w*****y
发帖数: 1201 | 1 你说的抗生素基因片段，应该是抗生素耐药性基因吧。、
没看到过那篇nature biotech上的文章，我觉得这个不能吸收不可能只凭少量的试验就
就下结论吧。
最新的sicence文章报道，土壤的中微生物中耐药性基因和一些human pathogen微生物
中携带的耐药性基因具有很高的同源性，越来越来试验证实这种抗生素耐药性基因通过
horizontal gene transfer是有可能在不同微生物之间转移的。
片段 |
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S*********s
发帖数: 304 | 2 没有那么简单
绝大部分细胞都是不表达HBV受体的，这也是为什么建立
细胞和动物模型这么困难，更不用说haploid cell了。
Thijn也就是筛了几个病毒，没你说的那么夸张。
Thijn也只是claim factors used by pathogens for infection
不一定是受体 |
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m*****j
发帖数: 144 | 3 老板今天跟我说，在美国对于搞微生物的，期刊排名是这样的：
plos pathogen
...
plos one
以下的排名其实不是这么重要了
infection and immunity
ame
jb
mol microbiol
....
然后说，咱们的这篇文章要发在plos one，我一听心就凉了半截。我灌水听说，这个
plos one在中国人眼里是很差的期刊吧。
然后赶紧回实验室查if，发现也不是很差啊，4.092呢。那为什么大家都说它家很差呢
？还是咱中国用另一套if系统？如果真是这样，我是不是赶紧建议老板改投别的地方？
谢谢大家出主意了 |
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h******1
发帖数: 384 | 4 Cua的工作一再表明可能存在一个和Th1,Th2并列的第三种helper cells,但Cua本人并没有
意识到这一点，他只是提出Il-23诱导了一种pathogenic T cells.是Dong/Weaver在同
期NI上明确提出存在一个第三种T helper cells,并用in vitro/in vivo的试验证明了
Th17可以独立于Th1/Th2的发育program而存在并相互拮抗。因此业界一般认为Dong/
Weaver是Th17的发现者，Cua的工作对于Th17的发现起了关键作用。
Dong在Th17领域内的重要贡献还包括发现IL-21对于Th17的发育的关键作用，鉴定Act1
作为IL-17R signaling的一个关键adaptor蛋白，Th17的plasticity以及epigentics等
等。
Cua和Dong group都曾发现RORgt在Th17里高表达。可惜没有老鼠，Littman有现成的
RORgtKO老鼠。Cua写信问了结果littman不给.然后littman赶快看了一下RORgt对Th17
的影响，自己发了。Dong后来做了RORa KO 老鼠... 阅读全帖 |
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L*********e
发帖数: 105 | 5 在家打不开，我要supplemental document. thanks a lot!!! 急用
Please send to m**********[email protected].
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22940097
Immunity
Volume 37, Issue 3, 21 September 2012, Pages 549–562
Inflammatory Monocytes Activate Memory CD8+ T and Innate NK Lymphocytes
Independent of Cognate Antigen during Microbial Pathogen Invasion
Saïdi M'Homa Soudja1,
Anne L. Ruiz2, 3,
Julien C. Marie2, 3,
Grégoire Lauvau |
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w***x
发帖数: 265 | 6 最近觉得有的问题，比如跨学科研究到底是不同专长的组合作好还是什么都懂些的PI带
着一个group自力更生好，属于哲学问题。
想听听大家对”新PI的scientific发展策略“这个问题的看法：
（我不是PI，只是出于观察觉得这个问题很"哲学")
我先说说我看到的情况:
A: very focused:使用postdoc期间建立起来的实验系统，继续推进薄厚期间的研究。
（薄厚时的文章留下了不少可继续探索的东西，做PI后抓住这个问题深入做下去；上手
比较简单，之前做的strain，construct，细胞啥的都可以拿来用）
B：almost focused:使用postdoc期间建立起来的实验系统，研究与之前的研究在同一
个大领域但小领域略有不同的东东 (比如建立起来一个可以观察多种细胞动态行为的系
统，薄厚时候研究细胞迁移，做了PI之后也做其他细胞的行为比如融合；大领域细胞生
物学没有变，小领域有拓展)
C：not that focused:使用postdoc期间建立起来的技术，研究各种可以用到此技术的
不相关领域的东西 （比如建立起来一个筛药的技术，做PI后开始筛（药物，RNAi等）
... 阅读全帖 |
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j*******n
发帖数: 62 | 7 A descent paper. But not reach to CNS level. PNAS or Plos Pathogen is its
position.
1. Only expressed NTCP in hepatocarcinoma cell which actually has been
proved that can bind HBV and HDV( previously publication). Also some subtype
of the hepatocarcinoma cell can be sensitive to HBV, which has been
isolated by a German group. If using any other non-hepatocyte related cell
would be much more convincing.
2. If there is tansgenetic mouse expressing human NTCP is sensitive to HBV
or HDV, it will de... 阅读全帖 |
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j*******n
发帖数: 62 | 8 A descent paper. But not reach to CNS level. PNAS or Plos Pathogen is its
position.
1. Only expressed NTCP in hepatocarcinoma cell which actually has been
proved that can bind HBV and HDV( previously publication). Also some subtype
of the hepatocarcinoma cell can be sensitive to HBV, which has been
isolated by a German group. If using any other non-hepatocyte related cell
would be much more convincing.
2. If there is tansgenetic mouse expressing human NTCP is sensitive to HBV
or HDV, it will de... 阅读全帖 |
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n****k
发帖数: 516 | 9 强人啊，植物领域，之前知道的年轻代夫妻档小牛只有ping he&libo shan。这下貌似
全是做plant pathogen的了。 |
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T**O
发帖数: 409 | 10 如果要等这么长时间，我还不如投plos biology or plos pathogen. |
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T**O
发帖数: 409 | 11 如果要等这么长时间，我还不如投plos biology or plos pathogen. |
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T**O
发帖数: 409 | 12 如果要等这么长时间，我还不如投plos biology or plos pathogen. |
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T**O
发帖数: 409 | 13 如果要等这么长时间，我还不如投plos biology or plos pathogen. |
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X******n
发帖数: 914 | 14 我怎么记得这东西几年前一个加拿大的小组就在plos pathogen 上发表了？ |
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j***x
发帖数: 1469 | 15 1.
Nat Rev Microbiol. 2004 May;2(5):414-24.
Genomic islands in pathogenic and environmental microorganisms.
Dobrindt U, Hochhut B, Hentschel U, Hacker J.
Source
Institut für Molekulare Infektionsbiologie, Universität Würzburg, R&
ouml;ntgenring 11, 97070 Wuerzburg, Germany.
PMID:
15100694
[PubMed - indexed for MEDLINE]
2.
Nat Rev Microbiol. 2010 May;8(5):373-82. doi: 10.1038/nrmicro2350.
Detecting genomic islands using bioinformatics approaches.
Langille MG, Hsiao WW, Brinkman FS.
S... 阅读全帖 |
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q*********a
发帖数: 300 | 16 plos one,bbrc,jbc 稍微有点水平的lab都不屑发这种journal，plos biology, plos
pathogen，plos genetics等影响因子还是不错的
法。 |
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S****r
发帖数: 982 | 17 system biology, epigenetics, stem cell,host-pathogen interaction, cancer
models ... |
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n***3
发帖数: 663 | 18 方向：Innate immunity, pathogen-induced immunity, cancer immunology,
metabolic diseases and immunity.
Thanks!!! |
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z****g
发帖数: 15 | 19 本人五年博士后很不走运啊。不过快结束的时间发现了好东西，我研究的一个细菌基因
与抵抗中性粒红细胞网（neutrophil extracellular traps, NET）杀菌作用有关，应
该能发一篇好paper，至少 Plos Pathogen吧，要是上Cell我就去烧香了。
但是一，老板肯定不会延长我的博士后聘用期了。
二，她完全支持我离开实验室后继续从事目前的研究（这当然是不用说的）
不过三，因为博后期间没有一作的论文，找到职位的可能性不大。
所以四，我跟老板说，我想去一个专门做NET的实验定做二博后继续我的研究。这个实
验室不做我们的细菌（做病毒的），所以我想纯粹找个地发篇牛paper,过后不会对现在
的老板形成竞争。
这就有趣了，老板说这很好啊，但具体谈的时候她好像不断地建议或暗示我不要做这样
的第二个博后。
XDJM提提意见啊，多谢了！！！ |
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p*****c
发帖数: 20445 | 20 Marc R. Freeman, Ph.D.
HHMI Early Career Scientist
University of Massachusetts Medical School
Neurons hog the attention, but our brains couldn’t operate without the
unassuming neural cells called glia. Marc Freeman is working to bring these
overlooked cells—which represent about 60 percent of brain cells—their
share of credit.
Freeman has been dissecting the role of glia in brain development, function,
and healing after injury, when glia hurry to the damaged area and devour
cellular debris to al... 阅读全帖 |
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p*****c
发帖数: 20445 | 21 Christopher D. Lima, Ph.D.
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Christopher Lima doesn’t pick easy problems. A structural biologist, he is
investigating how cells attach small proteins—like ubiquitin and the
related molecule SUMO—to other proteins to modify their function or fate.
Alongside those studies, he is exploring the molecular mechanisms that
underlie RNA processing and degradation—modifications to an RNA copy of a
gene that influence its stability and ability to be used as a template ... 阅读全帖 |
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t**********1
发帖数: 61 | 22 今天2013 JCR IF终于出来了，今年比较有看头，因为有很多新兴的journal, 它们与老
牌journal之间的竞争是看点。简单说一下我的看法。
1. NPG
Nature publishing groups的Nat sub整体来讲继续高歌猛进，Nat Commun干掉了PNAS
， Nat Genetics/Materials/Biotech/Nanotech持续保持高Impact factor (>30), 有
的甚至比Science和Cell都高。Nat Biotech去年IF波动较大，今年强势反弹。Nat Med
这个老牌杂志现在看来是越来越走下坡路了，但是应该不会跌倒20以下。Nat Climate
Change第一年的IF非常不错，但是上升前景不是十分乐观。Nat Chem Bio和Nat Struct
Mol Bio影响因子下降，前景不如Nat Commun. Nat Neuro中规中矩，表现令人满意。
Nat Methods继续看涨，但继续大幅上升的可能性不大。总体来讲，Nat sub表现十分抢
眼，尤其是Nature Communications, 这个主打m... 阅读全帖 |
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i****g
发帖数: 3896 | 23 JCI JEM不会那么容易就下去的。有意思的是AHA的几个杂志影响因子都持续走高，比如
circulation和circulation research，都在11分以上了，以前circulation是拼不过
JCI的。
期待eLife的影响因子
今天2013 JCR IF终于出来了，今年比较有看头，因为有很多新兴的journal, 它们与老
牌journal之间的竞争是看点。简单说一下我的看法。
1. NPG
Nature publishing groups的Nat sub整体来讲继续高歌猛进，Nat Commun干掉了PNAS
， Nat Genetics/Materials/Biotech/Nanotech持续保持高Impact factor (>30), 有
的甚至比Science和Cell都高。Nat Biotech去年IF波动较大，今年强势反弹。Nat Med
这个老牌杂志现在看来是越来越走下坡路了，但是应该不会跌倒20以下。Nat Climate
Change第一年的IF非常不错，但是上升前景不是十分乐观。Nat Chem Bio和Nat Struct
Mol Bio影响... 阅读全帖 |
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C****n
发帖数: 79 | 24 为什么和微生物相关的杂志如PLOS pathogen, Molecular microbiology， Cellular
Microbiology等大都走低呢？研究的人越来越少嘛？ |
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e********r
发帖数: 147 | 25 最好的Molecular Microbiology，投稿非常难，审稿也严，影响因子掉到4.9了。同样
是病原微生物论文，MM的论文水平比起PLoS Pathogens的来，只会更高。
Cellular Microbiology直接从6掉到4，
Environmental Microbiolgy 5.6
传统的Journal of Bacteriology已经接近3.0，再掉就二了。
看着植物随便哪个期刊都在6以上，免疫就更别说了。大家说说看，这是怎么回事？
这个东西在国外还得，但在国内还是很要命的，因为干什么都还是影响因子第一。搞微
生物学的很郁闷！ |
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e********r
发帖数: 147 | 26 我承认能上MM确实牛X，毕竟国内一年在上面也发不了10篇论文，比其它领域差远了。
但基金委什么的不这么看，举例而言吧，你发4篇MM去申请杰青（这个水平国内迄今做
得到的人估计也就个把吧），是不是能拼赢发一篇PLoS Pathogens的，还真没什么把握
。比如说今年杰青严格意义上微生物口的一个都没有。 |
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C****n
发帖数: 79 | 27 哈哈，早在几周前我就问过相同的问题，看来发一个新的帖比较有人气:)
http://www.mitbbs.com/article0/Biology/31819417_0.html
那从文章的角看，弱问一下目前PLOS pathogen和MM那个更好呢？
另外我个人觉得Microbiology概念要看怎么理解了，如果往宽泛的说，每年研究yeast
和Neurospore 就有一大堆NB文章吧，有多少人是NAS member啊。 但是大多又都是以
yeast和Neurospore作为一个model来研究生命现象。 |
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T****u
发帖数: 424 | 28 NIBS:
王晓东: Several key molecules in necroptosis(RIP3,MLKL etc)
邵峰: Mechanism of pathogen-host interaction
(key:NLRC4 recognize flagellin)
李文辉 NTCP as HBV receptor <======milestone
张宏: Delineate autophagy in C.elegan
朱冰：Histone code
厦大：
韩家怀: one key molecule in necroptosis(RIP3)
上海生化所:
徐国良mechanism of DNA demethylation;
李劲松 haploid ES
动物所
周琦 transgenic mice using androgenetic haploid embryonic stem
北京大学
邓鸿奎 CiPS <======milestone
CiPS is more important... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 29 John Hopkins 的研究人员发现，过多的使用灭菌剂，会导致小孩容易发生过敏。
Antibacterials in Personal-Care Products Linked to Allergy Risk in Children
Exposure to common antibacterial chemicals and preservatives found in soap,
toothpaste, mouthwash and other personal-care products may make children
more prone to a wide range of food and environmental allergies, according to
new research from Johns Hopkins Children’s Center.
Results of the NIH-funded study are published online ahead of print June 18
in the Journal of Allergy an... 阅读全帖 |
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w*******5
发帖数: 831 | 30 10个包子求同一个杂志的四篇文章，请发送到w**********[email protected]，谢谢！
1. DENMAN (S.), BRADY (C.), KIRK (S.), CLEENWERCK (I.), VENTER (S.),
COUTINHO (T.) and DE VOS (P.): Brenneria goodwinii sp. nov., associated with
acute oak decline in the UK.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2012, 62, 2451-2456.
2. NABHAN, S., DE BOER, S. H., MAISS, E. and WYDRA, K. 2013. Pectobacterium
aroidearum sp. nov., a soft rot pathogen with preference for
monocotyledonous plants. Int.J.
Syst. Evol. Microbiol., 63, 2520-2525.
3. KIM, P. S., S... 阅读全帖 |
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c*******e
发帖数: 5818 | 31 我们实验室在投一篇小文章，Journal要求推荐6个reviewers，现在已经有了5个。版上
如果有人感兴趣，可以私信联系我。搞infectious disease的，最好是intracellular
pathogen。需要姓名，title，联系地址和email。我估计senior postdoc title以上的
可以，不知道其他title的可不可以。 |
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z*********8
发帖数: 1203 | 32 那个是specific pathogen free的老鼠feces 的16S rDNA分析，不是germ free的 |
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m******g
发帖数: 467 | 33 PNAS 14.07.22
推荐：
1. Extensive pathogenicity of mitochondrial heteroplasmy in healthy human
individuals
稍微了解一下：
1. Drastic population fluctuations explain the rapid extinction of the
passenger pigeon |
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x*********a
发帖数: 906 | 34 Thanks to everyone who sent me message. The chance has just gone.
This journal is bacterial research-specific.
One reviewer needed for a journal (IF>2.0)
requirement
1. Ph.D degree; 2. research fields: bacteriology/bacterial genetics/
biochemistry/pathogen; 3. email ending with edu or org;
Thanks. |
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A**I
发帖数: 73 | 35 Classical Journals in Virology
1. Cell host and microbe
2. Plos pathogen
3. Journal of Virology
4. Virology/Journal of General Virology
5. Virus Research
6. Viruses (New journal)
7. Scientific Reports/Plos One
8. Virus Genes
Just try from 1 to 8 |
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g*****p
发帖数: 451 | 36 你们这些靠发文章谋生的同志们为啥对杂志的背景都没做个调研啥的
plos one就是反IF和反significance的，要求technically sound，评判交给读者
审稿过程中，科学意义不大的可以被放水，方法学、逻辑有问题有可能被枪毙
你想投专业杂志的顶级期刊，以你的方向为例，应该投plos pathogens
比virology难多了
搞计算生物学的应该投plos computational biology
自认为东西重要没人敢收的可以投plos one
学生毕业灌水的也可以投plos one
烂不烂全留给后人评说 |
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j********6
发帖数: 4 | 37 本人现在的单位不sponsor绿卡了，只能靠自己努力攒review去争取EB1a了。计划花1-2
年的时间来筹备，听说这里牛人很多，特来发帖求助，先谢谢大家了！
本人在博士期间主攻病毒学，用生化手段研究病毒的replication regulation, virus-
host interaction, antiviral therapy等。主要研究HCV，在JVI/PLoS Pathogen上各
有一篇一作/共一作的文章，同时也有合作研究Flu和一些黄病毒科的JEV, WNV等，发表
一些小文章在Archiv virol, BBRC, Gene, BBA-General等。现在做博后第二年，主要
研究先天免疫反应调控，涉及到病毒感染引起的宿主免疫反应方面。恳请有审稿机会而
又不需要继续攒review的牛人帮小女子推荐啦，谢谢！！ |
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w***a
发帖数: 4361 | 38 infect TB或者其他的pathogen，然后看survival curve？
别。 |
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y**********n
发帖数: 478 | 39 bless宝宝
先尽力回答LZ在另外一个帖子里的前几个问题吧：
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
是的。只有确定了基因－疾病关系的才能检查出来。另外不同的数据库差别也比较大，
有的更新很慢。
刚才搜了下，这里有最新的关于NICCD的进展，估计新鉴定的这些突变都没有被分析。
By means of direct DNA sequencing, cDNA cloning and SNP analyses, 16 novel
pathogenic mutations, including 9 missense, 4 nonsense, 1 splice-site, 1
deletion and 1 large transposal insertion IVS4ins6kb (GenBank accession
number KF425758), were identified in CTLN2 or NICCD patients from China,
Japan and Malaysia, respectively, making the SLC25A1... 阅读全帖 |
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y**********n
发帖数: 478 | 40 Mutations collected by Yuan-Zong Song et al, Plos one, 2013:
"32 missense (including 3 neutral), 18 nonsense, 14 splice-site (including c
.1311C>T), 9 deletion, 3 insertion, 2 duplication, 1 indel (g./c.1610–
1612delTAGinsAT), 1 aberrant transcript (r.16_212dup) with unknown mutation,
and 1 pathogenic SNP (c.2T>C)"
http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info:doi/ |
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m*****a
发帖数: 11 | 41 好像2013年下降的很厉害，不知今年如何？如题，多谢 |
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s******y
发帖数: 28562 | 42 PLoS 如果不好好改进他们的review process, 估计很快就没有什么生意了。
尤其是PLoS Biology, 我听过不止一个人抱怨他们。 |
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m*b
发帖数: 1421 | 45 PloS Genet还是混的很好的啊
感觉是genetics这个传统领域在这个档次的一个旗舰 |
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s******y
发帖数: 28562 | 46 慢。审稿者扯皮。主编不管。经常听说稿子被拖一年多的事情。 |
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m*b
发帖数: 1421 | 47 是吗
有个cns上下来的稿子本来想送Plos Biol的
现在看来直接送Mol Cell好了 |
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j******i
发帖数: 939 | 50 你也太小看国内同行了吧。国内的科研水平和环境跟发达国家越来越接轨，难道国内国
外信息会是不同步的？cns送审的稿子，novelty应该不差；没送审的话，并不能说明什
么。 |
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