m******5
发帖数: 1383 | 1 Since oxygen recover would also induce many MAPK pathway, I don't understand
why inhibition of p53 alone could be so effective
apoptosis.
after
similar |
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y******8
发帖数: 1764 | 3 依照经验，total protein没有over-load，lane之间的差异在20%以内。
150kd附近的带，量差异在100%以内。
p53, p21 positive的lanes比，量差异在5倍以上。
by |
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r***u
发帖数: 50 | 4 在我看来只有p53的原图被贴了出来，vinculin和p21都不是原图。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 STORM Stochastic not deterministic
even Zhuang her SHI-XIONG/SHI-DI Taekjip Ha now want to try other ways:
//physics.illinois.edu/people/profile.asp?tjha
//zhuang.harvard.edu/pi.html
please refer:
In the field of microscopy development there was again a strong emphasis on
high resolution techniques (Hess, Sauer, Hell) and on combined microscopy
techniques to manipulate the sample for example with an AFM or optical
tweezers under optical inspection (Taekjip Ha, Jan Vogelsang, Gopal
Balasubram... 阅读全帖 |
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c**k
发帖数: 1228 | 7 这哥们也换领域了。以前不是做axin,p53啥的吗。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 8 I have been handling with HepG2 cell line. This is a p53-wildtype cell line.
I believe you can try it. |
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r***e
发帖数: 2539 | 9 就是抑癌基因Rb1。要western blot识别mouse Rb1，试了两个抗体好像都不大行。一个
是Abcam ab6075，一个是cellsignal 4H1（这个data sheet里没包括mouse）。
另外，这个蛋白在MEF之类的细胞里表达量如何，（不要和p53那样，正常量很小，才没
看到。）我是鉴定shRNA用的。我有几个不同的序列，已知抑制效果不同。
谢谢啦！ |
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i*********0
发帖数: 915 | 10 这个例子还算多了，比如那个hupki mice (human p53 knock in mice) 和最近的那个
human foxp2 mice。 |
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s******8
发帖数: 233 | 11 My WB has a lot, lot, lot.... of problems with different kinds of antibody.
我的问题是忽好忽坏的， 有的时候连p53也不出.
看了你的回帖， 我 有几个问题， sample in SDS loading dye 开始就煮好的， 用的
好好的，然后下次在煮， 跑胶， 就不出信号了， 虽然我染了膜， 挺好的条带。 多
久能重复用这个sample哪？ |
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X*********4
发帖数: 50 | 12 国内博士刚毕业，正申请博士后位置，问问大家这个教授的情况。谢谢各位大侠
The research interest of our lab is to study the
novel targets and functions of tumor
suppressor
p53 in tumor suppression and aging (Cell 2004,
119:591; Nature 2007,450:721; PNAS 2007,104:
16633;
Molecular Cell 2010,38:689; PNAS 2010,107:7455
;
PNAS 2011, 108:16295; PNAS 2012, 109:7013). A
... 阅读全帖 |
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X*********4
发帖数: 50 | 13 国内博士刚毕业，正申请博士后位置，问问大家这个教授的情况。谢谢各位大侠
The research interest of our lab is to study the
novel targets and functions of tumor
suppressor
p53 in tumor suppression and aging (Cell 2004,
119:591; Nature 2007,450:721; PNAS 2007,104:
16633;
Molecular Cell 2010,38:689; PNAS 2010,107:7455
;
PNAS 2011, 108:16295; PNAS 2012, 109:7013). A
... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 14 我这个预测的最根本前提就是NGS和未来的计算能力能让我们相当有把握地找到致癌突
变。接下来的模型只是验证一下，失败的风险理论上要远低于现在的技术水平下找到的
那些致癌突变
另外2W！显然并不符合人体内的状况。现在的主流观点是double hits，了不起就是
multiple hits。正常人体一个细胞内的突变率没有那么高，很少哪个正常细胞有机会
积累什么几十个突变，应该最多积累个几个突变也就发生质变成为癌细胞了。而且我觉
得很多癌症应该是殊途同归的，就好比现在已经发现很多时候都会和P53，PTEN， AKT
，MAPK，RAS等一些主要的pathway接上，将来药物的选择也可以拿这些已有的pathway
作为线索
下。 |
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H*****e
发帖数: 120 | 15 Actually, I am not sure the sample number issue. This was the issue before
I did it. But after I did it, I realized that too many samples will screen
out real target. We relied on computer too much on "large-scale". This
became my experience from microarray. In the begining, we wanted whole-
genome. Then we down to "just a right one". Similiarly, More sample down
the target to the high frequent ones such as p53, kras, PTEN, and maybe RB.
Lower frequent one will be thrown away because of "... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 16 你这个说法我相当怀疑
我花过不少时间做流行病学，对统计还是有点认识。假如你要研究的variable数量一定
，方法学上最优以后，基本上唯一肯定可以增强信号（增大power）的方法就是增大样
本量。我无法理解为什么增大样本量反倒会增大noise
倒是确实如果用whole genome确实variable 太多了，make educated guess确实是能在
统计上增大power。这些已知的通路如P53 PTEN本来就是很重要的，他们出来说明你的
方法学是正确的。把这几个去掉，接下来的应该就是你要找的东西了。
你可以再说说你的看法
before
screen
. |
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j***z
发帖数: 105 | 17 几天不见楼这么高了啊，再次感叹下LZ的挖坑能力。
再谈谈NGS和targeted therapy的问题：
个人觉得NGS的作用是找到potential driver mutation，其意义一是可以为研究提供重
要的信息，二是如果这个mutation是直接druggable的话对于临床治疗有很大意义。和
LZ观点不同，我认为找到怎么target绝大部分的mutation还是一个非常大的挑战，例如
p53和ras, 被发现20多年了还是没有任何有效的治疗方法。所以就算90%的signaling
pathway in cancer的文章都是垃圾但是这方面的研究还是有很大意义的。
可以预见的是由于targeted therapy的发展，未来的十年很多癌症的治疗会有进展-病
人寿命延长，生活质量上升。但是从整体上来说癌症的攻克还是从prevention和early
detection上比较靠谱，lung and colon cancer就是好例子。这点NGS也会很有前景，
这期的science刚有一片文章关于这个：
http://www.sciencemag.org/content/337/6... 阅读全帖 |
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D******9
发帖数: 2665 | 18 问题是抗体， 一般都是结合到膜上受体，小分子可以抑制细胞内酶活性。 事实是，
大多数突变都在下游， 很多TF突变了， 像beta-catenin, p53, 如何去修复， 或是抑
制而不影响细胞正常功能， 实在是太难了。 |
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h******y
发帖数: 351 | 19 sv40 T will inhibit p53, so it can be used to immortalize MEF
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com] |
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h******y
发帖数: 351 | 20 不明白你为什么一定要用immortalized的MEF。因为上述MEF需要克服p53和Rb两个通路
对细胞分裂的共同抑制，MEF需要产生很多基因突变，所以自发immortalization的几率
很小。如何你想同时获得immortalized的野生型和KO的MEF，你的两株细胞的各自
immortalization是两个独立的事件，即使你能获得immortalized的细胞株，他们之间
也已经不能作为参照了。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 谢谢！我的合作者就是用的你贴的3T3方法，但是他们没有弄出来。
我以前也用过3T3方法但是那个是野生型，很容易诱导的。
现在这个KO, 说不定就是如你所言和p53和Rb通路有间接关系，
我为了保险，想用其他方法来诱导，不知道除了用病毒，还有什么其他法子么？
比方说加个什么什么化学品之类的？
如果用病毒的话，是否要用lenti or retro vector? |
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s********d
发帖数: 103 | 22 现在这个公司和中国人合作进入中国准备做临床了，我最担心的是美国没批，中国批了
，又让人笑话了。这样的事儿发生在腺病毒治疗肿瘤上。P53的故事希望不要从演了。 |
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u**********d
发帖数: 573 | 26 我觉得细胞周期和reprogramming的关系有意思的原因如下：
还没有报道说不能分裂的细胞也可以被“iPS”的；
去除细胞周期抑制因子（好像有p53和p16）显著提高iPS效率；
随着诱导时间的延长，iPS诱导成功的比例逐渐增加。
细胞周期中chromatin会凝缩-解聚不断反复变化，对于大多数分裂间期才表达的基因来
说，也是一个关闭开放的周期，每一次分裂就是一个表达谱重设的窗口。但是
reprogramming一定需要周期吗？周期到底如何帮助reprogramming的？
既然这么多的做表观的人都用干细胞做模型，而表观研究的方法在做干细胞的人中也越
来越普及，可能很快这些问题就有答案了。
后面的玩笑就开大了吧。大家都在迷茫，哪里有金矿啊金矿？本来还是先得看对什么问
题感兴趣，就使劲研究它。可是现实太残酷了。 |
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u**********d
发帖数: 573 | 27 我是说大脑的可塑性就像干细胞，有的重组容易些，有的男鞋，有的以前都认为不可能
的，结果发现只要锲而不舍，铁杵也是可以磨成针的。
你能说出来希格斯玻色子牛在哪不？
反复震荡没啥大不了的，以下随便抓个都秒杀，要知道这些振荡都还是在复杂的噪音环
境里实现的：
细胞周期
生物钟
雌激素受体ER控制的基因转录周期
p53-MDM2 的振荡
体节的形成 |
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k******2
发帖数: 81 | 29 Stem Cells. 2012 Aug;30(8):1685-95. doi: 10.1002/stem.1142.
HIF-2α suppresses p53 to enhance the stemness and regenerative potential of
human embryonic stem cells. |
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j********r
发帖数: 156 | 30 碰巧刚看到几篇关于氨基酸代谢的文章，大牛来点评一下。
1. Serine starvation induces stress and p53-dependent metabolic remodelling
in cancer cells （nature, 2013)
2. Serine, but Not Glycine, Supports One-Carbon Metabolism and Proliferation
of Cancer Cells (Cell reports, 2014)
3. Phosphoglycerate dehydrogenase diverts glycolytic flux and contributes to
oncogenesis (Nature genetics, 2011)
4. Functional genomics reveal that the serine synthesis pathway is essential
in breast cancer (nature, 2011)
elife刚发了一片关于metformin的文章。俺愣是没看... 阅读全帖 |
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f******g
发帖数: 1003 | 31 老鼠BL6的端粒长度很长，所以在老鼠的端粒没有短到极点时候，老鼠已经死了。当然
这也是一个证据表明，有其他不依赖端粒长度的衰老机制。
因为人的端粒长度很短，随着年龄的增长，端粒不断缩短，尤其是在快速分化增生的器
官中，例如造血系统等。端粒短到阈值后会引起一些列DNA损伤，tumor suppressor，
比如最经典的p53会被激活，来抑制pre-cancer cell,因为端粒变短导致的大量的突变
会引起正常细胞，尤其是干细胞的癌变。
当然tumor suppressor 的激活是双刃剑，一方面抑制肿瘤发生，一方面导致衰老。
所以，如何正确激活干细胞的tumor suppressor，或者如何fine tune tumor
suppressor 将是一个非常有意思的研究衰老的方向。
具体文献请看sean morrison, lenhard rudolph (2012), derric rossi, depinho |
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S**********e
发帖数: 1789 | 32 Tony Hunter的博后，独立以后表现很不错。
Yang W, Xia Y, Hawke D, Li X, Liang J, Aldape K, Hunter T, Yung WK, and Lu Z
. PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell 150(4):685-696,
Ji H, Ding Z, Hawake D, Jiang B, Mills G, Lu Z. AKT-dependent
Phosphorylation of Niban Regulates Nucleophosmin- and MDM2-Mediated p53
Stability and Cell Apoptosis. EMBO Reports 13(6):554-60,
Yang W, Xia X, Zheng Y, Liang J, Huang W, Gao X, Aldape K, Lu Z. Nuclear
PKM2 regulates beta-catenin ... 阅读全帖 |
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Z******5
发帖数: 435 | 33 四个问题：
1. 肿瘤是不是多数发生在高等动物中？特别是灵长类动物中？
2. 这一特征与特定物种的基因有关还是与寿命相关？ 比如抗生素发明前，人类寿命相
对较短，肿瘤发病率就表现的很低，而现在人类寿命大幅提高，肿瘤发病率就直线上升
？ 如果给猴子类似人类现在的医疗条件，它们的肿瘤发病率是不是也会大幅上升？
3. 目前已经发现的很多重要的原癌基因和抑癌基因，比如c-MYC，RAS，P53等都是高度
保守的，怎么理解这些保守的基因为什么没有在低等物种中与肿瘤相关呢？
4. 目前有哪些高等动物，特别是人类特有的一些非保守基因在肿瘤发生中起到十分重
要的作用？ |
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n********e
发帖数: 1630 | 34 纠正个错误吧。
HBV 是DNA 病毒，复制通过reverse transcription 所以也叫para retrovirus。 但是
hbv的genome并不整合到细胞中。是独立的存在的，叫做mini chromosome.
病毒能够导致癌症的例子很多。最先发现的是sv40， 这个病毒是作用于调节cell
cycle的蛋白，比如说p53， 细胞分裂失去控制。才无限生长，导致癌变。
我对hbv导致癌症的机理不清楚。我只是对hbv基本的life cycle清楚。不过我认为，
hbv致癌的原因应该是打乱细胞周期，因为病毒的一些蛋白，hbx，可以作用于不同的过
程和蛋白。 |
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n********e
发帖数: 1630 | 35 纠正个错误吧。
HBV 是DNA 病毒，复制通过reverse transcription 所以也叫para retrovirus。 但是
hbv的genome并不整合到细胞中。是独立的存在的，叫做mini chromosome.
病毒能够导致癌症的例子很多。最先发现的是sv40， 这个病毒是作用于调节cell
cycle的蛋白，比如说p53， 细胞分裂失去控制。才无限生长，导致癌变。
我对hbv导致癌症的机理不清楚。我只是对hbv基本的life cycle清楚。不过我认为，
hbv致癌的原因应该是打乱细胞周期，因为病毒的一些蛋白，hbx，可以作用于不同的过
程和蛋白。 |
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j******n
发帖数: 941 | 36 我做了几个细胞株大概都是4-6小时之间
你要是做癌细胞可要小心了 不少癌细胞株 尤其是乳腺癌的 表达极少 或突变检测不到 |
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A******y
发帖数: 2041 | 37 Good, AML hasn't have a new therapy for more than 30 years. Let's hope p53
is the key target biologically. |
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S**********e
发帖数: 1789 | 38 能拿到教职的多半是有传承的，这也是为什么都挤破脑袋往大牛实验室钻。能发好文章
只是一方面。很多大牛实验室的人没有超大文章也能拿到教职，有些小实验室的人发了
CNS拿不到教职的很多
我老板的老板的老板是p53 levin,我老板的老板是MD Anderson的系主任， 是不是传承
呢？我第一个薄厚的老板delaware university的PhD,也是levin的薄厚，然后就在UMi
当了AP, 独立以后就不行了，5年内去了OSU.
所以还是有传承的。不过一般情况是一代不如一代，能超越老板的是少数，都是靠着大
树好乘凉 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 39 不用谢
Li D et al. (2011)
HSP90 Causes Aberrant Stabilization of Mutant p53 in
Functional Inactivation of Endogenous MDM2 and CHIP by human cancer cells
Mol Cancer Res. 9: 577–588.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3097033/
plus
参看艳阳天jj/mm 的原帖下吧
昨天晚上听了Susan Lindquist 有关HSP90 的讲座后被震惊了。虽然以前这里也有人提
起过她以前的文章，但是那些文章都是一些计算分析为主的，所以我也比较不怎么当一
回事。昨天她谈了她们做的一些关于防止真菌进化出抗药性的实验，HSP90
抑制剂对于真菌没有直接杀伤力，但是综合和其他有直接杀伤力的药一起用的时候可以
非常好的防止真菌出现抗药性而复发。她最后的结论是HSP90的活性对于容忍机体的进
化有重要作用。高活性的HSP90会导致突变体能够成功存活下来。听完之后我忍不住跑... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 40 几乎清一色 非白人/美犹的东亚裔作者名单 不说明了 lab 工作语言是粤语or 普通话
or 棒子语吧
尽管纺锭是NIH的.... Lol
Chang CJ, Chao CH, Xia W, Yang JY, Xiong Y, Li CW, Yu WH, Rehman SK, Hsu JL,
Lee HH, Liu M, Chen CT, Yu D, Hung MC.
Source
Nat Cell Biol. 2011 13: 317-
p53 regulates epithelial-mesenchymal transition and stem cell properties
through modulating miRNAs. |
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w***r
发帖数: 709 | 41 Lin HK, Bergmann S, Pandolfi PP (2004) Cytoplasmic PML function in TGF-beta
signaling. Nature. 431, 205- 211. News and Vews by Le Roy C. and Wrana J. L
(2004) Nature. 431, 142. Commented by Kotz J (assistant editor of Nature
Chemical Biology) (2004). Selected as a Featured Article (Sep 2004) in
Nature Signaling Gateway from Nature publishing group.
Lin HK*, Wang G, Chen Z, Teruya-Feldstein J, Liu Y, Chan CH, Yang WL,
Erdjument-Bromage H, Nimer S, Tempst P, Pandolfi PP* (2009) Phosphorylation-
de... 阅读全帖 |
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o**4
发帖数: 35028 | 42 代表性科研论文:
1. Song Y. and Lu B. Notch signaling modulator Numb's interaction with α-
Adaptin regulates endocytosis of Notch pathway components and cell fate
determination of neural stem cells. Journal of Biological Chemistry 2012,
287(21):17716-28.
2. Song Y. and Lu B. Regulation of cell growth by Notch signaling and its
differential requirement in normal vs. tumor-forming stem cells in
Drosophila. Genes & Development, 2011, 25(24):2644-2658.
3. Ouyang Y.*, Song Y.* and Lu B. p53 restrains ectopic... 阅读全帖 |
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r***e
发帖数: 2539 | 43
功,
--------------------------------------
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这个也悬，一般光有Kras表达，细胞会senescence，除非把p53也干掉。 |
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r***e
发帖数: 2539 | 44 Myc能干掉p53吗？有没有文献给个link?
谢了！ |
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i*********0
发帖数: 915 | 46 说白了，p53 KO提高reprogram的效率不就是先去掉一个senescence的block么，沾染不
到genomic stability啥事情把。 |
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c**********r
发帖数: 891 | 47 一个paradigm下的科学共同体无法理解另一个paradigm下的科学。但是每个paradigm都
有自己的极限，超过了极限的东西这个paradigm就解释不了了，需要被新的paradigm取
代。
这种事在古代，就是地心说下不管加多少本轮和均轮都无法完美解释天体运动，需要彻
底颠覆。现在的“生物学”不管扯多少基因通路，发多少类似“p53 和 bcl-2表达量在
XXX细胞有correlation" 的水文章，很多问题也无法完美解决，因此也需要颠覆。
理论生物学家Stuart Kauffman一直在呼吁这个事，可是做wetwork的那帮千老根本不鸟
他。原因无它，因为千老跳不出自己的paradigm看问题。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 48 如题，最近研究一个基因，发现敲掉他之后细胞增殖变慢，p53-p21激活，做flow 看
cell cycle发现有G1/S arrest，虽然统计学p小于0.05，但是看起来很marginal，特别
是转了control siRNA的细胞G1 比例都特别高，达到60%以上，请问这是怎么回事？有
什么好的trick吗？
tips：肝癌细胞株HepG2，转染control/smartpool siNRA targeting a gene 48小时候
收细胞，固定于70%的乙醇。 |
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q******g
发帖数: 3858 | 49 他前边说“发现敲掉他之后细胞增殖变慢，p53-p21激活”，为了证明p21激活，他必须
看看cell cycle。 |
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t**l
发帖数: 109 | 50 mTOR kinase structure, mechanism and regulation.
Yang H, Rudge DG, Koos JD, Vaidialingam B, Yang HJ, Pavletich NP.
Nature. 2013 May 1. doi: 10.1038/nature12122. [Epub ahead of print]
话说他老板在HHMI那么多年，去年才评上NAS member。 Pavletich NP做的都是大手笔
，破解的结构都是那种特别经典连本科生都知道的蛋白，p53, PTEN, 现在又是mTORC. |
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