，这是个很有意思的phonotype。 |
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Z******5
发帖数: 435 | 8 搭车问问：
话说我最近overexpress c-Myc，MTT也检测到细胞增殖变慢。 这个不应该啊。
补充一句，我的质粒表达能力非常强，估计是细胞凋亡导致的？ |
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h******y
发帖数: 1374 | 9 That makes sense....because of OIS |
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i*****r
发帖数: 65 | 10 学生物的你伤不起zz 应个景（转）~~~
高考之前流传一句话“二十一世纪是生物的世纪”从此就跳进火坑了有没有！！！！！
考得比谁都高学得比谁都苦考了笔试考实验最后收入比谁都低！！！有没有！！！！！
一进大学就开始狂背这辈子除了考试就用不到的东西有没有！！！！
鸟适应飞行的进化十大特征！ 三碳循环！二十个氨基酸中文名！！！！！
英文名！化学式！化学结构！性质特征！
最变态的还有代谢途径 ！！！！！
氨基酸有多少种代谢途径有没有！
背什么生糖氨基酸 生酮氨基酸 生糖兼生酮氨基酸！！！！
你以为生完酮就完了？根本没完！还有分解转化！
转成糖有没有！转成脂肪有没有！
不要以为吃了蛋白质不吃脂肪就不会长胖有没有！蛋白质可以转化为脂肪的！
你以为把氨基酸代谢背完了就完啥了！没完！！！！！！
还有糖代谢！糖氧化！糖酵解！脂肪代谢！脂肪酸代谢！核酸代谢！有没有！
DNA完了RNA RNA完了rRNA, rRNA完了mRNA，然后RNAi！！！！！
你有完没完了！！！
原核遗传学完，还有真核遗传！
这还只是一门课有没有！！！！！
你说学生物的人不正常！背下来这么多没用的东西还能正常么！！！！
学GRE的... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 11 santa cruz smp14还行，
mdm2很搞的，看氨基酸应该50多，结果有时候是90多，请教过专门做p53的人，据说说某
种不明确的修饰。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 12 domain分析我做过一点，但是考虑到residue之间的long range interaction，我很好
奇AS会在多大程度上影响结构。我觉得即使没有general研究这个的文献，对某个重要
蛋白的应该还是有的。大致看了看，似乎有讨论p53 isoform的，还需要再看看。 |
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z*******2
发帖数: 2643 | 13 Are you using your time better?
LOL
发信人: p53 (吃饱了撑得要长肉), 信区: astrology
标 题: Birth Chart & Astrology Report Data 好像还有点准
发信站: BBS 未名空间站 (Thu May 5 23:45:07 2011, 美东)
http://alabe.com/freechart/
俺的。。。好多土像啊。。。 土死了。。。
Sun is in 27 Degrees Capricorn.
Moon is in 15 Degrees Virgo.
Mercury is in 13 Degrees Capricorn.
Venus is in 10 Degrees Sagittarius.
Mars is in 27 Degrees Capricorn.
Jupiter is in 04 Degrees Leo.
Saturn is in 13 Degrees Virgo. |
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B******o
发帖数: 496 | 14 KRas自己能干这个活么？好像需要同时把p53搞掉吧？ |
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h********n
发帖数: 4079 | 15 我指的是GEMM.
各位觉得那个是目前最好的? 比如PyMT老鼠就有问题, 转移太猛, 而且不是人的基因.
Kras + p53 null似乎不错
还有啥大家觉得不错的? |
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h********n
发帖数: 4079 | 16 I agree. heterozygous mutant p53 can help to develop tumor and metastasis
when combined with an oncogene.
since
enough |
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m**********3
发帖数: 706 | 17 He received his postdoc training from Harvard. And he had some decent
publications. His level should be equal to some AP in the US.
Liu TX, Becker MW, Jelinek J, Wu HS, Deng M, Hsu K, Bloomfield C, Stone R,
Issa J-P, Erba HP, Clarke MF, Look AT. (2006) Deletion del(5q) and
epigenetic suppression of alpha-catenin (CTNNA1) in myeloid malignancy.
Nature Medicine.
Liu TX, Howlett NG, Deng M, Langenau DM, Hsu K, Rhodes J, Kanki JP, D'Andrea
AD, Look AT. (2003) Disruption of FANCD2 function causes con... 阅读全帖 |
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X******n
发帖数: 24 | 18 是不是我的lysis buffer不对（我用的RIPA）,还是说要sonicate lysate? 帮指点一下
，谢谢阿! |
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a******8
发帖数: 56 | 19 more details please. what cell line? what antibody? any positive ctrl? |
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b*******H
发帖数: 830 | 21 也跟细胞有关系吧。象HELA细胞已经被抑制得很低了。但也能做出来。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 22 一般认为HBx可能在HCC中起一定的作用，因为有转录激活活性，in-vitro实验中能激活
某些HCC相关通路比如Wnt/beta-catenin，抑制某些抑癌基因比如p53等，不过相关的研
究结果不是非常的一致，由于模型的不同相互矛盾的也很多见。
HBsAg传统认为对HCC没有什么直接作用，主要是在诱导免疫耐受等免疫调节机制上。后
来发现某些HBs mutants也可能有诱导HCC的作用，但是也未见严格的数据实证。
基本上HCC的发生并不是HBV感染的直接结果，而是慢性感染所诱发的慢性炎症反应并长
期刺激免疫系统针对肝组织所造成的慢性肝损伤，从而导致肝纤维化-肝硬化-肝癌，所
谓的经典三部曲 |
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d*******s
发帖数: 61 | 23 看过该网站回复人的帖子后，发现原来造假问题是异常严重的：WB里面，GAPDH的一张
图片被反复用在多个图中；而且在他们后来发表的其它 8 篇论文中，还存在相同的问
题！这是很明显的蓄意作假了。这些论文在下面用黑体标明：
7 Responses:
Well that was easy….In the v282#17p12363 paper, look at the GAPDH bands in
Figure 3A. Now go back to Figure 2C and look at the GAPDH bands. Lanes 4-5-6
are the same. They duplicated the blot.In the v283#29p20045 paper, Fig 3A
right panel GAPDH blot contains the same 2 bands as Fig. 5D.So, the “
mistake” appears to involve using the same GAPDH blot for different
experiments. ... 阅读全帖 |
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c******a
发帖数: 267 | 24 嗯，既然这次讨论的是肿瘤免疫，我的专业，而且drp说得很好，我也想说两句。
我也看了这片文章，问了一下我们医院实验室的一个fellow(他已经做完了三年的
residency,是美国top10的MD/PhD)，他的意见是，I don't know how they can
publish it on NEJM with only 1 patient response out of total 3. They must
have very good relationship with the editor.
我的看法，首先，chimeric antigen receptor CAR这个概念一点都不新鲜，
preclinical已经做了很多年。但是几乎所有的实验到了clinical trial都失败了。主
要问题是回输的T cell到了病人体内好像细胞毒功能和增殖都变得很弱。但是这次的实
验是chemotherapy和immunotherapy联用，可能chemotherapy杀死了很多肿瘤细胞，这
些死亡或者损伤的肿瘤细胞变得容易被T cell识别和杀灭。作者在讨论里也提及这种可
能。在... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 25 1.近缘物种中保守性确实一般，高等哺乳动物之间的差异多在20%左右，不算特别保守
，当然变异也不算大。
2. 序列不算特别保守，但是功能上还是很保守的，ortholog很明确，从这个意义上说
，不可能认为是人的特有gene或者新基因 |
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n********k
发帖数: 2818 | 26 new cop? Don't always think of digging gold; do your homework well, Gold
will come... |
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R******d
发帖数: 1436 | 27 大哥，不要再这样了。俺在这个版上饱受指责。。。
俺只是一个搞生物信息的，很多很生物的理论确实不太清楚。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 29 oh, I c...sorry about that:)))...maybe we can have a deal here--I'll help
with your questions on biology and you can help me with some bioinformatics.
..I am currently doing lots of whole-genome stuff---miRNA arrays, ChIP-Seq
and RNA-seq... |
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R******d
发帖数: 1436 | 31 听起来不错，站内联系吧
bioinformatics. |
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f*******e
发帖数: 354 | 33 is it a transcription factor?
combined with other oncogenes or anti-s, p53, sv40, e1f....in colony assay
KO or transgenic mice, if you got positive data from colony and
transplantation
what happened if you knockdown the gene in tumour cell lines, can you get
derive a cell line? or any other similar type of cancer cells
blot)
related
oncogene? |
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f******l
发帖数: 101 | 34 和我在网上查到的信息差不多。实验用应该不会自己复制，但是可以infect人。
我们现在用了好几种基因，包括p53，E6,Rb，E7，TRCP和Sleeping beauty transposase 。所以还是有点担心。
谢谢stilconfused，Fatsheep和waterman。 |
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i******n
发帖数: 181 | 36 这年头找博厚也不容易，好的实验室自己水平有限去不了。好不容易现在有几个选择，
请各位帮忙参考下。
学校一样，top3，不过学校也不很重要。
1）韩裔老板，副教授，3个RO1。实验室全博厚，无学生，博厚都是亚洲人，韩国人多
一些（~50%）。方向癌症小分子药物筛选，主攻p53分子。
2）印度老板，副教授，3个RO1。实验室有学生也有博厚，国籍各国的都有。主要做消
化道发育和癌症。
3）美国人，助理教授，MD/PhD，临床科研都有，1个RO1。主要做Radiology therapy方
向，cellular responce to DNA damage。
本人将来还是想做faculty，不行就去工业界。打算最多做5年博后，如果不能找到位置
就转行。目前倾向于去第一个，因为和制药关系大一些，以后可能去工业界容易些。就
是不知道韩裔老板会不会偏向自己人，以后做项目发文章会被欺负。大家一般挑实验室
怎么能看出项目前景如何，老板人品好不好。
这样考虑是不是去要求高，挑战性大的实验室博一博，成功的可能性大一点？
请大家多多赐教，谢谢！ |
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b********r
发帖数: 709 | 37 做Molecular biology，或genetics方面的，或是molecular diagnostics的。
其他方面也可以。我可以把resume发过去给您看一下我是否合适。
介绍一下我的背景：
以前做p53对aging的影响，以及和insulin signaling pathway, Calorie restriction
pathway，apoptosis, autophagy, sex-differentiation, heat shock genes,生理节
律等方面的联系。
目前做病毒，微生物，基因检测方面的工作。
以前还做过神经生物学小脑发育方面的工作。
非常需要review机会。多谢。 |
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l********g
发帖数: 19 | 38 不是有Adenovirus只在p53缺陷的细胞里复制吗？用这样一个Ad mutant表达TK，再用
gancyclovir杀死细胞，还说得过去。 |
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r***e
发帖数: 2539 | 39 western应该没大问题，你用哪个抗体？只是某个特定的突变不能识别吧。而且你的情况
也不一定突变了，可能被stabilized。
normal |
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w**********o
发帖数: 128 | 41 多谢指点。 不是生物出身，还在学习阶段，见笑了。 |
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w**********o
发帖数: 128 | 42 学习了，多谢。 我没有证据来说他突变了，只是野生型的很难测的到，怀疑他是否突
变。不过您已经告诉我了immortalization could induce its expression. 多谢。
T
factors, |
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w**********o
发帖数: 128 | 43 多谢回复，问题解决了，我用 的是CST的。normal |
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S**********e
发帖数: 1789 | 44 我觉得目前的marker都是不确定的。P53的确不是必需的，p16, p21 都不是。
我的senescent cell p16下降。
P19, |
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s*****g
发帖数: 7857 | 45 Sant cruz
cell signaling
看看. |
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z*t
发帖数: 863 | 46 only personal interest and i'm so easy to get excited:)
But paper Like "Mutant p53 Disrupts Mammary Tissue Architecture via the
Mevalonate Pathway" is definitely excellent. This gives evidence that statin
may have treatment effect on certain type of cancer. |
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a*****u
发帖数: 802 | 47 proteasome substrates太多了，经典的有p53, cyclinB, HIF1a, HMG CoA reductase2
, Insig1 (忘了是1还是2）。
proteasome有3个active centers建议最直接的方法就是纯化proteasome，用产荧光的
substrates检测其活性。或者简单的用model substrates，其中一个是ub-GFP |
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s******y
发帖数: 28562 | 48 用来测proteaasome activity 的 ub-GFP必须是那种不能被cleave 的ub，
否则表达过程中就被抢先cleaved 了。
所以这个de-ub 不是一个问题。
成问题的主要原因是因为ubiquitinylated protein 也能成为lysosome,
autophagosome的底物，所以不是那么的特异。
如果这个问题对你们非常重要的话，我建议你用三种方法来重复：
1. uncleavable ub-GFP
2. P53 or H1f, by using cycloheximide or pulse trace
3. partially purified proteasome with artificial substrate
然后再加上一个加beta-lactone 的逆对照
autophagy |
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l**********1
发帖数: 5204 | 49 Matrix PDE Boolean network Bayesian network Game theory etc will belong
to Basic level =PhD student training
High dimensions Monte Carlo Markov Chain (MCMC), Hidden Markov models,
Kalman filters and Ising models
belong to middle level. PD training
One Book its any one chapter if you can read completely
then you should qualified basic level:
//www.ift.unesp.br/users/mmenezes/mathbio.pdf
---
Borwein integral sinc function Fourier Transform Higher level PI tenuring... etc.
//www.springerlink... 阅读全帖 |
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f******g
发帖数: 1003 | 50 老板现在正在用chemical screening的方法筛选p21的inhibitor，已经有几个候选的了。
还在申请专利，把的前途说的神乎其神的。
我挺怀疑的，p53的inhibitor很早就有了，但是临床效果不是很明显。 |
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